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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0038300 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0038300.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | ERD (Early-responsive to dehydration stress) family protein; TAIR: AT1G58520.1 GDSL-like lipase/acylhydrolase superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4IBD7|CSCLA_ARATH CSC1-like protein RXW8; TrEMBL-Plants: tr|I1J3Z8|I1J3Z8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0038300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:6389481..6404271) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CGACGCTTATGCATGAATTATTACGATTATCACTTTATTATAATTATAATTATAATAAGAACGTGGCTTTTCTGTAATCA ACGAGTACGTTCGTTCTTGCTTTAAGCTAATTTTCGTGTTCGTTGGTTTGCTGAGATTTTTGCTGCGATTTTTCCCTGCG AGTTTCAACAGAAAGGAGCAAAGAAAAAGGGAACAAAATTGATTACAATTTCGAAACTTAGGGTTTCGATTTCTGTTTGT TGCCGTGGAATCAATCTCAAATTCTCATTCCATTTCACGTTTTGGTGAAGTAGAAGCAACACGCACGCACGCCATTGCCC TGCGAGTTTCAACTATTAATCATCGCGTTTTTCGTGGAGACGAATTGCTCATTGATGTTGCTGGTACATTTTGCTTTCTT CGGATTCGGTTAATTGCTTCATTTTAAAATCGTTTTTGTTGTGTTTGGTTGAATTGGGGGTTACAGAAAGAAGACTCTGT TTTGGTAACGCATGAATGATAATCTAATCAATTATTGTTGTTGTTGATAGTGCTTTCGTGAACTGCTTTTGCTTCTTTTG TTTCCTGGCTTCTGAATCCTACTTTGTACACTGCCAGTTTTATCTACACTGAATTGGGCTTTGCACATTCAACATCAAAT TTATTATTGAATGAAATTGAGCATTTTCGGAGTGTTTGGAATTGGAATCAAATATTTTGTTGATTGATGTTTTTTTGTTT GTTTTAAGTGTTAGAATTGAATTCCCCCTTATTTGTAGGTCAGGATAAAACAACAAATTACTAGTGTAAGGTCAATCCGG TTCATCTTAAATGCATTCGATTTGTAAATCAACTCAAATAATCAGATTTCACTTCTTCAAATGAGTGTTCTTAACATGAA AAATGATTTTTAAATCAAGTCAAGTTAATTCCAATAATATGAACTCCAATTTTTAGTGGTTCCAAACACAACCTTTGACT 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GGTTAGGTGCTGGCTTTTGGTTAGCTACTGGCTTCTAATTTTTGCAGGTGAAGGAGATGGAGGAACTTTATGAAAAATGT GGTGTCGTGAAGTCCCTGTTTTGGTGTGCATGCGTCGGTGGAACGATGTTGCTTCATATGTTAGGATAAGCTTTCATTCT TTGATGGTGGATAATGAAGATGAATGAAGATGGAGGTGGAGGATGAAAATGGTTGATGGAGAATTAAATTTATTAATGTT AATTTGAGATTTAAACATGTTTAATTTTTAAGTTTTAACTTTTAATTCATGAAGAAAGATTTTTTTTTGTAATTTCAATT TTTTAGTACATAATTTTAATTTTAATTAATTTTTAATTCCATGGCTGAAAATAAATTTAAATCAAAATGAC
