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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0070000 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0070000.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Myb/SANT-like DNA-binding domain protein; TAIR: AT5G05800.1 Myb/SANT-like DNA-binding domain protein; Swiss-Prot: sp|Q9FFJ8|LIMYB_ARATH L10-interacting MYB domain-containing protein; TrEMBL-Plants: tr|I1MZ55|I1MZ55_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0070000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:13340160..13361630) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CATAATGCAAAATAAAAAGTTGAAAGAAGTTCATGGACTCTCTTCCTCTGCCATTTATGGGCTTCATCAAAACCATGAAG CCATTTATAGGCCTTGTTTTCCATCATAACCCACCAAAAAAATAACAACATAAAAAGTTTCTGATCAAGCTTACCTCACC CAAATGAAAAAAGGTTTCTGACCGAGAGAGAGAGAGAGAGAAACACCAGGAGGTTGATTCACGAGTTTCTGAATCGCATA GGTAAGGACGCAACGCACAGTAGATTGTTCCAAATGCAGCATTGTCGTCGTTGAAGCTTAGGTCAGGTAAAACACTCTCA CCTTTCTGTTAACCCTAATTCCCCTCACATGGTAGTAGAACTGTTATACCATAGGTTTTATGGTCCTTTACCTCCGTTTG AGGTTAAAAATATCTTCTTTTTTGGCCGAATTTATGTTTTGATTTTATTCTAGAAAATGGGCATGTGTCGATTTTGATTT ATCTTAGGTTTTAGTGTCAGTGAACTACATTTCATGTGTTTGTTGTTATGCGTTTATATCCAGAAGCATGGTCTTGTTTT TATTTATTTTGAGTTTGAAGCGTGTTTGATGGTGGGTTATTAGTATGGGAAGTGTTTGATGGACCACCAAAATGCTTAGA CACCCATTGAGAGTTGAAGAGAATAGAGAATAGAGAGAAGTAATAGATGTGATATATGATGTGATAAGAAGTGAGAGATG TCGAGAAAATGAGGTGCTTGATGGGTGTTTGTATTGTTGGTGGGAGTGCTATATATCCGCCATGGCAGTTTCTCATGGCG GTTTTTTGGCTTTCCGTCATGGCCGAGAACCCACCCGTGTCTTCTCTCTCACTTTCTCAGTTTCACGATTCACTCTTGAG CACAACAACACACTGTTTCAGTGTTCACGAAATCCTTCCGTCCTTCGTCGCCGGCCGCCAAGCAAGAGAAGAGAATGATC 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AGAGAGAGAGAGAAACACCAGGAGGTTGATTCACGAGTTTCTGAATCGCATAGGTAAGGACGCAACGCACAGTAGATTGT TCCAAATGCAGCATTGTCGTCGTTGAAGCTTAGGTCAGGTAAAACACTCTCACCTTTCTGTTAACCCTAATTCCCCTCAC ATGGTAGTAGAACTGTTATACCATAGGTTTTATGGTCCTTTACCTCCGTTTGAGGTTAAAAATATCTTCTTTTTTGGCCG AATTTATGTTTTGATTTTATTCTAGAAAATGGGCATGTGTCGATTTTGATTTATCTTAGGTTTTAGTGTCAGTGAACTAC ATTTCATGTGTTTGTTGTTATGCGTTTATATCCAGAAGCATGGTCTTGTTTTTGTTCCAACGAGCTTGATTGTTCCTGTT TTTTATTTTATTTTTATATTTTGAGTTTGAAGTGTGTTTGATGGTGGGTGATTGTATGGAAAGTGTTTGATAGACCATCA AAATGTTTAGACACTCATAGAGAGATATGAAGAGAATAGTGAGAAGTAATAGATGTGATAAAGAGTGAGAGTTGTGAGAA AATGAGGTGCTTGATGGGTGTTAGTATTGTTGGTGGCAGTGTTATCAAATATCCGCCATGGCAGTTTCTCATGACAGTTT