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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0390200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0390200.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Zinc finger protein LSD1; TAIR: AT4G20380.1 LSD1 zinc finger family protein; Swiss-Prot: sp|P94077|LSD1_ARATH Protein LSD1; TrEMBL-Plants: tr|I3S0N1|I3S0N1_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0390200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:76862299..76883638) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AATCAATTCAATCTTACAATAATTAATTAATAATAGAAAAAAGAGGAAAGTTGGACTAATGGTGTAGCGAAGAAATTTCG TGCAATATGTATTGTTGGATGAGGAAGAAGACGACGGTAGCAGAAGAAGTAGCAAGGAAGAGAAAAAGGGTTCTCTGAAA TTCTCTTCTTCCTTCTTCTCTGAATCCAATTCCAATCCTCAAACCTCAATCCACCATACAATTTTCATCTCATCTCATCT CGTTACAAACAGAGACAATTCTACCCTTTTCTTACCCTTTTCCCCATTTATCACCATCCTTGTATCCTCCGATAAAAAAA CAATCTTTTCCTTGTTTCACTTCGGTTGGTTCCAGGAGACACAGGTATTGTCAGATCCTTGCTGTTTTTTCTTTTATTTA TTTTCTGTTTTGGGTTTGTGTGTTAGCTTCATTTCATGATTTTTGATAATTGAGTGTTGGGGTTGGTCGAATTATTCAAA AGAATATTCTTTTAATGCTTGGTTTTAGTGGTGGGATTTTTTATTTGTTTTTTGATGCTTTGTTGTGCTTGACAAGGATT TGAAGTTTCATATAAATTAAGCTTCTTTTCATTGAGATTAGATTATTGGATCGGTTGCATTTGATACTTAGGTTAGGTGG TTTCATTAGATGATGGCCTTTCACTTTGCAGCTATGCAGAGCCAACTTGTGTGTAATGGTTGTAGGAGCATTCTGCTTTA CCCTAGAGGGGCAACCAATGTTTGTTGTGCATTGTGCAACACAATCACCGCTGTGCCTCCACCCGGTAAGCTTGTTGGCT CATTATGTTATTCAAATATTTTAAGATTGGAGAAACTTACAACTTTAACATATATGTTGACGCATCTCCCGTTGTCTTTG TTTATTTAGTATATGCAAATTGTTCAGTTTGGAACGAGTTGGGAGTTTAAGCTAGAAATAGATTACGTAGCCAGTGATCC 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AATAAGAAAAACTGCAGCCAGGAATGCATGATCCCAGTATTGAGAAGGCATTTTAGCAAATGCAAGTAATGAAAGGCCAG TTTCTATGATATGGCGATGCTTCCTTTCAACACTACCATTTTGATGGTGTGTGTAGGGGCATGTCAATCGATGCACTATG CCAAGCTTAGCAAAATGAGATTGTAAAGGTTTAAATTCAGTGCCATTATCTGTTTGGACAGCCTTTATTTTCAGATTAAA CCTTAACTCTACCATAGCTTGGAACTTAAGAAAAACAGAGGAAGTTTCAGATTTGTGCCTAAGTGGATAAATCCATGTGA AACGAGAGTAAGCATCAACACAAGTCAAAAAATAAGAGTAACCACAAGAAGACTCAATGGAGGAAGGACCCCATAAGTCA GCAAAAACAAGCTCTAAAGGTGTAGCATAAACAGTAGTAGAAGAGGAAGAGGGTAACTTGTGAGACTTTGCTACACAACA AGCTGAACATTTAGAAAATTTTGCTTTATTAGACAATGATATATTACATTTGGACAAAGCAGAATGTAAAGCCTCATGAT GAGGATGACCTAGCCTACAATGCCACAAGTCATAGGCAGTAGGATCTACATTATTAACAGAAGACACAAGAGAAAATGAA CTAGCACTAGGTACACTTGAAGATGAGCTAGCACTAGGTACATTGGACAAAGGAACTGAAGCAGAAAAGACAGATGGAGC