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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0438800 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0438800.2 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | SH3 domain protein; TAIR: AT2G07360.1 SH3 domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q4P3H6|SLA1_USTMA Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1; TrEMBL-Plants: tr|I1K661|I1K661_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0438800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:81189784..81208172) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCGGTAATTCCTCACATCACACTTCATACATTTTCCTCTGAAATTCCAATCGTTCCTAACTTTCCGATTTGTGCAGG ACTCGTCGGGAACCACGCTGATGGATCTGATAACGGCGGACCCGACCCCAGCGCCGGCATCATCATCGGCGGTCGCCACT GCTCCATCTCCGGCAGCAACGCCTCCGACTTCTCTGCCCTCGGCGTTGGGTAAACCCGCTACTGAGAAGAAATCGAAGAG AGCCACATTGATGCAGATCCAGAATGACACCATTTCTGCTGCCAAAGCTGCTTTGAATCCAGTCAAGACCAATATCATGT CAACGAAGCAAAAGAAGAAGGTTCCGCACTTTCTTCTCTTCATTACTTAATTCTTAACTTCCTAGAATTTGCGTTTTGCT TGATATTTGATTCATCGTGCATCGTAGATCAGTTAGTTTTGAGTTCAACGATATCGATTTTGTGCACGTACTTGAAAGCA AGCTCTGTGTTCTCATGGACCATAGTTTAGTTTATAGTTGTTACTTGATAGCGAATCACTGTGTAGAAGAAGGTAATATT GATTGATAATGCGTAATTCAGTGCGTTTAATCTTCGTACTACGTTTTCGTTTGCAGCCAGTTTCCTATGCACAACTCGCG AGAAGTATCCATGAGCTAGCTGCCACTTCTGATCAGGTGAGTGTAGCTTTTTTCATTTCTAGGTTATGCTTTTGTGTTTG GATGGGAAAGTAGAGACTCTCTCATGTTTTGGTTTTGATGGTAACATGGTTTCAGAAAAAATCTGTTCGGCAATTAGTGC ACCATGTGTTTCCAAAACTTGCTGTGTATAATTCCGTGGACCCTTCGCTCGCTCCATCTCTTCTTATGGTATGCTTCAAT TCCTTTGAAATTTAACATTCTCTAATGTATGTGATTTACCGCGTCTTGCATTCTTTGTTTTTATACCTTATACTGAATTT 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TTTCCCTAGATTCCTCAGGTTTATAACCTTGCATGGTGGAAAATCAGTCGCTGATTGCCTACTTCTTGCTGCAGGTTAAG AAGAAACGCCCTGGCAGGGATGGCAAGATGGCTGGGCTTGTCCCTGTTTTATATGTCAATCAGGCCTGA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0438800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGGACTCGTCGGGAACCACGCTGATGGATCTGATAACGGCGGACCCGACCCCAGCGCCGGCATCATCATCGGCGGT CGCCACTGCTCCATCTCCGGCAGCAACGCCTCCGACTTCTCTGCCCTCGGCGTTGGGTAAACCCGCTACTGAGAAGAAAT CGAAGAGAGCCACATTGATGCAGATCCAGAATGACACCATTTCTGCTGCCAAAGCTGCTTTGAATCCAGTCAAGACCAAT ATCATGTCAACGAAGCAAAAGAAGAAGTTGATAATGCGTAATTCAGTGCGTTTAATCTTCGTACTACGTTTTCGTTTGCA GCCAGTTTCCTATGCACAACTCGCGAGAAGTATCCATGAGCTAGCTGCCACTTCTGATCAGAAAAAATCTGTTCGGCAAT TAGTGCACCATGTGTTTCCAAAACTTGCTGTGTATAATTCCGTGGACCCTTCGCTCGCTCCATCTCTTCTTATGCTAAAT CAACAATGTGAAGATAGAAATGTCCTACGATATGTCTATTATTACCTGGCCAGAATTTTGTCTGACACCGGTCCCCAAGG GTTGAGCACAGGTGGTGGGATACCCACCCCTAATTGGGATGCTCTGGCTGACATCGATGCAGTTGGGGTTCATGCTCGAA