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LotjaGi3g1v0112200.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi3g1v0112200
Transcript ID LotjaGi3g1v0112200.1
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Methylthioribose-1-phosphate isomerase; TAIR: AT3G07300.1 NagB/RpiA/CoA transferase-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q54EY2|EI2BB_DICDI Translation initiation factor eIF-2B subunit beta; TrEMBL-Plants: tr|A0A151TRK6|A0A151TRK6_CAJCA Translation initiation factor eIF-2B subunit beta; Found in the gene: LotjaGi3g1v0112200
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr3:13835483..13843687) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATATTGGATTAATGGATTCCACAACCCACCCGAATTGATTAAAGCGCAGCGCACGCACGCAGCGTTGAGAATCTAATCGT GATTCCTCTCGTCTCTCCCAACATTCAACACTATAAGCCCTAGCACTGCACACTGCCGAACCACCCTCCGTCACTGCCTG ATCTCGCCGCTCCGACCACCGTCTCTCCGTCCACCACCGCCGCCGCACCCTGTCACCTTGTGTATGTTTTCTACTTGCTG TGTTGCCCTTGATTCTAGAATGCTAGTCATTTTTTCCCTATTCTTTTCAGGTTGTTGAGTTTGGCATCAAGATGCCGGAT GTTCATGTTCTTGTTAACGATTTTGTCAATCAGCTCAAAAAGCGGTAACTAAATTTTTGAGGTTTAGGAACTAATTTTTG ATATTTTTATCATTTAATTGGTGGTATTTATTTATTTTTTGTGTACTGTGATGCTAGTAAAATTGAAGGTTCACAGGCCA CAGCAAAGCAGACAGCAGAGTTGCTTCGGTCTGTGATTTCGCAGCAGCGGTTGGCGCAGACGAACCAGGCTACGGCTCTA ATTAATGCAGTAAGGGCTGTGGGGGAGAAGCTTATTGCTGCTAATCCTGTTGGTATGCCAAGATTAAGGCTTATTTTAGC TAGAGATATGTATAATGTATATTGTCAATGTTGTGTTCGATGTTTTTTATGGTGGTCGAGTATTTTTGGGGGGTTATTGC TGTTTGATTGCCTAGTTCTACTTTTGTTGAAGGATGCTTTACAGTCATGTGCTCAATGGTTTGTTGGAATTTATGAATTA TGGAAATCAATTTATTAACATGTTATCTATGTGATTGCAGAGCTAGCTGTGGGGAATATTGTGAGGCGTGTTTTGCACAT TATAAGAGAGGAGGATCTTTCTCTTGCTACAGCTGCAATAGCTGGTTTGGGGCTATCAGGTGTAAGTGATGATGAAGATG ATGTGGAGCGAGGTGATCATCCTGTTTTATCTGCTGCTGCTGTTGCAGCTGCGGCAAGAAGTACCTTGCGTCCACCATCA TTGCAAACTCTGCTAGAGGATATGCCTGAAACAGCCGCTATTCCACACACATCTTCCTCAGGGGGTGATTCGGAAGGGAA AAGTAGATGTGAGGATGTTTGAACTTCTTATATTCATTGACTGTGTTGTATATTTTTTACTTTTTGACTTGATATGCATA TGCATATTCTTTTTTACTGGATTTGGAGTGCAAAAGCTATTGTTATTTTATCTTATTTATAAGTTACTTTCTTGGATGCA ATTACTGGTAACAAAATGCTATTTTTTTCCTCAAAATTTTAAGATGTTAGAATTTCTCATTGACATTGCTGGGTAGTTTA TTGGTTGATCAATATGATGATTGTATAGTATGGGTTCATTCTATCTCTGTGGGCATTTGATGATGGAAAAATTGCTGTTC