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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0531200 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0531200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nucleoporin NUP188 like; TAIR: AT4G38760.1 nucleoporin (DUF3414); Swiss-Prot: sp|Q5SRE5|NU188_HUMAN Nucleoporin NUP188 homolog; TrEMBL-Plants: tr|G7JPK5|G7JPK5_MEDTR Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0531200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:94833791..94864522) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GACAACACTGCACCGAGGCGAGTGCTTCCGCAGGGACACTCACATTATCACAGTGTGAACATCAGTAAGCGCGAAAAAGA GAAAAATCAAAACAAAAGGATTAAACTAAACCCTTCCCTTTTCCGGGGTTTTGCGCTGCGGTGGTGCTAGGGTTTTCGTT TTCGTTCTCGTTCTCTCCTCCAACAATGGCTGATACCACCACCGTCGACGCCTCTCTATGGTGGGACTCATTCACTCTCC TCCTCACTGACCTCGAGAATTCCTCTCTCTCATCAGATCTTCCACCAATTTTGGTACGCATTCAATTTTCATCATCATCT CTGTGTCTTCCCGTGTCTCTGAGTTTGTACATTTACTTCCATCATCGTGTTACTGTTTATTCAGGAGAAGAAGTTGAACG ACAACCACGCTTGGTTCGTGGACACACTCTCACGCTTCAAGCCGCCCAGTCAGAAATCCAAGGAAGCGTTGAATTCCAAG AACCTCCAAATTGGATCTCACCACCTCACTATTCAACCTCACCTCAGAGATAAAGCTTTGCAGACTAGCTCCTGCTTGGT CAGTTACTTCCTCCTTTCTGCTTGCCTATTAATGTCAATTTATCAGCAGAATTCATGTCTTTCTTTTGAAATTCTTGTTT ATTTCAGCTACTAGATGAGGTACAATCATACATACTTGTTGAAAGGAACGCCGCCAATCTTAACAATGCAGCTGCTGATT CCATGGCTCCAGAGTTTCCTAACATGGTCAGTAGCTCAATATAATATTGATGTGGTCATCAACTGCTGATTTTTACAATG GTCATATATGTTGTTCTATTCTGCTTTTTGAAGGATTTGGCTGATCTGATATGTTTTTACTGACAAATTTCGAATAAAAG TACAAAAGTGAATTATTTGAAGCCAGAGCTTGATGGATTACAAATAACAGCTTTGCTATTTATTACTACGAAGAAAGATA 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CDS sequence (LotjaGi3g1v0531200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGATACCACCACCGTCGACGCCTCTCTATGGTGGGACTCATTCACTCTCCTCCTCACTGACCTCGAGAATTCCTC TCTCTCATCAGATCTTCCACCAATTTTGGAGAAGAAGTTGAACGACAACCACGCTTGGTTCGTGGACACACTCTCACGCT TCAAGCCGCCCAGTCAGAAATCCAAGGAAGCGTTGAATTCCAAGAACCTCCAAATTGGATCTCACCACCTCACTATTCAA CCTCACCTCAGAGATAAAGCTTTGCAGACTAGCTCCTGCTTGCTACTAGATGAGGTACAATCATACATACTTGTTGAAAG GAACGCCGCCAATCTTAACAATGCAGCTGCTGATTCCATGGCTCCAGAGTTTCCTAACATGATGTTGATCCAATACTACA