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LotjaGi4g1v0135700.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0135700
Transcript ID LotjaGi4g1v0135700.1
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Syntaxin-binding protein 5; TAIR: AT4G35560.1 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5RCX2|L2GL2_PONAB Lethal(2) giant larvae protein homolog 2; TrEMBL-Plants: tr|I1L4Q4|I1L4Q4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0135700
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:19798651..19814389) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

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CDS sequence (LotjaGi4g1v0135700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTACATTCCTAAAGATGAAATCACTTGCATTGCAGTCATTCAACATAGCCTCTACCTGTATATTGGACATTCTAATGG TAGCATTTCAGTTTTGAAGCTCGACCAAGAACCATGGCGTATGGTTCAAATGAAATACACCATACCCCTTTCCGCTTCCT ATGGAGATTCTGATGTGTCTGATGACACTATTGTGACACAAATACTACCTCAACCAGCAGCTGAAAGTAAGAGGGTTCTC GTAATATTTAGAAATGGCCAAATAATACTATGGGATATTCAGGAAAGCAGAACTATTTTCAGAACTGGTGGAAATAAGTG GCAACCACAACACAATGAAATAAAGAAAGTGACTTCTGCATGTTGGGCATGTCCTTTTGGAAGTAAAGTAGTTGTTGGGT ACAACAATGGAGAGATCTTCATTTGGAGCATTCCTTCTCTAAATACAGGAAATGGTTCTATTTCTGATAGTAATAGTCAA AACACTCCTTTGCTGAAACTCAACTTAGGATTTAAGGCAGACAAAATTTCCATAAGATCACTGAAATGGGTTTATGCCGG AGGAAAGGCTAGTAGACTATATGTCATGGGAGCTTCTGACTATGCAAGTTCAAAGTTGTTGCAGGTTGTGTTGCTGAATG AGCATACAGAATCTCGCACAATTAAGTTGGGACTTCATTTATCTGAATCTTGTATTGACATGGAGATCATATCACCTTCA GCTTCAGCAGACCAAAGCAAGCAAAAACAGGATCTTTTCCTTATTCTTGGGAAGTCAGGCCATTTACATCTATACGATGA TAGCTTGATTGAAAGGTATCTGCTACAATGCCAATCTAAGTCTGCACCTTCATTTCCGAAAGAAGTGATTGTGAAGATAC CACTGGCAGATTCGAGCATCACAACGTCAAAATTCATCACCAACAATCCCAATATGTTGCTGAACTCTGAAGATGAGTAT TACATGCAGCTGGTTAAAAATCATCCACTTTTTGCTCCTGTTGAAACAAATCAAAAGGATGGGATGAGCAAATTTACTGG ATTTTCAAAAGTTCAAAACTTGTACATAACTGGACACAACAATGGAGCCATAAACTTCTGGGATGCTTCATGCCCCTTTT TCACCCCAATTTTGCAACTAAAACAACAGAGCGAAAATGACTTTTCATTAAGTGGCATACCCTTGACGGCATTATACTTT GATAGCAACTCTCCTCTTCTTGTTTCTGGCGATCAAAGTGGAACTGTTCGCATCTTTAGATTCAAACCTGAACCATACGC CACAAACAGCTTCATGTCTCTTACAGGAGGAACAAAGAAAGGGACGGATCATATAATTCAAAGTGTGAAGCTTGTAAAGG TTAACAGTGCCATACTTTCTATGAACATAGATCATAGCTCAATGCATCTTGCAGTTGGTTCAGATAAAGGATATGTTTCA GTTTTTAACCTGGATGGCCCAACTTTGTTATATTCAAAACATATTGCAAGTGAAATTTCGTCCGGCATCATCTCTCTGCA GTCCCTAACCTGCAGTTTGAATGGGTTTGACAAAAACATTTTAGCAGTTGTAACCAAAGATTCATCAGTTCTCGCACTTG ATAATGAAACTGGTAACCCATTGAGCACAGGAACTGTTCATCCTAAGAAGCCCGCTAAAGCTCTATTTATGCAGGTGTTA GGTGGACAAGCTGAACCTATCGCGAAAAATGGAGTAGACTTGAGTGAAGGGAATCATATTGAGGATGCAACAACAAAGCA ATTGTACATTCTGCTTTGTTCAGAGAAAGCTTTATATGTCTATTCATTAACACATGCTGTTCAGGGGGTGAAAAAGGTCC