TGATTTTTAATTGCTTTTTGTCTATTTGAGTTTGAGTTTCTATTTTCCTTTGTTACAGCTGTTGATAAAAGTTCAAGAGG TCGGAAGTTGAAGCATGATGTCATTGAAGCCGTTAATGAACTTATTCAAGACATTTCCAGTTGCTATGAGCAAATAGCTG AGCAAGCAGTAGAGCACATTCATCAGAAGTTAGTTTAACCTCGAACTATTCTATGATCTATTTTGTCTTTTGCTGCTTTT ATGTGCTTGTTTGGACACATAATAACGTATTATTCTTGCTCCCCCAATTTTTTTAGCCTGCAACGTGCCAGGAAATGCTA TTTGATTTTTTTAATGCTAAGATTTCTTACCATGAATAGTCATTGTAAAAGGTTTTGTCGTGATCCAAGTATCCCTAAAG CTTAAGCTTTTGGGTGAATATACATGAATGGGCTTGAAGTGTGGACATTGCACATGCTCGCTCACCTACCTTGTGTTATA ATTAAACTTTTCTATTGGGGGCAACAATGGGCATTGATGCTCTGACTTTGATACCATGTCATGAACCAATTATTCAAAAA TTCAAGTTGTTGGCGGAGACACATGAGTGATTTTATATTACATTTCTGAAAGGTTCTAATACCCAGGAATTATCTTCATG GTTGATTGAAAGCTTTTGTTTCTTGAGTGGAGTATTTTATACCATATTCTATACTGAACATTATGGCTATGTTTTGATTG ATCGAATGGGATAGAATGGAGGGGAATGAAATGGAATTACATTATGTTCCGTTGTTTGGATTTGTTATAATATGATGGAA TGGGAAATAATGGAATCCATTGCATCCCATTCTATTGTATCTCCTTATTTTTCTTCCCTCCCAATTTGGATGGGGTATGT GATGGAATCAATAGCAAGTTAATTTCTTATGTAATGACCTCTTTATCCTTATTTCTTTTTATCTTTTGCAAAAGATGTCT TAATGGTTTTAAAGGCAAGGGTAATAAAGGAATAATAAAAGTTATAATTTATTTTGTTCCATCCTCTATCCAAACAATGG AATTATATCTTAATTCTGTTCTATTATAAAATATCCAAACAATGAAGTGGTATTTTTATACCACTCCTTTTTGTTGTACT CTATTCCATTATAATCCATTCCATTCTGTTCCATCTCCTTCCACGAATCCAAACATAGCCTACATCAGATTATAAATATT TCTACGTGAGTTAAATTCTTAATCTTAAACTGAAATATTATTTTTATTCATAACAACTTTATAAGAGGCCATGCATTTGT TGGAAGTTTAATGCTTTACTTTTCGTGCTATCTACATTATTTTGATAGCGGGACAATTGGACTGAAATGGCAAGGACCTT TCTATTTCTTAGCTTACTTTGGAGACTGGGTTACCTTCAGGCATTATTGGTCTTGGATAACAAAAAAGTGAAATAACCAT 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GAGCTACTTGACTTTGGGGATTTCTCAGATTGCTTGGATTCTGCAAGCGGCGCTGGTTCGCTTCATGTCGTTAATCCAAC ATTTGATTATGTTCCACCAAAACTTGTCAGTCTATTCATCACAGACAAGTGAGTTGAACTTAAATTGATCGAGAAAATCT AATCTGTTTCATTTTATGCATTGACTTTTGAATATGTGTACTAATTGGTTTCTTTTATCCATTTTCTGTTCTGAAAATTA TTTCTTGTCAGGGGAGGGCATAACCCATCATATATGTACCGGCTCATAGCAGATTACTACTCATCTGATGATTTGGTGGT GAAACAAAGACGTGCTACAGGGAGTTGAGTTCATCTACCCCAATTTTTGTCATATAAAAGTAAGTAATTAAATATCTATA CATTTCTGTTTGTCATAACATGAATTACTTGAGAATCAGAGGATTTGTGGAGCAGCTATTTGATTTCTGAAATAAAAAGG ATGTTTGTAGAATAAGGCAATGTCATTCACATAATTTGTCTCTTCATTGCTATAAATTTAGGAAACTCATTGAAAAGCTA