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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0032100 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0032100.2 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | HEAT repeat-containing protein 6; TAIR: AT4G38120.3 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|A9JRI0|HEAT6_DANRE HEAT repeat-containing protein 6; TrEMBL-Plants: tr|A0A0S3S9G8|A0A0S3S9G8_PHAAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0032100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:6012854..6044996) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTCATTCATCATTGTCTTGTCCTCTACATCCCATCATGTCGTTCTAACAAGTATTCGCCTGTGATCAAGCGAACTCAACG CTTAGTATTGTCTCCTACAAAAGTTGTAGCCTAGGGAAGAGACATGATACCTTCGCATGACCTGGGCTGACCGCCTCTTG GGATTCACGTTGACAGGTGTGAATCCCGCCTCCCAACTGGCCATATTCACACCATTTGGGTAAATATGGTTTTTTCCCTC TTTTTTGATAATTTTTTTTTCATTATTCAATTTTTATTTTGCCAATTTATCATATCTAGTAAAAATTAAATTAAAATATT TAGGAGCTTCAGACAAAAAGTCAGGGCATCAGATTCAGATGGAGTTTGAACTTGTAGCTTCTAAGTGCAAAAGCTCGCAG TGTTTGCTGAATCGATTTCCACCGAAGGCATGCGCGACGAGAAGAAGCTAGCAACCGCCGTTTAGCGACAGTTTCTTCTC TCATGGCGGGAACGGGATTCGGCGCAGCAGCGCCGTCGCCACTGGTCAGGACGTGGAGGACTTCCTTCCTGTCGCTGAGG GATGAAACCCTAACGACCCCTCCTCGCACTTCTTCTACTCCTCAAATGCTCCAGAATCTCATTTTCTCGCATTCTCATGC TCTGGTTTCTGCCGCCACCGAACTTCCCTCTCACGAGGTATCTTCTTCAACACACCAATGCATTCTTCGCTTTCTTCTCA TTTCCCTTAATTATCGATCTTACTATTTGCTGTTTGAAATTTTCTTTCAGGTTTTGTCAGACGTTTTGTTCTTGATGGAT TTGGTTGCTGCTACTTCTTCCGATGAAGACGATTGTAGTCATATCTATACTCATGCATCACGCTTGGTATCGGTTTTGCT TTCTTGGTTTCCAGTTCTTTTGTTTGTAAATTTGCTACTTTAATTCGTTAATGTTAGTATTTTTTTTTTTTAAATCATTT 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ATGGCGGGAACGGGATTCGGCGCAGCAGCGCCGTCGCCACTGGTCAGGACGTGGAGGACTTCCTTCCTGTCGCTGAGGGA TGAAACCCTAACGACCCCTCCTCGCACTTCTTCTACTCCTCAAATGCTCCAGAATCTCATTTTCTCGCATTCTCATGCTC TGGTTTCTGCCGCCACCGAACTTCCCTCTCACGAGGTTTTGTCAGACGTTTTGTTCTTGATGGATTTGGTTGCTGCTACT TCTTCCGATGAAGACGATTGTAGTCATATCTATACTCATGCATCACGCTTGATCCATGATATTTGTGGTCGCGTGTCTAT GGATATGAATTTATCCTCTTTCAGTAGAGTTCTTAACTGTTTTGGGAAGATGATAGATCTTTCTCTCCGAAAAGGTGCTA ATCGTGATGAGTTAACTGGAACTAGCGGTGCTGCTACGATAGTTCCTGCTATTGAATGCTTGAAGGCTATCAGATGTATA ATTACTTTATCTCATAGAGGATGGTCGCTGTCTGAAGATACTATACTAGTTAAATTTCTACTTGATGTTATTGGTAGCAC TCACGGTGTGTCATGTCGGATTCCTCAATCAATATGTCAAGAAAAATCTGCAGAGATTAATTTTAGATTTTCCCCTGAAA TCAGTTTAAGTGAACTGCAGACAGTAGCTTTTGAGATGCTCAGTGAAGCAATCTCAAGAGCTGGGTCATCCTTTCCAGTT GATATCTGGAGATCAATGCTTGAGGTGGTCAGAAAAACAATGGATACCTTGGCATTAAAATCCCCAGTTGTGGAAGATAG TGTTATGTCCAGGTTTTATGAATCTTTTCTGTGCTGCCTGCATCTCATCCTTAGTGATTCTAAATGTTCTGTTTCTGATC ATGTGTCAGCTTTTGTTGCGGTTTTACGAATCTTCTTAGTTTATGGCCTTTCTGGCAGAACATCAAGCACTTCTCTGCTT GTTGGTCATGAGGAGAAGGATATTAGTAATGTGAGTCCTAATGCACCCAAGGAACAACTAAATACGTCAAATCGTAGTGC TTATAGACCTCCACACTTGCGCAAAAGGGATGTGAAGCACAATAGAGCTAGGTGTTCCCAATATATCTGTGATAACGAAT CTTCTACTATTAATGTTACATCTTCAGATTCAGATTTTAGTGATGGAGACAGTTCAGCTAAAGAGAGCGGTAGAGTGCAG