TTTGGCTTTCCGCCATGGCCGATATCCCTCCATATTCCGCAATTATTTGTCATGTATGGCGGGATTTCGGCTTTCCGCCA TGACCCGCCATATTCTGCCATTATTTGTCATGTAATTCATAATTATTATTGGAATGGAATTGAGGTTTGTAAACTGGTTT GTTTGTTTATTGGTTGCATGTAGAATCTAGTGGAACATTTTCATCGTGCGAGGCGAAGGATGTCGAGCACACCTGCAAAA GCCAGTTGGCCACCTGCGATCCATAAAGCATTTGTTGATGTATGCCTTCGAGAAATGATGAAGATGAATGAGCCGGGGAC GCGAATTGCCAAGGTGAATTGGAGGAACATTGTTGGATCCTTTTACGCAAAGACTGGCGTGAGATATACCAAAAAACAAA TTAAGAATCATTTTGATGCAACCAGAAAGATGTGGAAAGTTTGGGTGGAGTTGACTGGGGATAGTAGCATGAAATGGGAT CCCGAAACCAAGAAGTTTGGCGCTACTGAGGAAGAATGGCGCAATTATATTCAGGTATATCTGGTAATTATTAATGTTTA TCTAAGATGGTAAGAGATCTTCACGGTTCCAGACTAATAATTATGAAGCCAATTTTTTGCAGGAAAATCCAGTAGCTGCG CAATTTCAGTCTAAGGAAATCCAGTTTAAAGAAAAATTGGATATCATCTATGATGAGGGAATACGGCTTGAGGCAATTAA AAGTGGAACAAAACCTAAGTGGCTGAATGATGCTTTAGGTTCACCTCCTTTGCATGGAAAAGAGCGAGAGAAGAAACGTA AACGTGTTGTTAAGGAATGTGTTTCTGATGAGGACTGGGTTGATTCTAAGCCTTCAAAAGCCAATTGGACACCTGAAAAT CATAAAATATTTATTGATTCATGCCTCGAAGAAGTATTCAAGGGGAATAAGTGCGGGACACATTTTACCAAAGAGGGCTG GAGGAATATTGGTGAATCCTTTTATGCAGAGACTGGTCTGAGATATGACAAAACACAAATTAAGAATCACTTTGATTCAA CCAGAAAACAATGGAAAGTCTGGGTTAAGTTGATTGGTGATGATAGGATGAACTGGGACCCAGAAACCAAAACATTTGGT GCTTCTGAGGAAGAGTGGCTCAATTATATAAAGGTATTCAGGGTAATTATAAATATTCATTCACTATAGTGAGAGGTCTT CATGGTTTTGGTCTAACAATAATTAAATGATTTTGTGACAGGAAATCCCAGAAGCTGCGCAATTTCAGTTTAAGGAAATG CCATTGTCTAACAAGTTGGATATCATCTTTGATACAAGTGTACAAACTGGGGAAATGGAAACTTCATCAGGGTCAGGGCT TAAGAGACATAATGATACTTCAGCTACATCTTCTTTGAGTGGAAAAGAGCGAGAAAAGAGACATAAGAATGTTGGTCTGG GTTTTGACTATAAGGGTGCCATTTTGGTTAATGCTACGCCAATAAGTACAATTGCAAGTGATCAAAGCATGTCTAGCTCA TCATATCATAAGGTCAAAGCCTCATGGACCCCTTTAACGCACCAGATCTTTGTTGATATATGTCTGCAAGAGACATTAAA GGGGAATAAGCCCGGGACACATTTTACAAAGGAAGGTTGGAAAAATATCATGGAATCATTTTATTGGAAAACTGGTTTGA ATTATGATAGATTACAACTTAAGAATCACTGGGATTCTATGAAGGATCAATGGAAAATTTGGTGTAAGCTAATTTGCACT AGTTACATGAAATGGGATCCATCTAACCATATGTTTGAGGCTAGTGATGAAGATTGGAAAAACTATTTGCAGGTATTTTA AATTACTGAATGCACTTAATTTGTATTCGTTGTAAGTTTGCAAATCTTAGCGAGGTTCATGATTTCCTCTGTTATTCACC TGGTACAGGCAAACCCAGAAGCTGCCCAATTTCGCCATAAGGAACTGCAATTTGCTGACATGTTGGAAACCATCTTCAAT GGAATCACTCTTACAGGGGAGACTGAACCTGCTGCGCAACCAAGGAAAAGTGATGATAGTGTTGTCACTTTCCCTTTGCA TGCAAAAGAACCTGACACAGCCAGCTTAGATGTGAACACTAATTTTCTTTGTGATGCTGTTGCATCAAAAAGTATTCAAA AGAATGCTATTGGACTTTCATCCCCTGGAGGCAAGCGTAACTATAGCATTGGTGAATGTATTGAATGCCTTGATGGAATG GAGCAACTAGAGCAAGGAAGTGACCTCTACTTGTTTGCTTTAGATGTTTTCCTTAAGCAGGAATACAGGGAAATCTTTCT