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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0029700 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0029700.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | TBC1 domain family member 22B; TAIR: AT2G30710.1 Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9NU19|TB22B_HUMAN TBC1 domain family member 22B; TrEMBL-Plants: tr|I3T5T6|I3T5T6_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0029700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:3234741..3248614) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTGGGTTATTATTGGTGCTTAGGATGTTAATTCTGTTGAGTAGACAATGGTATTATGGTGTTGCTTCTTCACTAGTCACT AGCTCTCTCTGCCTCTGAGTCTCTGAGACCAACAACAAGAGTCTGCAATTCCAACAGATCAATCAATCAACCATGAAGAA CAACGATGAAGACAACAACAACAATCCCAACATAGGAATCTTCGATTCCCGATTCAGCCAGACCCTCAGAAGCGTTCAAG GGTAACACCACTTTCAATTCCTCATTTTTTCTATCAAGTTACTTGCTTTTCATTTTCCCTGAGTGTTTTAGCCAAAAGGG TATTTCAGGAACACTCGCGATCCCCGAGAATTTCGCTCTCCGATTCGCTGATCTTCACCTGTGAATGATTTTGCAATTGT GAAATGAGGGATTTGGAAAACCCTTTAAGGAATTTGAAGTGTTTTTTTGACATTAAGATCATGATTACTGATGAATGAAA TTGTAAGAGGTGGTTAGAATGATTTGCGTGTGTTTGATTGTAGAACCTGTTGTTGATGTGATCTGTTTTTATTGAATTGG TTGGCTTCTTTTGATAGTGTTTTTGTCTTATTGTTGTGAAATGCAAGGATAATTGAAGCTGGGAAACAATTTCCCAATTT CTATTCATGCTTTATTTTTAATGATTAGTTGTACAGTAATTTTTTGTTCTTTATATAGATTTATGCATTTGGTTTCGCCT ACAAAGAGAAGCATATGTGATATACCTTGCACAGCTGATTGGAATTTATAATTTTTTTTTTCCTTTGTGAAGATTACTCA AGGGCCGTAGCATGCCCGGTAAAATATTATTGAGCCAGAGGGTAGATCCGATTGATAATTCGAACTTGTCTTCACCAACT TATACAAGGAGCAACTCATACAATGATGCTGGCACAAGTGATCACGCATCTGAGACAGTAGAGGTGATTTTAGTATCATA 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TTTTACCTTATTTTATGAGTGGCTGTGTCAAAATGAGTAACATGACAACAAGCCACAATAAAGTAATACATAACTAAACT TATCAACCATAGTCAGATTAGGGTTTTGATTTATTCATAGTCCATTTTCTCTTCCATCTCATTTTCACTCACTTTCTCTT CTTATCTATTCTTTTCATATCACAATACTCATCATATATTTTATTTCTCTTTCTTCTGTTACTGTTTATGTCTAAGTGTA AGTGTAAATGGAGCGATAACAACATTTCCTTCAAATTATTATCAGAAATCCTGGCACAAGCAGAAGCATTACAATTTAAC TTTTGCAAAACTTCCAGAGCAAACAAATCGAGCTTCTGAATGCATATCAACTCTTCTGAATGCACTTGTATCAGATGAAA ATCTACCATTTCTTTTAACAAACCAAGAGCAAAGCAGATAATGAACATTATGATTTGATTTCCAAGCTAAAAGCTAGTCA