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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0438800 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0438800.1 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | SH3 domain protein; TAIR: AT2G07360.1 SH3 domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q4P3H6|SLA1_USTMA Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1; TrEMBL-Plants: tr|I1K661|I1K661_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0438800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:81189642..81209090) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATAGTTTTTAAGACAAAAAGGGAATAAAACAATGGCGGAAATCGTCCATTTTCACGGTTGGCCACCCCGCGGTGACGAAG CAGCAGATACAACACAGATCAGAGCGAAAGGGGATTGAGCGATCGCAACTCACTCTCTACCAATGGCGGTAATTCCTCAC ATCACACTTCATACATTTTCCTCTGAAATTCCAATCGTTCCTAACTTTCCGATTTGTGCAGGACTCGTCGGGAACCACGC TGATGGATCTGATAACGGCGGACCCGACCCCAGCGCCGGCATCATCATCGGCGGTCGCCACTGCTCCATCTCCGGCAGCA ACGCCTCCGACTTCTCTGCCCTCGGCGTTGGGTAAACCCGCTACTGAGAAGAAATCGAAGAGAGCCACATTGATGCAGAT CCAGAATGACACCATTTCTGCTGCCAAAGCTGCTTTGAATCCAGTCAAGACCAATATCATGTCAACGAAGCAAAAGAAGA AGGTTCCGCACTTTCTTCTCTTCATTACTTAATTCTTAACTTCCTAGAATTTGCGTTTTGCTTGATATTTGATTCATCGT GCATCGTAGATCAGTTAGTTTTGAGTTCAACGATATCGATTTTGTGCACGTACTTGAAAGCAAGCTCTGTGTTCTCATGG ACCATAGTTTAGTTTATAGTTGTTACTTGATAGCGAATCACTGTGTAGAAGAAGGTAATATTGATTGATAATGCGTAATT CAGTGCGTTTAATCTTCGTACTACGTTTTCGTTTGCAGCCAGTTTCCTATGCACAACTCGCGAGAAGTATCCATGAGCTA GCTGCCACTTCTGATCAGGTGAGTGTAGCTTTTTTCATTTCTAGGTTATGCTTTTGTGTTTGGATGGGAAAGTAGAGACT CTCTCATGTTTTGGTTTTGATGGTAACATGGTTTCAGAAAAAATCTGTTCGGCAATTAGTGCACCATGTGTTTCCAAAAC 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CTTGAACTTTTTGAGATTTATTACTTAAATCCATTCCTTGCAATAACAGGAAGATGATGCAAAGTCATTGGGATCATCAT CTCCCGATTCAACAGGTTCAGTTGAAACTTCGATATCATCCCATTTTGGTGGAATGAGCTACCCTTCACTGTTTAGTTCA CGGCCAACCACATATGGAGCAACTACGGTACTAAATATTATGATTTAGTCAATGCGTATTACAACATATACCATGCTATT CTAATTGTTGTATATTTTCCCCTCTTTTCCCTATTTTTTTGGCTTTGAGAGGACTTATGCAATGCATAGTCTGATTTAAC ATGGGGATTGAATGGTCAAGTCTTAGTATTTTTGTTAGAAAATATAACAACGCCTCTGGATTATACATACAAACTTACCA ACATATTCAGAAATCAGGGTAGATATACAAAGGGAAGTGCATTTTTATATGAGAGAACCGTTTAAACCATTTAGAAATGA ATTTCCACAGTTGGGATTGTGGATCAATGTTCTTGTGTAGGCAATTGGCCTTTGGACCTCATTTATTGGTCTTTAGGGAC TGGTGTCATCGTCATCTGTCTGTATAGGACTCCCTTTAAGTTATGGGTTTTGATTTTGGTGCCACCCTTAATTTTTAAAA ACCCCAAAATACCCCTATTAAAAAAAACCCCACCACCCCCCATTACTCTCTCTCCTCTCACCACACTTATCAAGTGTGGA TTGGTAACTGGTAAGTATGGCATACCGTCCTTATAAGTGCGGTAAACAAACCAAGTACCGTACACATAAAGTGCAGAAAA