AAGAGCGGCAGTGTTTGCTGAAATGCATCAGGTGGATTTTCATGCATGCCATCTACATCGACCCTGTGTCTGAAAAAAGT ACTGTGAAGGAGGAGGCAAGAAAGCTTCTTCATGATGGACTAGAAAGTAAATTAGTATCTTTCTTTGAGGGCCTTTTGTC TTGCAGTTACCCAGAGCAAATGGATATTGATCTTTTTACTCTGTGGGCTGAGGAGACTCTAATTGAAGACAACTTGGTTC TAGACATCCTTTTCCTGACATATTATGACTCATTTTGTACATGTAGTGGTGAAATATGGAAGAAATTTGCTGCCCTGTAC AAGGGGATCATAGGTGGTGATTATAACTTGGGAAAGCTGGCCATTACTACAGAAGCACAAGAGTTGTCTTATCACATCAA AGTTCAGCTGCTGCTTATTTTAATAGAAACCCTGAACTTGGAGAATCTTCTTCAAATGGTTCATGATGAAATACCTTACA GGAAAGGTGTGTTCACTTTTTCGTTGACTGACATCCAAGAGATGGATGCACTAGTTTCTACTTTTAGTGTTTTTGAAATG AATGAAGCTGGTCCTCTAGTTCTCGCATGGGCAGTATTTCTTTATCTACTCTTGACACTTCCAGAGAAAGATGATAACAA TGAGCTCATGGAGATTGATCACATTGGTTATGTTCGTCAAGCTTTTGAGGCTGGATCCTTACGTTATTGTCTTGAAATTC TTCAGTGTGACATTTTGAAGGATCATGATGGACCAGTGTCTGGTTATCGCAGTGTTTTGAGGACATTCATATCTGCATTT ATTGCATCCTATGAGATCAACCTTCAGCCAGAGGACATTAACTACACTTTGATACTGGATATCCTTTGCAAGATCTACCG TGGAGAGGAATCACTATGTATTCAGTTTTGGGACAAGGAAAGTTTTATTGATGGTCCTATTCGGTGTCTTCTTTGCAACC TAGAGAGTGAGTTCCCTTTCAGGACAGTAGAACTTGTTAGAATGCTATCAGCCCTCTGCGAAGGAACTTGGCCTGCAGAG TGTGTGTATAACTTTCTAGATAAGTCTGTAGGTATATCATCCTTGTTTGGGATTAGTAGTGATCCGCAGGCAGATGATGC CTGCCATATTGTTGAGGCACAACAGGCAGTGGGAGTTCCTGGTATTGAAGGTTTGGTTATTCCCTCTGGAACTCGTGGGC GTGTCTTGAGAGTTGTTGGACAGAATACTGCCCTTGTACGATGGGAGTATTCACCATCTGGAGTGTTTGTGTTGCTCCTA CGTTTGGCCCAAGAGAGGTATTTGAATAACAAGGAGGAAGTTTTTGTCACTCTTGACCTTCTCAGTAGATTGGCGTCTTC TAACACTGGTGTTTGTTTTGGTATGATGAACATTCGTAACTCTCTGCAATTTCATGCTATTGACTTGGTGAATGAGCAGG ATAAGAAGAATGTCTGGATTGTCGAGATAATTTGCAATCTAGTCAAAAATCTTCCCTTAAATTCCTATGGTGCTGCACTT ATGTCAATGAGCGTTAAGATTTTGTGGATAATGATGACTTGTTGTCCATCTAGTGTATCAGCAGCCACTCTAAATGCAAA TCTATTTGATATCACTTTGCAGACAAGTGTTTTCAGTGCAGGCACTAGTAACTTCTCAAGACTGGCTAGGATGCTTTTAA TCGACTGTGAGCAGAACAGTAACGACTTCCCCTTGGCAATATCAGTGCTAGACTTCACCATACAGCTTGTAGAAACAGGA ATAGAGAATGATGCTCTCTTGGCATTGATCATATTCTCTTTTCAGTATGTCCTGGTCAATCATGAGTATTGGAAGTACAA GGTGAAGCATATTAGATGGAAAATAACATTGAAGGTTCTTGAGTTGGTGAAAAAATGCATTATATCGCGGCCTTATAATG GTAAATTGGGTGAGATCGTGCACAATGTGTTGTTCTGTGACTCTTCCATCCACAACATGCTCTTCCAAACTGCTTGCACT ACTGCACATGCTTTGGAGAAATTACACATAAGCCGCTTATTTGATCCACTGGAAATTGAAGGGTTACAGCTTGCTATAGG