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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0143100 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0143100.3 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA-binding protein, putative; TAIR: AT5G55670.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; Swiss-Prot: sp|F1QBY1|NIPLB_DANRE Nipped-B-like protein B; TrEMBL-Plants: tr|I1KYJ6|I1KYJ6_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0143100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:41286242..41304636) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAGGATTAGATAGATTAGTTGCCATTTGCCAACTACTTGTCATATTAGGGTTTGGCTTTCCCTTCTTCTTCTTCTTCCT CAGCATCGCATGCCCTCTCTCTTCCTGGTAAGATCTCTCTCTGTCTAAACGCTGCGTTTTGATCCACCTCTGTTCTTCAT CTTCAATTTCACTTTTCACACCAAACCCTAAATTCAATTTTCAATTTGGGGTTGTGCAGAACAAAGGGAAGGTGGTCGGA AAAACCTAACAATGGAGGAAGGTGAGGGCGGAGATCCCATGGATCAGTTCCACCGTAACGAAGCTATATCCGCCGTTGCC GACGACGGGTTTTTGGCTGAGGAGGACGATGATTACGAGGACCTTTACAACGATGTCAACGTTGGTGAGGGGTTTCTCCA GTCGTTGCGGAAGAACGAGGATTTGGGGCCTAAGAATGATGGAGGTGATGATAAGAAGCCGCAGTCGGGTCCGGTGATGC AAGATCCAGGTGGGGTTTCGATTCCTGGTGTCGGTGGGGAGGGTCCGGGTAACGGTGCTGGAGGTGGTGAATCGAGGGTT CCTCCTGGGAGAGTTGATGGGTTTCAGAATCAGGGGTTTAGAGGGAATAATGGTGGATCGGGTTCGGCGGCGATGGGGGG TGGAGGTGGTATGAGGATTGAATTAGGGCAACAGTCTGGGAAATTGAGTGAGATTGAGGAGCAGGGTGGTGGAAATGATG GTGTTGGAGTGCAGGGTATAGGGCAGCAACCGATTGGTGGTGGAAATGAGGGTTTGGTGAGACAAGTTCAAGGTGTTGGT GGAGGAGGAGGAGGAAACCTCAACAGGGCTGGTGGAAATGGGGTTGGGAATAGTGTGAGTGGTGTTAATACTGGAGGAGT TGGAGTTGGAGTTGGAGTTGGAGTTGGAGTTGGGATTGGAGCTGGAGTTGGAATTGGAGCTGGAGTTGGGGGTGGAGGTG 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TGGTGGGAATCAACGACACAGCAAATAGCTTTGCCTTTCCTTAGGTGGACCCACGAGCCAGCTGGAAGATTCTTTTGGAT TTGTCTTATATGCATAGGAATTTGGGCCCTAGTTGTCAGGCCCAAATATAGGAAAAGTCCATGTCATGACCACAC
CDS sequence (LotjaGi6g1v0143100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGGAAGGTGAGGGCGGAGATCCCATGGATCAGTTCCACCGTAACGAAGCTATATCCGCCGTTGCCGACGACGGGTT TTTGGCTGAGGAGGACGATGATTACGAGGACCTTTACAACGATGTCAACGTTGGTGAGGGGTTTCTCCAGTCGTTGCGGA AGAACGAGGATTTGGGGCCTAAGAATGATGGAGGTGATGATAAGAAGCCGCAGTCGGGTCCGGTGATGCAAGATCCAGGT GGGGTTTCGATTCCTGGTGTCGGTGGGGAGGGTCCGGGTAACGGTGCTGGAGGTGGTGAATCGAGGGTTCCTCCTGGGAG AGTTGATGGGTTTCAGAATCAGGGGTTTAGAGGGAATAATGGTGGATCGGGTTCGGCGGCGATGGGGGGTGGAGGTGGTA TGAGGATTGAATTAGGGCAACAGTCTGGGAAATTGAGTGAGATTGAGGAGCAGGGTGGTGGAAATGATGGTGTTGGAGTG CAGGGTATAGGGCAGCAACCGATTGGTGGTGGAAATGAGGGTTTGGTGAGACAAGTTCAAGGTGTTGGTGGAGGAGGAGG AGGAAACCTCAACAGGGCTGGTGGAAATGGGGTTGGGAATAGTGTGAGTGGTGTTAATACTGGAGGAGTTGGAGTTGGAG TTGGAGTTGGAGTTGGAGTTGGGATTGGAGCTGGAGTTGGAATTGGAGCTGGAGTTGGGGGTGGAGGTGGAGCTGGTATG GCTGGTGGGGGGGGTGGTGGTGGTGGTACTATACTATTTGTGGGTGATTTGCACTGGTGGACTACTGATGCTGAGCTGGA AGCTGAGCTTTGTAAGTATGGGCAAGTAAAGGAGGTGAAGTTTTATGATGAGAAAGCCAGTGGGAAATCCAAAGGGTATT GCCAGGTTGAGTTCTTTGAAGCTTATGCTGCAACTGCGTGCAAGGATGGAATGAATGGGCATGAGTTTAATGGGAGGGCT TGTGTTGTTGCTTTTGCATCACCTTTTACTGTTAAGAAAATGGGAGAGGCTCAGTTAAGTAGGAATCAACAGATGAACCC