GACTACAATCCTTGAAGGCACTTACATATTCTCCTTCAACCAACTCTGAAATTTTGTCCAGATTGTATGAAATTGTATTT GGGATACTAGAGAAGGTTGGTGATACTCCACAAAAGAAAAAGAAAGGCATACTGGGCGCTAAAGGTGGTGATAAAGAATC TATAATTCGAAGCAATTTGCAATATGCTGCCTTGAGTGCTCTGAGAAGACTCCCTCTTGATCCTGGAAATCCAGCATTTC TGCATTATGGTGTACAAGGGATATCATTTGCTGATCCGGTTGCTGTGAGACATGCACTGGAAATTGTTTCTGAGATAGCT GCTAGGGACCCCTATGCTGTTGCAATGGCCTTAGGAAAGCATGTGCAGCCTGGAGGGGCCTTACAAGATGTTCTCCATTT GCATGATGTTCTTGCTAGAGTTTCTCTAGCGAGGCTGTGCTGTACAATATCGAGAGCTAAAGCTTTAGATGAGAGGCCAG ATATTAGATCTCAGTTCAATTCAGTTCTCTATCAACTTCTGTTGGATCCCAGTGAACGAGTCTGCTTTGAGGCAGTTTTG TGTATACTTGGAAAATATGATAACACTGAGAGGACTGAGGAGCGTGGTGCTGGGTGGTATCGTTTGACTAGGGAGATTCT CAAGTTGCCGGAGGCATCATCGAAGGAAAGTTCTAAAGATAAATCAAAGAAGATAAAACGACCACAGCCTCTTATAAAAC TTGTAATGAGAAGGTTAGAGAGTTCTTTCCGAAGCTTTTCTAGACCCGTGCTTCATGCAGCAGCTAGAGTTGTTCAGGAA ATGGGGAAAAGTCGGGCCGCCGCTTTTGCTATGGGCATACAGGATGTTGATGAAGGAGCACATGTCAATACATTTGCTGA GGATACAGATTTAAATGATTCAGATGAAAGCACACATCCTGAAAGCATCCGAAGAACTTCTTCAGTATCTAATGGAACTG CTGGCAGAGATACCATTGCGGGTATGTTGGCTTCATTAATGGAAGTGGTACGGACAACAGTTGCCTGTGAATGTGTTTAT GTACGAGCTATGGTGATCAAGGCATTAATCTGGATGCAAGGCCCAATTGACTCATTTGATGAATTAGAATCTATTATTGC GTCAGAACTTTCTGATCCAGCTTGGCCAGCAGCCCTATTGAATGATGTACTACTCACTCTGCATGCTCGGTTTAAGGCTT CTCCAGATATGGCTGTTACTCTTCTTGAAATTGCTAGAATATTTGCTACTAAAGTTCCAGGAAAGGTTGATGCTGATGTG CTACAACTGCTTTGGAAGACTTGTCTTGTTGGAGCCGGTCCTGATGGGAAACATAAAGCTTTAGAAGCAGTGACAATTGT TCTTGATCTACCACCTCCACAACCAGGATCAATGCTTGGTCTTACTTCAGTGGACAGAGTTTCTGCATCTGACCCGAAGT CTGCTCTTGCGCTGCAAAGACTGGTCCAAGCTGCTGTTTGGTTTCTTGGAGAGAATGCAAATTATGCTGCTTCAGAGTAT GCTTGGGAATCTGCAACCCCTCCTGGTACAGCATTGATGATGTTAGATGCTGATAAAATGGTAGCTGCTGCTAGTTCTCG TAATCCTACTCTAGCTGGTGCCTTGACTAGGCTCCAGAGGTGTGCATTCAGTGGCAGCTGGGAGATTCGAATTATTGCTG CTCAGGCTCTTACAACTATGGCAATTAGATCTGGTGAACCTTTCAGGTTACAGATTTATGAGTTTTTGCATACTTTGGCT CAAGGTGGTCTGCAGTCACAGTTCTCAGATATGCATCTTAGTAACGGAGAAGATCAAGGAGCTAGTGGTACAGGCCTTGG AGTTTTATTAAGTCCTATGATAAAGGTTTTGGATGAGATGTATAGAGCACAAGATGAATTGATAAAGGAAATACGCAATC ATGACAATGCTAAGAAAGAATGGACTGATGATGAGCTGAAGAAACTATATGAAACCCATGAAAGGCTGCTAGACCTTGTT TCATTGTTTTGTTATGTTCCAAGAACAAAGTATCTACCTTTGGGCCCAACAAGTGCCAAACTCATTGACATCTATCGAAC TCACCACAATATTAGTGCATCAACTGGTTTGAGTGATCCAGCTGTTGCCACCGGCATATCTGAACTTGTCTATGAATCCC AACCTCCCGCTGCTGAACCTGATACACTTGATGATGACCTAGTAAATGCCTGGGCGGCAAACCTTGGAGATGATGGTTTG TGGGGAAACAATGCACCAGCAATGAATAGGGTCAATGAATTTCTGGCGGGCGCTGGAACAGATGCCCCAGAAGTTGATGA AGAGAATATTATCTCTAGGCCTTCAGTTAGCTATGATGATATGTGGGCAAAAACACTTCTAGAATCTTCAGAACTAGAGG AAGATGATGCAAAGTCATTGGGATCATCATCTCCCGATTCAACAGGTTCAGTTGAAACTTCGATATCATCCCATTTTGGT GGAATGAGCTACCCTTCACTGTTTAGTTCACGGCCAACCACATATGGAGCAACTACGGACAAGGCACAAACAAGCCGAGG