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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0190100 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0190100.1 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit alpha; TAIR: AT5G28850.2 Calcium-binding EF-hand family protein; Swiss-Prot: sp|Q5QIT3|2AB2B_ARATH Serine/threonine protein phosphatase 2A regulatory subunit B''beta; TrEMBL-Plants: tr|G7I4V6|G7I4V6_MEDTR Calcium-binding EF-hand protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0190100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:48242329..48254509) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAGATTTATCTATTTTTCCCACCTGAAAAAAATTCAAAATTATTCCTGAAAGTGAAGAAACCCTTTTCATTAAGCTTTGC AATTGCAATCACTCACAAAACCAAACTCACTCTCAGTTGGTACAGTGCGTGTACACACACAAACACAACACATAAATACA AACTCTCTACTCCTATTATTGCCTCTTTTCCTTCATCATCACCACCAATTCCATTCCCTCTTTGCTACTATTTCTTTTTC AAACCTCCAAACCAAACAGGGTTTTTCTCTTCTCTTCTTTTTCTTTCTCTTCTCTTCTCTTTTTTATTTTTTTAATTTTC ATTTTTTTCACACTCGAATTTTCTTCTCTTCTCACATCGAAAACTTCCCCTTTTTGATTCTCTGCAAAATCACTTTTTGC CTCTCCCAGAATCAAATTCCCTGGAATTCCAATTCTGGGTCGTGTTTGTTTTCTTCAAAGACTCAAACGAGACGAAGCAA AACGATCCTACTGGTTCTTCTTCTCTCGTAGTTCGTGGATACCCGTGATTGTTTTTGGCTGAAAGCTGCTTATTTGGTTA CTGGTTTTTGCTAACCCAAGCGGTAGAAGATGGTTAGAGTGAAGAATCAGAGTGATTGTTGAAGTAGTGAGGTTTAGGGT TTTTGGTGGGGTTGTGGTTGAATTAGGGTTTAGGGTGCATGAGAGGTAGAATTGTGCTGTGATGGATGTGGAGGGAACTG GGGAGTTGGTGCCTTTGGACCCAGATATGTTGCAGCTTCAGGAAGTGTCTCCTATTGCACTCAAATCGAATCCTTATGTT GCTGAGGAGCTTTTCTCACAGTGGCTTTCGCTTCCGGATACGTGTCGCCTGGTACTTGCATAATTGATTTGAACTGCCCC AATTATACTTTTCCATGAATGAATGATGTTTTTGCTATTGACTTGAGTAATGGAGATGTTGCCAAGAGAGGTGGCATATA 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CCATATAACAAGAATAAGCTTTCTCATGAGTGGTGTGAATTTAACTATATAGTTTCAAAATTATGCAGTGCTAGGACCAG AGATATTTTAATCTATTTTCAAATTTCCCTCCCAGTTCCCCTCTCTAAAACATCACCATTTTGTTGTTTGTTGTTTATTT GTTTTAATTCTTCTAGCTGTATTTTTTATATCTTTCTTTCAAGGTGCATCTGTTTAATTTTTTTATTGTTGCTATATTAA CGCAGGTTAAGTCATTGCTTGCTGATGCAAAGGCAGGAGCTCCATTTAGTGCTCTTGAGAACTTAACAAATACAAACGCT CTTTCAAGCAACCCATTACCGAACTTATTTCCTGCTGGGAGTACACCACCACTTTCCCCACGCAGTTCATCTGGTTCGCC ACGTACCATGAAACAGAGAACTAGTCCTTCTTCATTAGGTTCTCCACTAAAATTAGTCCGTGAACCTGCAAGGGAAATCA TTCCTCAGGTATTTGTTATTGTCTAATGTCTTATTCTTTGTACTGTTTTCTCTAAACTTTTTTTTGGCATGTCTAGAAAG GAGTCATTCTTTGTTTTACAGTAATTAGCATTACTTTGATGTGCTTGCAGTTCTACTTCAAAAATGGTCCTCCTCCTCCA