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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0498100 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0498100.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Protein EFR3-like protein; TAIR: AT1G05960.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5SPP5|EFR3B_DANRE Protein EFR3 homolog B; TrEMBL-Plants: tr|K7LT68|K7LT68_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0498100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:91674281..91684111) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTTGCGCGTAAACGATCACGAAACGCAACCAAGTCATCGTGCAGTCAAGTTCTCAAACCACACCGACGGTGACGTTAGC GTTAGCAATTTTGATTTTCCATTATTAATTATTTTCTTTATTTATTTATTTATTTTTCTCACCAAATTGTTTGTATCATA ATTGATAATTTCAATTTCATCGTTTTGATAGCAACTGAGAACGAAAACGTTGTTGTGGGTGGAACCAAAAAAAGGTTGTT TTGGATCGCCGTTAATGTTCAACTGAAAACCGCACAAATTGTCGGGGTAGTGATGAACCACGTGACCCCATTGCAATAAT TCCCTCGTTTAATTTCCCTTTCAATCTGTTAAACCCTTCAATGCCGCAAAATTTTGTTCAGATCGCGATTGCAGAACCTT GATTCTGCAACAAAGTACTAGAGTTTGCTCTTGTTTGATTTTTTTTCTGTATGTCATTGTAGCTCAATCTCAAATTCTTA GCATGTAGTAATTCTGTTTCTTTTTTCAGCTTTGCTTTTAGTTTTTTGATAAACTTAGTGTGAATTTAAGTTGCTGTTTG TTGCTGGAATGTGAATTCTGCAGAGTGGATTGTTGTTTGTTAAGGAGATTTTGATTGTTCAAGGTTGTGATTCAGTAACA ACATGGGGGTTATGTCCAGGCGGGTTGTGCCCGTCTGTGGCAACCTCTGTTGTATGTGTCCTTCCCTGCGAGCAAGCTCG AGGCAACCGGTCAAACGTTACAAGAAGTTGCTAGCTGATATTTTCCCTCGTAATCAGGTGCCATTTCCTAAACTATGCAC CCGAGTACTGCAAAAATTTGCTATTAGTAGTACATTGATGATTACCCCCTTTTTCGATGCATACTATAGTAGTATCTTGA TGTGTTGTTAAGCATCTCTTGGCTGCTGGTAATATTTGGTTGACTTTGAACTTTTATTGTTAAACTCAGCAACTATTCAG 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AAATTATGACAAGGGGGGCCACAACCTTACCATAGAATGAACTAGTATTAACATAACTTTTGTTTCAAGGATAGTTTATA AACTAGCTTTATGTTATCACTTATCAGTTATCACCAGAAATTATGATCGGGCCTCAACCGTACCATAGAATGAGTTAGTA ACATTAGTAACCAATAAACAAGGGAGTGCATTGTTTTATCCCAGATTGAAAAGCTAATGTGTCCAGCTTACTTGAGCTGA CAAGGAATATTGTGATATGCAACAGGCCAACAGCTTATTGGCTGCTTTAGGTTAAAGTTATTCTATTTGAATTTGTATGC TGTATGTGTCTCGTCTGTTCATGAACAAACATTCATTTCAGAAACTATCTATAAACCAGCCTTATTCTTTGCAAAATGCA AAGAGATACTTGCAAAATTTATATTCAGTGTATGCATGATTTGGAATGTCACGAAAAAATGTGGTGGAATTGCTTGCAAA GGAACGTGTGAGTAGTGGGTAAGAGGAAATAACATTATTTTTTTGTTATTAACCAGGATGAGTTGTTTAGCATAAAGGAA CAACTTGCGCAGGGGTTTTCCCCTGATGATGCATATCCATTGGGACCTCCTTTGTTTATGGAGACACCAAGGCCATGTTC TCCACTTGCTCAGATTGAGTTCCCAGATTTTGACGAGGTAAAATTCCCCAAAATTGCACCTGTAATTAAGTGGCTCTTGA AAACTTCTACGAGTTACTAGTTCTGTTATGGTTTGTTTCCAGATTATGGGTCCGGGAGCTTTGATGGATGAAGAGACCGG