AGCTACTGGTGAAACAGATGTAGATGAAACAGATGAAGCTGGAGGAAGGGTTGGAACATGCATCCCTTCAAAATTGTATA AACCATCAGGACCAACAGTTCCTTTGAGCAAAACCCTAGAAGTTTCCTGACATTTGACAACACACTAGGATGAGTGAAAC TCAAAAAAGACATGATTATCACGAGCAAACTTGCTTACACTAACTAAGTTCTTGGTGATGTTAGGAACTAGAAGCAGATT ATTCATAGTGAGTGTAGTGTGTTTATGATAAGGAGATGGAAAAGAGGCATGTCCAACAGAAATAATAGGCAAACCTTGTC CATTTCCCATGTAGATATGATCATTACCATTTAGGGAAACACTGTCAGAAACAACTGAGGCATCATTGGTAACATGATGT GTAGCTCCAGAATCTGGAAACCATGAGCTAAGATTTGCTGCAGCAGGAGTGTTAGTACCAGTAGTAGATGAAGTAGGTCC AGTAAGCATAGCCTGTGGAGCTCTAACTGGAGGATTTCCAGGTCTTGATCCACCAGAAAACTGAGAAGAGTTCCACTGTG ATCCTCCAGATGGTTGGAAACCAAACTGCTGAGCAAAATTTCCCATGCCTAAACCTTGAGGAAATTGACCAAACATGTTT GGAAAGCCTCCATACTGTGATGTACCAAACTGAGAAGGTACACCAAATTGTGGAACACCACAAAATGGAGAGAAGCCAAA CTGAGGCAACATCTGAGAATGCATAGGCAGTGGCATACCAAAACCAGTTGGCTGCAAGCCAAACATGCCAGTAGAACCAG TAGAACCAGATGATGAACCACGATGGTAGCAAATACTAGCATCATGCCCATACTTCTTGCAAATCTGGCATTGAACACTT CGATTTCCTCCTCGTCCACCGCGAGAGTTGTTACTGCCGTTGCGACCACCGTAACCGCCACGAGAACCGCCATAACTGTC GCGATTATCGTAGGAACGATCATCGTAGGAGTTTTCAGAGGAACCTGAAGCATAGTTAGCCTCAGAGGTCGTCGGCGACG ATGTTGATGAAGAAGACGACGACACCGGTGCAGGTTGCGTCGCCGGTGACGCAGCTTGAGAAAGGAGCGCTGACGGAGGA TTCGCACTCAACTGACGCGTGCGAGAACGCTCAAGACGCGCTTCATGCGCGATAACCATAGCTTCAGCTTGCGAGATCGT GCAAGGGAACTCGCGACTGTAGATGATAGTCATGAGATGACTATACTCGTCGGGAAGACCATCAAAAATCGCTTCAAGGT GCTCGCGAAACGATACAGGATCTCCGATCGAGAGCAGAGCATTGACGATGGCCTTGATTCGCTTGAGGAACTCAGAAGCA GTCTTCGATCCCTTGGTTATGGATCTCAATTCCGATCGCAGCTGCGTCGATTGTGCAAGCGATTGTGCTTGAAAGAAATC AAGCACAGCTTCCCAGATCTGCCAGGACTGAGTGCAGTTGACAACGGTTGGAAGCACTGATGAAGACAGAGACGAGAGAA GCCAGGTGAACAAAGCAGAATCCTGTTGATCCCATACCTGATATGCAGGATTCTCTACTGCATTCACGCGATCCTCCTCA CTGAGAAATCGAGGAGGAATATCAGGATGAACAAGAAAATTCTGCAATCGATGAGTTCTAACGATGCCTTCAACGTGCTG CTTCCATGAGAGAAAATTGGAATCATCAAGCTTCAGAACGAGCTTGTGAACCAGAGAAGAAGAAGCCAATTGTGGTTGAA GAACTGCAACTGGAACAGGAACTGCAGTTTCTGGTGCATGACCTTCATCAGCCATGGTGATGAAGAAGAAAGAGGAAAAA AAAACGAAAATCTAGAGAGAGAGATCTTCAAGGATCGTACTCAGCTCTTGATACCATGTTGAAAATCTTCAACTGAATTT CATTGATTGAAAAGGTAAAGATTACAATGAGTGATCTCAGTATTTATAGAGAATACAAGGCTTGCTAAGCAAGCTACCAA CTCTAACAGAATCAGTTATGTGACAGCTGTAATGACAGCTCACATGACAGCTGTATTGACAGCTCATTCTAACAGAATGT AACTAACTCAAATATTAACTATACTACTAACAGTAACTAACTTCTTAATCAGAGTAATGTGTACTCTACTCTAATATCCA CCCTAAAAGATTAAAGATTGGAGCCTGTAGGTATTAAAACTCCACTCATATGGCCCGATGTTAACTTACTGGAATCCCAG TCAGAATTGGACTAATCAGTAAAGGATGATGATATACTAAATATATAAATTATCAGTTTGTCATTCTCCTTTTGCCTTTT AAACTTCTGTTTGTTGTAAATATGATGGGTATTAATTTTGCATGTTAGTTTTTTTTCCCGGGTTAATTTTTATTAATTGT