GCTTTGCTGCAACAACCTTGCATCATTTTTATTATTGTTAAGATCAAAGGTACAAATGACACTATCAGCATTACAGCAAC ACCGGGACATGGCTACCCACCAACTAAGTCATAACCATTGTTGCCAATCACACATCATTACCACAGGATTTGACTGCCGC TAAGAATAGACAGAGATATGTGTGAAGGAAGGCTCCTGGTGAACCTCCAACAAAATGATACAAAATACAACAATGAAGTT GGATGATCTATTATTCATCACTCCAACAAAACCAGTAGAGCCACCATCTGCTGCTGAAAATTTTCATACAAGATTGACAT GTCCCTCTTTTACCTGAAGACAAAAAAGGGAAATTTGTAAAGCACAAATTTACATATATATTCATGCAAGATGGGAGAAT GGACAAGGTAGCACGCTATGTATGAAAATCTTCAATAAACAGTGCAGTCATTAACGAGGCTGAAAGCTCATTCCATGTTA 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AACTTATTTGATCTTTATCTTACAGCATAAGCCCATATGCTACTCAGATTAACTTATGCACAATGGTTTGTTTGGGTTTA CAGTTCAATTAAGAGTTTATGGCAATAAGCACTTATTCATTAGCTAATTTGAGAAGTTATAAGAAATTACTCACAAGAGC TTATTGGAGTTTAACTTATAACATAAGCTTTTATACAAGTATTTGGGAGAGTTTATCTAAATAGCTTATGACCAACCAAT AAGCTATTTTGAGCTTATTTTTTATAAGCTGCCCAAGACTAGCTTATAAATAAGCGCTCATACATAATTATGAATAACCT ATTTTAAGCTTATTTCAACAAGCTTGTCAAATTAGCTTATGAATAAGCACTTACTCTGATAATCGCTTAATTAAGTTGTT TACCCAAACACACTCTTAAGCTAATCTGACCAGCTTACAAAAATAAGCTCTAAACAGCTTGTAGTCATAAGATATTTACA TAAACTCTCTCAAACACTTTCATAAGTTCTTATGCGATAAAATAAGCTCAAATAAACTCTTCCAGACATGGCCTAAGCTA AGACTCTAAGTTCTTATATCATCCTATAAGCCATTTTGAGTTTATTTAATAAACTTCTCAAATTATCTTATGCATAAACT CTTATAACACTTAACTAACATGTTTATGATTAGTACTGAAGATACATCTACATGTTATGCAATCTTACATAAAAAAAATA AAGTTAAAATCTTTTACACAAAATTGAAAATGGGTAGTACCTTGAGTGATAAATGGAGTTCATTTTGTCTCTGCAATTCA CCCAAGAGGTCTAAAGCATCAGCATTCAAGAGCCTGGTGAGTTTTTCATTGAGAACTTGATAGAGCTTCTGCTCTGAGGA TTTTGCCAATTTGAGAGCGTGGATTACTTGAATCCCCTCTTTTGATATCACTCTTGAAGGTTGTCGCTTTCTGAAGCTTG CACGGAGCCCGCAAACTATCACTGATTTTCCTCTTCTCTGGTTACCAAAATTGATGCTCCTCTTTGAAATTGAGGTTGCA GAACGTGGTTCTTCATTGATGGGGATACACTGCTGCAATTGGAAGCTCTGTACACTGGTCCAATCACTCAATCTGAGTAT CATGTTCTCTGCAATTAGGGTTCTTAGATAGAGGAAATGCTGTATTTTACTATTTTCCAATACATATATGCATATTGTAG TAAATGTTTCATGTATTATATTTATATTTATATAAGAGGTAAAAATGTATTAAAAAAATTATTTACCATCTGCTGATTTT GAGAATAAATACAATTTGGCATAAGAGCATCTACATCCATCATACTCACTAAAATATCCACACATCATTTTTTCATTTTT TCATAATATCACATCATCTACCCCATTTCACATCATCACATTTGTATATTTTATTATTTTATCTCTATTTTAATTAATTG TAAGTGCTTGTAATAAATACAAGCTCACCTTACAAGTCTAGTGAGGAGTATCTATTCCCACATACTCATTTTGGACATTA GTTTTAACACCCCCTTATTAATCTCACACCCTTTTTTATTTTCTAAATTCCCTTAATACCCTCTCTTATAAAGAGATAAT