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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0496000 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0496000.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transducin/WD40 repeat protein; TAIR: AT5G12920.6 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5XI13|GRWD1_RAT Glutamate-rich WD repeat-containing protein 1; TrEMBL-Plants: tr|K7LPI8|K7LPI8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0496000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:91393501..91402253) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTGAAGGAAACTCGACTGTGAAGAAATCGCGGGAAAATGGAAAAATTCTTGGTTCCTCCCAAACCCTCGATCAACAGGGT TCAGTCTCTTCGCAGGTGATTTTTGTTTGCAGAATTTTCTGTTATACTCTTCAATTTTCGAGTTCAAATGCTATGGTGAA TTGGTGATTGAGATTTGTTCTGTTTGGAATGTTAGGTCGCGATGGAAAAGGTGTTTGGGTGAACTAAATGGGCGATTTGA GCCCAATTATCGTCATGAAATGATGGATTTTCTATCTCGTTCTTATTCTCAGGTGAGATGAGGCGTGATTTTTTGGTTAT TAGGTTTTGATTTTGTGGACTGATTGTGGTTTTTACTTGCTTGAATTTCGTGAAGGTTGGCGTGTTTCCGCATTTGTACG GAGCGAATGAGACGCCGTGTGAAAATAATGTATGTATTGAGAATTGATGATTTTGTGCCTGTAACCCAATGAAATTACCA TTGCTGTGATTTAGTGTCATAATTTGTTTTTTTTTTTTGTTTCTATACAGATGAACCGGTTTGTTGTGAGGCAAGTGGTC ACTGCTGTCTTCCTTTATATGAAAATTGATGAAATGAATGTAGATAAAAAAAATGAATATTTATCGGGTACATTCGAATC TTTTATAGTTGTCTTGTCTTTGAGAATATTTTTCGGAATGATTTTACGAAGGGACAGTATCAAAACCTTGTTTGATGAAG TGTGTTTGAGAATAAACCTAAGTTTAAGTTTTAGCACATATTTATCTCTCATTTCGATCATTGAAGTGTAGTGGATTGGT ATGTCAATCCACCATAGTAAAGATAAGCTGGCTTTACCAATTCATTTTTAAAACTAGCTAAATTGTGCCTCCTGTTTTTG GTAGTGAAATGGATCAACTTCTTATGCTAGAGCATGATATGCAATAATGGTGGCAGTGCTGGTGGCGACTGTGGTGGTAG 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ATAAAATTTGACAGTATTTATAGATAAATTTTGTATGCTTGCTTCCGTACAACATTGTATTTATTCGGTTAAGACCAAAT TATCCACTGCTGACAGCAGTGGCTATTCCCCTCACCGTAGGTGCTTGCCATAAGCGGTAAACGGCTAGCCACAAAATGTC GCCCACAATTATATTCTTCAGATAATTAGAATATGATAACTGACTATATTGTCATAGATATTTTTTTTAGATTTTCTATG TCTTATAGGCATGTGCATCATTTTTTAGACTATACTTGTGAAAAGCTTCTTTTGATCTCCATCAAGATCTCATCTCTCTA TATATGCATATCAATATAAATATTCCATATTCATCATGGCTGGTTGACTGTTTTAATGATAAGTATTAATTATTGAAATC ATGGCAATAAGGAGCTTTTCATTTGCAACAAATTGTCGGCATTGCACTTGGGACAGTTGTCTTTTGCATTCTAAAAGTCA TATGCTAAGTCATTCCTTTTGTAATGCAGGCACAAACAAAGATCATTTCCAAGGAGATTCACTCTATTGCCATTAATCCA TCTTGCCCGTATCAATTAGCATTCCATCTTGATGATGGCTGGTAGGTTATAAAATAATTTGCTTAATGTCAATAATTGAC TTCTTTTTATTGAATTTTATGTCTTAAGAATAAAATGCTTCCTTATATTTATTAGTCCATTATGATAAATTTTTCCTTTT AAATTTTCATGTAGGTCGGGCATTCTGGATATTAATAATTTTCAAGTTACACATATTCATTGCCCACCTCCACCTTGGTT GTAAGTTTGACTGTAGTCACAGTTAGAGTTTCTTTGTTGAATTTGATATTTATGACAAGGTTTCACAATAAATCTAACTA TTTTCTTCATGCTTCATTTGTTTTAGAAATGATTCCTATGTTCCCACTGATGTATCCTATTTAAGAAAACCTTCATGGCT 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ACATGTCAGTTTTTGGTATCTCCATTTTACATAATTTGATGTACAATTACTGAATTGACTTACAGATAAATAATATTGAA TTCAACAGTTGATGTTTCCTAAAAAATATATAC
