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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0231800 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0231800.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | MORC family CW-type zinc finger protein 4; TAIR: AT1G19100.1 Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase family protein; Swiss-Prot: sp|Q56Y74|MORC6_ARATH Protein MICRORCHIDIA 6; TrEMBL-Plants: tr|A0A151S9S0|A0A151S9S0_CAJCA MORC family CW-type zinc finger protein 3; Found in the gene: LotjaGi4g1v0231800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:54310728..54326631) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GATCGTGAGAGTGTGAAGAAGTTGAAGGGAAAGGGAAGAACAACAACAAGAAGAAGAAGCTTCTAACCTTTCTTCCTTCT TCACTGTTTACCTCTCATGCTCGTAGCTTCCCTGGTACGCCACTCATTTCCAAAAACCCATTTGTGTCAATTCTCCACAT GAACTGAAAAATCGTAGCTGCTTCACACTTTTATAGCTGTTTGGAAAGGACCACATATTGGGGTTTTTTTCTACTAAAAA ATGTATACTGGATAAGCTTTAATAACTGCTTTTGGGCCCCCCAACCAAACGAGGTCTTAGTTGCGTGACTTTTCATTTTT CACATGCTTCAATAAAGCCGCTGAAATTTTGGCTCCTTACGATTTTAATTATTTATTTAATAACTGATCTTCTCAAAAAT TCATATGAGTCTTTAACTTATGATATATCTTGATTTAGGATACTATGGAATTTTTATTCTGCCCCACAACTTTCTCGGAC ACTAGATATAGTTTTATGATTAATTGGTGACATTTTTTGGCGCATCTTTTTGGTAAATTTAGGGTTAGATATTAAATGCC CTCTAAGACTTGTTCACTCTTGACTAGACTCGCATTTATGTGAGTTAGATTGATTTTGCTCCCGTCGATCTGAATCTATG ATGAATTAGTTTGTAAGTTAGTTAACTCAATTTCCTTACTTAGAATTGTAAAGTCATATAATTTTAGTTACTAGTTTGAC AACAACAAAAAAATTGCTAACCAAATTTGCTTGAAGATTGAATTATACCAACTTAAAATGAAAACAGGTGGAAATCTTCA TGACCTCATTAATGCATTCAACCATTTGTATATCAACTATTGAGCATAGATGATAAAATCTATCTGGTGGAACATATATT GTTGTTGCTGACTTCATTACCTGATCCTACAAGTTTTTGGTTTAAACAATACTTTTGGGGAGGACAAGGTTGAAGGTGGT 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0231800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGCGCTATTGAAATCGTTAATTTATCTAGTGACGATGAAGGGCCCGAAGCTGCAGAAAATATAAGCTCTAGTGGTCC ATGTACATGTCATAGTCATTCTGGTGACACTGGCCTTTTTTACGCGACACTGCCAAATTGTGCACCACCCCCTTGTAGGC AGTTTTGGAAAGCTGGAAATTATGACAACGGACTTGGTTTGCAAGTCAGCATCCAAAATGCAGGAAACTATCTGCATGTC CACCCTATGTTCCTTCACTCAAACGCAACTTCACATAAATGGGCATTTGGTGCGGTGGCTGAGCTTCTTGATAATGCAGT TGATGAGATCCAAAATGAGGCTACTTTTGTTGTTGTGGATAAAATTTTAAATCCGAGGGATGGAAGTCCAGCATTGCTGA TTCAAGATGATGGTGGTGGAATGGGTCCAGAAGCAATGCGTCATTGCTTGAGTTTCGGGTATTCAGATAAAACAAAATTG GCAATTGGACAATATGGAAATGGCTTCAAGACTGGTAGTATGAGACTCGGTGCCGATGTCATTGTCTTCAGTTGCCACCT GAATGATATGGGGTGGACTCAAAGCGTTGGACTTTTGTCTTATACAATGTTGATGCAATCTCGGGTTGACAGAATTGTAG TGCCCATGGTGAATTATAAATATAATCCATCAGCTGGGCACATGGAAGTCATAAATGGCCTAGAGCATGGAACCACTAAT