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LotjaGi6g1v0160300.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0160300
Transcript ID LotjaGi6g1v0160300.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Nucleolar pre-ribosomal-associated protein 1; TAIR: AT4G27010.2 ribosome 60S biogenesis amino-terminal protein; Swiss-Prot: sp|O60287|NPA1P_HUMAN Nucleolar pre-ribosomal-associated protein 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2NVN9|A0A0B2NVN9_GLYSO Nucleolar pre-ribosomal-associated protein 1; Found in the gene: LotjaGi6g1v0160300
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:44108853..44122013) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AAAAAAACAAATCCTCCCACCCGGTTCAAACCGGTTCCATTTTATTTAAAATAAAATCGTGTGCATACGACGACGTTTCT CTTTTTCAAAGTCGTAACATATCTCGGGTTTCTTCTCTAACCTACGTCCCCACTCTTTTCTGCGCGGGACAAAATCAATT AACCAGAGGCTGAAACCTACATCCATGAAAGAAGCCGCCACCGCCGCCGCACACGGCGGAGCCTGGAGCGGCGCGTTTTT CAACCAGCAAGTGAAGGTTCGCCACGAAACCAAACTGAAGGAGCTTCTGCACAGGATCACCTCGGCAGAGATAAAGCTAT GCTCCGACGCCGCAAAAGAGTTCATCAAGCTCTTGAAATCCGACGACGGTGGCTCGCTGCTTTGCGAATACGTTCGCGGT TCTCCGAAGTGCTCGGAGCTTCTGGAAGCGTGGAAGCTGAGGCAAGGAAAACAGGGAACGCGGTACATATTCGAGTTAAT CTCCGCCATTCTGAGCCACCGTGACGGAAAACAGCAGAGTTCCGGCGAAACGGTGAGTATCTGTAAGGATTTGGATAAGT TCGCGCGTTTGATTGTTTCCGATTACCTGAATGATGTGTATAAGGAGTTGAACAGCAAGGAAGTGAAGCGGCAGAAGGCT GCGCTTTCGCTCGCGACTGCGGTGGTTAGGCGCGGGCCGAATTTGGCCAATGAGGTTGCCAAGAGCTTCGATTTCAACGT TGCCGGATTCGTTGGTATTGCTAAGGGGAAGCGGAATGCTGCTGATGGTTTGTTGAGGAAGGCGTTTGTTCGATTCGCGA TGTCGTTTTTGGAGGTTGGGAAGCCGGGGCTGTTGCGGTGGATTCTGCAACGGAAGGAGATGTATTCCAGCGTGCTTCGT GGATTGGGGAGTGATGATGATGAGACTGTGGTTTTTGTGTTGTCCACGCTGAGGGACTGTGTTCTTGTTGAGGAGTCATT 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0160300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAAAGAAGCCGCCACCGCCGCCGCACACGGCGGAGCCTGGAGCGGCGCGTTTTTCAACCAGCAAGTGAAGGTTCGCCA CGAAACCAAACTGAAGGAGCTTCTGCACAGGATCACCTCGGCAGAGATAAAGCTATGCTCCGACGCCGCAAAAGAGTTCA TCAAGCTCTTGAAATCCGACGACGGTGGCTCGCTGCTTTGCGAATACGTTCGCGGTTCTCCGAAGTGCTCGGAGCTTCTG GAAGCGTGGAAGCTGAGGCAAGGAAAACAGGGAACGCGGTACATATTCGAGTTAATCTCCGCCATTCTGAGCCACCGTGA