TTCTGTTTTAGATATTCTTTCAGTCATGCTGACCAACCTTTCGAAGGATACCTTGTCAAGCATTCCTGTTTTTCTCCAGG CAGTGTTCTCTTGCGCAACAAAACCAGTTCCTCTCATCACTTCTGTCATATCCTTGATCTCATATTTTCGAGATCCTGCC ATTCAATTTGGTGCTGTCAGGTTTATTTCAACATTATTTGCCATAACGGATTGTGTTCAACCGCTTTCATATGGAACGTC GTTCTTTGCTCCAGATAATCAGGAGATCATATATTTGAGGCACTCTGTGAGCTGCATACTGCTGGAGCAACCAGAGTCGA ATGAAGATCTCTTTGTTGCAACTGTTAATCTGTTAACTTCTGCAGCATATTACCAGCCTTCTTTTATTGTTGCTATCATG GCTCTAGAGGAAAACAGTGAAGACCACTCAAATACCAGTGATGCAAGGCTGCAAAAAAATGAAACTTTTGTTGTACCACT AGTTTCTAAGATTTCCAGTCTCGTAGATGCACTTATGCACTATATTGAAAGGGCAGATGATCTGATCAACAGTAAACCCT GCATCCTGCTTTGTATACTTAACTTCATGTTTGCCTTATGGCAAGGGGCTTCTCAGTATGCAAATTTCTTGGAGTTCCTA AGAACCCGTGAAAAGCTTTGGGAACACTTGGCCAATGCAATCTTGAACAGTGCTAGCTGTGAAACTCCTCTACTTGAGAG TCTAAAAGAAAAAGATGCTCTCAATCTGGCGTACACTTTCCGTTGTCAGTCTGCCATACTGGGAATCATGGCATATGAAT TATTCTTTCAGAAAAAGTTGTTGCACGCAGAGTCACTTGTGAAGAATACAGCTGAATCTAAGGACAAGGAGCAAAATGCC ACAAAAACTCAAAAATCTAAAGCCACAGATGTTCCTGATCTTAAGCGAATCTGGTCTTCATGGTTCAAAGAGGCCTTTTT AGAGAAACTAATAAAGTCATATATGTGTGAATTTAATAGTGATATATATCATGGTGCAAAGGTTGCCACCACTTTATTCT CTGTTCATGTGATGGTAAAATCCGCAGCCAGTGACTCTGGAAGTTTATCTGTGTCATTGCTTCAGAAGATTCATGGAATT CTGACAAAGCTGAGCATTCAACCTGCTTTCTCTGAATTGCTATCTCAGTATTCACAACGTGGTTACAGTGAGGGGAAAGA ACTAAAGAAATTGATTCTCAATGATCTCTATTATCATTTACAAGGAGAGCTCGAAGGAAGGAAAATTGGTATTGGACCGT TCAAAGAATTATCTCAGTATCTTCTTGAATCAAATTTTTTGGGAACCTATCAACGCCAGTTCAATGAAGATTTTTTTGCA AAGAACGTGTACTTGTTTGACCTTGTACAGTTGCGAGCAGATTTGAGATTAAATATGTGGGATTGTTCTGATTGGAGAAC ATCTAAGGAGATAGCAGAAACTATGCTGCGTTTCCTGCAGGATGCAAACTCAGTTATGTTGTTTTCAAGTTCAAAGCTTT CTGCACTAAAAGGACTTACAGCAGTGTTGGCCGTCTATCATGATGATTCACTAGGGATGGCTGCTACAAGAGAGCGGATG CCGGATGAACTCATGGTCACTTGCATAGATATTACATGCCAATCTTTCCTTGCAACCATTGAGACATTATCATCTGTTCT AGATGCCTCTCAGGATATGCTAAATTTTCTTGCATGTCAAGTAGAATTACTCCTCTTGTTGGCAAGAGTCTGGAAAGGCC TAACCTTATCTGTATCCCAACTTGTTTTGAAATGTGCAACTTCAGGTCTTAAAATATTGAGTGAACTTAAATTGGTACCT TCTGAGGCTAATTTGATCATGAAGCAATTACTCACATTGCTGCTTTTGGTACTTCAGTCCAACTCTTTCAGTTCACATTC AGGTGGGGCAACAAATGAGAGTTCTAGTGAGGATTTCTCAACAGTTTCAAATGCAACCCTTGGCCTACTACCCATTCTTT GTAGCTGTATTGCGACTTCTGAGCATTGCATGCTGTCCCTATCAGTCATGGACGTTATACTGAGAGTCTTCTTGGTGCCC