GTACCCATGAACCGCACATATAAGTACGGTTAAATAAACGTGTGAATTCCTTCCATTCCGCACTTATAAAATATGGTATT ACTTTTTCAGGGTATTTTGGGTATCAGGGTGGCGTGAAATGCATGTGGGTGGCAACAAAATCAAAACCCTTAAGTTATTC 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TTCATTGTTTTTCCTCACAGTTGAGTTTAACCGCTGGAGAAGAGGTTGAGATTGAGTACGAAGTAGATGGCTGGTTTTAT GTAAGTCTTTAACGAGTCATCTCTTTGTATCTTGTCTGTAGTTTAGATTTAGATAACTAGAATTTCCCTAGATTCCTCAG GTTTATAACCTTGCATGGTGGAAAATCAGTCGCTGATTGCCTACTTCTTGCTGCAGGTTAAGAAGAAACGCCCTGGCAGG GATGGCAAGATGGCTGGGCTTGTCCCTGTTTTATATGTCAATCAGGCCTGAATTTTGTACGTAAAAATCTCTTGTAACTT CCGAGTCATAATGCAAATGGTTTTTGTTTTTCTTGTCTCCGGCATTGTTTCCATTCCAAGGTTCAGTCTGCTCGTGTCAT ATGCCATCCCTATGCTTCGCTCTGAATTTTTTTTTAATCAATTTTTCATGTATTTATCTTGTTCCCCTATTTGTCAGGTT GTATGCTATCTAAGTGTCATAGTCCTTGCTATTTGAGAGTGTTTTAGCCATTCATCCTAGGGATTTCATTTTTGTAAAGA GTGCTACTGAAAGTACCATTGAATTTACTGGAATTAGTATATTTGCTCTTATATAGGGAGTTTAACACATCAGGTGTAAT GTAAGTTTCAAGTTTTCCAAGCTGTTGCTATCTTGAGATATACTTAGTGCTTGTTTGGATGTGCATGTTTCAAGTTTTCA AGTTGAGTATACATGTTGAGAAGCTCATAATCTTTTGATTTCTGGGTCTTCCTAGCATCCCCTCTGGCCACATTTATAAT TTTTTCTGGCGAAGATTCTTGTTAAATACCAACTTTTATTGGTCTGAAATGATGAGATTACAAAAAAAAAATCATCGTAA AAGTTCATGCTCATCATGTATATAAGATACTAGTGTGATGTCCTGGGGCATAACAACATATGTAACTGTAGAAAGAGCAA GCGTCATGCGTAATTATTGGAAAAAATGACTCTAGTATCTACTTTATATGTGTTCATTGAGTTAGTAATGTTATAAACTA CAGTAAAAGATGATTGGGTTTAACCCGGAAAATATACTGTATTATCACAAATGTGCTTCCACTTGAGGACAAATAAAGCG AATAATGATTCATAGACATAGGAATAGTAGAAACACCCTAAACACCCCTTTTTCCTGCGGATTTGGTCAAATAATACACT GAACTAACC
CDS sequence (LotjaGi4g1v0438800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGGACTCGTCGGGAACCACGCTGATGGATCTGATAACGGCGGACCCGACCCCAGCGCCGGCATCATCATCGGCGGT CGCCACTGCTCCATCTCCGGCAGCAACGCCTCCGACTTCTCTGCCCTCGGCGTTGGGTAAACCCGCTACTGAGAAGAAAT CGAAGAGAGCCACATTGATGCAGATCCAGAATGACACCATTTCTGCTGCCAAAGCTGCTTTGAATCCAGTCAAGACCAAT ATCATGTCAACGAAGCAAAAGAAGAAGCCAGTTTCCTATGCACAACTCGCGAGAAGTATCCATGAGCTAGCTGCCACTTC TGATCAGAAAAAATCTGTTCGGCAATTAGTGCACCATGTGTTTCCAAAACTTGCTGTGTATAATTCCGTGGACCCTTCGC TCGCTCCATCTCTTCTTATGCTAAATCAACAATGTGAAGATAGAAATGTCCTACGATATGTCTATTATTACCTGGCCAGA ATTTTGTCTGACACCGGTCCCCAAGGGTTGAGCACAGGTGGTGGGATACCCACCCCTAATTGGGATGCTCTGGCTGACAT CGATGCAGTTGGGGGTGTTACTCGAGCTGATGTTGTGCCACGAATAGTAGAGCAGCTTAGTGCTGCAGCTACAAATGCTG ATGTAGACTTTCATGCTCGAAGACTACAATCCTTGAAGGCACTTACATATTCTCCTTCAACCAACTCTGAAATTTTGTCC AGATTGTATGAAATTGTATTTGGGATACTAGAGAAGGTTGGTGATACTCCACAAAAGAAAAAGAAAGGCATACTGGGCGC TAAAGGTGGTGATAAAGAATCTATAATTCGAAGCAATTTGCAATATGCTGCCTTGAGTGCTCTGAGAAGACTCCCTCTTG