CGGAAAACAGCAGAGTTCCGGCGAAACGGTGAGTATCTGTAAGGATTTGGATAAGTTCGCGCGTTTGATTGTTTCCGATT ACCTGAATGATGTGTATAAGGAGTTGAACAGCAAGGAAGTGAAGCGGCAGAAGGCTGCGCTTTCGCTCGCGACTGCGGTG GTTAGGCGCGGGCCGAATTTGGCCAATGAGGTTGCCAAGAGCTTCGATTTCAACGTTGCCGGATTCGTTGGTATTGCTAA GGGGAAGCGGAATGCTGCTGATGGTTTGTTGAGGAAGGCGTTTGTTCGATTCGCGATGTCGTTTTTGGAGGTTGGGAAGC CGGGGCTGTTGCGGTGGATTCTGCAACGGAAGGAGATGTATTCCAGCGTGCTTCGTGGATTGGGGAGTGATGATGATGAG ACTGTGGTTTTTGTGTTGTCCACGCTGAGGGACTGTGTTCTTGTTGAGGAGTCATTGGTGCCGCCGGGACTGAGGAGTGT GCTGTTCGGGAGCGTGACGTTGGAGCAATTGGTTGAGGTTTGTGGGAGGGAAGGTGGTGGTGAGGCTGTGGAGGCGGCCT TTGAGGTTCTTGTAAGGGTATGTACTGATTCGAGTAATGGGTTGATGCCTGACTTGAAGAGGCGCCCGAATCCGTTGAAG 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GTAATGTTTTATGCTGGCTTGGATATGGTCATATCAGATCTTGGTAGTGATAGTCGAAATGCTGCTCCTATTGGGACCTC TGATTTCACTTTGTGTCCAGACTCTCTAACTTGTAACCAACTTTTAGACCCTACTGAAGCTGATGCTGCTGCATTTGGTA TCGTTTTAAAACAAATACCTTTCCATGTGATATATCCGGCAATCATGTGTATGAATGATCTTTACATATCAAAGCTGTCA AAGATTCAAGAGCTTTTACTGCATAAATTATCTGAGTCCATTAACGATTGTTCGCTCCTTCTCAATCTGCAACTTGTGTT GTTCTGGACTCATCATATTCAGTTAAGTTATAAAGATAACCCATTAGCTGAAATCAAAGAACGTTTGAATCTGTGTGTTA TTCTTGTACGGAATTTATTAGCTCAATTATTGGTTCCTGGAAGTGGTTCTGAGTGGTCTACAATCCGTGCTTTTTCTTCA TCAAACAGTCAACAAGTGATTAAAACCATCTTTTGTCATCCTTGTGTTCCGATGTCTTTATCCTTTTCCCTGGGAAGTAG TCTTGCAAATGGATATATAGGGAGTGGCTTTGACATGCTGAATGTACTATCCCGAGAGGGGCTTCACGAGTTTGGTAATC CAATTTTAAATATATTGACAATGACTCTAGACTACATGTGGTCTTTATTTGGAACTCACCGATGTGCATCAAAAGCTCAA GATGTTGCTAATAATTTCATGAAGTCCTTCGAAGGCCTTCAACAAAAGCTGTTTCTGGATTTCAGAGAACAATTTGAGTT GTGCGTTTGCTCTAAAGACATGATGCCTCTCCCTCCAACATTGTGTACTTTACATGCCTTGCATCAGTTTTTAAACCCTT TCCAGCTCCTTGAATTGGTAGATTGGATGTTCAATCGAGTGGAATTGGAGGTGGATGATTTGCCAACTAAGATATCCTAT TTATCTGTTGGATGCTCCTTAGCTACTGATGCTTTCAGAGCTATATCCATTTTTTTTCAGCAGTCATCTGGAAACAGGGT ACCATATGATTTATTTTGGAAGATGGGTGAAAAAGTTACGAAAGGTGATATTTTTGAGAAGATCTACAGTAAGGTTGTTG ACTTTTCTGTAAACTATGAAATAGATTGCGCAGATAGATGCTTGCATGAAGCTGTCAATGCTTTGTATAAGCAGAAACAT ATGCAACAAGAAAAATTTCATCCTTTGTTGTTGGTCATGTGGAAAGTTATAGGGATGACTCCAGTGCAAATGCTTTCTCA TTGCATTCACAAGACAAATCCAATGAGATCTAAATTCATACATATTCTGACTGAACTGAGTTCTCTGCATTCATCAATAT TTGGGCAATTTTTTTTGGGTATAGTGAATATTAGTTTACATCATGATATTGGTGTGATGGGACATGCCTTTGATGTTACT