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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0001800 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0001800.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1; TAIR: AT2G02560.2 cullin-associated and neddylation dissociated; Swiss-Prot: sp|Q8L5Y6|CAND1_ARATH Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1; TrEMBL-Plants: tr|I1MQT7|I1MQT7_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0001800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:354358..365458) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCCAATTTAGCTTTGACTGGTATACTGGAAAAGGTACTATTGTTATTTCTTATTCAAAGAGGAATGCATTTTTTCGT TACCAACTAAACTAAACTGTTTGATTCATCTTCTCATAACAGATGACTGGGAAGGATAAAGATTACAGGTATATGGCCAC ATCTGATTTGTTAAATGAGTTGAACAAAGCCACATTCAGGGCCGATTCCGATCTCGAGCTCAAATTGAAGAATATCATCA TACAACAGCTTGATGATGCTGCTGGTGATGTTTCTGCACTAGCTGTCAAATGGTAATACCACTACTACTACTACTACTAC TACTAGTACTTTCTTTCTCAATGTTATGCTATTATACTGCACCACCATTCAGTTCAAGTAATCTATTTATTATTGATTTA AACCTGATTCAAAATTGCAGTCTCGCTCCGTTAGTGAAGAAGATGAGTGAGGCCAGGGTTGCGGAAATGATCGCACAGCT GTGTGTCAAATTGCTCAATGCAAAGGACCAGCATCGCGACACTGCTAGCATAGCCCTCAAGACGGTTGTTGCTGAAGTTT CTACTCAGTCTCTTGCACAGTCTATTCTTTCAATTCTCTCACCAGAATTGATAAAAGGAATTACTGGCCCAGTAAGTTCT TCATTTTGCTTAAAAACTGCATTCCTATTTGGGGGGTGGCCGCCACACGCCTCAATTCAGGACTGAAAACTATGGTTTTT GGACAAAATGTTGATTAAGAGTTTTTTGTTACTTTATTAATAATTGCTGGTAAATTAGGGTTGAGTTTTACAATCTATAT CTTTTGGTCTAGTAAGCCCATAGATCTATGGTGCAATATGACCTATGCATGCGGTGATAATCCAATTATTTTGTTCTTGT GCATTACTTGGGAGTTGTGTGACAAAAAGGGGATCATATTGATTTTTTAGGTGTTTAATTTGGGCCTTTTGGTTTTGGGA 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0001800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCCAATTTAGCTTTGACTGGTATACTGGAAAAGATGACTGGGAAGGATAAAGATTACAGGTATATGGCCACATCTGA TTTGTTAAATGAGTTGAACAAAGCCACATTCAGGGCCGATTCCGATCTCGAGCTCAAATTGAAGAATATCATCATACAAC AGCTTGATGATGCTGCTGGTGATGTTTCTGCACTAGCTGTCAAATGTCTCGCTCCGTTAGTGAAGAAGATGAGTGAGGCC AGGGTTGCGGAAATGATCGCACAGCTGTGTGTCAAATTGCTCAATGCAAAGGACCAGCATCGCGACACTGCTAGCATAGC CCTCAAGACGGTTGTTGCTGAAGTTTCTACTCAGTCTCTTGCACAGTCTATTCTTTCAATTCTCTCACCAGAATTGATAA AAGGAATTACTGGCCCAGGAATGGGCACAGATATTAAATGTGAATGTCTGGATATTCTATGTGATGTCTTTCATAAATTT GGCAATCTGATGGCAGTTGACCATGAACTGTTATTAAGTTCCCTACTTTCTCAGCTGAGTTCTAATCAAGCTAGTGTGCG TAAGAAGACTGTGACATGCATCGCATCTCTTTCTTCGAGCTTGTCAGATGATTTGTTGGCTAAAGCAACAGTTGAAGTTG TTACCAACTTAAAAAATAAAGCTGCCAAGCCTGACATGACCCGTACAAATATACAGATGATTGGTGCTTTGAGTCGAGCT GTTGGCTACCGATTTGGGCCCCATCTTGGAGACACAGTTCCGGTGCTTATTAATTACTGTAATAAGGCCACAGAAAACGA