ATCCTGGAAATCCAGCATTTCTGCATTATGGTGTACAAGGGATATCATTTGCTGATCCGGTTGCTGTGAGACATGCACTG GAAATTGTTTCTGAGATAGCTGCTAGGGACCCCTATGCTGTTGCAATGGCCTTAGGAAAGCATGTGCAGCCTGGAGGGGC CTTACAAGATGTTCTCCATTTGCATGATGTTCTTGCTAGAGTTTCTCTAGCGAGGCTGTGCTGTACAATATCGAGAGCTA AAGCTTTAGATGAGAGGCCAGATATTAGATCTCAGTTCAATTCAGTTCTCTATCAACTTCTGTTGGATCCCAGTGAACGA GTCTGCTTTGAGGCAGTTTTGTGTATACTTGGAAAATATGATAACACTGAGAGGACTGAGGAGCGTGGTGCTGGGTGGTA TCGTTTGACTAGGGAGATTCTCAAGTTGCCGGAGGCATCATCGAAGGAAAGTTCTAAAGATAAATCAAAGAAGATAAAAC GACCACAGCCTCTTATAAAACTTGTAATGAGAAGGTTAGAGAGTTCTTTCCGAAGCTTTTCTAGACCCGTGCTTCATGCA GCAGCTAGAGTTGTTCAGGAAATGGGGAAAAGTCGGGCCGCCGCTTTTGCTATGGGCATACAGGATGTTGATGAAGGAGC ACATGTCAATACATTTGCTGAGGATACAGATTTAAATGATTCAGATGAAAGCACACATCCTGAAAGCATCCGAAGAACTT CTTCAGTATCTAATGGAACTGCTGGCAGAGATACCATTGCGGGTATGTTGGCTTCATTAATGGAAGTGGTACGGACAACA GTTGCCTGTGAATGTGTTTATGTACGAGCTATGGTGATCAAGGCATTAATCTGGATGCAAGGCCCAATTGACTCATTTGA TGAATTAGAATCTATTATTGCGTCAGAACTTTCTGATCCAGCTTGGCCAGCAGCCCTATTGAATGATGTACTACTCACTC TGCATGCTCGGTTTAAGGCTTCTCCAGATATGGCTGTTACTCTTCTTGAAATTGCTAGAATATTTGCTACTAAAGTTCCA GGAAAGGTTGATGCTGATGTGCTACAACTGCTTTGGAAGACTTGTCTTGTTGGAGCCGGTCCTGATGGGAAACATAAAGC TTTAGAAGCAGTGACAATTGTTCTTGATCTACCACCTCCACAACCAGGATCAATGCTTGGTCTTACTTCAGTGGACAGAG TTTCTGCATCTGACCCGAAGTCTGCTCTTGCGCTGCAAAGACTGGTCCAAGCTGCTGTTTGGTTTCTTGGAGAGAATGCA AATTATGCTGCTTCAGAGTATGCTTGGGAATCTGCAACCCCTCCTGGTACAGCATTGATGATGTTAGATGCTGATAAAAT GGTAGCTGCTGCTAGTTCTCGTAATCCTACTCTAGCTGGTGCCTTGACTAGGCTCCAGAGGTGTGCATTCAGTGGCAGCT GGGAGATTCGAATTATTGCTGCTCAGGCTCTTACAACTATGGCAATTAGATCTGGTGAACCTTTCAGGTTACAGATTTAT GAGTTTTTGCATACTTTGGCTCAAGGTGGTCTGCAGTCACAGTTCTCAGATATGCATCTTAGTAACGGAGAAGATCAAGG AGCTAGTGGTACAGGCCTTGGAGTTTTATTAAGTCCTATGATAAAGGTTTTGGATGAGATGTATAGAGCACAAGATGAAT TGATAAAGGAAATACGCAATCATGACAATGCTAAGAAAGAATGGACTGATGATGAGCTGAAGAAACTATATGAAACCCAT GAAAGGCTGCTAGACCTTGTTTCATTGTTTTGTTATGTTCCAAGAACAAAGTATCTACCTTTGGGCCCAACAAGTGCCAA ACTCATTGACATCTATCGAACTCACCACAATATTAGTGCATCAACTGGTTTGAGTGATCCAGCTGTTGCCACCGGCATAT CTGAACTTGTCTATGAATCCCAACCTCCCGCTGCTGAACCTGATACACTTGATGATGACCTAGTAAATGCCTGGGCGGCA AACCTTGGAGATGATGGTTTGTGGGGAAACAATGCACCAGCAATGAATAGGGTCAATGAATTTCTGGCGGGCGCTGGAAC AGATGCCCCAGAAGTTGATGAAGAGAATATTATCTCTAGGCCTTCAGTTAGCTATGATGATATGTGGGCAAAAACACTTC TAGAATCTTCAGAACTAGAGGAAGATGATGCAAAGTCATTGGGATCATCATCTCCCGATTCAACAGGTTCAGTTGAAACT TCGATATCATCCCATTTTGGTGGAATGAGCTACCCTTCACTGTTTAGTTCACGGCCAACCACATATGGAGCAACTACGGA CAAGGCACAAACAAGCCGAGGTAGTGGTTCCTCTCTATATGAGGGTCCTGGTTCTCCGATAAGAGAGGAGCCGCCATCAT ACTCATCCTCTGTCACGCAAAGATATGAATCATTCGAGAACCCCCTGGCAGGGAGCGGATCTCAAAGTTTTGGGTCTCAA