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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0235700 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0235700.7 |
| Related isoforms 7 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Paladin; TAIR: AT3G62010.1 metal ion-binding protein; Swiss-Prot: sp|Q9ULE6|PALD_HUMAN Paladin; TrEMBL-Plants: tr|G7IAF7|G7IAF7_MEDTR Metal ion-binding protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0235700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:54384198..54401410) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGTCGATACCGAAGGAGCCAGAGCAGGTGATGAAGCTAAGAGGAGGATCGGTTTTGGGGAAGAAAACCATTCTCAAAAG CGACCATTTCCCTGGTTGTCAGAACAAGCGTTTGTATCCTCACATCGATGGCGCTCCCAATTATCGCAAGGTAACTACTA CTCTTCTTCTTCTGCTTCCAATTCATTCCAACCTTGCATTGATTACTCTGAACTTTGATTTTCAATTTTCGTTGCTCGCT TTGTTAGGCTGAGTCGTTACATGTTCACGGTGTTGCGATCCCAACCACTGATGGAATCAGAAATGTTCTTCAGCATATCG GTGCTCAGACCAAACGGAAGGGAGTTCAAGTTCTTTGGATTAGCCTTCGTGAGGAACCGGTACTGTATTGCCATTCTGTG CTTTTCAGCTTCAAATTTGAAATTGAAGTTTCCTGCATATATATATGCTATACAGAAATGAATTGAAATTTGCAGTGTAA TCATGAATATGTTTGTTTGGTAATTAGGTCTTAGTGAGCTCATTCTTATGGATGGCATTTTAATTGAACCTTATTTTTAG CTCTGAATATGATTATGGATGCTCTGATTAGATTATTTTCTTTAGAGCACGCCTTCTGAGTTTTCATTCTTGTGGATGGC ATTTTAATTTTTAATTTTTAATTGAATCTTATGTTTAGTTCTGAATCTGGTTATTCATGCTGTGGTTAAATTCTTTAGAG CATGTCTTCTGAGTTTAGTTCTTTTTTTTTTTTTGAATTTAGCTTGTGTACATTAATGGGCGCCCGTTTGTTTTGCGTGA TGTGGAGAGGCCGTTTTCCAACCTCGAGTATACGGTATGTTCTGGTGAAATTCTTGTTGCTTTGGATTTTTTATGTTCTT TGGGACTTTGCGGTTGGTGTTTTTGAGGTTTGTCGCGTTCCGGAGGTGGTTGTTAATCGAATGTGACCCGTGTTGTGTCG 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TGTACTGAAATTTTCTTTGTTCAATAGATGTGCAGGCGCAGGGCATCTACGAGATGATATTATTTATTATAGTAAAGAAT TTGAGAAGTTTACCGATGGTGATGACGAGGAACGTGCGTATCTTATGGACATGGGAATCAAGGCTTTGAGGTAAACTTAC CGCCTCAACTTCCTACCAACCTGAAATGCTCTCTTGTTATCTAGTTGTATTCTTCCTTTTCATTTTGAGTCCCTAAAAGT TATTTGGAGAGTGAATCACTCTGTGGTGGGGATTAATAAAAAATGATGCTAGAATTGGTACAATCACACCCCTCAATAAC ATAGAAATTGGTTTTGATTCATACACTGTTAAATTATTATAGATCTTGTAAACCAAACTTTAAAATTTAAGCAAGAGTAA GTATATTATGAAACAGATAATATTTTAGTTTGTAGGTGAAGTATATATGTATGCCAATTTCAACACAAACTAATTTTATT ATAACAATAGAAACAAAACAGTTTTTTTTTTATTATTGCAGTTTTTGAACATGATGAGCATGACAATAGTAGAAAATGTT GGCTAAATATAAAGTGTTCGAGCATAATGAGCTTGACCCAAACTTTAGATGTGGATTTTCAATTTCATTTTATAAAACAT TTTACCATATGCATATATACTTATATTGTCTCTGAGTAGTGGCTTTTATATTTATTGCTTGTGAATATTGGACATATTAT TTTGTTGTGTAGCCATTTATGTTTTCCCCCTCATCTGCAGGCGGTATTTTTTCCTTATCACATTCAGATCTTATCTTTAC TGCACCTCTCCTTCCAATATGGAATTTGCTGCTTGGATGGATGGAAGACCTGAGCTTGGTCATCTATGCAACAATCTTAG AATTGATAAATAA