GTCTGAACCAAGTGGAAGTCAGTCAGATCACAAATCATCACTATCTATTAATAACCTGGACGTTTTAAGTGTCAATCAAC TCTTAGAATCGGTAAATTTTGATCTGGCTGTATGATTATATTTTACATAAAATTTTCATACTTTTGTTGGAGAGTGGAGA CTGTTTATTCTTTTGTTAAAGATACTAATACCATGGGGGTTATTGTATGGATAGGTTTTGGAAACCGCACGACAAGTGGC CAGTTTCCCCATTTCCTCAACTCCTGTACCTTATAACCAAATGAAGAACCAGTGTGAGGCACTTGTTATGGGGAAGCAAC AAAAGATGTCAGTTATTCACAGTTTCAAACACCAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGACTAGGGCTATAGTTCTTTCAAGTGAG AATGAAATAGAAGTCTCCCCTCTACCAATTAAGGTTAGTGCCTTTTTACCAAGAAAGTTTAAATTTTCAGCAAAAGAATA GTATATTGTGAAAGAATAAATTTCATCTATTTGACATTCGATTGGTTATACTGGTAATTGATTATTTGGAGTATTTACTG TCTTGATAAAGTGTTTAGGTATCAAATCGTCTTTATCAAATATGGAAGTCAAGTCTCCCACAGACCTAAACGCAGCATAC ACTCATTTATGTGAGAGAAATACTAGCAATGCACTCTTTTAATGAGCTCTTTAACACACTGCCTATGATTGCTCAAATTT TTAGAAGTCATCACATTTTTCTGAAGTGATCAATTTCGAGGCAAATTTGTTGACTTTTCAAAAATTAGACAAATCATATG TAGTAGTATATTAAAGAGTGTGTTACTACTTGCTAGTATTCAGGGACGGATCCAGAAATTTGATGTAGTGAGGGCAATAT ATAAATATAAATTCGTAATAAAAAAAATTAACATATACTATTAGAAGTGGAGGAATTTTTTTTACCAAAGGAAACACAAG TGAAGACATTTTCTCCCAAATGAGCCATCAAAAACCACATACTTTTACTACTCAAGTGAGGGCACTTAACAATGTGAGAC ACAAGTGAGGGCATTTAGCAATGTGAGACATAAGTGAGTGCAATTTTTATCAAATGAGTCATAAAAAACCATACTTTTAC TACTCAATTTTTTTTCTAATGTATTTTTTCTAAATTCAAGTGAGGGCCCTCATAATGCTCTACTTGCATCCGTCTCTGCT AGTATTCCTCGTTGTCAGATTAGAGTAAAGGATATTTCCGCTTGAATATTATTATTACCACAGTAGCCTATCTGCTGAAT CAGGATTCACAGCAATGATTAAAAAAAATGGCATAAATGTTTTTTGCCCTTATCAAATTGACAACATTTTATTTTTAGTC CCTATTAAAGTTATTCGGTTTTAGTCCTTCAGAAAATACTAAAGTCATTAGGACTGAAACCACTTGTTTAATCTTCAACA TTTGATGCTCTTACCTTTATTTTGTTAGCTTGCCTTTGCCCTCGTAGACACAAGCTAACAAAATAAGGATTGGAACTTCA ATACTCTCAGTATCTTTTGAATCTTAGTAACCGGTTTTATCATTAAAAAGAAATCAGTAGCTCCAATGATGAATTTGGAG AGCGTTTGAAGATATACTGTAGGTGTATATTTGTTTATTTTGTACAAATTGCTTAAACTAAACGGTCATATATTTGCATG TATGCCATTCATTGTGTAGACACTGGAGTATTCAGAAGGTGATATGAAGTTGGTGTGTCAAGAGCAATTTCAAGCACGCC CCTGTTCATATGACTACAGACAGCAAAATTCATTCAGACTACCACCAGCAAGCCCCTACGATAAATTCTTGAAAGCTGCT GGATGCTAAGGGTACACGATTGTGTATGCAACTATATATATATATATAGTGTTGTTGGTGGGTTGTCTTTGTCTCGTTCC CAGTCAAGTTGACCATTTTTTCATTCATTGAGTTGATTAAACTGGTTGTTTCTTTAGCTGCTTCCTTCATGCCCAGGTGT GTAAAATCAATGTGCAGCACCAGCACATTCTTTTCTTTTTCTTTTTGTCGGGGCAGGACCATGTTTCTATCAATCAAGTG TATGGTTTTAATCGGCAAATTGTCATGGTACTTGTCAAATATGTAAAGGTATTTATTTCGTTTAGTTAGCATTAGCAAAT AGCAATGTTTTCACCAAGAGGGTGTGCGTTTCTAGTCCTATCAGTGCACATTTCAAGGCAGTTTGAACATGGTTTTGATG GATTCATGCCTCTTATGTTGTTGTTGGAGCCAATGCGCTTTAGGCCAACTCGAAGTTAAATACTTATTCAT