ATGTCCTTGCTGCTGCAGTGGTCTCCATATTCATCAGAAGCAGAACTTCTGAAACAATTTGTTAACATTGGACATCATGG TACGAAAATTATTATCTTCAATTTATGGTGCAACCATGATGGGGATTTGGAACTAGACTTTGATACTGATCCCGAGGATA TTCATATTGCTGGGCACTTCAAGAAAACTGATACAACTTCTGCGAGGAAGAAGATAGTAAATGAGCAACACATTGCTAAC CGGTTTAAATATTCTTTACGTGTTTACTTGTCTATATTGTACTTGCGGATACCAGAACATTTTAGGATTATTTTGCGAGG GCAAGTTGTGAAGCTACATAATATTGCAGACGATCTTAAACATATTCAGTATATTTTGTATACACCACAAAGTGGTGGTT CAAAAAAGGCAACTTTTGTGACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCGGAAGTTAACATCCATGGCTTCAATATATAT CACAAAAATCGGCTGATACTGCCATTTTGGCCGGCTGTGAGCTATGGAAAAAATAGGGGTAGAGGAGTTGTGGGTGTCTT GCAAGCAGATTATATTGAGCCGACTCATAATAAGCAAGATTTTGAGAGATCTTCTCTGTCTCAGAAGCTTGAAATACGCT TAAAGGAGATGGCACTGGAATACTGGGATTATCACTGTCATCTAATTGGATATCCGGAAGTCAAGCATAAAGCTCCTGTT AGCCAATGCTTTTCATCAATGCAGGAACCACTTGCTATCGTAATATCAAATGCATCAAACAACTGTTCCAACTCACAAAG CAGATATGAGCAAGCACCTCTTGCCAAGAGGAAAACACGTGGGTTCATAGACCCTCACAAGGCGAAAAGGCAATCAGCGG AACTGAATGTAATAGGTGTTAGTTGCAGTCAGAATGTTCAGACCATGGCATCTCCTGCAGACCAGGTGGTGGACCAAGAA GCTATAAACATAATAGAAGCAAACAAGAATCTCATTGCAGAATGTTTGGAACATGAAAAGACCGAGGAAGAACTCAATCT AAAGGTGGCACAGCTCAGAAGTAAAATTGAAGAAGCTCAGCACGAGTATAATAGACTTTTGGCCGAAGCACAGCCCCTAA AGGAAGAGTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0231800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSAIEIVNLSSDDEGPEAAENISSSGPCTCHSHSGDTGLFYATLPNCAPPPCRQFWKAGNYDNGLGLQVSIQNAGNYLHV HPMFLHSNATSHKWAFGAVAELLDNAVDEIQNEATFVVVDKILNPRDGSPALLIQDDGGGMGPEAMRHCLSFGYSDKTKL AIGQYGNGFKTGSMRLGADVIVFSCHLNDMGWTQSVGLLSYTMLMQSRVDRIVVPMVNYKYNPSAGHMEVINGLEHGTTN MSLLLQWSPYSSEAELLKQFVNIGHHGTKIIIFNLWCNHDGDLELDFDTDPEDIHIAGHFKKTDTTSARKKIVNEQHIAN RFKYSLRVYLSILYLRIPEHFRIILRGQVVKLHNIADDLKHIQYILYTPQSGGSKKATFVTTIGFLKEAPEVNIHGFNIY HKNRLILPFWPAVSYGKNRGRGVVGVLQADYIEPTHNKQDFERSSLSQKLEIRLKEMALEYWDYHCHLIGYPEVKHKAPV SQCFSSMQEPLAIVISNASNNCSNSQSRYEQAPLAKRKTRGFIDPHKAKRQSAELNVIGVSCSQNVQTMASPADQVVDQE AINIIEANKNLIAECLEHEKTEEELNLKVAQLRSKIEEAQHEYNRLLAEAQPLKEE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 23 | 513 | 491 | 1.1E-231 | – | |
| PANTHER | 23 | 513 | 491 | 1.1E-231 | – | |
| Gene3D | 81 | 272 | 192 | 6.7E-7 | ||
| CDD | 84 | 204 | 121 | 1.31047E-51 | – | |
| SUPERFAMILY | 95 | 210 | 116 | 1.31E-13 | ||
| Pfam | 97 | 191 | 95 | 8.6E-13 | – | |
| Pfam | 324 | 462 | 139 | 1.9E-57 | ||
| PANTHER | 505 | 612 | 108 | 1.1E-231 | – | |
| PANTHER | 505 | 612 | 108 | 1.1E-231 | – | |
| CDD | 562 | 611 | 50 | 0.00182759 | – | |
| Coils | 568 | 616 | 49 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0231800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…