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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0294300 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0294300.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Protein EFR3; TAIR: AT1G05960.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q6ZQ18|EFR3B_MOUSE Protein EFR3 homolog B; TrEMBL-Plants: tr|I1M554|I1M554_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0294300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:60180186..60196001) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATCATATTCATATTAATGTCAATGGCCAGGGGAGGGTTTTTGCCCCCTCTGACTCTGACCCCATGCTATTTTTCCCTGGT ACAATTTTTCTTTTTTCCTTTTCAAAAACAAAATTCCGTATGCTTTCAATTTTATTTTCCCATTGAATTTAATATTTGAG TGATTGGCAAGATTTTTTATCATTTTCTCAATTCTAAGCATAATTTGCATTTTCCCTAAAAATTTTGCTTCCAGTTTAGC TTCGATCGTGGTCGGAGACGCTTGATTTTTGCGAGGAACTGGAATTTCCATAATTCCAATTGGTAGGTTTCTGATATTCA AATTCGACGCTCTGAATTATTCATAATCTAGTTTCTATATTTTTGTTTTAATTTCGAGCTGAATTTGACTTAAATTCGTG TGGAATTTTAACTTCCCAGTACTGGAATGTGAATGGTGGATGCAATTTTCAATGTGAATTTGTTGTTTGTTTCAAGGGAG GTTTGGTGAATTCAGAGGAAAATGGGGGTTATGTCCAGGCGAGTTGTCCCCGCCTGTGGTAACCTCTGTGTTTTCTGTCC TTCTCTGCGGGCAAGATCAAGGCAACCCGTGAAGCGTTACAAGAAGTTGATTACTGATATCTTCCCGCGTAAGCAGGTGA ATTTTTCAGCTCATGTTGTTGTGATCTTTGCTCGGTCCGGTCGTTATTAGTCTCAGGGTGTCTTATAATTATAAGCTGAC TTTGCAATTATTAGCAGTTGTATGCATTGGATGGTTTGTTTATTTAGCTTGTTTACTAACCCTTATTGGTAATATCATCT TGTGGATCAATGCTATTGCTTTTGTGGCTGTCATGTTATTATGTTGTGTATTATAATAGTAAGATTTCAGTTTTCTGAAT AGAAGTACGGGTACTAGGGTTGCAATATGATGAGTACATGATTCTTATACTAGTGAAGAAATTTGAATTTAACAAAGATT 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0294300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGGGTTATGTCCAGGCGAGTTGTCCCCGCCTGTGGTAACCTCTGTGTTTTCTGTCCTTCTCTGCGGGCAAGATCAAG GCAACCCGTGAAGCGTTACAAGAAGTTGATTACTGATATCTTCCCGCGTAAGCAGGTTGCTGAACTTAATGATAGGAAAA TTGGAAAGCTCTGTGAGTATGCTTCTAAGAATCCATTGAGAATTCCCAAGATTACTGAAAACTTGGAGCAAAGATGTTAT AAGGATTTGCGCAATGAAAGCCTTGGCTCAGTGAAAGTTGTGTTGGGCATATACAGGAAATTGTTATCCTCATGTAAGGA GCAGATGCCGCTATTTGCCAACAGTTTATTAGAGATCATTCGGACTCTTTTGAAGCAAACTCGAGCAGATGAGATGCAGA TCTTAGGTTGCAACACTCTTGTTGAATTTATTGACTGCCAGACAGATAGTACATGCATGTTCAACTTAGAGGTTTTTATC