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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0315300 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0315300.2 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Protein CHUP1, chloroplastic; TAIR: AT1G48280.1 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; Swiss-Prot: sp|Q9LI74|CHUP1_ARATH Protein CHUP1, chloroplastic; TrEMBL-Plants: tr|K7LZ70|K7LZ70_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0315300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:69213810..69225634) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCAAAGATGAATGAGTTGAAGTGTCATTATATTCCCGCTTCTTAGCCGTTAGAATGAGACAGAAAAAAGTTGGGGTAAAT GGGATATTGTTAAAGTTTAGTTAATAAATTAATTGAAAATTAGTTTGATAAAAACCTCAGCAATGTTTACCATCTAATTA GGCCAAGTACCAACCAGAAAAGGGTTGATTTTGTGTTCAAACCTCTATTGCAAAAATGGGTTAGAATTTAAGCACGTGTA ATCAAGAGCCAAGTTACAAAAGACAAGGCATTTCAAAGATAATCACAATTGCATTAACAAATGTCACCTCTTCTGATGTG AAATCACAACAAACAAGGGAATAGCTTGGAGTTTTTTTCCTTATATATTTTAAGTAATCCTTCAAAGTGAATCACCTATT TGGCTATTTACCTATACACTCAACCCCCTACTACCATCTCTTCTCTCCTATAGCCTTTGTTTCCATTTTACATTTCCAAC TCTTTTTCAAAATGAAGATCAATTGCCGCAAAGAAGCATGCATATAAGACAACACCCTCCTCCACCCATGGCTCAAAGCC AAGGTACCTAATTCTTCCCAACCAGGTTAATTTATCTGTTTTTGCATATACACACACACATATATATATATATATATATA TATATCTCCAGTTCCTTAATTCAGCTAATATGTGTTCATATTTCTTTCTAGATGATGACATCAAGGAGATTAATTAATTT TCAGGGCTTGAAGTTTGCTACTGGTGATTTGTGGTATATTGAGGCTTGAACACTGCAATTTATTGTGAAATACACAGAGG AAGTTCTATAGCAGGTATTTTGTTCTAGCTTGCATCACCTTTTTTTTTCTCATAATCAATTATGTCACTTAAAAGCTACT AGAAGAAGTTTTTCTCCATAAATGATTCTGACTTCAGAATTTCCAAACATGCAGTTAAGTCCTTAGCACCCAATTAACTC 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CGTAGAATAAGACAGAAACAAAAGAAAATTGACTTTTTCTGCCGTTTCTTTTAGACCGGCATCGAACTGTACATGCGTCA TCGTGTCTGCATTCTGCGATCTTCGTTTTCCACTCAGAAGAGAGTGATTTCACATTTCCCACTTCACCTTTGTGAATTTT CGCAAGTGGGTCATCAATGGCGACCCTGTACCATCGCTAATAACGTTTCTGTCTTTTTCTACGTGGCAGGTTCCTGCTAC ACGATACATCAACCCCACTTGGTACTTTTCTTCTTTTCTTCTTTGATCTTGGTTCCTGTTTCAGGTCCCATTTGAGAACC ATGAAGCAAAAAACGCCACCATTGATCACAGGGAGAATTGTGTTGAAGCAGAGCAGTGAAAAGTCAATACTGCCACCACC ACCCCAGCAACGCTTGAGAGCGGCTAGAGAGTCTCCCAAGACACCACCTGAGGTTGTGAATAGAGTTTTGTCCATTTCAT CAACCAGAGCTAAGTCTGTGCCTCCAGACTTGAAGAACAGTTCAAAGGCCAAAAGGGGTCTTGTGCTGAACAAGGCTAAG