AGTGAACTAAAAGAGCATTTCCTGTTTCAAATTGAGAGTCGATTCTATGGTCATTTGGATGGTCTGAAACTACATGGTGA GAACATGATATCTGTGGGTTTAAAAGTTCTATGTTCTCAATTATGTCATGCTCGTCTGGAGAAATATTAGTTGTTATTAA TTAGTATTTGTATTCTATTTTGCAGAATTTAAGGCTGTTACAAAAGAGATCTGTAAACTTCCCTCATTTTTCTCCACTGC TCTTTTCAAAAAGATTGATATTAGTTTTACTGGAACCATAACTAGGTACCAACTTTCTTATTGGATAATTCTATACAGAC 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GAACTGACTTGACAGCTCGTACTCTATCTGAATAATAGAACTCTAGGTACTATCTCCATTCTATACCATATCAATATTTG ATGCTAAGAGATAACCACAAATACACGAGCAACTTCCTTTGTGCTTGGTCTTGTGTTCAAACTTGAGTCATATTGGTGTA TATAGTCTTCTCTGTAGTCTGGACAATACATGAAGTTTCTGCCATCTAGCAGTTTTGCTGCCAGAAGTCAGTATCTGCTT GTGTCAGCTGAGTCAGTCAGTATCTGTTGGTTATTCTGTTAGAATATTTTATTCGTTGGTTAATGGATATTGTTTGTGAA CCAGTTCTATCTTCTATGTACCTAACAGTATGAGGCTTCAAGTAAGTAAAATAAACTCAACAAGCTTCTCTTCCTTCTCT CATTTTCTGTTACATTCTATTTAATTGTCTGATATTTATCGAGTCATTTGATCCCAAAAATGTTGCTAGCCCATGATTAA CTTCGGTTTCCAATTTGCTTATCCCTATAAAAATTAAATTTTATTTTTATTTGCTTCATAAATTTTTACGTAATTTCAGG TACTTCTCATATGAGCATTTTTATGTCATTTACTGCAAATTTTGGGAGCTCGATGCAGATCATGACTTTTTGATTGATAG AGAGAACCTTATTAAATATGGGAACCATTCTCTTACATATCGGATTGTTGATAGAATTTTTTCCCAGGTCTGTTGATATT CATTTTTGTGAATGTACTGAGTTAATTTTTTTTTAATCTTTTTTATCTAAGTTGTGTCACTTGTGTGTTTTTACATATCC ACCTCAAACTTTGTTGGATTTGATTTGCTTTTAGTTTAAATTATTTAATTGGATACTTTTACCCTTATTAGTTTATCATA GGGTTAACAATGTAAATTACTGAACAAGTTCCATTCATTTTTAAGGTGCTCAAATTTTGAATTTGGTTTGCAAATCAGTT CATATTCTTTTGTTTGATAATGAGTTCTGAATATTGGAATTGATTCCTTGATTAATAAAATCAGTTCTATATTTTAATTT TTTTTTTACTTGTATATGCTTAAACTGTGCCAGGTCTCAAGGAAATTCACCAGTAAAGTTGAAGGGAAGATGAATTATGA GGATTTTGTTCATTTCATACTTGCAGAGGAAGATAAATCATCTCAACCCAGTCTGGAATACTGGTATACTACCAGACCTT CTCAAATACTGGGGATCCTTTTAGGAGCATGGAAAACCATGTCTTTACTTACATATAGCAACTTCGATTTATGCTGAAAT TTTTCTAATAATAATATGGAAAATGTTGGTGTCAGACTCGTTGGGTCTAAAGATAAAAGTTCCCTATCATGTATTTTATA ACTGTTGAGATCCCACATCTTCTAGGTATATGACCAAAGTAGAGCTTATACATGCTTGGGAAATCCTCACCTCATGAGCT AGTTTTTTGGTTTGAGTTATTTTCCAGTGCAATCTACTTCTTGGCCATGTGGCTTTTACAGTGCAATAAAAAATTGTTCT ATAATAGCCACGCTCCAGATGTCCAATTTTGAATGTGGCGGGGGGTGGTGAGACTTTAGATCCCTCGCCAACTAGAGATT TGACCAAAGTAGAGCTTGTAACGGTTTGTGCAATAATCACCGGATGAGCTAGTTTTTTGGGGAGTTAGGCTTATCACAAA TTTAAGAGTGACATTTTTAGTACAAACATCGTTTTACACAACATAGGTACTTCATTAGTGGTTCTTTCCCTGAGCTCTTT TGTTACATTGGATCCATATTTTTTATGCTCTTTTATATTGTTATTGTTCGGTTATTAATTTTATTAAATCAGGACTCTTT TTAACAAGCCGTCTTATGCAAGAGTCCATTGCAAGCGTGGACAATGTACATGCTCAACTGTCATGTGCTGAAATTTAACC