TGAAGAGCTCTGTGAGTATAGCTTGCAGGCTCTAGAAAGCTTTCTCCTAAGGTGTCCAAGGGATATTTCTGTTTATTGTG ATGAAATTCTACATCTGACACTAGCATATCTAAGTTATGATCCAAACTTCACGGACAACATGGAGGAGGATAATGATGAT GAAGGTCATGAAGAGGAGGAGGATGAGGAGAGTGAAAATGAATATACAGATGATGAAGATGTCAGCTGGAAAGTTCGCAG AGCAGCAGCTAAATGCTTAGCAGCATTGATTGTTTCTCGTCCTGAGATGCTTTCAAAGCTGTATGATGAGGCTTGTCCAA AACTGATTGACAGATTTAAAGAGCGAGAAGAAAGTGTAAAGATGGATGTGTTTAATACTTTCATTGAGCTCTTACGTCAA ACTGGAAATGTCACAAAAGGGCAGATTGATGAAAATGAAACGAGTCCTCGATGGTTGTTGAAGCAAGAACTGTCCAAGAT TGTCAAATCTATAAATAGGCAATTGCGTGAGAAGTCTATCAAAACAAAGGTTGGTGCCTTTTCTATTTTGAAAGAACTTG TGGTTGTCCTGCCCAACTGTCTTGCAGACCACATTGGGTCACTGATTCCAGGAATTGAAAAAGCATTAAATGACAAATCA TCTACCTCAAATTTGAAGATTGAAGCCTTAATATTTACAAGATTGGTGTTGTCTTCACATTATCCTGATGTTTTCCACCC TCATATCAAGGCGCTCTCTGCTCCTGTTCTATCAGCTGTTGGTGAGCGTTATTACAAGGTTACTGCAGAGGCCTTGAGAG TTTGTGGAGAACTTGTTCGTGTTGTGCGACCAAACATTGAGGTGTCTGGTTTTGATTTCAGACCATATGTCCATCCCATA TATAATAGTATAATGTCACGCTTAACAAACCAAGATCAGGATCAGGAAGTTAAGGAATGTGCTATCTCCTGCATTGGCCT CATTGTGTCAACATTTGGCGACCATCTGAATGCAGAATTACCTGCATGCCTTCCTGTGCTGGTTGATCGGATGGGAAATG AGATAACCCGACTTACAGCTGTTAAGGCGTTTGCTGTCATTACTGCTTCTCCACTTCGGATGGATCTATCGTGTGTCCTG GAGCATGTAGTAGCCGAGTTGACGACATTCCTTCGAAAAGCTAATCGAGCACTAAGACAGGCCACCTTGGGAACCTTAAA TTCACTCATAGTTGCTTATGGTGACAAGATTGCTTTGTCTGCTTATGAAGTTATTATTGTCGAACTCTCCGGACTAATTA GTGATTCTGACTTGCATATGACGGCTCTTGCCCTGGAGCTCTGCTGCACATTGATGGGTGACAAGAGGTCAAGTCAAAGT GTTGGTGTGGTTGTTATAAACAAAGTTCTTCCTCAAGCTCTAACATTAGTCAAAAGCTCATTGCTGCAGGGGCAAGCACT TTTGGCTTTGCAGCACTTTTTCGCTGCTTTAGTCTATTCTGCAAACACTAGTTTTGATTCTCTGCTGGAGTCACTACTTG GCTGTGCTAAGCCTGCTCCACAGTCAGGTGGCATTGCTAAACAAGCATTGCATTCAATTGCTCAATGTGTGGCTGTTCTA TGCCTTGCTGCTGGTGATCAAAAGTGTTTGTCTACAGTGGAAATGCTTACTGACATTCTCAAGGATGACAGCAGTTCTAA CTCGGCTAAGCAGCACCTTGGTCTTCTATGTTTGGGAGAGATTGGTAGAAGGAAGGATCTAAGCGCACATGCACATATAG AAAATATTGTAATTGAGTCTTTCCAATCTCCTTTTGAAGAGATAAAGTCTGCTGCCTCATATGCCCTTGGTAACATTGCT GTTGGTAATCTTCCAAAGTACTTGCCATTTATCTTGGATCAGATTGATAACCAGCAGAAGAAACAATACCTCCTGCTTCA TTCTTTGAAAGAGGTAATTGTGAGACAATCTGTAGATAAAGCTGAATTTCAAGAGTCTAGTGTCGAGAAAATACTTGATT TACTCTTTAACCACTGTGAAAGTGAGGAAGAAGGGGTGCGCAATGTAGTTGCAGAGTGTCTGGGCAAAATTGCACTCATT GAACCTGTTAAACTTGTTCCTGCACTTAAGGTAAGAACAACCAGTGCAGCTGCATTTACTCGAGCTACTGTTGTCATTGC TGTGAAGTACTCTATAGTTGAACGCCCTGAGAAGATAGATGAGATCATATACCCTGAAATATCATCATTTCTGATGCTTA TCAAAGATAATAACAGGCATGTTAGACGGGCTGCTGTCTTGGCTCTAAGCACATTTGCACACAATAAGCCAAACCTCATC AAAGGGCTTCTTTCTGATCTGTTGCCTCTTCTTTATGATCAAACAATTGTTAAGCAAGAACTGATTAGGACAGTTGATCT