CAAAGGGTGATAGTATTTTCACACCTACTAACTGTGAAACATTTTTTTCACACTCAATGAGTGTGAAAATATTTCACACC CACTAAGTGTGAAACGCTTAAAACGAAAGGAAGAATGTGAAGAGAGAATGAATATACTCGATTCATACAATTGTGTTTCA CACTCAAGGGTGTGAAACACAATTCAGTTTCGCACTCAAGATCAGGATCGGAGTGTGAATGGACTAACTGTTGAGGATTT TATTTTCAATTTTAAATTTTTCGTTTCTTTAGAATTAGATTTCACACTCAAGTGTGTGAAACATTTTCAAATTTCACACT CAAGAGTGTGAGTTATTGAACTGTTAATAATTTTTTTAATTTTTTTTTGTCTTTTTATATTTTCATTTCACACTCAAGAG TGTGAAATCTTTTCAAATTTCACACTCAAGAGTGTGAAGGAACCAACCGTTAAGAATTTTATTTTTAATTTTAAATATTT CGTTTTTTATAATTAAATTTCACACTCAAGTGTGTGAAACATTTTCAAATTTCACACTCAAGAGTGTGAGTTATTGAATT GTTAATAATTTTATTTTTAAAAATAATTTTTTTATATTTTCATTTCACACTCAAGAGTGTGAAATATTTTCAAATTTCAC CCTCAAGAGTGTGAAGGAACCAACTGTTAAGAATTTTATTTTTAATTTTAAATATTTCATTTTTTATAGTTAAATTTCAC ATTCAAGAGTGCGAAAAATGCAAGCTCACACCCTAATGTCAAACTTTCCCTTGTATGGTTTGAATTTACCACCATGCTCA CACCCTAATGTCAAACTTTCCTTCCCATTCAAGGTTCCATAGTCAGACCTTATCATAATAACAACAAAGTCATTGTTCTT CCCCACCAACTGAGCCCAATCAAAGACTTGCCGATTTTGGAATTTCTACAAACAACAAACACGGTTAGCTTATTATTTAA TAAAGTCAATAAATTGTATATATCATATTAAGCACATGAGATATGTGATATTTTATCAGTGGTGAAGGTTTCTGTACAAT CTACCATAACAACATGAGATAATGCATTCATGTCATCTATTGCATTCATTAAATCTTCATCCTCCTTCAATATGTGACCC CATTCTTTCATATCATCCACTTCATTATCTACTTCTTTCACACGATCCACCTTGATATGATCCCCTTCAGCCACATTATC GACTTTCTCAATGAGCACATGAGACATGATTAGCTATCCTGAAATGGAAAAGGGTAAAAATCAAAATGAAAAATTCACAA ACAAGTAAATTTCACACTTTTGAGTGAGAACGGAACAACTACTTCCCACTCCAAAGTGTGAACTGCAAACCAAATTCACA CTCTAAAGTGTGAAATACGAACAACAGTGATAAAATAAAATTTTCACACTTACTAACTATGAAACATTTTTACACTCAGT GAGTGTGAAAATGTTTCACACTCACTGAGTGTGAACACTTAAAACGAAAGGAAGAAGGTGAAGAGAGAATGAACATACCT CAGTTCACACTTACAAAGTATGAAATGTTTTCACATGTATTAAGTGTGAAAAGTGGCAATGAAGAAAACTATGAGATGAG ATTAAAAGGGAAGGGTGGTGTGACAAACAAAAATGATGATAGTGATAAGGTAGGCAAAGAGATATGTTTGGAATGAAATT AAATTTTAAAGGGTATATGAGACATTTTGGTTCATAAAGGAGGGTGGGGGATTAATTGATGGGGTGTCATGTTGGAATTG AATATGTACTTCAATGGTAATAGATACTCATATAAGTATGTATTTAACATTAGATACTACAATTGGAGATGCTCTAAGGA CTTACACAGACATTTTCGATTTTCATCGGCTTTTGACAAAGTGCAACGCTTCGATTTTTAGGGTTATAATAGTGACCTTA GAGAGAAAATAAAATATGCATATTCTTTTTCAAGATAAAAATTGAGATATTTTTTCTTTCTTTTTAAAAAATGATTACTC TACATCATGCTTACGTAATCAATTCATAGATAATCATAAAAAATATAAAAGTATTTATAAGTCATGAGTCATAAATTTCT