CDS sequence (LotjaGi5g1v0235700.7) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCGATACCGAAGGAGCCAGAGCAGGTGATGAAGCTAAGAGGAGGATCGGTTTTGGGGAAGAAAACCATTCTCAAAAG CGACCATTTCCCTGGTTGTCAGAACAAGCGTTTGTATCCTCACATCGATGGCGCTCCCAATTATCGCAAGGCTGAGTCGT TACATGTTCACGGTGTTGCGATCCCAACCACTGATGGAATCAGAAATGTTCTTCAGCATATCGGTGCTCAGACCAAACGG AAGGGAGTTCAAGTTCTTTGGATTAGCCTTCGTGAGGAACCGCTTGTGTACATTAATGGGCGCCCGTTTGTTTTGCGTGA TGTGGAGAGGCCGTTTTCCAACCTCGAGTATACGGGAATTAATAGGGAAAGAGTTGAACAAATGGAAGATCGTTTGAAAG AAGATATTCTGACGGAAGCGGCCAGATATGGTCATAAGATCCTTGTCACTGATGAACTGCCAGATGGTCAGATGGTGGAC CAATGGGAATCGGTGTCATCTAATTCTGTGAAGACACCACTAGAGGTGTACCAGGAATTGCAAGTGGAAGGATACCTTGT TGACTATGAACGTGTTCCTATAACTGATGAAAAATCCCCAAAGGAACTGGATTTTGATATTTTGGTTCATAAAATTTCAC AAGCCGATGTAAAAACAGAGATAATTTTTAATTGTCAAATGGGGCGTGGACGGACTACAACTGGAATGGTCATTGCAACT CTGGTTTACCTCAATCGAATTGGATCTTCTGGTATTCCAAGAACCAATTCAGTTGGTAGAGTTTCTCAATGTTTGACTAA TGTTGCTGACTATATGCCTAACTCAGAGGAGGCAATTCGGAGGGGAGAATATGCAGTCATCAGAAGCTTGATTCGGGTGT TAGAGGGCGGTGTTGAGGGGAAAAGACAAGTGGACAAAGTCATTGACAAGTGTGCCGCAATGCAGAACTTACGTGAAGCA ATTGCCACCTATCGCAATAGCATTTTGCGGCAACCAGATGAGATGAAAAGGGAGGCATCACTTTCTTTTTTTGTGGAGTA CTTGGAGAGATACTACTTTTTAATATGTTTTGCTGTATACTTACATTCAGAAATGGCTGCTCACCGTTCAAGTTCGGGTG GCCATAGTAGTTTTGCTGACTGGATGCGAGCTAGGCCGGAGCTCTATAGCATTATTCGCAGGTTGCTGAGGAGAGATCCA ATGGGTGCACTTGGATATTCCAGTTTGAAACCATCACTAGAGAAGATTGCGGAGTCTACAGATGGCCGCCCTTCTGAGAT GGGCGCAGTTGCAGCCTTGAGAAATGGTGAGGTTCTTGGCAGTCAAACTGTTCTAAAAAGTGATCATTGTCCTGGATGTC AAAATCCAAGATTACCTGAGAGAGTAGAGGGGGCGCCTAATTTCAGAGAAGTTCCTGGGTTTCCAGTTTATGGAGTGGCA AATCCAACTATCGATGGTATTCGTTCTGTGCTTCATAGGATTGGTAGCTCTAAAGGTGGGCGCCCAGTACTTTGGCATAA TATGAGAGAAGAACCTGTTATTTACATTAATGGGAAACCATTTGTTCTTCGTGAAGTTGAAAGACCATACAAAAACATGT TGGAATACACGGGTATTGGTCGTGAAAGGGTTGAGAAAATGGAAGCTCGATTAAAAGAAGATATACTACGGGAAGCGGAA CGGTATGGTAGTGCCATAATGGTTATTCATGAAACAGATGATGGGCATATATATGATGCATGGGAGCATGTTACCTCTGA TGTGATTCAAACTCCACTTGAAGTTTTTAAAAGCCTGGAGGCTGATGGATTTCCCATTAAGTATGCACGTGTTCCAATCA CTGATGGAAAAGCTCCTAAAAGTTCTGATATTGACACAATGACATTAAATATTGCCTCTGCTTCAAAGGACACTGCTTTT GTTTTCAATTGTCAGATGGGTAGGGGTAGAACAACCACAGGTACTGTGATAGCTTGCCTTGTGAAACTTCGAATCGATTA TGGGAGGCCCATTAAAATACTGGGGGATGACGTGGCCCGAGAAGAATTGGATGGAGGTTCCTCGAGTGGAGATGAAGTTG GTGGTTATGTTACTGCATTAACTCCTGATAATTTGCTAATAAAAGATGACAAACAAAATCATGTTTTTGGTATAAATGAC ATCCTCTTGTTATGGAAGATAACAGCTTATTTTGATAATGGGGCGGAGTGTCGTGAGGCCTTAGATGCTATCATTGATAG ATGTTCTGCACTTCAAAACATTCGCCAAGCTGTTCTGGAATATAGAAAAGTATTCAATCAACAGCATGTTGAGCCAAGGG TAAGAAGGGTGGCATTAAATCGTGGCGCTGAGTACCTGGAACGATACTTCCGTCTTATTGCTTTTGCAGCATATCTTGGA AGTGAAGCATTTGATGGGTTTTGTGGACGAGAATCCAGAATGACATTTAAGAATTGGCTGCATCAGAAGCCAGAGGTGCA