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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0336300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0336300.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein; TAIR: AT2G02650.1 Ribonuclease H-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH Putative ribonuclease H protein At1g65750; TrEMBL-Plants: tr|A0A151RRI3|A0A151RRI3_CAJCA Putative ribonuclease H protein family; Found in the gene: LotjaGi2g1v0336300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:81307245..81321379) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGGACAAGTCTGTTCGTTGTAAGTGTGAACAAGTCTTTGGAAACCATCAACCAAATATTGAGTGCTGGCATCATGTTCAA GATGAGGTTTGAGGGTGTTGATTCCCGAGACAGACAAAAGGTAATCAATTTTATTGCTGTAGTTTTACTTTCCATTTTCA CGAGTCTTGTTACTAGTGGGTTGTTCATTCCCATATTATTACCCTTTTTCTATCATTAATGCTAAAATATACATGAAAGC TCATTTTATTTCAGTCTTGACCAGCAGGATATAACATTTCTTTTGTTAGTCTATGGACATTCATTGGGTCACATCACACA CTTTTCTTCTGTTTATTGATTTGTTTATTTCTTCTATTTCTTTTTTTTTTATCTTCAATCAACAAAATTCAATGAGAAGA ATCTTACTATTGAAAGAAAAAAAATGCAGGGCTGTTATCTCTGTTTAGATTCAAAATATTTTTCTTTTTGGAGTGGCAAT GGAAACTTGAACATGTTGATTCAAAGTAAAACAAATTGTATCAGCCAATTTATCTACTACAGTGGGAGAGTTCATGGAGG AGCAAATAGTGAAGGTAAAATAAGCACCTCTTGCAAATACATAATCCTTTATTTTTACCCCATAAAGAAAAGAAAGAGAA AGGAAGTAGACCCTAACTATACTAGCCAATTATCTGTAGGTACGGTTGGCAACACGCAGAGGGACATGCAGCTCCTATCA CTCAATTTTCTCAGCTATGCCAAGCTCAGAACGCATCTGTTTGAGGTGTAGCAGCACACATTGTTGGTTCTCAGCTCTTT GAAGGAAAATTGCACATTCTCAGCTCAAGGTGAAGCCAAAACGGTATGTTTCATTTACATCTCATGTTGTGATAATCCTC TGTTTTTTGGAATTCCTATAAACCCTTGAATGAATTGGAATTGATGTTGCTGTCTGGATTGTTTGTGCTGCCGGGATAAA 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0336300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGTGACTGGGCGAATGGAAAGCGATGCTGGTCTTTTACTTGGCGTAGGAACCTGAGCTCTCGGGAACGCAATCTCTT GGAAGAACTATGCCTGCAATTAGATAGAGCTCCTCTTGTCGAAAGTGTGCCTGATGGGTGGGTTTGGACTGCAGAATCCA ATGGTGTCTTCTCAGTCCAATCGGCTTACAGGGAGCTCCAAGGCTCGGGGAGTGAGATTGTGGACTCTATCTATCAGCAA ATCTGGAATTCAAAGGCTCCTTCAAATGTGTGTGGCTTTATTTGGAGAGTGATGTTGGAGCGTATTGCAACAAAGGTAAA CTTATTGCGAAGAAAGGTGATTCATTCTGATTCTGAAGCACTTTGCCCATTGTGCTCACAGGAGTTAGAAACAGCTGATC ATGTTCTGCTGGTATGTCCTTTTGCTAACAGAGTTTGGACAAGCTGTTATAGATGGCTAGGATTGAGCATTGCACAGCCA AAAAATTGCAAAGACCACCTTCTTCAGCACTCCCTGATTGGGTTCAATGCAAAACAAAACGAGCTGTTCAAAGTCATCTG GTTTGCAGTCACGTGGTCCCTTTGGTTGACGAGAAATCAGTTCATTTTCAGAGGTGGAAACTTGAATGAGGAATCGGTGC TGGAAGGAGCAATTGTAAAGGCTTGGCAGTGGGCTAATGGCAGGAGTAAAGGTTTCAATTTCTCAGTGTATGAGTGGACT TCTCAGCCAATATTATGTTTAAGGATGGCGGCCTAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0336300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGDWANGKRCWSFTWRRNLSSRERNLLEELCLQLDRAPLVESVPDGWVWTAESNGVFSVQSAYRELQGSGSEIVDSIYQQ IWNSKAPSNVCGFIWRVMLERIATKVNLLRRKVIHSDSEALCPLCSQELETADHVLLVCPFANRVWTSCYRWLGLSIAQP KNCKDHLLQHSLIGFNAKQNELFKVIWFAVTWSLWLTRNQFIFRGGNLNEESVLEGAIVKAWQWANGRSKGFNFSVYEWT SQPILCLRMAA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 16 | 222 | 207 | 2.9E-38 | – | |
| Pfam | 57 | 146 | 90 | 3.7E-21 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0336300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…