AACTACAGCTACCCCAGGAAGGAGGGGGCCGACTGATACGGCGGCTAAGCCAGGTGGTAGTAATATTGGCACTGGTGGTA ACTATCAAGGTGGAGATGGCAATAGAGGTTATGGAAGAGGTAACTGGGGCAGAGGGAATAATCCTGGTATGGGGAATAGA GGGCATGTTAATCAAATGAGGAATAGGGGCGGTGGGATGGGTGGTAGAGGTATAATGGGTAATGGTGGAAATGGATTTGG ACAGGGTATGGGTGCTACTCCGCCTCTGTTGCCTCCACAGTCAATGATGAATCAGGGTTTTGATCCTGCATTTGGTGGGC CAATGGGTAGAATGGGCAGCTATGGAGGCTTTCCTGGTGCTCCTGCACCTCCATTCTCTGGGATTTTACCTTCATTCCCA GGTGTTGGTTTGCCTGGAGTAGCACCTCATGTTAATCCAGCCTTTTTTGGTAGAGGTATGCATATGAATGGTATGGGGAT GATGCCCACATCAGGTATGCATATGAATGGTATGGGGATGATGCCCACATCAGGTATGGATGGTCCTAATATGGGAATGT GGTCAGATCCAAATATGGGTGGATGGGGTGGTGAAGAGCCTGGTGGTGGCAAGGCCGGAGAGTCAAGTTATGGGGAAGAA GCAGCATCTGACCATCAGTATGGTGAGGTGAACCACGATAGAGCTGGTTGGACTAATACTACGAGGGATAAAGATCGAGG TTCAGAAAGGGACTGGTCCGGTACTTCTGAGCGAAGGTACCGGGATGATAGAGATCAAGGATATGAAAGAGATGCACCTA GTGAAAAAGATATGGGACATGACCATGAATGGTCTGGAAGAAGGCAGCGTGATGATAGAGAAATGGGCCGAGAGCGATCT CGTGACCGTGATCGGGAACGATCTCGAGACCGTGACCGTGAAAGGGATCGCGATCGAGACCGTGAGCGTGACAGGTACAG GGAAGATAGGGGCAGGTATGCAGATCATCATAGATACAGAGATCGTGAAGCAGAGCCTGATGATGAATTGGAGAGAGGAC GGTCATCAAGGACTCACAGCAAATCACGGTTATCACATGATGAGGAACACCATTCTAGGCCAAGAGATGCTGATTATGGG AAGAGAAGGCGGCTTACCTCTGAGTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0143100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEGEGGDPMDQFHRNEAISAVADDGFLAEEDDDYEDLYNDVNVGEGFLQSLRKNEDLGPKNDGGDDKKPQSGPVMQDPG GVSIPGVGGEGPGNGAGGGESRVPPGRVDGFQNQGFRGNNGGSGSAAMGGGGGMRIELGQQSGKLSEIEEQGGGNDGVGV QGIGQQPIGGGNEGLVRQVQGVGGGGGGNLNRAGGNGVGNSVSGVNTGGVGVGVGVGVGVGIGAGVGIGAGVGGGGGAGM AGGGGGGGGTILFVGDLHWWTTDAELEAELCKYGQVKEVKFYDEKASGKSKGYCQVEFFEAYAATACKDGMNGHEFNGRA CVVAFASPFTVKKMGEAQLSRNQQMNPTTATPGRRGPTDTAAKPGGSNIGTGGNYQGGDGNRGYGRGNWGRGNNPGMGNR GHVNQMRNRGGGMGGRGIMGNGGNGFGQGMGATPPLLPPQSMMNQGFDPAFGGPMGRMGSYGGFPGAPAPPFSGILPSFP GVGLPGVAPHVNPAFFGRGMHMNGMGMMPTSGMHMNGMGMMPTSGMDGPNMGMWSDPNMGGWGGEEPGGGKAGESSYGEE AASDHQYGEVNHDRAGWTNTTRDKDRGSERDWSGTSERRYRDDRDQGYERDAPSEKDMGHDHEWSGRRQRDDREMGRERS RDRDRERSRDRDRERDRDRDRERDRYREDRGRYADHHRYRDREAEPDDELERGRSSRTHSKSRLSHDEEHHSRPRDADYG KRRRLTSE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 4 | 219 | 216 | 2.1E-232 | ||
| PANTHER | 4 | 219 | 216 | 2.1E-232 | – | |
| MobiDBLite | 50 | 188 | 139 | - | – | |
| PANTHER | 225 | 513 | 289 | 2.1E-232 | – | |
| PANTHER | 225 | 513 | 289 | 2.1E-232 | ||
| Gene3D | 246 | 334 | 89 | 9.4E-20 | ||
| SUPERFAMILY | 249 | 343 | 95 | 1.76E-22 | ||
| ProSiteProfiles | 250 | 328 | 79 | 13.191 | ||
| SMART | 251 | 324 | 74 | 1.1E-17 | ||
| CDD | 252 | 325 | 74 | 1.264E-32 | – | |
| Pfam | 252 | 320 | 69 | 1.0E-13 | ||
| MobiDBLite | 337 | 355 | 19 | - | – | |
| MobiDBLite | 337 | 379 | 43 | - | – | |
| PANTHER | 511 | 728 | 218 | 2.1E-232 | – | |
| PANTHER | 511 | 728 | 218 | 2.1E-232 | ||
| MobiDBLite | 528 | 728 | 201 | - | – | |
| MobiDBLite | 565 | 728 | 164 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0143100.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…