TCAATTGAAGAGGTTGAGGGGTCTCAGAAGGGTAGGGAGGGTGAAGAGGCTAAGGTTGTTGTTCTTTCTGCTGCTGCTCG GATACGGAGAAGGGTTGGGGATTTTGGTTTGAGGAGGGGTGAAGATGATCCTGATGGGAAGAATAAGAAGAAGCAAAAGG AGGTGGAGGAGGAGTTGAAGGAGAAGCTTGAGGTGAGTGAGAGCTTGATTAAGAATTTGCAGTCTGAGATGCTGGAGTTG AAGGTTGAATTGGATAAAGCTAGGAGTGTGAACATGGAGCTTGAGTCTCAGAACAGAAAGCTCACTCAGGAGCTTTCTGC TGCTGAAGCTAAGATAGCAGCACTTGGCAACAGTGTAAAGGTGAGAAATTTCTTGGGTTTTGTTTTGTTTAGCCTCAGAA AACATGGAATGTGTTTCAACTTTGAATGCCCTTCAAAAGTTCCAATAATAATATGTTCTGCTTGTTTGGAAATACTTCTA TAATTGATTCTGAAGTCAAAATCAACTATAGGGATTAGCGGCTCTGAGTGTCTGAATTGATTATGAGAAAGGATAAAATG ATCCAAATATTCATGTTGTTTGCTAATTCTGCTTATAGTTTCAAGGTGGTTACTTGATTCATTATTGGAGTCATCAACAG CAATTGGATTGGATTTTTATCATGTGAACTTATATGGTGGTGTGAAAATAAGGCCAAATATATGTTTAGGCATAAAAGTT TATTTATCATGCACTGCTTCCTTGGAAATGGATCTGACTTTTTTCTTTGATGAAGAAGGAGCCAATTGGAGAACACCAGA GTCCCAAATTTAAAGACATTCAGAAACTCATTGCTGACAAATTGGAACGGTCTAAAGTAAAAAAGGAAACCGTTCCTGAA GCAATTTTTGTTAAAGCATCAATTCCAGCTCCAACACCAAGTCGTGCCGTTCCTGAAACTAATATAGGAAGAAAATCTCC GCCCAACCTATGCCTGCCACTGCCTCCACCACCGCCACCACCAATCCCATCTCGGCCTTTAGCAAAATTGGCTAATATCC AAAAGCCCCCTGCAATTGTGGAACTATTTCACAGCTTGAAGAATCAAGATGGAAAGAAAGACTCAAAAGGAATGGTGAAT CATCAGAGACCAGTAGCTAGTAGTGCACACAGTAGCATTGTAGGAGAAATTCAAAACCGTTCAGCGCATCTTTTAGCTGT AAGCATTGTTTTCAGTTGTGTTTTTAACTTTACAATATGTACTAGTATTAATTAATGAGTGATGAGTTATGACTAACCAT CCTTTCCAGATAAGGGCAGACATTGAAACCAAAGGAGAGTTCATTAATGACCTTATAAAGAAGGTGGTTGATGCAGCCTA 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GATAGGTCTGAGCGGAGCATACAGAGGCTAATCAAACTGCGAAGTTCTGCCATACGGTCATATCAAGTGTACAACATTCC AACTGCATGGATGCTTGATTCTGGAATGATGAGCAAGGTATCATTTCTTACGCTTTTACTTTAGATGAGAACAATGACAC AACATCGTAATTATTTTGTGGTTTCTGATCAACACTCAAATTATATCTGAATGACATAGCAATGGTTTTAGTTTGTTTGT GTGTGAATAGACATAGCACTTGATGTGAATGGCTCTGTCCAAGGCACAATTGGGCATAAATAACTCTGTATTTAATCCAA TTGCATCCCCACCATTTATTTCTTTGCTTTTAGTCTTGATCTGACTCAATGTAAATAGGACACAGCTGAATGTAACTAAT CCAGTGAAGGATGTATTTTGTTTAGGATGTGTTACTCCATAAGTCAGTCTCCTCCTCCATGATCTAGAAATTTGTGCAGT TATCCATTTGTTTGCTGAGGCACATTATATGACTTCCTCTTTTGAAACAGAGTCATTTCATATTGAAACCTAATTATATT GTAACTGATTGCCAATAACTATATCAGATGACCATCCAGCACACCTATGATCAAAATCAAGGGCTTTTATCAAAAGTTGT TTGTATTTATATCTAAGCATTTCAACAGAGCATTTTTTTTTTAATTTCATTGTTACCTTATTGAATTTATAGGTAAAAGC