TGGTCCTTTCAAGCATACTGTGGATGATGGGCTTGAGTTGAGGAAGGCGGCTTTCGAATGTGTAGACACATTGCTGGATA GTTGTCTAGATCAACTGAACCCCTCATCATTCATTGTTCCTTATCTTAAATCTGGTTTGGATGATCATTACGATGTTAAA ATGCCTTGTCACCTGATACTTTCGAAACTAGCTGATAATTGTCCTTCGGCAGTCCTAGCAGTGTTAGATTCATTGGTGGA TCCTCTCCAGAAGACTATTAATTTTAAGCCAAAGCAAGATGCTGTCAAGCAAGAAGTAGATCGAAATGAAGACATGATCC GAAGTGCACTCCGAGCTGTTGCATCCTTGAATCGCATAAGTGGAGGAGATTGCAGTGTCAAGTTCAAGAGTCTTATGAAT GAAATCTCAAAATCACAAACTCTCTGGGATAAGTATTATTCAATCCGCAATGAATAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0001800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MANLALTGILEKMTGKDKDYRYMATSDLLNELNKATFRADSDLELKLKNIIIQQLDDAAGDVSALAVKCLAPLVKKMSEA RVAEMIAQLCVKLLNAKDQHRDTASIALKTVVAEVSTQSLAQSILSILSPELIKGITGPGMGTDIKCECLDILCDVFHKF GNLMAVDHELLLSSLLSQLSSNQASVRKKTVTCIASLSSSLSDDLLAKATVEVVTNLKNKAAKPDMTRTNIQMIGALSRA VGYRFGPHLGDTVPVLINYCNKATENDEELCEYSLQALESFLLRCPRDISVYCDEILHLTLAYLSYDPNFTDNMEEDNDD EGHEEEEDEESENEYTDDEDVSWKVRRAAAKCLAALIVSRPEMLSKLYDEACPKLIDRFKEREESVKMDVFNTFIELLRQ TGNVTKGQIDENETSPRWLLKQELSKIVKSINRQLREKSIKTKVGAFSILKELVVVLPNCLADHIGSLIPGIEKALNDKS STSNLKIEALIFTRLVLSSHYPDVFHPHIKALSAPVLSAVGERYYKVTAEALRVCGELVRVVRPNIEVSGFDFRPYVHPI YNSIMSRLTNQDQDQEVKECAISCIGLIVSTFGDHLNAELPACLPVLVDRMGNEITRLTAVKAFAVITASPLRMDLSCVL EHVVAELTTFLRKANRALRQATLGTLNSLIVAYGDKIALSAYEVIIVELSGLISDSDLHMTALALELCCTLMGDKRSSQS VGVVVINKVLPQALTLVKSSLLQGQALLALQHFFAALVYSANTSFDSLLESLLGCAKPAPQSGGIAKQALHSIAQCVAVL CLAAGDQKCLSTVEMLTDILKDDSSSNSAKQHLGLLCLGEIGRRKDLSAHAHIENIVIESFQSPFEEIKSAASYALGNIA VGNLPKYLPFILDQIDNQQKKQYLLLHSLKEVIVRQSVDKAEFQESSVEKILDLLFNHCESEEEGVRNVVAECLGKIALI EPVKLVPALKVRTTSAAAFTRATVVIAVKYSIVERPEKIDEIIYPEISSFLMLIKDNNRHVRRAAVLALSTFAHNKPNLI KGLLSDLLPLLYDQTIVKQELIRTVDLGPFKHTVDDGLELRKAAFECVDTLLDSCLDQLNPSSFIVPYLKSGLDDHYDVK MPCHLILSKLADNCPSAVLAVLDSLVDPLQKTINFKPKQDAVKQEVDRNEDMIRSALRAVASLNRISGGDCSVKFKSLMN EISKSQTLWDKYYSIRNE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1218 | 1218 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1218 | 1218 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 5 | 1209 | 1205 | 3.23E-180 | ||
| MobiDBLite | 310 | 340 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 312 | 337 | 26 | - | – | |
| Pfam | 1039 | 1203 | 165 | 3.3E-57 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | SCF complex assembly | The aggregation, arrangement and bonding together of a set of components to form the SKP1-Cullin/Cdc53-F-box protein ubiquitin ligase (SCF) complex. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0001800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…