CDS sequence (LotjaGi3g1v0496000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAAAATTCTTGGTTCCTCCCAAACCCTCGATCAACAGGGTTCAGTCTCTTCGCAGGTCGCGATGGAAAAGGTGTTT GGGTGAACTAAATGGGCGATTTGAGCCCAATTATCGTCATGAAATGATGGATTTTCTATCTCGTTCTTATTCTCAGGTTG GCGTGTTTCCGCATTTGTACGGAGCGAATGAGACGCCGTGTGAAAATAATATGAACCGGTTTGTTGTGAGGAAAGGTATC TCTGCTGTAGACTTTGACAACAAGGGAATATACTTGGTGTCTGTGACAAAATCAGGTTGCTTAACAGTTCATGACTTTGA AGCTCTTTATTGCCGGTCACATGACCGAACTGGCTCGAAAGAAGATGAAAGCATGCGTCTACTGCACCTCCCACTAAATC TACAACTTGATGCTGTCAAATGGAATCTTCATAATCAGGATGAGGTTGTCTGTGCATCTATAAAACATCAAGGACTACTC ATATTTGATGTAGCAAGTTACTCGTCAGAACCAACTGAAGTGTTAAAAACAAGACATAGACCTACAGTTGATGGATACAG CATACTCAAAGGTTTCTCTGATGTTGCTTTTGCACCAAATGATTCAAGGATATTTGCTTCTGATACGCGTGGCACGATTA ATGTTTGGGATAAAAGAGGGAAGATTCTACCTTGCCTCGAGTTTACATCTGCTTCACATGATATCCTTAACAGCATCCAA TTAAGTGCAGACAATCAGATTATTTTTGGTGCTGGGAACAAAGGGCTTCTGCATGTTTGGGATATTCGTGGTGGAAGAGT ATCTACTAATTTTCAAAGTCACAAAGAGCTATGCTATCCACCATTAACATCAGTGAAGTTGGCAACATTGCTAGAGAAGA TTGGATCATTGAAGGCACAAACAAAGATCATTTCCAAGGAGATTCACTCTATTGCCATTAATCCATCTTGCCCGTATCAA TTAGCATTCCATCTTGATGATGGCTGGTCGGGCATTCTGGATATTAATAATTTTCAAGTTACACATATTCATTGCCCACC TCCACCTTGGTTAAATGATTCCTATGTTCCCACTGATGTATCCTATTTAAGAAAACCTTCATGGCTATCAACATGTTCGA TCTATATGACAGGCTCACCCTGTAACAGTGGCATCCATCTCTTAGATTTCTATCCCAGTACCAGCTCACCAAGTCATGTG GATTACAGGGAGAATATAGAAGAATTTAATGGGCAGAACAAGCAAAATAATCGGAACAGATTTATTTCTTTATCAGAAGA AGTTATCTCATGTGCTGCTCACCCTTTATATAATGCCATAGTAGCAGGAACAAAGGAATCATCCTTGCTTGTGATTTCTC AAAGACGTGAGTCAAGCGATGGTAAAGAATAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0496000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEKFLVPPKPSINRVQSLRRSRWKRCLGELNGRFEPNYRHEMMDFLSRSYSQVGVFPHLYGANETPCENNMNRFVVRKGI SAVDFDNKGIYLVSVTKSGCLTVHDFEALYCRSHDRTGSKEDESMRLLHLPLNLQLDAVKWNLHNQDEVVCASIKHQGLL IFDVASYSSEPTEVLKTRHRPTVDGYSILKGFSDVAFAPNDSRIFASDTRGTINVWDKRGKILPCLEFTSASHDILNSIQ LSADNQIIFGAGNKGLLHVWDIRGGRVSTNFQSHKELCYPPLTSVKLATLLEKIGSLKAQTKIISKEIHSIAINPSCPYQ LAFHLDDGWSGILDINNFQVTHIHCPPPPWLNDSYVPTDVSYLRKPSWLSTCSIYMTGSPCNSGIHLLDFYPSTSSPSHV DYRENIEEFNGQNKQNNRNRFISLSEEVISCAAHPLYNAIVAGTKESSLLVISQRRESSDGKE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 10 | 459 | 450 | 1.9E-126 | – | |
| PANTHER | 10 | 459 | 450 | 1.9E-126 | – | |
| SMART | 64 | 105 | 42 | 30.0 | ||
| SUPERFAMILY | 78 | 453 | 376 | 4.17E-21 | ||
| SMART | 182 | 217 | 36 | 2.1 | ||
| ProSiteProfiles | 185 | 270 | 86 | 10.285 | ||
| SMART | 221 | 261 | 41 | 5.1 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi3g1v0496000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…