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LotjaGi4g1v0174600.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi4g1v0174600
Transcript ID LotjaGi4g1v0174600.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description F-box family protein; TAIR: AT1G56400.1 F-box family protein; Swiss-Prot: sp|Q9C7X8|FBL33_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein At1g56400; TrEMBL-Plants: tr|I1JJ69|I1JJ69_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0174600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr4:35051338..35069758) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GTTGTTTCTTTTAGTTTTGTATTTAATTATTTAATGTATTTAATGCAAAGGTAAACTAATCAATGCAAAAGTTCAAGTGT GCTTTACATATATATATAGATTACTCATAAGATTTAACAATTTCACTGGAAACTAATTAGCATGCTCAACAAATGCTTAT AAAAAAAAAGGGCATGCTCAACAAATGAGAGTGATTGTAACAAAAAAAAAGGCATGTAACAAAAAAAATACAAATGAGAG TGATAAACAACAGAAACTGAAGTTATGTCAGTAATTTCTCCAAGACATAAAATCTGATCATTTATATGAATATAGTTTAA AATAAAGAAATATCAACTTGGGCAAAATAAAAAATCAGTTGTGAAACTCTTTCTGTGCAGTGTCCAAGTGATCAAGTGTC TACTCCATGGCCTCTGCATCATCCATTCTTCTATGAACCACCAGTGTTTAAGCAGAGAAGATCAACCCACTTTTTTTGCA ACCATGATATTCTCTTGCAGCTCATATACATAGGCAGGCATGGACCTTACGACAATTGAACAAACAAATAGCATCATCAA AGTGTTTTCCTGCTGCTACCGCCTCCATATGGCTTTGATCACTTCTCCAAAAAATTAATACTTCCCTTTTACTTTCCTTT TTAATTTAATGCAAACACAAAAGAAAAATAAAAAAGAGATTCTAGGTAAGAATTTATAATTTTTGCTCATAAAAGATATA TAAGCAGAACAATTAAACAAATTAAACAAACATGTATATATGACATAATTTAAGAAACAAACTTAAAAAACTACTGAGAA TTCATACACCACTAATATAAGGTATATTCTATATAGCCTCTTGTAATTTTTTATCCAAAACTGTGCCTAGACCTTAATAA ACTCTAACCCTTCTTTTTTGACCTCCCAATTTCCACTCACTCAAGCTCATCTTACCTAAAAGATAAGCTGATCAATACCT 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AATCCACAAGCAATAAATAGGATTAAGGTTCATCCTCTTTAATCCATAAGCAAATAATAGGATTAAGGTCCATCCTCTTT AATCCAATAACGAATAATATGATTAAGGTCATACCCCTTAATCAAGAGTAATTAATAGGATTAAGGTCCAGCCACTTTAA TCCAGGGGTAAACAATACGAT 

CDS sequence (LotjaGi4g1v0174600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCACCTAGCACAGACAGGTTTAGCTTATTACCTCACTCTTTACTCGTCACCATTGTTTCCTTAATACCATTTAAGGA AGCTGTAAGAACTTCAATCCTCTCTAAAAGTTGGATAGACATTTTTAAGTGTATGTCCAACATAGAATTTGATGAAGTGT CTTTTGTTAAAAACAATCAAACTTATCAAATCAGAAAAGCACAAAGAAAGATCTTTTTGGATTTTGTGACACGTTGGATT TCTAAGCACAAAGATACAGTCGTGGAAAAGTTTTCTTTGAGATTATCCATGCCAGGGAAAGCGAAGAGGTTTGTGAGGAA ATGTGTTACCTTTGCCACAAAACAAGGGGTGAAGAAGTTGGAGTTGAACTTTTGTGATCCAACGTTGGATTGTTATTCTA CTACTAATTATATTAATCATGAGGCATTGTTTGAATTGCCAGCACATGTTTATGACCACACTTGCCTCGAATCTTTGAAG TTGATTTCATGCAGCTTTGTTGCGGCTAAGTTTCTTAACTTTCATTCACTAAAAGAACTTTCTTTAGGTTGGATGGAAGT GAAACTCAGTACAATTAAGACCTTGTTGTCAACATGCGGGTCGCTTGAGAGTTTAAGTCTCAAGAGGTGCTGGAATTCAG ATGACTTTGATCTAGGGGAGGAAAATCTAAGGTTAAGAATGTTGGTCGTGGACAGATGCATGTTTGGATCTAATGGTCGT TATTTTATAGTAAATGCTCCAAACTTAAGATATTTCTATTATTCTGGGTTAAATAATAACTTTTTGATCATAGACGTACG TTCCCTTGTGATGGAAGAGCACGTGCTTGACTTCTGCGTTGAGTTGGAAGGACATGCTCTTTTTCTCTACAAACTAGTAG AAAATATATCTGGTATTCGAGCTTTGACTGTGTGTAACTACTTCCTTCAGGTATGTTTTATCTCCTTTTTTCGAATATTT CTACTTTTATATTTGGCTTTACTACCTAAAGTATGTAATAGAAAGATGATATGCAAAGGTTAA 

Protein sequence (LotjaGi4g1v0174600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAPSTDRFSLLPHSLLVTIVSLIPFKEAVRTSILSKSWIDIFKCMSNIEFDEVSFVKNNQTYQIRKAQRKIFLDFVTRWI SKHKDTVVEKFSLRLSMPGKAKRFVRKCVTFATKQGVKKLELNFCDPTLDCYSTTNYINHEALFELPAHVYDHTCLESLK LISCSFVAAKFLNFHSLKELSLGWMEVKLSTIKTLLSTCGSLESLSLKRCWNSDDFDLGEENLRLRMLVVDRCMFGSNGR YFIVNAPNLRYFYYSGLNNNFLIIDVRSLVMEEHVLDFCVELEGHALFLYKLVENISGIRALTVCNYFLQVCFISFFRIF LLLYLALLPKVCNRKMICKG 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 306 306 -
PANTHER 4 312 309 7.7E-71
PANTHER 4 312 309 7.7E-71
SUPERFAMILY 4 46 43 5.76E-8
Gene3D 5 318 314 1.5E-20
SUPERFAMILY 115 257 143 4.97E-11
TMHMM 306 328 23 -
Phobius 307 327 21 -
Phobius 328 340 13 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi4g1v0174600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…