GGCTATGAAATGGAGCATAAGATTGAGACCAGGGCGATTTTTCACTGTCCCTGAAGAACTGAGAGCACCACAAGAGTCTC AGCATGGAGATGCGGTGATGGAAGCTGTTGTCAAGGCCCGAAGTGGTACAGTTTTGGGAAAAGGCTCCATACTGAAAATG TATTTCTTTCCTGGTCAAAGAACTTCCAACCAAATACAAATCCCTGGTGCACCACACGTTTACAAGATTGATGAGTACTC TGTGTATAGCATGGCAACCCCAACCATCTCTGGTGCCAAGGAGATGTTGGTATATTTGGGTGCTAATCCTAAGGTGAAAA CCTCAGCTGCTCGAAAAGTAGTATTGACTGATCTTAGAGAGGAAGCAGTTGTCTATATCAAGGGTACTCCCTTTGTTCTA AGGGAGTTAAACAAGCCCGTTGATACACTAAAGCATGTCGGAATCACTGGTCCTATGGTACGTCATCTTATACAATTATT GTGTCTATTGGAGTATATCACAAAATTCAATATGTTGTACAATTCATGGTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0235700.7) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSIPKEPEQVMKLRGGSVLGKKTILKSDHFPGCQNKRLYPHIDGAPNYRKAESLHVHGVAIPTTDGIRNVLQHIGAQTKR KGVQVLWISLREEPLVYINGRPFVLRDVERPFSNLEYTGINRERVEQMEDRLKEDILTEAARYGHKILVTDELPDGQMVD QWESVSSNSVKTPLEVYQELQVEGYLVDYERVPITDEKSPKELDFDILVHKISQADVKTEIIFNCQMGRGRTTTGMVIAT LVYLNRIGSSGIPRTNSVGRVSQCLTNVADYMPNSEEAIRRGEYAVIRSLIRVLEGGVEGKRQVDKVIDKCAAMQNLREA IATYRNSILRQPDEMKREASLSFFVEYLERYYFLICFAVYLHSEMAAHRSSSGGHSSFADWMRARPELYSIIRRLLRRDP MGALGYSSLKPSLEKIAESTDGRPSEMGAVAALRNGEVLGSQTVLKSDHCPGCQNPRLPERVEGAPNFREVPGFPVYGVA NPTIDGIRSVLHRIGSSKGGRPVLWHNMREEPVIYINGKPFVLREVERPYKNMLEYTGIGRERVEKMEARLKEDILREAE RYGSAIMVIHETDDGHIYDAWEHVTSDVIQTPLEVFKSLEADGFPIKYARVPITDGKAPKSSDIDTMTLNIASASKDTAF VFNCQMGRGRTTTGTVIACLVKLRIDYGRPIKILGDDVAREELDGGSSSGDEVGGYVTALTPDNLLIKDDKQNHVFGIND ILLLWKITAYFDNGAECREALDAIIDRCSALQNIRQAVLEYRKVFNQQHVEPRVRRVALNRGAEYLERYFRLIAFAAYLG SEAFDGFCGRESRMTFKNWLHQKPEVQAMKWSIRLRPGRFFTVPEELRAPQESQHGDAVMEAVVKARSGTVLGKGSILKM YFFPGQRTSNQIQIPGAPHVYKIDEYSVYSMATPTISGAKEMLVYLGANPKVKTSAARKVVLTDLREEAVVYIKGTPFVL RELNKPVDTLKHVGITGPMVRHLIQLLCLLEYITKFNMLYNSW
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 2 | 983 | 982 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 2 | 983 | 982 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 8 | 246 | 239 | 2.95E-29 | ||
| CDD | 14 | 311 | 298 | 4.25641E-79 | – | |
| Gene3D | 26 | 271 | 246 | 4.2E-67 | ||
| Pfam | 88 | 242 | 155 | 2.6E-52 | – | |
| SMART | 88 | 243 | 156 | 1.8E-77 | – | |
| SUPERFAMILY | 431 | 663 | 233 | 5.63E-26 | ||
| CDD | 434 | 748 | 315 | 9.65661E-72 | – | |
| Gene3D | 446 | 672 | 227 | 4.4E-67 | ||
| SMART | 506 | 662 | 157 | 1.2E-72 | – | |
| Pfam | 506 | 662 | 157 | 7.1E-53 | – | |
| SUPERFAMILY | 861 | 972 | 112 | 5.3E-9 | ||
| CDD | 867 | 968 | 102 | 1.46497E-21 | – | |
| Gene3D | 878 | 999 | 122 | 1.8E-17 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0235700.7, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…