TAGTGGTTCCTCTCTATATGAGGGTCCTGGTTCTCCGATAAGAGAGGAGCCGCCATCATACTCATCCTCTGTCACGCAAA GATATGAATCATTCGAGAACCCCCTGGCAGGGAGCGGATCTCAAAGTTTTGGGTCTCAAGATGAGGAACGAATTTCATCT GGAAATCCACAATTTGGATCTGCACTTTATGACTTCACAGCTGGAGGAGACGATGAATTGAGTTTAACCGCTGGAGAAGA GGTTGAGATTGAGTACGAAGTAGATGGCTGGTTTTATGTTAAGAAGAAACGCCCTGGCAGGGATGGCAAGATGGCTGGGC TTGTCCCTGTTTTATATGTCAATCAGGCCTGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0438800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADSSGTTLMDLITADPTPAPASSSAVATAPSPAATPPTSLPSALGKPATEKKSKRATLMQIQNDTISAAKAALNPVKTN IMSTKQKKKLIMRNSVRLIFVLRFRLQPVSYAQLARSIHELAATSDQKKSVRQLVHHVFPKLAVYNSVDPSLAPSLLMLN QQCEDRNVLRYVYYYLARILSDTGPQGLSTGGGIPTPNWDALADIDAVGVHARRLQSLKALTYSPSTNSEILSRLYEIVF GILEKVGDTPQKKKKGILGAKGGDKESIIRSNLQYAALSALRRLPLDPGNPAFLHYGVQGISFADPVAVRHALEIVSEIA ARDPYAVAMALGKHVQPGGALQDVLHLHDVLARVSLARLCCTISRAKALDERPDIRSQFNSVLYQLLLDPSERVCFEAVL CILGKYDNTERTEERGAGWYRLTREILKLPEASSKESSKDKSKKIKRPQPLIKLVMRRLESSFRSFSRPVLHAAARVVQE MGKSRAAAFAMGIQDVDEGAHVNTFAEDTDLNDSDESTHPESIRRTSSVSNGTAGRDTIAGMLASLMEVVRTTVACECVY VRAMVIKALIWMQGPIDSFDELESIIASELSDPAWPAALLNDVLLTLHARFKASPDMAVTLLEIARIFATKVPGKVDADV LQLLWKTCLVGAGPDGKHKALEAVTIVLDLPPPQPGSMLGLTSVDRVSASDPKSALALQRLVQAAVWFLGENANYAASEY AWESATPPGTALMMLDADKMVAAASSRNPTLAGALTRLQRCAFSGSWEIRIIAAQALTTMAIRSGEPFRLQIYEFLHTLA QGGLQSQFSDMHLSNGEDQGASGTGLGVLLSPMIKVLDEMYRAQDELIKEIRNHDNAKKEWTDDELKKLYETHERLLDLV SLFCYVPRTKYLPLGPTSAKLIDIYRTHHNISASTGLSDPAVATGISELVYESQPPAAEPDTLDDDLVNAWAANLGDDGL WGNNAPAMNRVNEFLAGAGTDAPEVDEENIISRPSVSYDDMWAKTLLESSELEEDDAKSLGSSSPDSTGSVETSISSHFG GMSYPSLFSSRPTTYGATTDKAQTSRGSGSSLYEGPGSPIREEPPSYSSSVTQRYESFENPLAGSGSQSFGSQDEERISS GNPQFGSALYDFTAGGDDELSLTAGEEVEIEYEVDGWFYVKKKRPGRDGKMAGLVPVLYVNQA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 34 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 54 | 54 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 125 | 801 | 677 | 2.56E-11 | ||
| MobiDBLite | 508 | 531 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1013 | 1036 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1021 | 1036 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 1051 | 1124 | 74 | - | – | |
| MobiDBLite | 1051 | 1072 | 22 | - | – | |
| MobiDBLite | 1083 | 1124 | 42 | - | – | |
| Gene3D | 1103 | 1181 | 79 | 1.9E-10 | – | |
| ProSiteProfiles | 1121 | 1183 | 63 | 16.627 | ||
| SUPERFAMILY | 1123 | 1181 | 59 | 3.34E-10 | ||
| SMART | 1124 | 1182 | 59 | 1.4E-6 | ||
| Pfam | 1128 | 1180 | 53 | 4.4E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0438800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…