GCAACTGAAAACGCCTAATCTGAGGATCTCATGGTTGCAGCGGCTTCAGTCTGGTGCTCAACCTTCACTCTAGGTTTCTG TCATACTTTCACCTGTTTCTCTCTCTAATTTCTGCGTACTTTATATATTTTGGTGTTTACGCAGTGTTCGGTCCCTTGCA TGTAGTATTACAAGATGACCACTTTACCTGGAAGAGTACTAATGTATATGCTTAAGTTATTACAGATTTGACTGGTTAGT GGTAGTTGAGTTCCATTTATGTCTCTTATGTTATTTTACATTTGTGTTTGGTATATCTCAGCATCTGATCTCATGTTGGT GCTGTGGTGCATGAAATGTTTCGCATGTGCTTCGAATGCCTGAGTCATGGGGAAGGTGGATACTAAGGAATCAGAAATCT TTTTAAGTTTTTGGTATTTTGTGCATATTTTTATTCTTAGACCATGAGGCATTCTCACATGATCAGTGTTGTCAAATAGT GGTTATAGCGGTGCTATGGCCTAGCGCTTTTTAGGCTTACCACTACTCCGTTATTACCTGCTATTTGCTGCTTTTTCCTG TTTCTTCTGCTATTTTCCGCTTTTAAGAGGCTGGAAATAGCAGTTACCGCTATAGTCCTTGATCTGCGATTAACAACGCT GCACATGATGATATTTTTCATCAGGCTTCAACTTAACATAAACAAGATATTTGATAACATAGTACCTCACATTGATGCGG AAGATCCCTCTAGGTTAAACCGGTGTAGAGTTATGGTCATTAATAATGATTCGCGCATGTAGAATTTGATGTGTTGAGGA AAATGTTCAATATTAAAGAAACTGTGAAGCATGAATGATATGAACAGTTAGTGTCCATCACAAATTTGATTCGTGTAGAG TTATGGTCATTCATAATGATTCTCGCATATAGAATTTGATGTGTTGAGGAAAATGTTCAATATTAAAGAAACTGTGAAAC ATGAATGATATGAATAGTTAGTGTCCATCACAAATTTGATTCGTGTATTCTAACCGTTTAGTTTATTTTAGACTTGCACA TTTGGTGGTCCCGAATGTAACATGATTGTGCAAAGGGAAATGCGTGGTAGTACGAAACCGAATCAAATAATGAAGGGCAT ATGTTTCTTTTTATTGGATACAATGCTCATTAATGGTCACCATCTTCTCTTATATTGCAAACTTGGCTTGTTTCGTTCCG TTCTATTTAGCAATGCTCTTGTGCAAAAGTG
CDS sequence (LotjaGi6g1v0070000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCGAGCACACCTGCAAAAGCCAGTTGGCCACCTGCGATCCATAAAGCATTTGTTGATGTATGCCTTCGAGAAATGAT GAAGATGAATGAGCCGGGGACGCGAATTGCCAAGGTGAATTGGAGGAACATTGTTGGATCCTTTTACGCAAAGACTGGCG TGAGATATACCAAAAAACAAATTAAGAATCATTTTGATGCAACCAGAAAGATGTGGAAAGTTTGGGTGGAGTTGACTGGG GATAGTAGCATGAAATGGGATCCCGAAACCAAGAAGTTTGGCGCTACTGAGGAAGAATGGCGCAATTATATTCAGGAAAA TCCAGTAGCTGCGCAATTTCAGTCTAAGGAAATCCAGTTTAAAGAAAAATTGGATATCATCTATGATGAGGGAATACGGC TTGAGGCAATTAAAAGTGGAACAAAACCTAAGTGGCTGAATGATGCTTTAGGTTCACCTCCTTTGCATGGAAAAGAGCGA GAGAAGAAACGTAAACGTGTTGTTAAGGAATGTGTTTCTGATGAGGACTGGGTTGATTCTAAGCCTTCAAAAGCCAATTG GACACCTGAAAATCATAAAATATTTATTGATTCATGCCTCGAAGAAGTATTCAAGGGGAATAAGTGCGGGACACATTTTA CCAAAGAGGGCTGGAGGAATATTGGTGAATCCTTTTATGCAGAGACTGGTCTGAGATATGACAAAACACAAATTAAGAAT CACTTTGATTCAACCAGAAAACAATGGAAAGTCTGGGTTAAGTTGATTGGTGATGATAGGATGAACTGGGACCCAGAAAC CAAAACATTTGGTGCTTCTGAGGAAGAGTGGCTCAATTATATAAAGGAAATCCCAGAAGCTGCGCAATTTCAGTTTAAGG AAATGCCATTGTCTAACAAGTTGGATATCATCTTTGATACAAGTGTACAAACTGGGGAAATGGAAACTTCATCAGGGTCA