AGGACTTGGTTACCTGTCCTGCAGAATCATCTTCAGTTGCAGTTTGTTATGCTAAAGCTCCAAGATAAAAAATCTGCAGC TCCGACAATAATGAAATTCTTCTTAACCCTTGCACGGGTTAGAGAAGGTGCTGATATGCTATATTGTTCTGGCTTCTTGT CATCTTTGAGAGTGCTGTTTGCTGAATCTGATGAAGCTTTCCTTAGAATTGGTAGTGAGAATCCTGGCAGCTCATCAGAA AAGTTCGAGACACTTCAAGACATCTGGGGACTTGGATTAGCCGTGGTTACTGCTATGGTTCAATCCTTGGGAGACAGTTC TTCTGGCACTGCTATTGTGGACAGCATGATGCCTTACTTTTTCTCAGAGAAAGCTCATCTTATTTTTGATTCCTTAAATG CCCCAGACTTCCCTTCTGATGATCATGACAAGAAAAGACCTCGGGCACAGAGGTCGTGTATATCTTTTGGTAATCTTAAA GAAACAGAACATACTCTGATGCTCATGTGTGAGCTAGCAAAACATTGGAATTCATGGAATAAGGCAATAAAAAATGTGGA TAGACAACTTCGAGAGAAGTGTATCCATCTTTTAGCCTTCTTTAGTAGGGGAACTCAACGCCTTAGTGAATCATCAAGTA GGAATGCCCCTCTTCTGTGTCCACCTACTGTTAAAGGGGATTTTGAAATTGCCTTAAAACCTTCATATATCAATAGCAGA AATGGATGGTTTGCTCTTTCACCACTTGGATGTGTGCCAAAACAGAAGACCCCTCCTTTTTCAACTGCTTTATCTATATA CGATGGTCAAGCCGCTGGGTCTACTGATGCTGTTCCAAAAACATGCTTCTCTGACACTGTTGCTGTGCAGGTGTATAGAA TTACATATCTTCTTTTACAATTTCTGTGTTTACAAGCTGAGGGTGCTTCTAAAAGGGCTGAGGAGGTAGGGTTTGTTGAT CTTGCACATTTTCCTGAACTTCCAATGCCAGAAATCTTGCATGGACTGCAGGATCAAGCTTCTGTCATTGTTGCGGAGCT CTGTCAAGCCAATAAACTGAGGGAATCCCCAGAAACACAGAATGTTTGCAAGTTATTGTTGCAAATACTTGAAATGGCCT TGTACTTGGAACTTTGTGTTCTACAAATTTGTGGCATAAGACCTGTATTAGGACGTGTGGAGGACTTCTCAAAGGGAGCC AGATCTTTATTTAGTGCATTGGAGGGTCATGCTTTTCTAAAAGCATATAGGAAATCTTTAAAGCAGATGATATCATGTAT CTATCCTGGACTTTTGCAAGCAGAGGGTTTGATTTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0531200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADTTTVDASLWWDSFTLLLTDLENSSLSSDLPPILEKKLNDNHAWFVDTLSRFKPPSQKSKEALNSKNLQIGSHHLTIQ PHLRDKALQTSSCLLLDEVQSYILVERNAANLNNAAADSMAPEFPNMMLIQYYKERQCLLKCIRWIFMHAIYIDPVSEKS TVKEEARKLLHDGLESKLVSFFEGLLSCSYPEQMDIDLFTLWAEETLIEDNLVLDILFLTYYDSFCTCSGEIWKKFAALY KGIIGGDYNLGKLAITTEAQELSYHIKVQLLLILIETLNLENLLQMVHDEIPYRKGVFTFSLTDIQEMDALVSTFSVFEM NEAGPLVLAWAVFLYLLLTLPEKDDNNELMEIDHIGYVRQAFEAGSLRYCLEILQCDILKDHDGPVSGYRSVLRTFISAF IASYEINLQPEDINYTLILDILCKIYRGEESLCIQFWDKESFIDGPIRCLLCNLESEFPFRTVELVRMLSALCEGTWPAE CVYNFLDKSVGISSLFGISSDPQADDACHIVEAQQAVGVPGIEGLVIPSGTRGRVLRVVGQNTALVRWEYSPSGVFVLLL RLAQERYLNNKEEVFVTLDLLSRLASSNTGVCFGMMNIRNSLQFHAIDLVNEQDKKNVWIVEIICNLVKNLPLNSYGAAL