GATGAGGAACGAATTTCATCTGGAAATCCACAATTTGGATCTGCACTTTATGACTTCACAGCTGGAGGAGACGATGAATT GAGTTTAACCGCTGGAGAAGAGGTTGAGATTGAGTACGAAGTAGATGGCTGGTTTTATGTTAAGAAGAAACGCCCTGGCA GGGATGGCAAGATGGCTGGGCTTGTCCCTGTTTTATATGTCAATCAGGCCTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0438800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADSSGTTLMDLITADPTPAPASSSAVATAPSPAATPPTSLPSALGKPATEKKSKRATLMQIQNDTISAAKAALNPVKTN IMSTKQKKKPVSYAQLARSIHELAATSDQKKSVRQLVHHVFPKLAVYNSVDPSLAPSLLMLNQQCEDRNVLRYVYYYLAR ILSDTGPQGLSTGGGIPTPNWDALADIDAVGGVTRADVVPRIVEQLSAAATNADVDFHARRLQSLKALTYSPSTNSEILS RLYEIVFGILEKVGDTPQKKKKGILGAKGGDKESIIRSNLQYAALSALRRLPLDPGNPAFLHYGVQGISFADPVAVRHAL EIVSEIAARDPYAVAMALGKHVQPGGALQDVLHLHDVLARVSLARLCCTISRAKALDERPDIRSQFNSVLYQLLLDPSER VCFEAVLCILGKYDNTERTEERGAGWYRLTREILKLPEASSKESSKDKSKKIKRPQPLIKLVMRRLESSFRSFSRPVLHA AARVVQEMGKSRAAAFAMGIQDVDEGAHVNTFAEDTDLNDSDESTHPESIRRTSSVSNGTAGRDTIAGMLASLMEVVRTT VACECVYVRAMVIKALIWMQGPIDSFDELESIIASELSDPAWPAALLNDVLLTLHARFKASPDMAVTLLEIARIFATKVP GKVDADVLQLLWKTCLVGAGPDGKHKALEAVTIVLDLPPPQPGSMLGLTSVDRVSASDPKSALALQRLVQAAVWFLGENA NYAASEYAWESATPPGTALMMLDADKMVAAASSRNPTLAGALTRLQRCAFSGSWEIRIIAAQALTTMAIRSGEPFRLQIY EFLHTLAQGGLQSQFSDMHLSNGEDQGASGTGLGVLLSPMIKVLDEMYRAQDELIKEIRNHDNAKKEWTDDELKKLYETH ERLLDLVSLFCYVPRTKYLPLGPTSAKLIDIYRTHHNISASTGLSDPAVATGISELVYESQPPAAEPDTLDDDLVNAWAA NLGDDGLWGNNAPAMNRVNEFLAGAGTDAPEVDEENIISRPSVSYDDMWAKTLLESSELEEDDAKSLGSSSPDSTGSVET SISSHFGGMSYPSLFSSRPTTYGATTDKAQTSRGSGSSLYEGPGSPIREEPPSYSSSVTQRYESFENPLAGSGSQSFGSQ DEERISSGNPQFGSALYDFTAGGDDELSLTAGEEVEIEYEVDGWFYVKKKRPGRDGKMAGLVPVLYVNQA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 34 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 54 | 54 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 92 | 808 | 717 | 3.53E-12 | ||
| MobiDBLite | 515 | 538 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1020 | 1043 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1028 | 1043 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 1058 | 1079 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 1058 | 1131 | 74 | - | – | |
| MobiDBLite | 1090 | 1131 | 42 | - | – | |
| Gene3D | 1110 | 1188 | 79 | 1.9E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 1128 | 1190 | 63 | 16.627 | ||
| SUPERFAMILY | 1130 | 1188 | 59 | 3.34E-10 | ||
| SMART | 1131 | 1189 | 59 | 1.4E-6 | ||
| Pfam | 1135 | 1187 | 53 | 4.4E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0438800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…