GGGCTTAAGAGACATAATGATACTTCAGCTACATCTTCTTTGAGTGGAAAAGAGCGAGAAAAGAGACATAAGAATGTTGG TCTGGGTTTTGACTATAAGGGTGCCATTTTGGTTAATGCTACGCCAATAAGTACAATTGCAAGTGATCAAAGCATGTCTA GCTCATCATATCATAAGGTCAAAGCCTCATGGACCCCTTTAACGCACCAGATCTTTGTTGATATATGTCTGCAAGAGACA TTAAAGGGGAATAAGCCCGGGACACATTTTACAAAGGAAGGTTGGAAAAATATCATGGAATCATTTTATTGGAAAACTGG TTTGAATTATGATAGATTACAACTTAAGAATCACTGGGATTCTATGAAGGATCAATGGAAAATTTGGTGTAAGCTAATTT GCACTAGTTACATGAAATGGGATCCATCTAACCATATGTTTGAGGCTAGTGATGAAGATTGGAAAAACTATTTGCAGGCA AACCCAGAAGCTGCCCAATTTCGCCATAAGGAACTGCAATTTGCTGACATGTTGGAAACCATCTTCAATGGAATCACTCT TACAGGGGAGACTGAACCTGCTGCGCAACCAAGGAAAAGTGATGATAGTGTTGTCACTTTCCCTTTGCATGCAAAAGAAC CTGACACAGCCAGCTTAGATGTGAACACTAATTTTCTTTGTGATGCTGTTGCATCAAAAAGTATTCAAAAGAATGCTATT GGACTTTCATCCCCTGGAGGCAAGCGTAACTATAGCATTGGTGAATGTATTGAATGCCTTGATGGAATGGAGCAACTAGA GCAAGGAAGTGACCTCTACTTGTTTGCTTTAGATGTTTTCCTTAAGCAGGAATACAGGGAAATCTTTCTGCAACTGAAAA CGCCTAATCTGAGGATCTCATGGTTGCAGCGGCTTCAGTCTGGTGCTCAACCTTCACTCTAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0070000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSSTPAKASWPPAIHKAFVDVCLREMMKMNEPGTRIAKVNWRNIVGSFYAKTGVRYTKKQIKNHFDATRKMWKVWVELTG DSSMKWDPETKKFGATEEEWRNYIQENPVAAQFQSKEIQFKEKLDIIYDEGIRLEAIKSGTKPKWLNDALGSPPLHGKER EKKRKRVVKECVSDEDWVDSKPSKANWTPENHKIFIDSCLEEVFKGNKCGTHFTKEGWRNIGESFYAETGLRYDKTQIKN HFDSTRKQWKVWVKLIGDDRMNWDPETKTFGASEEEWLNYIKEIPEAAQFQFKEMPLSNKLDIIFDTSVQTGEMETSSGS GLKRHNDTSATSSLSGKEREKRHKNVGLGFDYKGAILVNATPISTIASDQSMSSSSYHKVKASWTPLTHQIFVDICLQET LKGNKPGTHFTKEGWKNIMESFYWKTGLNYDRLQLKNHWDSMKDQWKIWCKLICTSYMKWDPSNHMFEASDEDWKNYLQA NPEAAQFRHKELQFADMLETIFNGITLTGETEPAAQPRKSDDSVVTFPLHAKEPDTASLDVNTNFLCDAVASKSIQKNAI GLSSPGGKRNYSIGECIECLDGMEQLEQGSDLYLFALDVFLKQEYREIFLQLKTPNLRISWLQRLQSGAQPSL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 4 | 159 | 156 | 1.5E-299 | – | |
| PANTHER | 4 | 159 | 156 | 1.5E-299 | – | |
| Pfam | 9 | 103 | 95 | 2.3E-24 | ||
| PANTHER | 170 | 339 | 170 | 1.5E-299 | – | |
| PANTHER | 170 | 339 | 170 | 1.5E-299 | – | |
| Pfam | 186 | 280 | 95 | 4.6E-29 | ||
| MobiDBLite | 314 | 342 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 314 | 333 | 20 | - | – | |
| PANTHER | 369 | 629 | 261 | 1.5E-299 | – | |
| PANTHER | 369 | 629 | 261 | 1.5E-299 | – | |
| Pfam | 383 | 477 | 95 | 6.0E-30 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0070000.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…