TTTACAAGAAGAAGTTTAATTCCTCTTCCTGTTGCTGGGCATCAACGTTTTACAGCCCCTCTGATATTGGCCTTTTACTC CTTTTCACTAGCGGAAAAATAGAATTAAGGTCTTTGCCAGACTTATCCCTTGTTGTAGACACTTCAATTAGAGGTTTCAC TTATTCACCTCCAAAATCGAAGTTGTCTTCTGACAGCCAAATATGTTGTTCATCCAGAGGAGATCTTGTTTTGGTGAATG GTGACCAAGAAATTTCCGTTGTCTCACTGCTGGTCCAAAGGAATATTTTCAGGATTTTGGATTCTGTTAGCTGCATCTAT AGTAAAGAAATGATGCTGTCACAAGAAGAGCTTGTCCCTGGCCCAGTCATCCATAAGGAAAAGAAAAAGGGTATATTCAG CTCTGTTATCAAAGATTTTACTGGCAGTAAAGAAAAGCAGGTGCCCCTCATAGAAACAGAAGACTCTAAAGAAAGTATCC AAGAACTCGGTGTGATCTTTTCAAATGAAAATTTTCCTAGTGATGCTGATAATAATGATAACCAGACTGTTGATAAAGAT GAGCTTGAACTGAACATAGATGACATTGACATCGCCGATTATGAGGAAAAACCTAAAGAACAAAGGATATTGGGTGGTCT CAACAAGAAGAAACTGGCTGGAAAATTTCAGGCTCTAAAAGGAAAATTTAAAGAGATGAAGGGAAACATCCAGAAAACAG CAGGTAAGGAGGAGCCGCAAGATGAACAAGCAGGTTCAGTCGATGAAATTAAGAAGAAATATGGTTTTTCGTCTTCCTCC AATGAAACAAGTGCTGCTAAATTGGCAGAAAGCAAGCTGCAGGAGAACTTGCAAAAATTACAGGGTATCAACCTTCGAAC AACAGAAATGCAAGATAAAGCAAAATCATTTTCATCATTGGCAAACCAAGTGCTCCGAACAGCTGAACATCAACAAGATA GACGAAGTTCATAA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0135700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MYIPKDEITCIAVIQHSLYLYIGHSNGSISVLKLDQEPWRMVQMKYTIPLSASYGDSDVSDDTIVTQILPQPAAESKRVL VIFRNGQIILWDIQESRTIFRTGGNKWQPQHNEIKKVTSACWACPFGSKVVVGYNNGEIFIWSIPSLNTGNGSISDSNSQ NTPLLKLNLGFKADKISIRSLKWVYAGGKASRLYVMGASDYASSKLLQVVLLNEHTESRTIKLGLHLSESCIDMEIISPS ASADQSKQKQDLFLILGKSGHLHLYDDSLIERYLLQCQSKSAPSFPKEVIVKIPLADSSITTSKFITNNPNMLLNSEDEY YMQLVKNHPLFAPVETNQKDGMSKFTGFSKVQNLYITGHNNGAINFWDASCPFFTPILQLKQQSENDFSLSGIPLTALYF DSNSPLLVSGDQSGTVRIFRFKPEPYATNSFMSLTGGTKKGTDHIIQSVKLVKVNSAILSMNIDHSSMHLAVGSDKGYVS VFNLDGPTLLYSKHIASEISSGIISLQSLTCSLNGFDKNILAVVTKDSSVLALDNETGNPLSTGTVHPKKPAKALFMQVL GGQAEPIAKNGVDLSEGNHIEDATTKQLYILLCSEKALYVYSLTHAVQGVKKVLYKKKFNSSSCCWASTFYSPSDIGLLL LFTSGKIELRSLPDLSLVVDTSIRGFTYSPPKSKLSSDSQICCSSRGDLVLVNGDQEISVVSLLVQRNIFRILDSVSCIY SKEMMLSQEELVPGPVIHKEKKKGIFSSVIKDFTGSKEKQVPLIETEDSKESIQELGVIFSNENFPSDADNNDNQTVDKD ELELNIDDIDIADYEEKPKEQRILGGLNKKKLAGKFQALKGKFKEMKGNIQKTAGKEEPQDEQAGSVDEIKKKYGFSSSS NETSAAKLAESKLQENLQKLQGINLRTTEMQDKAKSFSSLANQVLRTAEHQQDRRSS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 931 931 0.0
PANTHER 1 931 931 0.0
Gene3D 3 280 278 1.6E-9
SUPERFAMILY 4 531 528 5.13E-23
SMART 102 143 42 36.0
Gene3D 337 629 293 2.6E-13
SMART 381 420 40 2.1
SMART 448 483 36 4.2
SUPERFAMILY 455 693 239 3.3E-7
Pfam 593 709 117 6.4E-5
MobiDBLite 850 869 20 -
MobiDBLite 850 887 38 -
CDD 870 926 57 5.15371E-13
MobiDBLite 873 887 15 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0135700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…