CTTTCAGAAGATCAGTTTATACTGCTTCTACCAGCTTCTTTGTCATACTTGAGCCTAATTTCTAAGGGACTTGGGGAAAA CAATCACAAAGATTTTAAACACATACCTTACTTTTATTCAAAAATTCTTTTAAAAGGTTTCAGTCAGGGAAAGAGCTTTT TCTCAAAAAACATATTTGAGGAAGAGTTCGGAGAATTCCTTCCATCATCTGTTCAAGAACTGCTCTCTCTTATTGATCGT AGTCTTCTTGGAAAATCAATTCATATGTTGCAGTATCACTTTGCTCTTCATGGAGATTCTGTGAAACTGAAGAAGCGACT AAAGCTATTCAAGTCCATTTGCCCAAAATTTGCTTCACTTGATATGCTGATGGACTGTGATTGTCAAGATATTGATAGTG ATTCTCTCCACCAGTCTTTGAACGTCATCAATCATGTTGTTGCAAAGATGTCACTTTGTAAACTATTATTGTTTCATGAA GTAGGTGAGGATTTGAAAGAGGCTGCTGCGGAAAAGCGAAGCAAATTGGAAGTTTCCAAGATGCATTTCATAAACATTTT GGTAGACATTTGGCAGTTCATTGTTAAGAAATTTTCTTTAGCCTCTGGTCAATGTGGAGCTGCTAAAAGAACAAACATTT CATTGCTATATAATCACTTGGAAGCTTTTGTGTTACAAAATATTCTTGAATTGGCTGTAGAGATGAAAAGTGATCTTATT CAATTACAATCCATTCCCTTCCTTGAGCAATTCTTCAGATGTGCTCTTCTCTATAGATTCAACGATCCTACAACAATGAA GACTCTCCGGCTTATATTGACTCATCTTAATGAGGGGAGGCTGCCATATGAATTATATCTTCAGTTGTTAGTTGCTCATT CTCAGTTTGCTCCCACTCTTCATTCTGTGCGCAAACCAGCAGGTTCCCTTTTGAAGCCTGTGTCCAGCATTCTGAAATGT CTTGTCATTCCTTCTCCTAACCATTATGAAAATAATGAGGAGCACAAAAAGCCAACAACAGAGCTCACTAGTAGACCATT GGAAATTGTTAAGTTGCTTTGGATACTCTTGCGTACAAAGAATTGTCATGCTGGTTTAGATGCTGGAAATGATGTCAGCA TAAACTTAAAAGAATTGCATGCACTGCTACTTCATTCTTATGGTGCAACACTCAGTCAGATTGATTTGGGGATATACAAT CTGATGCAACACATTGAGTCTATGACTGGATCAAGGCCTCAGAATGCCCTGTTGATTTCAGATGCAATTGCGGAATGGAC CAGAAGCCAACATGGAGACAACTATCCAATTGACCCTGACATATGTGTGTCAACAGTTCTCTATTTTCCCTATGACCGAA GTATCTCTGATGAACCATCATCTTTAAACAAAATTGAGAAAGATACTGTCAGGAAAAAGATACGTTATTCTCATGTTGAA GTTAGAGAGCGTTATGATCCTGCATTTATCCTGAATTTCTCAATTCACAGCCTATCAAAGGCGTATATAGAGCCTGTGGA GTTTGCTGGGTCAGGGTTGCTTGCCATTGCATTTGTTAGCATGTCTTCACCAGATTATGGGATAAGAAGATTAGCTTATG GCACTCTTGATAAACTTAAGAATGTCTTAGAGAAGTGCCAAAAAAGGAAGGATATGATAGGACTTCGGCTTCTACTAAAT TCTATTCAAAACAGCATAGAAGAGCCATGGCAAAGAATCCCATCTGTTATTGCTCTATTTGCTGCAGAGGCTTCTTGTGT ATTGTTAGATTCATCACATGATCATTATGCAGCTCTAAGTACATTGTTGATACACTCTTCCAAGTTGGATATGAGGGCGA TACCTCTGTTTGATAACTTTTTTTGGAGTACGTCTGTTAATTTCAAAGCAGAAAGGATTTGGATGCTTCGGCTAGTATAT GCAGGGCTGAACTCAGATGATGATGCAATGATATATATCAGGAACTCTACCATTGAGAGTCTAATGAGTTTTTATGTCTC TCCTCTGTCAGATGTCGAGTCAAAGGGCTTAATTATTGAGGTGTTAAAGAAATCAGTGAGGTTGAATAAGATTGCTCGTC