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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0438500 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0438500.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | LINE-1 reverse transcriptase like; TAIR: AT3G09510.1 Ribonuclease H-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH Putative ribonuclease H protein At1g65750; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2Q742|A0A0B2Q742_GLYSO Putative ribonuclease H protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0438500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:93545551..93557985) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCTACAATTTCGTGTTTTCAAATAAGGTAGTACATTGTTTTTGTGTTTGATTTGTACTTATAGAGAGATAAAAAGATATA GTAATAGTAATTTACCTGTTATATTACTACATATTACTACATAGAAGATAAGAGAGTTCTTATACTTCGTGTGGGCAAAA CGTACACCCCTATCGCAGTGCAGTTTGATAGGCTCTTCAGGCTTTCTACCCAACAGCTCTGTATGATATCAGATATGGGA CTTTGGGAGGACAATAAGTGGGTTTGGAGCTTGTCTTGGCGCAGGGATCTGCGGGAATGGGAGCAAGCCTGGGTTTCTGA AATCTTAATTGTTGTCAACCAGGTCCCTTTGTGCCGTGATTCTGTGGATAAATGGATTTGGAAGGATGATGTTTGTGGTG GCTACTCGGTTAGATCAGCATATTCTCTAATCACCGGGACAACAAGTTTTGATCAGACTCCAGCATTTAAGCATCTATGG AAAATATATGTCCCTTCAACAGTGAAAGCTTTTATTTGGAAGTTGCTTTGGGGAAGGATTCAAACTAAACAAAACCTTAT TCGGAGGGGGATCCATTTAAATGATTCTGATTCAGCATGCCCTTTTTGTGATGACTCACTGGAGGATGTAGAACACCTCA TGTTTTGCTGCAGGAAAATTTCACCTATTTGGTACTCAGTTTTTCACTGGCTTGGATTCAATTCTGTTTTACCTTGTGAT CCTCAATTGCATTTTCTGCAATTTGTCCATGGCAGTTGGAATATGAAGCAGTCTCGGGCTTGGTGGGCTATTTGGGGGTC AGTGGTTTGGTCCGTGTGGTGTGTGAGAAATAGGTTGGTGTTCTCCAATGAGGTTCCTGATTGGAACAATTTGTTAGGTA TTATCCAGTGGAAGGCTTGGCTATGGCTGTCATCTATGGTAAAGGATTTCAGAAGTTCATTATTTGAATGGATTATGGAC 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TTTCTTGCTTAAACGAAATATGTCTTCTCCTGTGCCAGAATTTGACTCTGTTATGCAGCTTTCACTGAAGCAACATCCAT GGAAAATCAAGGTTAGAGTCATTGCTGTGTGGAATGTAGATCATCTTGACCAAGCCCATGGTTTAAGATGCATGCACATG GTGCTAATAGACAAGGAGGTATAGCATCTTGAATATTGTTACAATGTTTTCTTATTACACTATTTTTTAAATAATTTTTT TGGAAGTTAATAAAACTTATGTCATCTTCTTATATTTATCTTTTTATCAATCTGTTCGTTTGTTGCTATCTCTTTTGGAC ATATTTTCACTTATTTGTTGTTTTCATTTACAGCATGTGAAAATACAAGCATCATTTCATAAGTACATTCCAAGCAAATT GAACATTATCCAAGGGCGTGTGTATGTACTATCTCTCTTTCGTGTGAAGAGGAACATGGATTCAGAACGTGTTACCAACC ATGGTTTCAAGTTGCTTTTCAATTCACGTACCAGGATAGTTCTTGATGTTGATGCTTTCATTCCTTATTATGGCTGGGAT TTTCTGGATTTTGGTCATGTGCAAAGTAGTTGGGGGAATTTCAACTATTTGATAGGTAGTGTAAATCATTTGGTATTATT GGTTGAATTTTTACATAAACGGTTAGCCTATTACATATATTTCTTGCTTGCATTGTTATGTATTGTATAAGTAAAATATT AAGTCTCACATGTAGATGTTGCTGGGCTGGTTAAGGCTGCATCCAACGTGAAACTCGTGGTGCAGAATAGTGGCATAACT AAAGTGATGGTTGTCGATCTCCAGGACACTAGGTTGTTTAGTGATGTTAACCTTTTGATATCTTCATTAGCTCTATCTTT GATTTCATTTATATGTATTATTTATCTACTTTATTTTTTTCAATAACATAATTAGGGGCACTGTTCGATGTATCTTGATG 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0438500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATATCAGATATGGGACTTTGGGAGGACAATAAGTGGGTTTGGAGCTTGTCTTGGCGCAGGGATCTGCGGGAATGGGA GCAAGCCTGGGTTTCTGAAATCTTAATTGTTGTCAACCAGGTCCCTTTGTGCCGTGATTCTGTGGATAAATGGATTTGGA AGGATGATGTTTGTGGTGGCTACTCGGTTAGATCAGCATATTCTCTAATCACCGGGACAACAAGTTTTGATCAGACTCCA GCATTTAAGCATCTATGGAAAATATATGTCCCTTCAACAGTGAAAGCTTTTATTTGGAAGTTGCTTTGGGGAAGGATTCA AACTAAACAAAACCTTATTCGGAGGGGGATCCATTTAAATGATTCTGATTCAGCATGCCCTTTTTGTGATGACTCACTGG AGGATGTAGAACACCTCATGTTTTGCTGCAGGAAAATTTCACCTATTTGGTACTCAGTTTTTCACTGGCTTGGATTCAAT TCTGTTTTACCTTGTGATCCTCAATTGCATTTTCTGCAATTTGTCCATGGCAGTTGGAATATGAAGCAGTCTCGGGCTTG GTGGGCTATTTGGGGGTCAGTGGTTTGGTCCGTGTGGTGTGTGAGAAATAGGTTGGTGTTCTCCAATGAGGTTCCTGATT GGAACAATTTGTTAGGTATTATCCAGTGGAAGGCTTGGCTATGGCTGTCATCTATGGTAAAGGATTTCAGAAGTTCATTA TTTGAATGGATTATGGACCCATGTTCTTGTATTACCCAACTTTAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0438500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MISDMGLWEDNKWVWSLSWRRDLREWEQAWVSEILIVVNQVPLCRDSVDKWIWKDDVCGGYSVRSAYSLITGTTSFDQTP AFKHLWKIYVPSTVKAFIWKLLWGRIQTKQNLIRRGIHLNDSDSACPFCDDSLEDVEHLMFCCRKISPIWYSVFHWLGFN SVLPCDPQLHFLQFVHGSWNMKQSRAWWAIWGSVVWSVWCVRNRLVFSNEVPDWNNLLGIIQWKAWLWLSSMVKDFRSSL FEWIMDPCSCITQL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 7 | 228 | 222 | 2.8E-28 | – | |
| Pfam | 61 | 150 | 90 | 4.2E-20 | ||
| CDD | 108 | 170 | 63 | 0.00311623 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0438500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…