ATTCACGCGTGCTAAATTTACAAGTTTTCACTATAAAACTTGAATTGATGAGTAATATACCATCTATGCAGATAAAGCAG GCTTCCATGACTCTGGTCAAGATGTACATGAAAAGATTGACAATAGAGCTTGAATCCATTCGGAATTCAGACAGAGAATC TAGTCAAGATTCTCTTCTTCTTCAGGGAGTCCATTTTGCATATAAAGCCCATCAGGTAATTTTTTTAGCTACTTTCTGCT GATTTTTCGTCATCAGTTTGGATTTCCTTGCAACTTTGAGGACTGTGAATGTGAACTTGTAAATGTTCACAAACGTGCCA TTAGTTCAGATCATGAGTTGAAGCATTGAACTATCCTAATATGTCAGTATCATCAAAAGAACAAATAATGTTCACCTGAG TGTCGTTCAATGAATATAAAAATTAAGATTGTTAACTTACTGAAATGGCTCTGAAAGTTTTGGTGCAGTGGAATGCATTA TATTGATGATGCAGGTTAACAAGCATGTTTACTTGTTATATAACACCGTAGGCATTGCACTAAAATATATTAACATGTGT TCACAAATGTACACAATTCAAATATCTTTTTTTTTTTTTGAAAAGTAAATATCTTTATTATACAAGTTAATTAGTAAACT GTCAAACTTATTTTGTTATTTTTGTGTAGTTTGCTGGTGGTTTGGACTCGGAAACGTTGTGTGCTTTTGAAGAGATAAGG CAACGCGTCCCAGGAAACCTAGCAGGGTCTCGAGAACTTTTAGCCGGCATACCATCATCATGAGAAGAGAAACCATTGAT TTTTAATGCTTCTGCTGCTGCTAATGGTTAGAAATTTGGCTCCTAAGCTAAAACATCCATTATTCTTTTTCTTATCTCCA ATGCTTACACTATGAACCCCTCAGAAGAAATATGGAGGAACAAGATCAAGAGATTCTGAAGAAAGAACACTCTAAATAGT TAAGTCAAAGTGCTAGTCTGCTTTCAAATCCTGTCAAGACCTAGGAATAGAGGATTTTCTGTTGAGATTTGTGTAATTTC AATGGTGAATTTTTTATCTAGCTCTCTCTAATGCTGTAACAGAGAACATGAAGAAGCAGCTTTGCCGTGTGTAGATGCAT ATAATTAACTTTTACCAAGCTGTTTTAATAATTTAATTACCATGTTCAATTTGTAGACATTTTGAAGCAATTTCTACCGT GTTCTATAAGCACTTTGGTTCTTTGTTCAAGAAGAGAAAGTTACTTGTAAAAGCTAAATCTTGTTTGCATCAGCAAAATC CTGATTGTGATACATTACTATATTCAGATACAATGGTTAAAGTGTTAATCATATTACATATTGAGAAGTTTGTATGGGGA AAATATGATGGTGATAAATTCATGGATTTTAGTAGATTTTTTTTATCACTGAAACTTGTCCATGTATATTTTACCTTCAT CTATAGCATCGTACAAAGCACATCATACTTATGTTTATAAACAAATTTAAATATTAAGGAAAAAT
CDS sequence (LotjaGi4g1v0315300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGCAAAAAACGCCACCATTGATCACAGGGAGAATTGTGTTGAAGCAGAGCAGTGAAAAGTCAATACTGCCACCACC ACCCCAGCAACGCTTGAGAGCGGCTAGAGAGTCTCCCAAGACACCACCTGAGGTTGTGAATAGAGTTTTGTCCATTTCAT CAACCAGAGCTAAGTCTGTGCCTCCAGACTTGAAGAACAGTTCAAAGGCCAAAAGGGGTCTTGTGCTGAACAAGGCTAAG TCAATTGAAGAGGTTGAGGGGTCTCAGAAGGGTAGGGAGGGTGAAGAGGCTAAGGTTGTTGTTCTTTCTGCTGCTGCTCG GATACGGAGAAGGGTTGGGGATTTTGGTTTGAGGAGGGGTGAAGATGATCCTGATGGGAAGAATAAGAAGAAGCAAAAGG AGGTGGAGGAGGAGTTGAAGGAGAAGCTTGAGGTGAGTGAGAGCTTGATTAAGAATTTGCAGTCTGAGATGCTGGAGTTG AAGGTTGAATTGGATAAAGCTAGGAGTGTGAACATGGAGCTTGAGTCTCAGAACAGAAAGCTCACTCAGGAGCTTTCTGC