ATTTCTTTATTTGAATAATGGTGCAATGAGGATCAAACTCTAGGCGACTTGGTCATAAGGTTTTGATACCTTTGTCATGA ACTAACTATCCCAAAAGCTGAAGCTGTTGGGCACATGAATGAATTGTATTTATATTTCTAACAGTAAGCATTTACATTGA AACAAACAACTCGAGTCATTAGTGATATTTGGGACATTCTAATGTATTGACTCTTTCTTATGCCATGTTGAATTAATATT AATTTCTCCTTGGTGAATAATGATAGTTTTGTATACTTGATGCTCTCTTTTCATCTATTCCTTACTGTTCATAGTTTCAT ACATGGAAAGCTGATGTTTTCTTAGCTTTAACCTAATACTATATCTGTTTATCTATATATTTTTATATTTATCTAGTTAT AATAATACACCAAAGTTTGGCTTTCGTGTGAATAAACAGCAAACCACCATAATATCTAACAACTTCAACATTCATGGCAA TGGCATCCTTTAATTTAATCATCCCCTCACTTGCATGGGCTAAATGTTTTAGATTAGTTGGAGCTTCCTGCTTAGTTTTT GGAATTCACTGTTGTTCTTGTCTGTAGATTCATTGTCTGGGACACATAATTCGAATTTCATTTGCTGCAATTTCTTTTCC AAATTCCTCAGCTTTGAAATAGAAACTCAAGATTTTTTTATTTTTTTATTCGTGTAGGTTCAAATGCATTGATTTGGATG GAAATGGAATACTGACATCAAATGAAATGCAGTTCTTTTATGAGGAGCAGTTGCATCGGATGGAGTGCATGGCCCAAGAG CCAGTGCTTTTTGAAGATATATTATGTCAAATAGTTGATATGATCGGACCAGAGGTCTCTCCTTTGTTCTTGTTCTTACA TCTTTGGTTCTTTTTTATTTTTCTTTTCTTGGTTCAGTTTCATTCCTCTGCAGCATAGTAACTGTCCTATGTGTGCAGAA TGATGGATATATCACATTACGAGATGTAAAAGGCAGCAAACTTTCTGGAAATGTCTTCAACATTCTTTTCAATCTCAACA AGTTTATTTCTTTTGAGACTCGGGATCCGTTTCTCATACGTCAGGTAGACGCAAGTTTTAGACCCTACTTCACTATCAGT GAAGGCTCTTAGCAAATATTTGTTGATAAATTCTGATTCCGATGGCATGTTGTCTAGGAACGCGAGGATCCAAATATGAC AGAGTGGGATCGTTTTGCGCATAGAGAGTATATTAGGCTTTCTATGGAAGAAGATGGTGAAGATATGTCAAATGCCAGTG GAGATGTCTGGGAAGAATCACTTGAGGCCCCATTCTGAAATTAATTAGGTATGTTGAGTAATGCTATATATTTAATTAAT TTTGTGTAAGCATCAATGTTAGTTACAATATTTTAGATTTAATTTTTCCTCCAATATCCACCTTTTGTTATAACATCTAG CACCTTCACTTGAGTTCATTGTCCTAATATTGAAGGGGACTTACTCTATTGTGCAAAATTCAGGTTAATTGTGAAACACT CATTATTATTGTCATCATATATTTTAGTCAAAGTTTAAATTTCAAATATAAAAGTCATATTTCTCTGCCTAATTAGTTCC TTAGGTTTTGAGGAGAGTTGGTTTTGAAATAAACTTGGAGCCTCTTACTGAGTTGCAAGAATTCAACCCTTAACCCCCTC CAATACTCACAACTTAATTAAGTGCATATTTGGAGACACAATAGAAGCCTTCCCTTAGCTTTTATGGCCACATGAGGGGT CTTACTTCTTTCATAACCCAATTTTTCCACCCATGCCAGTTCAATCATACTACCAGAAATTAATTTTGAGAAATAATTCG GTTCTCGAAATAAATTTCAGAAGTGATCGAGGGTGATGTGGGTGGAAAGAAGGGATGATGCTTAAACTAACTAATCCCCT TACATGAGATGATATGTTTAGAGTATAAAACCATTCTTGGACTATATGTGTTTGAAGTTTTGAACCCATCTTTGGGCTGT TTTATAGCCTTAAGTACTTCTTGTGTGTGACCTTATTTTCGATTGCGTTATGAATCTTAATTTCTATGACAAAACATTGT ATATCTTTATAAAAATACATATGCCATTTATTGCATTTGTTGTTTGACCTAAATGGATGCTGCAACTGCAGGTAAATGGA AGGCAATGGATGCATGTGCTTCTAAGAATCTGTGCACTCTAACCCTTGAATATGCAAGCGGTATAACATTTGAAGAGGCT TTGGCTGTAAATGTCTAATGGTGGTTTCTCTTTAAATCTGTTTAGCAAGAAACTAAGAACAGCAACAGGGTACTAGCAGG