TGATTAAAATAATTTTTTGAGTTATAACTAAATAATCATTAGTGAAGATAACCTTCTAAGTCCGAGGGAGAGTTTTCTGA AATCACCACTACAAATGGCAATATCTTAATTTTTTCTACTTTCTCTTTTAGTGACGGAAAATAGTCCATCACAACATCCT GGCATACGTCGCAAAGTATCTAGCGATGAAATATTGTTGCCATTAAAAAGGGTCACAAAATTTTAGTGAATGATAGAAAT TTGAAAATGAACTAGCGACGGAAGTTTGAGAGGGAAAATATTCGCCACAAATTTTTTAGCGACGGAAGATTCTTTCTCCC CCCATTCCGTCACTATGTCCATTATCATATGCTAGAACTTTGTGATGGAAAACGGAAAATTTTCCGTCACTATCAGTGAA AGTCAAAAAAGAAAAAGATGTCACCACTGGATGGCGATTTCAAAAAAAATATAGCTATCGCCACTCCATGTGGCGATACT AACTTGGAATTAAAAAAATAAATGACACTACTTTAGTAAATATTTGTGAAAGTTAAGCTACACCATCATCACGCATGCAA AAAATCCACATTAGAAGTTATATCAAGAAAACCACATAGAGACTTCTTGAATAGATAGCCGTTTGTGTATAGAAGATAAG TCAGAAAAATAGCCACTTTTCTCTTTATACTTGGCTAAACACAGTTTGTATATATTAAGAAATAGTATTTAGAATAGCAT GGAGATTCATCTTCATATACATATGAAATGAAAATGAATTACTTGGGAGGGGGGGGGGAAGCAAGCAATTGCCCCCATAC TTACACATATGAATCGGTCCCTGCACGCAGCAATCAATAAGGATTGATAAGAAGGAGCACTTGAGTATATCCAACAACAC CAAGAGGAGCAAGCATTTATAAGCCTTCACAACCATCAATATAGCTGCTTCGAATCTGTCAATAATCAGCAGAGGTAAAC CATGAGTCAGCACTTGAGCATAACCTGCATACATTAATTAATCCTGGGCTGTCCCTCTATATTGATTATCATGAGATTTA CTCCATTACACACAATTCAAATAAAAGACAGGATGTGTGATCCACTCATACATGGAGAATCTAAAATGCTTGAACTTTGC TGATATTCAATTCCAGCTTCTAAGTTGGACTAGATCAATTACCTTGTCTACCTCAATTCAAACATATGAACACCTTAATA ATACTTCATACTTACCCCAATTCCACCCACAACTAGGGAGAAAATGAATCAAGACCCTTATTCTATTGTTACTTGCTGGT TGGATTAAACTATATATATGGGAGAAAATATTGTACGCCAAAGCTAGCATGTGCTCGTTACAATTATAGAAGCTAAAATA TTTGTTTACAATTTTGGATCCAAAAAACAATACATTATTATTTCTCGTGCTTCACAAGGACATTTTAAATTTACACATGT ATATATATTTTATGTGTCATAAGGAAGTCCAAACAGTACTGCTCCTTAATTTAAAACTCAGCTTTTATATGCAAACCAAG TGTCCATACCGTTTCATTCTCCTCAATATTATTT
CDS sequence (LotjaGi3g1v0029700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGAACAACGATGAAGACAACAACAACAATCCCAACATAGGAATCTTCGATTCCCGATTCAGCCAGACCCTCAGAAG CGTTCAAGGATTACTCAAGGGCCGTAGCATGCCCGGTAAAATATTATTGAGCCAGAGGGTAGATCCGATTGATAATTCGA ACTTGTCTTCACCAACTTATACAAGGAGCAACTCATACAATGATGCTGGCACAAGTGATCACGCATCTGAGACAGTAGAG GTAGAGGTTCACAGTTCAAGTGGTATTCCTGGTGAGAATAAGTTAAAAATATCAACGTCCCATGTGGAGAACCCGTCTGA AGACGTCCGGAAATCTTCCATGGGTGCTAGAGCTACAGATTCTGCTAGAGTTATGAAGTTCACTAAGGTGCTTTCTGGGA CGGTGGTCATATTAGATAAATTGCGTGAATTAGCTTGGAGTGGTGTTCCAGATTATATGCGTCCTACAGTTTGGAGACTT