ATCTTGTGAAACAGTGTTCTCTGTTTTCATGGTTTTCATGTATCATCTCAGTTACTAGAGAGAGGCTTAATGGAGAAGAC AATAGAGTTTTCTTGAGGCATGTATCGGTAATATTGAAGGTTGTCAATGATGTTATTTCTTTTGAAAGCATCTCCAAGTG GTTACAAAACTATGGTCTTGAGCAGCTCATGGAGCTTTCATCCACTCTATTTCATTTCTTACTCCGTGATGTATCATCAT TGGCAAAGGAAACTGTGGGACTAGTTAATCCTTTTCTACAAATGATAGCATCAATGTTGAAGTTATCTCAAAAAAGGAAG GTATATCAGCCACATTTCACTTTATCAATTGAGGGCTTATACCAGATATACCAGGCTGGCAGTGTGTGTAATCAACCAAC AGAAAACATCAACCCGGAGTTTGTTCTTGAAGCCATACTTATGAATGCACCTCCCGTCTCCATTTTCTCAGTGAATCAGG AAAGGCTTCAAAGCTTTCTTGACTGGGCAGTTACAACTGCTTTACAGTCGGAGTCTTCCCAAAGGCTGAGGTCCTATGAG TCTCGCATCATTTTCACAAATAATTTAGGGGAAGAGTCTCATGATGACTCGTTAGTGTCAAAATTACTACGCTGGTTAAC AGCATCAGTAATCATGGGGAAGGTCCATCAGAAATCCAATGATATCGATTCAGGACTTGCTGAAACAAATAACTTAGAAT CCCTGCATTCTTTGCTGGTGCGTGTTGAAAATTCCTCCGGACAAGGACACGGTTTTAATATTGGCGGTGAGGAGTTACTT GCTTCTACAATTTTCTACCTCCAACAGCAGCTTGGTATAAATCAGGAATTACTACCATCAGTTGTGTCAGCTCTCTGTCT CCTGATTTTTGGCTCCTCTAATTTTCCAGTGGGCAGAACCGACTTATTGCGAGGCTACAATACTTTCATATTATCACACT GTTTAAGTTCAAGGGTGCGGTGCCCTCCTGAAGCTGATCCTGCTTGGAGATGGTTGTTTGATCAGCCATGGAAGGATCAA TCACGGGAGAACACTGATTCACAAAAGATGGAGGAATATCATGCTTGCATGATTCTATTAGTGATTGTCGCAAATGTACT TAGTGGAAAGAAATTAGAGTCAGCTAATTTTCTCCTGTAG 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0160300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MKEAATAAAHGGAWSGAFFNQQVKVRHETKLKELLHRITSAEIKLCSDAAKEFIKLLKSDDGGSLLCEYVRGSPKCSELL EAWKLRQGKQGTRYIFELISAILSHRDGKQQSSGETVSICKDLDKFARLIVSDYLNDVYKELNSKEVKRQKAALSLATAV VRRGPNLANEVAKSFDFNVAGFVGIAKGKRNAADGLLRKAFVRFAMSFLEVGKPGLLRWILQRKEMYSSVLRGLGSDDDE TVVFVLSTLRDCVLVEESLVPPGLRSVLFGSVTLEQLVEVCGREGGGEAVEAAFEVLVRVCTDSSNGLMPDLKRRPNPLK GNTKRIMDLMKKLWPSEVQYHRDLLLAIVNAKASFGLSYLKEFPYNVENYKSSSWISAISVAADLVSSVSSGLSKEFINS QSIDQHSFGNMDLQDIMKCLYPRPFSRSMFNKGLHHANSYVKHGTLRLLLELLKLLDSLFNGLNHNSSSSNPSSEHIVKQ EIQNYVQPFLPDMQVLLNLLSSLDACSEAHTSNLKRNADHHEHGSNARKKLKIDTSVSDIDIIVGGISAGPDLDLNSNSG TVDSVLRADALDDTEDLIDSVGEIWGVDLRSMGISTLKHADSYLLSKLLDALKYFGRTLPFALDNSIESFKSFLKNPLEL TGYLQVSLLSLLVEYIEWCPDNEIPIKTPPMLYKYLEPFLDVLMFSQVDETKDLAYRLAMAAMFSTGAFDRNLHEIEAWF LFLPGYHRKKLPVNIMEVEVLRSLSSSVVSFLCDAVSTIGNNLVKYWNIFKSYVHCLECGKDSSPDFSPFILCVMEKCLK