CCGAAACTATGTCAATTGGCTCAAGAAGCTGGAGATGATGAACGAGCTCTGCTTTTACGTTCTGCTGGACTTCAAGCTCT ATCCTATATGGTGCAGTTCATGGGTGAGCACTCACATCTTTCCATGGATTTTGACAAAATTATTTCAGCGATATTGGAGA ATTACATGGATCTCCAATCCAAATCCGACCTTGGCCAGGTAGAGAATCTGAATTCACAATCTCAAAACCAGTTGGTTCAA GGATTTCCTAAAGAAGAAGACCATCTACATTATTTACCAGATGTCACCAAGAAGGATCCTTCCATGCTGCATGTTGTGGC AGGAACTGAGAAAGAGTCCAAGTTGGGTATTACTATTGCTAAAGATCCTGGTTATTGGTCAAAGGTTTGCTTGTATAATA TAGCCAAATTGGCAAAGGAAGCTACAACTGTGCGGCGTGTCCTGGAACCTCTGTTTCACAATTTTGATATGGAAAACCGT TGGTCTTCTGAAAAGGGGGTTGCTTATTGTGTTTTGATGTATTTGCAATCCCTTTTAACAGAATCAGGTGATAACTCCCA TCTTCTGTTGACCATTTTGGTCAAGCATTTGGATCATAAGAATGTTGCAAAGCAGCCTATCCTTCAGATTGATATTATTA AAACAACCACACAGCTTGCACAAAATGTGAAGCATCAGACTTCAGTTCCAATCATTGGTGCAATATCTGACCTCATCAAA CGTTTAAGGAAGTGCCTACAAAATTCAGCTGAAGCATCCAGCATAGGAAATGATGCATTTAAGCTTAATACTGAACTTCA GTCTGCCTTAGAAAGGTGTATATTACAACTTTCGACAAAGGTTGGGGATGTAGGACCAATTCTTGATTTGATGGCCGTGG TGCTAGAGAGTTTCTCCACGAATCCTATCACAGCAAGAACAACAATGTCTGTTGTCTATCAAACTGCAAAATTAATCACT TCCATTCCCAATGTGTCATATCACCAGAAGACTTTCCCTGATGCCTTGTTTCACCAATTGCTACTGGCCATGGCTCATCC CGACCACGAAACACAAATTGGAGCGCATAGTGTATTCTCTATGGTGCTTATGCCATCCATGGTTTCTCCTTGGTTAGACC AAAAAACGATTGCTAAGAAGGTACAGAGTAACAGCTTCTCCAATGAAAGTTTTTCCGGAGAAGAACATTTGAATGGAAAG GTGGTTGAAGAAAAGCTAATAGTAGGTGTTAGTGGGAAGAAGTTTTTCACTCCTGTGCTAACTGATGGAAAAGAAGATCT AAGTTCTCTTAGGTTGAGCAGTCACCAAGTGAGTCTCTTGCTCTCTTCAATCTGGGTTCAGGCAACATCCGTGGACAATA TCCCTGCAAGCTATGAGGCAATGGCACACACTTACAGCATTGCTTTATTGTTTACTCGTTCTAAGACATCCAGTTACATG GCTTTGGTAAGATGTTTCCAATTGGCATTCTCCCTCAGAAGCGTATCTTTGTACCAAGAAGGAGGCTTACAGCCATCTCG TAGGAGGTCTCTTTTTACCTTGGCTTCGTACATGCTTATATTCTCTGCAAAGGCAGGCAATTTCCCTGATCTAATTCCAA AAGTTAAAGCGTCCCTGACAGAGGCAACAGTAGATCCTTTTCTTGAACTAGTCGATGATATTCGGCTGCAGGCTGTTTGT ATAGAATCAGAGAGGATAGTTTATGGTTCTCAGGAAGATGAAGTTGCTGCTATGAAGTCACTTTCAGCTGTAGCATTGGA TGACAAGCTGTTGAAAGAGACTGTAATATCATACTTTCTGACTAAATTTGCAAAATTATCTGAGGATGAGTTGTCCAGCA TAAAGAATCAACTTCTACAGGGTTTCTCCCCAGATGATGCATATCCATCGGGACCTCCCTTGTTTATGGAGACACCAAGG CATTGCTCTCCACTTGCTCAGATTGAGTTCCTAGATTTTGATGAGATAATGGGTCCAGATGATTTGATGAATGAAGAGAC TGGGCCTGAACCTAGTGGCAGTCTGTCAGACCGCAAAACATCACTTTCATCCAACCACCCTGATGTTTTAGGAGTTAATC