CDS sequence (LotjaGi3g1v0498100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGGGTTATGTCCAGGCGGGTTGTGCCCGTCTGTGGCAACCTCTGTTGTATGTGTCCTTCCCTGCGAGCAAGCTCGAG GCAACCGGTCAAACGTTACAAGAAGTTGCTAGCTGATATTTTCCCTCGTAATCAGGAGGCTGAACCTAATGACAGGAAAA TTGGAAAGCTATGTGACTATGCTTCTAAGAATCCATTGAGAATTCCAAAGGTTACTGATAATTTGGAGCAAATATGTTAC AAGGATTTGCGTAATGAAGTCTTTGGTTCAGTGAAAGTTGTCTTGTGCATATACAGGAAATTCTTATCGTCATGTAAGGA GCATATGCCACTTTTTGCTGGTAGTTTATTAGAGATCATTCGGACTCTTCTAGAGCAAACTCGAACAGATGAAATCAGGA TCTTAGGCTGCAACACTCTTATTGATTTTATAGATTGCCAGACAGATGGAACATACATGTTCAACTTAGAGGGGTTTATT CCGAAACTGTGTCAATTGGCTAAAGAAGTGGGTGAAGATGAACGAGCTCTGCGTCTACGTTCAGCTGGATTACAAGCTTT ATCGTATATGGTGCGTTTCATGGGTGAGCACTCACATCTTTCCATGGATTTGGACGAAATTATGTCAGCGACCTTGGAGA ATTACATGAGCCCCCAATCTGTCTCCAAGCCTTCCAAGGAACATAAACTGAATTCAGAGTCTGACGACCAGTTAGTACAA GAATTTTCTAAAGAAGAGGACCACTCTTTACCGGTTATCACTAATAAGGGTCCTTTGTCAATGAAAATTGTGACAGGAAC TGAGATTGATATGTTGGATACCTCTAAAGATCCTACATATTGGTCCAAGGTTTGCTTGTATTATATGGTAAAATTGGCAA GGGAAGGAACAACTCTGCGACGTGTCCTTGAACCTCTTTTTCATCATATTGATACTCAAAATCAATGGTCTTCTGAAAAA GGAGTGGCTGCTCGTATTTTGATGTATTTACTATCTCTTTTAGAAGAATCAGGAGATAAATCCCATCTTCTGTTGTCCAC TTTGGTCAAGCACTTGGATCATAAGAATGTTGCCAAGCAGCCTATTCTTCAAATTAATATTATCAACACTACAACACAAC TTGCACAAAATGCGAAGCAACAGACTTCAGTTGCAATAATTGGTGCTATATCTGATCTCATTAAACACTTACGGAAGTGC CTGCAATACTCATCTGAAGCTTCAAGCATTGGAAACAATGGGTATAAGTTAAATGCTGAACTTCAATCTGCCTTAGAAAT GTGTATATTACAACTTTCAAACAAGGTTGGAGATGTAGGACCCATTCTTGATTTGATGGCTGCAGTGTTGGAGAATATCT CGAATACTACCACTATAGCAAGAACAACAATCTCCGCTATATATCAAACTGCAAAATTAATCACATCCATTCCTAATGTT TCATATCACAAGAAGGCTTTCCCTGATGCCTTGTTTCATCAATTGCTCATGGCAATGGCTCATCCTGACCATGACACCCG AATTGGGGCACATAGTGTATTCTCTATTGTGCTTATGCCATCTCTGTTCTCTCCCCGTTTAGATAAGAAAACAAAGATGG CTCAGAAGGTACCGAGTGAAAGTTTGTCCATTCAGCATGAAAGCTTTTTAGAAGCACCTGAGGAAGGAAAGGCAGTAGTA GGTATCAGTGGGAAATATGCAGTTCATCCATGTCGCGGTTACAGCTTTCCTTGTGCTCTAACTGATGTAAAAGATGAATT AAGTTCTTTTCGGTTAAGCAGTCACCAAGTGAGCCTATTGCTTTCTTCAATCTGGGTTCAGGCAACATCAATGGAAAATA GCCCTGCAAATTTTGAAGCAATGACTCATACTTATAGCATTGCTTTATTGTTCACTCGTTCAAAGACGTCCAGTTATATG GCTTTAGTAAGATGTTTCCAACTGGCAATCTCCCTCATGAGCATCTCTCTGGACCAAGAAGGAGGTTTACAACCATCTCG CAGGAGGTCTCTTTTTACCTTGGCATCGTACATGCTTATATTCTCTGCTAGGGCAGGCAATTTCCCAGAGCTAATTCCAA AAGTGAAAGCATTCTTAACAAAGTCAACTGTAGATCCTTTTCTTGAGTTGGTCGATGATGTCAGACTGCAGGCTGTTAAT ATCGAATCAGATAATGTAATTTATGGATCTCAGGAAGATGATTTTGCTGCTATGAAGTCACTTTCAGCATTAGAGTTGGA TGACAGGCAGTTGAAAGAGACTGTATTATCGTGCTTCCTGACTAAATTTTCAAAATTATCAGAGGATGAGTTGTTTAGCA