CDS sequence (LotjaGi5g1v0038300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGACATTGCTGCTCTTTTAACTTCTGCTGGAATTAATATTGCTGTGTGTGTAGTGCTCTTTTCATTTTACTCAGTGTT AAGGAAACAGCCGGGTAATGTTAGTGTGTACTTTGGACGGAGACTAGCTTCTAAGCATTCAAGACGCCTTGAATTCTGCC TAGAAAGATTTGTTCCATCCCCTAGCTGGATATTAAAAGCATGGGATACATCTGAGGATGAGATATTGGCTATCGGTGGC TTGGATGCTGTGGTTTTTGTAAGGATACTTGTGTTTAGCATTCGAGTATTTTCCATTGCCGCTGTCATCTGCATTTCCAT AGTGCTTCCTGTAAATTACAATGGTAAGACCAGAATGCATAAGGATATACCTTGGGAATCACTCGAAGTATTTACCATCG AGAATGTCAATGGTGCAAAATGGCTTTGGGCTCATTGTCTCGCATTATACATCATAACACTTGCGGCTTGTACTCTTCTT TACTTTGAATATAAAAGCATTACAAATTTGAGGCTGCTACATATTATTGGATCACCTCCAAATCCAAGTCATTTTAGTAT TCTCGTGCGATCAATTCCCTGGTCTTCAGAAGAATCATATTGTGAGACTGTGAAAAAATTCTTCTCATATTATCATGCAT CAACATATTTGTCACACCAAATGATTTATAAGTCTGGTACAGTACAGAAACTGAAGGATGATGCTGGACATATGTGCAAG GTACTTAGAGATTCTTCACTGGAAAAGAGTTGTAGGCCAAGTTTTATGCAGTGTTGGTGTTCTGGAGCACCCAAAAATTC TTTTAAGATGATTCCTGATGAGATAGATAGTATACCGGGCTACACTGACATGCATCTAGATACAAGAAAAAAGGAATGCG CAGCTGCTTTTGTGTTCTTTAAAAGTCGGTACGCAGCTCATATGGCTGCACATTCACTGCAAACATCAAATCCTATGTTA TGGGCAACAGACATAGCTCCTGAACCACATGATGTTTACTGGTCCAATATTAGCATACCATACAGGCAACTTTGGATCCG TAATATAGCTACACTCGTGGCTTCAATTGCCTTCATGCTCGTGTTCCTTATCCCTGTTACATTTGTACAAGGCTTGACTC AACTAGACGAGCTTCAGAAAATGTTCCCTTTTCTAATAGGGATTCTTAAAAAGAAATTCATACGTCAGCTGGTGACTGGT TATCTACCAAGTGTGATATTGGTTTTATTTATGTGTGCAGTTCCACCAATGATGATGCTATTTTCAGCCGTGGAGGGTTC TATTTCACGTAGTGAGAGGAAGAAGAGTGCATGTTGCAAAGTCTTGTACTTTACTATCTGGAATGTGTTTTTTGTTAATG TTTTTACTGGTTCCGTTATCAGTCAACTCTCTGTCTTTTCGAGTGTAACAGACCTGCCTGCCCAACTTGCCAAGGCAGTG CCATCCCAGGCTACTTTCTTCACAACTTACGTTTTATCATCTGGTTGGGCAAGTTTGGGAGTTGAAGTTATGCAAATTTT TCCTCTTATATGCAATCTATTGCAGAGATACGTACTCAGGCAGAAAGACGATGCAAGTGGTGGCAGCCTATCTTTTCCGT ACCATACAGAAGTTCCAAGGGTCTTATTGTTTGGATTCCTTGGATTCACCTGTGCTATTCTGGCACCTCTAATATTGCCC TTCTTATTGATCTACTTCTTCATTGCTTACCTTATATACCGAAATCAGATTCTCAACGTGTACATCACAAAATACGATAG TGGAGGACAGTTCTGGCCCATTGCACACAACACAACCGTGTTTTCGTTGCTAGTTGCACAACTTATTGCGCTAGGAGTGT TTGGACTAAAACGCTCATCAGTTGCATCTGGATTCACCATTCCCCTGCTGATTGGAACCCTTCTTTTTCACCAGTATTGT AGGCAACGATTTCTCCCTGTATTTAGGAGTAATTCAGCACAGATCCTTATTGACATGGATAGGAGAGATGAGCAGTGTGG AAAAATGGAAGAGATTTATGAACAATTGCGTTCAGCCTACAGCCAGCTCAGTTTAGTGCCGGATGCCTCAAGCCAGTCTG GATCTTCCAGTCAGCACGAGGAGAAGGGGAGTGCTGAGTCTTCGGGAGATATGGAGAAAGGCAAGGAAATTGGTCCAAAA GATAGATCATCATGGCCTGTTCATCTAAAGAGTCCGGAAAAAGCGGTATCTGATGAAAAGCAGTCGAGTACTTCGCCTCT TGCATTGAGGAAGAATAATTCTGATGTGATTGTGCCCGAGGCAGTGCGCGAACATTTAGTCATTGACAGATTATGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0038300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDIAALLTSAGINIAVCVVLFSFYSVLRKQPGNVSVYFGRRLASKHSRRLEFCLERFVPSPSWILKAWDTSEDEILAIGG LDAVVFVRILVFSIRVFSIAAVICISIVLPVNYNGKTRMHKDIPWESLEVFTIENVNGAKWLWAHCLALYIITLAACTLL YFEYKSITNLRLLHIIGSPPNPSHFSILVRSIPWSSEESYCETVKKFFSYYHASTYLSHQMIYKSGTVQKLKDDAGHMCK