AACTCTTGGAATCGGTTTTGGAAACCGCACGGCAAGTTGCAAGTTTCTCCACTTCCTCTACTCCTCTACCTTATGACCAA ATGAAGAACCAGTGTGAGGCCCTTGTAACAGGGAAACAACAGAAGATGTCAGTCATTCACAGTTTCAAGCACCAACAGAA GACTAAGGCCATAGTTCTTTCAAGTAAAAGTGAAGTAGAAGTTCCCCCTCTACCTTTTAAGGCACTAGAATATTCAAAAG GTGATTTGAAGTTAGTGTCTCAGAAGCAACTTAAAGTGCAGGATCAAGTCCCCCTCCTTTCACATGACCACGTGCAGCAA AATTCTTTGATATTACCACCTTCAAGCCCCTATGATAAATTCTTGAAAGCTGCCGGATGTTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0294300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGVMSRRVVPACGNLCVFCPSLRARSRQPVKRYKKLITDIFPRKQVAELNDRKIGKLCEYASKNPLRIPKITENLEQRCY KDLRNESLGSVKVVLGIYRKLLSSCKEQMPLFANSLLEIIRTLLKQTRADEMQILGCNTLVEFIDCQTDSTCMFNLEVFI PKLCQLAQEAGDDERALLLRSAGLQALSYMVQFMGEHSHLSMDFDKIISAILENYMDLQSKSDLGQVENLNSQSQNQLVQ GFPKEEDHLHYLPDVTKKDPSMLHVVAGTEKESKLGITIAKDPGYWSKVCLYNIAKLAKEATTVRRVLEPLFHNFDMENR WSSEKGVAYCVLMYLQSLLTESGDNSHLLLTILVKHLDHKNVAKQPILQIDIIKTTTQLAQNVKHQTSVPIIGAISDLIK RLRKCLQNSAEASSIGNDAFKLNTELQSALERCILQLSTKVGDVGPILDLMAVVLESFSTNPITARTTMSVVYQTAKLIT SIPNVSYHQKTFPDALFHQLLLAMAHPDHETQIGAHSVFSMVLMPSMVSPWLDQKTIAKKVQSNSFSNESFSGEEHLNGK VVEEKLIVGVSGKKFFTPVLTDGKEDLSSLRLSSHQVSLLLSSIWVQATSVDNIPASYEAMAHTYSIALLFTRSKTSSYM ALVRCFQLAFSLRSVSLYQEGGLQPSRRRSLFTLASYMLIFSAKAGNFPDLIPKVKASLTEATVDPFLELVDDIRLQAVC IESERIVYGSQEDEVAAMKSLSAVALDDKLLKETVISYFLTKFAKLSEDELSSIKNQLLQGFSPDDAYPSGPPLFMETPR HCSPLAQIEFLDFDEIMGPDDLMNEETGPEPSGSLSDRKTSLSSNHPDVLGVNQLLESVLETARQVASFSTSSTPLPYDQ MKNQCEALVTGKQQKMSVIHSFKHQQKTKAIVLSSKSEVEVPPLPFKALEYSKGDLKLVSQKQLKVQDQVPLLSHDHVQQ NSLILPPSSPYDKFLKAAGC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1 | 7 | 7 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 980 | 980 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 980 | 980 | 0.0 | – | |
| Phobius | 8 | 19 | 12 | - | – | |
| Phobius | 20 | 24 | 5 | - | – | |
| Phobius | 25 | 980 | 956 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 57 | 777 | 721 | 1.75E-10 | ||
| MobiDBLite | 819 | 847 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 829 | 847 | 19 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0294300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…