MSMSVKILWIMMTCCPSSVSAATLNANLFDITLQTSVFSAGTSNFSRLARMLLIDCEQNSNDFPLAISVLDFTIQLVETG IENDALLALIIFSFQYVLVNHEYWKYKVKHIRWKITLKVLELVKKCIISRPYNGKLGEIVHNVLFCDSSIHNMLFQTACT TAHALEKLHISRLFDPLEIEGLQLAIGSVLDILSVMLTNLSKDTLSSIPVFLQAVFSCATKPVPLITSVISLISYFRDPA IQFGAVRFISTLFAITDCVQPLSYGTSFFAPDNQEIIYLRHSVSCILLEQPESNEDLFVATVNLLTSAAYYQPSFIVAIM ALEENSEDHSNTSDARLQKNETFVVPLVSKISSLVDALMHYIERADDLINSKPCILLCILNFMFALWQGASQYANFLEFL RTREKLWEHLANAILNSASCETPLLESLKEKDALNLAYTFRCQSAILGIMAYELFFQKKLLHAESLVKNTAESKDKEQNA TKTQKSKATDVPDLKRIWSSWFKEAFLEKLIKSYMCEFNSDIYHGAKVATTLFSVHVMVKSAASDSGSLSVSLLQKIHGI LTKLSIQPAFSELLSQYSQRGYSEGKELKKLILNDLYYHLQGELEGRKIGIGPFKELSQYLLESNFLGTYQRQFNEDFFA KNVYLFDLVQLRADLRLNMWDCSDWRTSKEIAETMLRFLQDANSVMLFSSSKLSALKGLTAVLAVYHDDSLGMAATRERM PDELMVTCIDITCQSFLATIETLSSVLDASQDMLNFLACQVELLLLLARVWKGLTLSVSQLVLKCATSGLKILSELKLVP SEANLIMKQLLTLLLLVLQSNSFSSHSGGATNESSSEDFSTVSNATLGLLPILCSCIATSEHCMLSLSVMDVILRVFLVP RTWLPVLQNHLQLQFVMLKLQDKKSAAPTIMKFFLTLARVREGADMLYCSGFLSSLRVLFAESDEAFLRIGSENPGSSSE KFETLQDIWGLGLAVVTAMVQSLGDSSSGTAIVDSMMPYFFSEKAHLIFDSLNAPDFPSDDHDKKRPRAQRSCISFGNLK ETEHTLMLMCELAKHWNSWNKAIKNVDRQLREKCIHLLAFFSRGTQRLSESSSRNAPLLCPPTVKGDFEIALKPSYINSR NGWFALSPLGCVPKQKTPPFSTALSIYDGQAAGSTDAVPKTCFSDTVAVQVYRITYLLLQFLCLQAEGASKRAEEVGFVD LAHFPELPMPEILHGLQDQASVIVAELCQANKLRESPETQNVCKLLLQILEMALYLELCVLQICGIRPVLGRVEDFSKGA RSLFSALEGHAFLKAYRKSLKQMISCIYPGLLQAEGLI
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 322 | 322 | - | – | |
| PANTHER | 4 | 1954 | 1951 | 0.0 | – | |
| Phobius | 323 | 340 | 18 | - | – | |
| Phobius | 341 | 646 | 306 | - | – | |
| Phobius | 647 | 669 | 23 | - | – | |
| Phobius | 670 | 724 | 55 | - | – | |
| Phobius | 725 | 744 | 20 | - | – | |
| Phobius | 745 | 936 | 192 | - | – | |
| Phobius | 937 | 962 | 26 | - | – | |
| Phobius | 963 | 981 | 19 | - | – | |
| Phobius | 982 | 1002 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1003 | 1013 | 11 | - | – | |
| Phobius | 1014 | 1034 | 21 | - | – | |
| Phobius | 1035 | 1958 | 924 | - | – | |
| Coils | 1958 | 1958 | 1 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0531200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…