TAAAGGAACAACTTGCGCAGGGGTTTTCCCCTGATGATGCATATCCATTGGGACCTCCTTTGTTTATGGAGACACCAAGG CCATGTTCTCCACTTGCTCAGATTGAGTTCCCAGATTTTGACGAGATTATGGGTCCGGGAGCTTTGATGGATGAAGAGAC CGGGTCTGAACCAAGTGGAAGTCAGTCAGATCACAAATCATCACTATCTATTAATAACCTGGACGTTTTAAGTGTCAATC AACTCTTAGAATCGGTTTTGGAAACCGCACGACAAGTGGCCAGTTTCCCCATTTCCTCAACTCCTGTACCTTATAACCAA ATGAAGAACCAGTGTGAGGCACTTGTTATGGGGAAGCAACAAAAGATGTCAGTTATTCACAGTTTCAAACACCAGCAGCA GCAGCAGCAGGAGACTAGGGCTATAGTTCTTTCAAGTGAGAATGAAATAGAAGTCTCCCCTCTACCAATTAAGACACTGG AGTATTCAGAAGGTGATATGAAGTTGGTGTGTCAAGAGCAATTTCAAGCACGCCCCTGTTCATATGACTACAGACAGCAA AATTCATTCAGACTACCACCAGCAAGCCCCTACGATAAATTCTTGAAAGCTGCTGGATGCTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0498100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGVMSRRVVPVCGNLCCMCPSLRASSRQPVKRYKKLLADIFPRNQEAEPNDRKIGKLCDYASKNPLRIPKVTDNLEQICY KDLRNEVFGSVKVVLCIYRKFLSSCKEHMPLFAGSLLEIIRTLLEQTRTDEIRILGCNTLIDFIDCQTDGTYMFNLEGFI PKLCQLAKEVGEDERALRLRSAGLQALSYMVRFMGEHSHLSMDLDEIMSATLENYMSPQSVSKPSKEHKLNSESDDQLVQ EFSKEEDHSLPVITNKGPLSMKIVTGTEIDMLDTSKDPTYWSKVCLYYMVKLAREGTTLRRVLEPLFHHIDTQNQWSSEK GVAARILMYLLSLLEESGDKSHLLLSTLVKHLDHKNVAKQPILQINIINTTTQLAQNAKQQTSVAIIGAISDLIKHLRKC LQYSSEASSIGNNGYKLNAELQSALEMCILQLSNKVGDVGPILDLMAAVLENISNTTTIARTTISAIYQTAKLITSIPNV SYHKKAFPDALFHQLLMAMAHPDHDTRIGAHSVFSIVLMPSLFSPRLDKKTKMAQKVPSESLSIQHESFLEAPEEGKAVV GISGKYAVHPCRGYSFPCALTDVKDELSSFRLSSHQVSLLLSSIWVQATSMENSPANFEAMTHTYSIALLFTRSKTSSYM ALVRCFQLAISLMSISLDQEGGLQPSRRRSLFTLASYMLIFSARAGNFPELIPKVKAFLTKSTVDPFLELVDDVRLQAVN IESDNVIYGSQEDDFAAMKSLSALELDDRQLKETVLSCFLTKFSKLSEDELFSIKEQLAQGFSPDDAYPLGPPLFMETPR PCSPLAQIEFPDFDEIMGPGALMDEETGSEPSGSQSDHKSSLSINNLDVLSVNQLLESVLETARQVASFPISSTPVPYNQ MKNQCEALVMGKQQKMSVIHSFKHQQQQQQETRAIVLSSENEIEVSPLPIKTLEYSEGDMKLVCQEQFQARPCSYDYRQQ NSFRLPPASPYDKFLKAAGC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 980 | 980 | 0.0 | – | |
| SignalP_GRAM_POSITIVE | 1 | 23 | 23 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 980 | 980 | 0.0 | – | |
| Phobius | 1 | 7 | 7 | - | – | |
| Phobius | 8 | 19 | 12 | - | – | |
| Phobius | 20 | 24 | 5 | - | – | |
| Phobius | 25 | 980 | 956 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 63 | 518 | 456 | 1.62E-11 | ||
| MobiDBLite | 218 | 246 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 226 | 246 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 817 | 841 | 25 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0498100.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…