TGCAGATTATTTGTTCTTGTTCATATACTTTTTTTTTAGAATTATCCGTAATTTCTGTAAAAAATCCTTGAAGTCTTTTT TTTTTTCACCTCTGAGTTTTCATTTTTTTTCCTTTACAAATTTTATAATGGTTAATTGTATTAAACTTTCGATGTGTTTC GTTTGTTTATTATAGTGAAGAGAAAATGCCATATCATCGTTAACCTAGAGATCTGTATCTTCTGTTATAAGGGCTGGGGA GAAATATATTGATTTAGTTTAAAAACTCACTGTCGAGATATGGATGATAAGGGAAAAGAAAACAAAAGGGGAAAAATTGA AAGAAAAATAAAGAAAGTAAATGAATATTTTAGTTGAGTTACAAAAAAATGGTTGAAAAACTAATTAGAAAATTGAACCG AATAGTGAAAACCTTAAAGTTGATAATTTTTATTAGATTGGATTTAAATTTGAAAACCAAATCAATTCAATTTATACAAT TTTTTTTTATAAGGAAATATTAGTTGTTAATTGTTAGTAAACTAGTTCATTCGCCAGGATTTGAACCTATGGCTTTTCAC CTTATAAATCTTTTATACAAAATATTTGCTCCATCAACCGGACCATACGCCTCTTGAAATTAGCTCGCAGATACCGATCA CCTTCATAGAAAGTACATCTCTTTCCATCACAGCGAAATCTGCTGGTTGACGTTTCTCAATGAATGTTGATTCACTCTGA TCAATACGGGAAAGCAACTCCAAGACATACATGTCAATTGATAAGGGGCTGGCATGATCATCCCCAAATCCAGTACTGAC TATTGGTCATGATAGTATAACTTAGCATGTTTGCGTCTGGCTGCACCACTTCACAAATACCCCTTGGAGTCAACAACTCT TTGCGCAAGAAATAGTTGATGCACTAATTGGATATTCTCCATTTAATCTACGGGGCTGCACACAGAGTGCCAGATAATAA TATGCCCCCCTCATTTCCATACCTTGGACTTATCAGGACAAACAACCCAGTGTTAGATTCTCCAACTTCGGAATCACCAA ACCCAACCCTATAAAAGGTGGGGTTAATAAACCACAAGGTACACATTCGAGTGATTGTTCGTTCTGTTTGACAATCTCTC CCTTTAGATTAATCAAATTCAATCTCTAAACATCCATAAAAACAGGCACTCGACGCTTAAGAAAAACATAACCTCTTCTT TTTTAACTTAAGAACGTCTAA
CDS sequence (LotjaGi5g1v0190100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATGTGGAGGGAACTGGGGAGTTGGTGCCTTTGGACCCAGATATGTTGCAGCTTCAGGAAGTGTCTCCTATTGCACT CAAATCGAATCCTTATGTTGCTGAGGAGCTTTTCTCACAGTGGCTTTCGCTTCCGGATACGTGTCGCCTGGTTAAGTCAT TGCTTGCTGATGCAAAGGCAGGAGCTCCATTTAGTGCTCTTGAGAACTTAACAAATACAAACGCTCTTTCAAGCAACCCA TTACCGAACTTATTTCCTGCTGGGAGTACACCACCACTTTCCCCACGCAGTTCATCTGGTTCGCCACGTACCATGAAACA GAGAACTAGTCCTTCTTCATTAGGTTCTCCACTAAAATTAGTCCGTGAACCTGCAAGGGAAATCATTCCTCAGTTCTACT TCAAAAATGGTCCTCCTCCTCCAAGTGAACTAAAAGAGCATTTCCTGTTTCAAATTGAGAGTCGATTCTATGGTCATTTG GATGGTCTGAAACTACATGAATTTAAGGCTGTTACAAAAGAGATCTGTAAACTTCCCTCATTTTTCTCCACTGCTCTTTT CAAAAAGATTGATATTAGTTTTACTGGAACCATAACTAGGGATCAATTTATTGACTATTGGATTCGGGGAAACATGTTAG CTATGGATTTACCCACACAAATATATACCATACTGAAGCAACCACATCGATCATACCTTGTACAGGATGATTTCAAACCT ATATTGAGGGAACTATTGTCCACTCATCCTGGATTGGAGTTTTTGCAAAACACGCCTGAATTTCAGGAAAGATATGCTGA GACTGTCATCCATAGAATATTTTACTACATGAACAGATCAGGAAATGGCCGACTTACCCTGAGGGAGTTGAAACGTGGGA ACCTAATTGAAGCCATGCTGCATGTAGATGAGGAAGAGGATATTAACAAAGTTCTGAGGTACTTCTCATATGAGCATTTT