TTCCTGTCTTTTGTAGATGTCCAATGGAAGGCTTCAAGTTCCTATGCATAGACCTAATGGGACGACCAACTCTGGAGCAT TACCTTCTACTTCAACGGTATGCACTCATTTAATTTTTAATTTTTTGTGATTATTCATAGTAAGGATGTAGTGGGTGTTT TTTTCCCTGATATCTAATGAATATGCATATGATTTCTATATTCACTACCTGCAGTCAATGCCCCAATCTCAGACCCAAAC AGTGGTGGTAGAAAATCCAATGTCTGTTGATTCAAGTGGGAAATTGGTAATTATTATTGCTTGTCATTTATGTTTCTACT AGATTTGATTATCTTGTTGCTTTTGATTTTGGATTATAGCAAAATATTTACCTAGACAGAATTTGGCATGTCACAGGTTA GCAATGTTGTTGTTGGCGTCACAACAGATAAGAAATGATGCAGCCATATATAAAAGGAACAACAGTATTTGACGAATTAT CAGTTATCAAAAGTTCTTGTCACACCAAGATATTGTTTTGTGTATATGTATATGATATTGCTGCCTGTAAACGGTTATAT TGAAGTGAATCATTTTCCAATATAAGGGTTAGACGGATAGGAGGACAAGTTATGAAAAGGGCATATGGAACATGTTTGTG TGATTGGTTCATTCTTGTTGTATTTTGACTTACAAGTCCTGGACTGAGGAAATGTAATTTCTTTCATGACTTGTTAAGCT TGTGAGTTTAATGGTGGTCTGGTAGAATTATGTGTAAAAAAACTCGATAAGAAAAATGCTAGCAAGACTCACTTTTACTC TCTTCCTAACACTCATTAATTGATTGAAATTCATATTAGGTCCATATGAACTTCAACCAATTAATGAGAGAGGATTGGAA AATGAGTGTTGTTAGCACTCATTCAATAATGATATCGTGCAGTTGAGTGATAAAAACAAC
CDS sequence (LotjaGi4g1v0390200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAGAGCCAACTTGTGTGTAATGGTTGTAGGAGCATTCTGCTTTACCCTAGAGGGGCAACCAATGTTTGTTGTGCATT GTGCAACACAATCACCGCTGTGCCTCCACCCGGAATGGATATGTCTCAACTTTATTGTGGAGGCTGTAGGACATTGCTAA TGTACACACGTGGAGCTGCTAGTGTCAGATGTTCCTGCTGTCACACTGTAAACCTTGCTCCAGCTAATCAAGTTGCCCAC GTCCCTTGTGGGAATTGCCGGACAACCCTCATGTATCCATATGGAGCTCCCTCAGTCAAATGTGCTCTTTGTCACTATAT TACTAATGTCAATATGTCCAATGGAAGGCTTCAAGTTCCTATGCATAGACCTAATGGGACGACCAACTCTGGAGCATTAC CTTCTACTTCAACGTCAATGCCCCAATCTCAGACCCAAACAGTGGTGGTAGAAAATCCAATGTCTGTTGATTCAAGTGGG AAATTGGTTAGCAATGTTGTTGTTGGCGTCACAACAGATAAGAAATGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0390200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQSQLVCNGCRSILLYPRGATNVCCALCNTITAVPPPGMDMSQLYCGGCRTLLMYTRGAASVRCSCCHTVNLAPANQVAH VPCGNCRTTLMYPYGAPSVKCALCHYITNVNMSNGRLQVPMHRPNGTTNSGALPSTSTSMPQSQTQTVVVENPMSVDSSG KLVSNVVVGVTTDKK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 173 | 173 | 1.6E-84 | – | |
| PANTHER | 1 | 173 | 173 | 1.6E-84 | ||
| TIGRFAM | 4 | 34 | 31 | 1.9E-12 | ||
| Pfam | 7 | 31 | 25 | 1.8E-11 | ||
| TIGRFAM | 43 | 72 | 30 | 1.7E-16 | ||
| Pfam | 46 | 70 | 25 | 8.8E-13 | ||
| TIGRFAM | 80 | 109 | 30 | 2.7E-12 | ||
| Pfam | 83 | 107 | 25 | 2.2E-14 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0390200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…