VIRPKSGTCSWPKKSMVLLYTCNTVKYLLQTQVNAELLAALVNADLTERLGGSNEYNEVFPEWKPLKNLLDFVKSISHQQ NCLFSKNEESVSADGSLGSALGYVNKSFSSGVGHGMAETILAFVSSTILEGTDKIATNLAFRAVISQDYSVILHASELCP VMFYAGLDMVISDLGSDSRNAAPIGTSDFTLCPDSLTCNQLLDPTEADAAAFGIVLKQIPFHVIYPAIMCMNDLYISKLS KIQELLLHKLSESINDCSLLLNLQLVLFWTHHIQLSYKDNPLAEIKERLNLCVILVRNLLAQLLVPGSGSEWSTIRAFSS SNSQQVIKTIFCHPCVPMSLSFSLGSSLANGYIGSGFDMLNVLSREGLHEFGNPILNILTMTLDYMWSLFGTHRCASKAQ DVANNFMKSFEGLQQKLFLDFREQFELCVCSKDMMPLPPTLCTLHALHQFLNPFQLLELVDWMFNRVELEVDDLPTKISY LSVGCSLATDAFRAISIFFQQSSGNRVPYDLFWKMGEKVTKGDIFEKIYSKVVDFSVNYEIDCADRCLHEAVNALYKQKH MQQEKFHPLLLVMWKVIGMTPVQMLSHCIHKTNPMRSKFIHILTELSSLHSSIFGQFFLGIVNISLHHDIGVMGHAFDVT LSEDQFILLLPASLSYLSLISKGLGENNHKDFKHIPYFYSKILLKGFSQGKSFFSKNIFEEEFGEFLPSSVQELLSLIDR SLLGKSIHMLQYHFALHGDSVKLKKRLKLFKSICPKFASLDMLMDCDCQDIDSDSLHQSLNVINHVVAKMSLCKLLLFHE VGEDLKEAAAEKRSKLEVSKMHFINILVDIWQFIVKKFSLASGQCGAAKRTNISLLYNHLEAFVLQNILELAVEMKSDLI QLQSIPFLEQFFRCALLYRFNDPTTMKTLRLILTHLNEGRLPYELYLQLLVAHSQFAPTLHSVRKPAGSLLKPVSSILKC LVIPSPNHYENNEEHKKPTTELTSRPLEIVKLLWILLRTKNCHAGLDAGNDVSINLKELHALLLHSYGATLSQIDLGIYN LMQHIESMTGSRPQNALLISDAIAEWTRSQHGDNYPIDPDICVSTVLYFPYDRSISDEPSSLNKIEKDTVRKKIRYSHVE VRERYDPAFILNFSIHSLSKAYIEPVEFAGSGLLAIAFVSMSSPDYGIRRLAYGTLDKLKNVLEKCQKRKDMIGLRLLLN SIQNSIEEPWQRIPSVIALFAAEASCVLLDSSHDHYAALSTLLIHSSKLDMRAIPLFDNFFWSTSVNFKAERIWMLRLVY AGLNSDDDAMIYIRNSTIESLMSFYVSPLSDVESKGLIIEVLKKSVRLNKIARHLVKQCSLFSWFSCIISVTRERLNGED NRVFLRHVSVILKVVNDVISFESISKWLQNYGLEQLMELSSTLFHFLLRDVSSLAKETVGLVNPFLQMIASMLKLSQKRK VYQPHFTLSIEGLYQIYQAGSVCNQPTENINPEFVLEAILMNAPPVSIFSVNQERLQSFLDWAVTTALQSESSQRLRSYE SRIIFTNNLGEESHDDSLVSKLLRWLTASVIMGKVHQKSNDIDSGLAETNNLESLHSLLVRVENSSGQGHGFNIGGEELL ASTIFYLQQQLGINQELLPSVVSALCLLIFGSSNFPVGRTDLLRGYNTFILSHCLSSRVRCPPEADPAWRWLFDQPWKDQ SRENTDSQKMEEYHACMILLVIVANVLSGKKLESANFLL 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 2416 2416 -
PANTHER 20 2502 2483 0.0
Coils 24 44 21 -
Pfam 76 377 302 1.9E-48
SUPERFAMILY 121 684 564 8.64E-5
Pfam 1954 2144 191 1.7E-45
Phobius 2417 2437 21 -
Phobius 2438 2519 82 -
Coils 2519 2519 1 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0160300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…