AACTCTAGAGTTAGAGTAGCTGCTATAATTTGCATAGAGGATCTTTGCCAAGCTGATTCTAAATCTTTCTCTATGCAATG GTCCCTGCTTTTGCCAACCACTGATGTGCTGCAACTAAGGATGCGTGATGCAACTTTAATGACATGCTTGCTATTTGATC CTTGTTGGAAGGCACGTATGGCATCTGCATCGACTCTAGTGGCCATGTTGGATGGTCCCTCTTCCATTTTCCTGCAAGTT GCAGAGTATAAGGAATCCAGCAAATTTGGATCTTTTACAGCACTTTCAAGTTCCCTCGGGCAGATTTTACTGGAACTTCA TAGAGGCATTCTTTACTTAATAATGAATGAAGCTCATGGTAAATTGCTCGCAATGTTGCTCAAGATCCTCAGGCTTGTGA TACTATCTACACCATATTCAAGAATGCCGCCAAATTTGTTGCCTACTGTTATCACATCTCTTAGGACAAGGATTGAAGAA GGGTTTTGGTTCAAAAGTGACCAGAGTAGTCTGCTGGCTGCTGCTGTTGGTTGTTTGACATTAGCTCTGTCTATCTCACC ATCCTCTGCTCAAGTAAGGAAAATGCTCTGTGATGAAGTTTCTTCAGGTTATATCGAGACCGAAAAGAAGTCAGGCGTTC TTTATTTGTTATTGGAATATTCAATGCAATGGAGTTGCCAAAGCATTTGCCTTGAGGCCCTTCAGGCACTTAAAGCTGTA TCCCACAATTACCCTAACATAGTGAATGCATGCTGGGAACAAGTTTCTGCGATTGTGTATGGCTTCCTTAGAATTGCATG CTCTGAAGTTCCTTTAAAGCAGTCAAGTGAACATGATGGTAGCCCAACTACATTTATTAGTGAAAAAGTTCTTATAACTG CTATTAAGGTTCTAGATGAGTGTCTTCGGGCTGTGTCTGGATTTCAAGGAACAGAAGATCTTTCAGATGATAAATTGGTG GATATTCCTTTTGCATCTGATTTCATTAGGATGAAGAAAGTGTCATCTGCTCCATCTTATGAACTAGAGTACAGAGAGGA CGATGTAATTAACTCTGAAGAATGTAAATCTGGAATTCAACAATGGTGTGAGGCAATCGAGAAGCACATGCCTCTTATAT TATGTCACTCTTCTGCATTGGTGAGAGCTGCATCAGTTACATGTTTTGCGGGCATGACTTCTTCAGTGTTCATTGCTTTC ACTAAGCAAAAGCAGGACTTCATTTTGTCTTCTTTAGTCCATGCTGCTGTGCATGATAATGTGCCATCAGTGAGGTCTGC TGCGTGTCGAGCCATTGGTATCGTTTCATGTTTTCCACAAGTGTGTCAGAGAGGTACTAGACAAGTTTATCAATGCTGTT GA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0032100.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAGTGFGAAAPSPLVRTWRTSFLSLRDETLTTPPRTSSTPQMLQNLIFSHSHALVSAATELPSHEVLSDVLFLMDLVAAT SSDEDDCSHIYTHASRLIHDICGRVSMDMNLSSFSRVLNCFGKMIDLSLRKGANRDELTGTSGAATIVPAIECLKAIRCI ITLSHRGWSLSEDTILVKFLLDVIGSTHGVSCRIPQSICQEKSAEINFRFSPEISLSELQTVAFEMLSEAISRAGSSFPV DIWRSMLEVVRKTMDTLALKSPVVEDSVMSRFYESFLCCLHLILSDSKCSVSDHVSAFVAVLRIFLVYGLSGRTSSTSLL VGHEEKDISNVSPNAPKEQLNTSNRSAYRPPHLRKRDVKHNRARCSQYICDNESSTINVTSSDSDFSDGDSSAKESGRVQ NSRVRVAAIICIEDLCQADSKSFSMQWSLLLPTTDVLQLRMRDATLMTCLLFDPCWKARMASASTLVAMLDGPSSIFLQV AEYKESSKFGSFTALSSSLGQILLELHRGILYLIMNEAHGKLLAMLLKILRLVILSTPYSRMPPNLLPTVITSLRTRIEE GFWFKSDQSSLLAAAVGCLTLALSISPSSAQVRKMLCDEVSSGYIETEKKSGVLYLLLEYSMQWSCQSICLEALQALKAV SHNYPNIVNACWEQVSAIVYGFLRIACSEVPLKQSSEHDGSPTTFISEKVLITAIKVLDECLRAVSGFQGTEDLSDDKLV DIPFASDFIRMKKVSSAPSYELEYREDDVINSEECKSGIQQWCEAIEKHMPLILCHSSALVRAASVTCFAGMTSSVFIAF TKQKQDFILSSLVHAAVHDNVPSVRSAACRAIGIVSCFPQVCQRGTRQVYQCC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 778 | 778 | - | – | |
| PANTHER | 15 | 845 | 831 | 5.8E-221 | – | |
| MobiDBLite | 327 | 353 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 332 | 348 | 17 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 401 | 838 | 438 | 1.73E-11 | ||
| Pfam | 403 | 580 | 178 | 1.8E-46 | ||
| Phobius | 779 | 800 | 22 | - | – | |
| Phobius | 801 | 853 | 53 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0032100.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…