TGTTTTTATGAGGCAACTTAGTTGACTTCATAGAAAAAAGGACCAATAATGAACAGTGGGTTAAAAAATGTGAAGTTCAC CAATAGAGAACATGTAAAAGACTGTTAAAATGAATATCTTGTTATTCTTTCTTTTGCAAAGATGGAGGATCGGATTGTAT CTCAGCTTATTGAGATAGGACCAAGGCATATGCATCCCACTTTCTATGACGATCCATGTTTCTTTCTTTCTGTGATTTTT CACTCCATCTTTGTAGCCCAGTTATTCAATTTCTTTGGAAGATAGCTAATGAATGATGATAAGTAGTTTTTACCTTCGAT TAAAGTTGAAACATGTAGTTCTTTTGTGTGCTATATTATTTACAACTTATGGCAGTCAAGCAATTATCGTTTTGCTTCAA TGATCTAGTGACTTTTTAATGATCCTTTTTTAAGTGCCGGTGCCAATATGATTTTGGTGAAGGCAAATAATTTTTGTATT CATTGAAGGGGCCATTCCTGACCTCTTAGGCTATGTTTGGGTACACATTGACACCAGTGTATGAAACCCTTCTTATGAAT TGAGATGGAAGTCTGTTCTCGTTGCACTCATTTGTTATCTAAACAGACTTAAAGCATTGAAACTATTGGGGGCGATAAGG CTTTCTGTAGTAATATTTGCAATGGATTTCTGTCTTGAAGGACCATTGATAATGACATTTTGCTGCTCAATTTTCAGGGT GTTTGTGATGCTCTCTGATGAGTCATGTGATAGAGAATTATGTTCACAATCTTTTGTGCGGAAGGAAATGAACCTTGTGA AATGCTGGGGATCGGAGTGGTGTAATTATATACAGGGAAAGTAATTTGTGAAAATACCCAGTGAAACGCGAAAAATTCCA TTTTTGTGGTTGCTGACCCACGGGGACACCCATGTATTCATTTTTTCTGGGTTGGAATCAAAGGGTTTTTTGTCTCCCAA CTGTTTTTTTTTTTGCTTTTCTTTTTAACTACATCTTTGTTTTACTCATAAAAAAATGATAATAGGATCTTGATCATAAT ATAGAAGCTTTATAGTCATTGAATTTTGTTTTATAATGCAATTGTGATAGTATTTTTGTGTGATGATAACTTGTTCATTA GTTGAACTAAGGAAAACCGTAACTTTTTAGAGTATGAAAGTCTCTAGTGAGTGGTCTTATTTTGATATGTAATGGAATAT GAAAAGAATAGCTCCTGTTTGCGTTCCAAGTAAATATTTCTAGTGTTGATGCTCATAAATGTACTTCGTATTTTGTATAA AACTGAGAAATTGCGAATGTTGATCTATAAAAGTTGTATATTGCTAAATGTGTTTAGCAAGGACAAGCAATGAGAGTATG AGACAACCAATAATGTGAGGTAGGCAAATTTTTTTTTTGAATGAAGGCTCTTATATTTTTTTGTTGCCAAATTATCATTG ATTGATCTTGAAGGCTGCCTAATGACATTAACATCCAAAATGAGTTTGGACCTCAATTAAAGCAATATGCTAATCCGTCC CAATATCAACAATAGTTTACTAGAAATGTTTATTCTAATAGATACAAAATTACTTATGCTTTAACAAAACAGAAATACTA TTTGCTACTAGGGCATTGCCTCACGAAACACTATGAGTTATATATACACTGATGTTTGACTGAATGCAAGCTGGAGCTTA AATCTAGGGAAAAATAACCAATAAGATAGTTTGTGCATTCGCTCCATACACTTTCGTATCATTGATCATTTCCCTTAACA AAAATAAAGACACTGTGGCCTCTCCTCAGAAGGAAGAGCAACCCTCATTATCGGAGGAGACAAATGGGCTTGGATGCCTG GATTTGAAAGTGCTTTGATGGATTTCTACTCACAGCGTCGGGTAT 