VLRDSSLEKSCRPSFMQCWCSGAPKNSFKMIPDEIDSIPGYTDMHLDTRKKECAAAFVFFKSRYAAHMAAHSLQTSNPML WATDIAPEPHDVYWSNISIPYRQLWIRNIATLVASIAFMLVFLIPVTFVQGLTQLDELQKMFPFLIGILKKKFIRQLVTG YLPSVILVLFMCAVPPMMMLFSAVEGSISRSERKKSACCKVLYFTIWNVFFVNVFTGSVISQLSVFSSVTDLPAQLAKAV PSQATFFTTYVLSSGWASLGVEVMQIFPLICNLLQRYVLRQKDDASGGSLSFPYHTEVPRVLLFGFLGFTCAILAPLILP FLLIYFFIAYLIYRNQILNVYITKYDSGGQFWPIAHNTTVFSLLVAQLIALGVFGLKRSSVASGFTIPLLIGTLLFHQYC RQRFLPVFRSNSAQILIDMDRRDEQCGKMEEIYEQLRSAYSQLSLVPDASSQSGSSSQHEEKGSAESSGDMEKGKEIGPK DRSSWPVHLKSPEKAVSDEKQSSTSPLALRKNNSDVIVPEAVREHLVIDRL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 5 | 5 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 730 | 730 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 730 | 730 | 0.0 | – | |
| TMHMM | 5 | 27 | 23 | - | – | |
| Pfam | 6 | 163 | 158 | 2.3E-37 | ||
| Phobius | 6 | 27 | 22 | - | – | |
| Phobius | 28 | 84 | 57 | - | – | |
| Phobius | 85 | 109 | 25 | - | – | |
| TMHMM | 89 | 111 | 23 | - | – | |
| Phobius | 110 | 140 | 31 | - | – | |
| TMHMM | 141 | 163 | 23 | - | – | |
| Phobius | 141 | 162 | 22 | - | – | |
| Phobius | 163 | 348 | 186 | - | – | |
| Pfam | 184 | 336 | 153 | 1.1E-22 | ||
| Pfam | 347 | 614 | 268 | 3.8E-71 | ||
| Phobius | 349 | 372 | 24 | - | – | |
| TMHMM | 351 | 373 | 23 | - | – | |
| Phobius | 373 | 400 | 28 | - | – | |
| Phobius | 401 | 421 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 402 | 424 | 23 | - | – | |
| Phobius | 422 | 440 | 19 | - | – | |
| Phobius | 441 | 463 | 23 | - | – | |
| TMHMM | 444 | 466 | 23 | - | – | |
| Phobius | 464 | 540 | 77 | - | – | |
| TMHMM | 492 | 514 | 23 | - | – | |
| Phobius | 541 | 573 | 33 | - | – | |
| TMHMM | 541 | 572 | 32 | - | – | |
| Phobius | 574 | 593 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 592 | 614 | 23 | - | – | |
| Phobius | 594 | 615 | 22 | - | – | |
| Phobius | 616 | 620 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 621 | 640 | 20 | - | – | |
| Phobius | 621 | 640 | 20 | - | – | |
| Phobius | 641 | 771 | 131 | - | – | |
| MobiDBLite | 687 | 755 | 69 | - | – | |
| MobiDBLite | 687 | 702 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 703 | 737 | 35 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Membrane | A lipid bilayer along with all the proteins and protein complexes embedded in it an attached to it. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0038300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…