TATGTCATTTACTGCAAATTTTGGGAGCTCGATGCAGATCATGACTTTTTGATTGATAGAGAGAACCTTATTAAATATGG GAACCATTCTCTTACATATCGGATTGTTGATAGAATTTTTTCCCAGGTCTCAAGGAAATTCACCAGTAAAGTTGAAGGGA AGATGAATTATGAGGATTTTGTTCATTTCATACTTGCAGAGGAAGATAAATCATCTCAACCCAGTCTGGAATACTGGTTC AAATGCATTGATTTGGATGGAAATGGAATACTGACATCAAATGAAATGCAGTTCTTTTATGAGGAGCAGTTGCATCGGAT GGAGTGCATGGCCCAAGAGCCAGTGCTTTTTGAAGATATATTATGTCAAATAGTTGATATGATCGGACCAGAGAATGATG GATATATCACATTACGAGATGTAAAAGGCAGCAAACTTTCTGGAAATGTCTTCAACATTCTTTTCAATCTCAACAAGTTT ATTTCTTTTGAGACTCGGGATCCGTTTCTCATACGTCAGGAACGCGAGGATCCAAATATGACAGAGTGGGATCGTTTTGC GCATAGAGAGTATATTAGGCTTTCTATGGAAGAAGATGGTGAAGATATGTCAAATGCCAGTGGAGATGTCTGGGAAGAAT CACTTGAGGCCCCATTCTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0190100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDVEGTGELVPLDPDMLQLQEVSPIALKSNPYVAEELFSQWLSLPDTCRLVKSLLADAKAGAPFSALENLTNTNALSSNP LPNLFPAGSTPPLSPRSSSGSPRTMKQRTSPSSLGSPLKLVREPAREIIPQFYFKNGPPPPSELKEHFLFQIESRFYGHL DGLKLHEFKAVTKEICKLPSFFSTALFKKIDISFTGTITRDQFIDYWIRGNMLAMDLPTQIYTILKQPHRSYLVQDDFKP ILRELLSTHPGLEFLQNTPEFQERYAETVIHRIFYYMNRSGNGRLTLRELKRGNLIEAMLHVDEEEDINKVLRYFSYEHF YVIYCKFWELDADHDFLIDRENLIKYGNHSLTYRIVDRIFSQVSRKFTSKVEGKMNYEDFVHFILAEEDKSSQPSLEYWF KCIDLDGNGILTSNEMQFFYEEQLHRMECMAQEPVLFEDILCQIVDMIGPENDGYITLRDVKGSKLSGNVFNILFNLNKF ISFETRDPFLIRQEREDPNMTEWDRFAHREYIRLSMEEDGEDMSNASGDVWEESLEAPF
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 539 | 539 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 539 | 539 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 81 | 116 | 36 | - | – | |
| MobiDBLite | 81 | 117 | 37 | - | – | |
| Gene3D | 125 | 225 | 101 | 8.4E-9 | – | |
| SUPERFAMILY | 162 | 293 | 132 | 2.38E-14 | ||
| ProSiteProfiles | 185 | 213 | 29 | 5.615 | ||
| Pfam | 219 | 305 | 87 | 2.2E-35 | ||
| Gene3D | 227 | 314 | 88 | 1.4E-34 | – | |
| ProSiteProfiles | 265 | 300 | 36 | 5.671 | ||
| SUPERFAMILY | 304 | 460 | 157 | 3.6E-25 | ||
| Gene3D | 315 | 486 | 172 | 3.6E-64 | – | |
| Pfam | 320 | 420 | 101 | 1.7E-15 | ||
| ProSiteProfiles | 391 | 426 | 36 | 9.548 | ||
| ProSitePatterns | 404 | 416 | 13 | - | ||
| MobiDBLite | 519 | 539 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Calcium ion binding | Interacting selectively and non-covalently with calcium ions (Ca2+). |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0190100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…