CDS sequence (LotjaGi3g1v0112200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCCGGATGTTCATGTTCTTGTTAACGATTTTGTCAATCAGCTCAAAAAGCGTAAAATTGAAGGTTCACAGGCCACAGC AAAGCAGACAGCAGAGTTGCTTCGGTCTGTGATTTCGCAGCAGCGGTTGGCGCAGACGAACCAGGCTACGGCTCTAATTA ATGCAGTAAGGGCTGTGGGGGAGAAGCTTATTGCTGCTAATCCTGTTGAGCTAGCTGTGGGGAATATTGTGAGGCGTGTT TTGCACATTATAAGAGAGGAGGATCTTTCTCTTGCTACAGCTGCAATAGCTGGTTTGGGGCTATCAGGTGTAAGTGATGA TGAAGATGATGTGGAGCGAGGTGATCATCCTGTTTTATCTGCTGCTGCTGTTGCAGCTGCGGCAAGAAGTACCTTGCGTC CACCATCATTGCAAACTCTGCTAGAGGATATGCCTGAAACAGCCGCTATTCCACACACATCTTCCTCAGGGGGTGATTCG GAAGGGAAAAGTAGATCTGTTGATAAAAGTTCAAGAGGTCGGAAGTTGAAGCATGATGTCATTGAAGCCGTTAATGAACT TATTCAAGACATTTCCAGTTGCTATGAGCAAATAGCTGAGCAAGCAGTAGAGCACATTCATCAGAATGAGGTAATATTGA CACTAGGCAGTTCAAAGACAGTGTTGGAATTTCTTTATGCTGCAAAGGAAAAAAAGAGATCGTTTAAGGTCTTTGTTGCT GAAGGTGCTCCAAGATATCAGGGACATCTCCTTGCGAAGGAATTGGCTGCTAAAGGATTACAGACCACAGTAATCACGGA TTCTGCTGTTTTTGCCATGATTTCCAGAGTAAACATGGTTATAGTTGGAGCTCATGCTGTCATGGCTAATGGTGGTATTG TTGCCCCAGTTGGCTTAAACATGGTTGCCCTGGCAGCTCAGAGGCATGCTGTTCCTTTTGTTGTTCTCGCAGGGAGTCAC AAGTTGTGCCCTTTGTATCCGCACAATCCTGAAGTGCTATTGAATGAGCTGCGATCACCATCTGAGCTACTTGACTTTGG GGATTTCTCAGATTGCTTGGATTCTGCAAGCGGCGCTGGTTCGCTTCATGTCGTTAATCCAACATTTGATTATGTTCCAC CAAAACTTGTCAGTCTATTCATCACAGACAAGGGAGGGCATAACCCATCATATATGTACCGGCTCATAGCAGATTACTAC TCATCTGATGATTTGGTGGTGAAACAAAGACGTGCTACAGGGAGTTGA 

Protein sequence (LotjaGi3g1v0112200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MPDVHVLVNDFVNQLKKRKIEGSQATAKQTAELLRSVISQQRLAQTNQATALINAVRAVGEKLIAANPVELAVGNIVRRV LHIIREEDLSLATAAIAGLGLSGVSDDEDDVERGDHPVLSAAAVAAAARSTLRPPSLQTLLEDMPETAAIPHTSSSGGDS EGKSRSVDKSSRGRKLKHDVIEAVNELIQDISSCYEQIAEQAVEHIHQNEVILTLGSSKTVLEFLYAAKEKKRSFKVFVA EGAPRYQGHLLAKELAAKGLQTTVITDSAVFAMISRVNMVIVGAHAVMANGGIVAPVGLNMVALAAQRHAVPFVVLAGSH KLCPLYPHNPEVLLNELRSPSELLDFGDFSDCLDSASGAGSLHVVNPTFDYVPPKLVSLFITDKGGHNPSYMYRLIADYY SSDDLVVKQRRATGS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 409 409 1.2E-200
PANTHER 1 409 409 1.2E-200
SUPERFAMILY 5 404 400 5.12E-84
Pfam 19 389 371 1.7E-71
MobiDBLite 149 173 25 -
Gene3D 201 400 200 3.3E-75

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Biological process Cellular metabolic process The chemical reactions and pathways by which individual cells transform chemical substances.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi3g1v0112200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…