TGCTGAAGCTAAGATAGCAGCACTTGGCAACAGTGTAAAGAAGGAGCCAATTGGAGAACACCAGAGTCCCAAATTTAAAG ACATTCAGAAACTCATTGCTGACAAATTGGAACGGTCTAAAGTAAAAAAGGAAACCGTTCCTGAAGCAATTTTTGTTAAA GCATCAATTCCAGCTCCAACACCAAGTCGTGCCGTTCCTGAAACTAATATAGGAAGAAAATCTCCGCCCAACCTATGCCT GCCACTGCCTCCACCACCGCCACCACCAATCCCATCTCGGCCTTTAGCAAAATTGGCTAATATCCAAAAGCCCCCTGCAA TTGTGGAACTATTTCACAGCTTGAAGAATCAAGATGGAAAGAAAGACTCAAAAGGAATGGTGAATCATCAGAGACCAGTA GCTAGTAGTGCACACAGTAGCATTGTAGGAGAAATTCAAAACCGTTCAGCGCATCTTTTAGCTATAAGGGCAGACATTGA AACCAAAGGAGAGTTCATTAATGACCTTATAAAGAAGGTGGTTGATGCAGCCTACGTGGACATTGAAGAGGTCCTAAAGT TTGTTGATTGGCTTGATGGTGAACTTTCCACATTGGCTGATGAGCGCGCTGTCTTGAAGCATTTTAAGTGGCCTGAGAAG AAAGCTGATGCAATGAGAGAGGCTGCAGTTGAGTATCGTGAGCTTAAAATGTTAGAACAGGAGATTTCCTCTTTCAAGGA TGACCTTGACATTCCATGTGGAGCTTCCTTGAGAAAAATGGCTTGCCTATTGGACAAGTCTGAGCGGAGCATACAGAGGC TAATCAAACTGCGAAGTTCTGCCATACGGTCATATCAAGTGTACAACATTCCAACTGCATGGATGCTTGATTCTGGAATG ATGAGCAAGATAAAGCAGGCTTCCATGACTCTGGTCAAGATGTACATGAAAAGATTGACAATAGAGCTTGAATCCATTCG GAATTCAGACAGAGAATCTAGTCAAGATTCTCTTCTTCTTCAGGGAGTCCATTTTGCATATAAAGCCCATCAGTTTGCTG GTGGTTTGGACTCGGAAACGTTGTGTGCTTTTGAAGAGATAAGGCAACGCGTCCCAGGAAACCTAGCAGGGTCTCGAGAA CTTTTAGCCGGCATACCATCATCATGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0315300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKQKTPPLITGRIVLKQSSEKSILPPPPQQRLRAARESPKTPPEVVNRVLSISSTRAKSVPPDLKNSSKAKRGLVLNKAK SIEEVEGSQKGREGEEAKVVVLSAAARIRRRVGDFGLRRGEDDPDGKNKKKQKEVEEELKEKLEVSESLIKNLQSEMLEL KVELDKARSVNMELESQNRKLTQELSAAEAKIAALGNSVKKEPIGEHQSPKFKDIQKLIADKLERSKVKKETVPEAIFVK ASIPAPTPSRAVPETNIGRKSPPNLCLPLPPPPPPPIPSRPLAKLANIQKPPAIVELFHSLKNQDGKKDSKGMVNHQRPV ASSAHSSIVGEIQNRSAHLLAIRADIETKGEFINDLIKKVVDAAYVDIEEVLKFVDWLDGELSTLADERAVLKHFKWPEK KADAMREAAVEYRELKMLEQEISSFKDDLDIPCGASLRKMACLLDKSERSIQRLIKLRSSAIRSYQVYNIPTAWMLDSGM MSKIKQASMTLVKMYMKRLTIELESIRNSDRESSQDSLLLQGVHFAYKAHQFAGGLDSETLCAFEEIRQRVPGNLAGSRE LLAGIPSS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 72 | 72 | - | – | |
| PANTHER | 26 | 566 | 541 | 2.8E-243 | – | |
| PANTHER | 26 | 566 | 541 | 2.8E-243 | ||
| MobiDBLite | 47 | 62 | 16 | - | – | |
| Coils | 129 | 198 | 70 | - | – | |
| Coils | 401 | 421 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0315300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…