CTCTTGGGATATGCACCACCTAATTCAGATAGAAGGGAGGGAGTTTTGAGAAGAAAGCGCCTTGAGTATCTTGATTGCGT TTCTCAGTATTATGATATTCCTGATACGGAACGCTCAGAAGATGAGATCAACATGCTTCGCCAGATTGCTGTTGATTGTC CAAGAACTGTCCCTGATGTTTCATTCTTCCAGCAGCAGCAAGTTCAGAAATCACTGGAGCGTATTCTTTACGCATGGGCC ATCCGGCATCCTGCAAGTGGATATGTTCAGGGGATAAATGATCTTGTTACGCCATTTTTTGTTGTTTTCCTGTCAGAATA CTTAGAAGGGAGCATAGATAATTGGTCAATGTCTGATTTATCTTCAGATGAAATCTCTAACGTAGAGGCTGACTGTTATT GGTGCTTGTCAAAGTTGCTTGATGGTATGCAAGATCATTACACATTTGCTCAACCAGGAATTCAAAGGCTTGTTTTTAAG TTGAAGGAATTGGTCAGGAGGATTGATGATCCTGTTTCAACTCATATGGAGAACCAGGGACTGGAATTTCTTCAATTTGC TTTCCGCTGGTTCAACTGTCTTCTGATCCGTGAGATACCCTTCAATATGGTTACACGCCTTTGGGACACATATCTAGCAG AAGGAGATGCCTTACCAGACTTCCTTGTGTATATATTTGCCAGTTTTCTTCTAACGTGGTCAGACAAATTACAGAAGCTT GATTTCCAAGATTTGGTGATGTTCCTTCAACACCTTCCAACTCAGGACTGGACTCACCAGGAGCTCGAGATGGTACTTTC GCGTGCATTTATGTGGCACAGCATGTTCAACAACTCTCCAAACCATTTAGCTACCTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0029700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKNNDEDNNNNPNIGIFDSRFSQTLRSVQGLLKGRSMPGKILLSQRVDPIDNSNLSSPTYTRSNSYNDAGTSDHASETVE VEVHSSSGIPGENKLKISTSHVENPSEDVRKSSMGARATDSARVMKFTKVLSGTVVILDKLRELAWSGVPDYMRPTVWRL LLGYAPPNSDRREGVLRRKRLEYLDCVSQYYDIPDTERSEDEINMLRQIAVDCPRTVPDVSFFQQQQVQKSLERILYAWA IRHPASGYVQGINDLVTPFFVVFLSEYLEGSIDNWSMSDLSSDEISNVEADCYWCLSKLLDGMQDHYTFAQPGIQRLVFK LKELVRRIDDPVSTHMENQGLEFLQFAFRWFNCLLIREIPFNMVTRLWDTYLAEGDALPDFLVYIFASFLLTWSDKLQKL DFQDLVMFLQHLPTQDWTHQELEMVLSRAFMWHSMFNNSPNHLAT
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 4 | 444 | 441 | 2.0E-216 | – | |
| PANTHER | 4 | 444 | 441 | 2.0E-216 | – | |
| MobiDBLite | 50 | 74 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 50 | 77 | 28 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 126 | 335 | 210 | 9.15E-51 | ||
| SMART | 145 | 401 | 257 | 3.8E-55 | ||
| ProSiteProfiles | 148 | 375 | 228 | 33.853 | ||
| Pfam | 152 | 396 | 245 | 8.1E-55 | ||
| Gene3D | 182 | 309 | 128 | 2.9E-14 | – | |
| Gene3D | 310 | 445 | 136 | 8.5E-40 | – | |
| SUPERFAMILY | 311 | 433 | 123 | 1.7E-37 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0029700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…