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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0160300 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0160300.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nucleolar pre-ribosomal-associated protein 1; TAIR: AT4G27010.2 ribosome 60S biogenesis amino-terminal protein; Swiss-Prot: sp|O60287|NPA1P_HUMAN Nucleolar pre-ribosomal-associated protein 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2NVN9|A0A0B2NVN9_GLYSO Nucleolar pre-ribosomal-associated protein 1; Found in the gene: LotjaGi6g1v0160300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:44109127..44121917) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ACATATCTCGGGTTTCTTCTCTAACCTACGTCCCCACTCTTTTCTGCGCGGGACAAAATCAATTAACCAGAGGCTGAAAC CTACATCCATGAAAGAAGCCGCCACCGCCGCCGCACACGGCGGAGCCTGGAGCGGCGCGTTTTTCAACCAGCAAGTGAAG GTTCGCCACGAAACCAAACTGAAGGAGCTTCTGCACAGGATCACCTCGGCAGAGATAAAGCTATGCTCCGACGCCGCAAA AGAGTTCATCAAGCTCTTGAAATCCGACGACGGTGGCTCGCTGCTTTGCGAATACGTTCGCGGTTCTCCGAAGTGCTCGG AGCTTCTGGAAGCGTGGAAGCTGAGGCAAGGAAAACAGGGAACGCGGTACATATTCGAGTTAATCTCCGCCATTCTGAGC CACCGTGACGGAAAACAGCAGAGTTCCGGCGAAACGGTGAGTATCTGTAAGGATTTGGATAAGTTCGCGCGTTTGATTGT TTCCGATTACCTGAATGATGTGTATAAGGAGTTGAACAGCAAGGAAGTGAAGCGGCAGAAGGCTGCGCTTTCGCTCGCGA CTGCGGTGGTTAGGCGCGGGCCGAATTTGGCCAATGAGGTTGCCAAGAGCTTCGATTTCAACGTTGCCGGATTCGTTGGT ATTGCTAAGGGGAAGCGGAATGCTGCTGATGGTTTGTTGAGGAAGGCGTTTGTTCGATTCGCGATGTCGTTTTTGGAGGT TGGGAAGCCGGGGCTGTTGCGGTGGATTCTGCAACGGAAGGAGATGTATTCCAGCGTGCTTCGTGGATTGGGGAGTGATG ATGATGAGACTGTGGTTTTTGTGTTGTCCACGCTGAGGGACTGTGTTCTTGTTGAGGAGTCATTGGTGCCGCCGGGACTG AGGAGTGTGCTGTTCGGGAGCGTGACGTTGGAGCAATTGGTTGAGGTTTGTGGGAGGGAAGGTGGTGGTGAGGCTGTGGA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0160300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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GTAATGTTTTATGCTGGCTTGGATATGGTCATATCAGATCTTGGTAGTGATAGTCGAAATGCTGCTCCTATTGGGACCTC TGATTTCACTTTGTGTCCAGACTCTCTAACTTGTAACCAACTTTTAGACCCTACTGAAGCTGATGCTGCTGCATTTGGTA TCGTTTTAAAACAAATACCTTTCCATGTGATATATCCGGCAATCATGTGTATGAATGATCTTTACATATCAAAGCTGTCA AAGATTCAAGAGCTTTTACTGCATAAATTATCTGAGTCCATTAACGATTGTTCGCTCCTTCTCAATCTGCAACTTGTGTT GTTCTGGACTCATCATATTCAGTTAAGTTATAAAGATAACCCATTAGCTGAAATCAAAGAACGTTTGAATCTGTGTGTTA TTCTTGTACGGAATTTATTAGCTCAATTATTGGTTCCTGGAAGTGGTTCTGAGTGGTCTACAATCCGTGCTTTTTCTTCA TCAAACAGTCAACAAGTGATTAAAACCATCTTTTGTCATCCTTGTGTTCCGATGTCTTTATCCTTTTCCCTGGGAAGTAG TCTTGCAAATGGATATATAGGGAGTGGCTTTGACATGCTGAATGTACTATCCCGAGAGGGGCTTCACGAGTTTGGTAATC CAATTTTAAATATATTGACAATGACTCTAGACTACATGTGGTCTTTATTTGGAACTCACCGATGTGCATCAAAAGCTCAA GATGTTGCTAATAATTTCATGAAGTCCTTCGAAGGCCTTCAACAAAAGCTGTTTCTGGATTTCAGAGAACAATTTGAGTT GTGCGTTTGCTCTAAAGACATGATGCCTCTCCCTCCAACATTGTGTACTTTACATGCCTTGCATCAGTTTTTAAACCCTT TCCAGCTCCTTGAATTGGTAGATTGGATGTTCAATCGAGTGGAATTGGAGGTGGATGATTTGCCAACTAAGATATCCTAT TTATCTGTTGGATGCTCCTTAGCTACTGATGCTTTCAGAGCTATATCCATTTTTTTTCAGCAGTCATCTGGAAACAGGGT ACCATATGATTTATTTTGGAAGATGGGTGAAAAAGTTACGAAAGGTGATATTTTTGAGAAGATCTACAGTAAGGTTGTTG ACTTTTCTGTAAACTATGAAATAGATTGCGCAGATAGATGCTTGCATGAAGCTGTCAATGCTTTGTATAAGCAGAAACAT ATGCAACAAGAAAAATTTCATCCTTTGTTGTTGGTCATGTGGAAAGTTATAGGGATGACTCCAGTGCAAATGCTTTCTCA TTGCATTCACAAGACAAATCCAATGAGATCTAAATTCATACATATTCTGACTGAACTGAGTTCTCTGCATTCATCAATAT TTGGGCAATTTTTTTTGGGTATAGTGAATATTAGTTTACATCATGATATTGGTGTGATGGGACATGCCTTTGATGTTACT CTTTCAGAAGATCAGTTTATACTGCTTCTACCAGCTTCTTTGTCATACTTGAGCCTAATTTCTAAGGGACTTGGGGAAAA CAATCACAAAGATTTTAAACACATACCTTACTTTTATTCAAAAATTCTTTTAAAAGGTTTCAGTCAGGGAAAGAGCTTTT TCTCAAAAAACATATTTGAGGAAGAGTTCGGAGAATTCCTTCCATCATCTGTTCAAGAACTGCTCTCTCTTATTGATCGT AGTCTTCTTGGAAAATCAATTCATATGTTGCAGTATCACTTTGCTCTTCATGGAGATTCTGTGAAACTGAAGAAGCGACT AAAGCTATTCAAGTCCATTTGCCCAAAATTTGCTTCACTTGATATGCTGATGGACTGTGATTGTCAAGATATTGATAGTG ATTCTCTCCACCAGTCTTTGAACGTCATCAATCATGTTGTTGCAAAGATGTCACTTTGTAAACTATTATTGTTTCATGAA GTAGGTGAGGATTTGAAAGAGGCTGCTGCGGAAAAGCGAAGCAAATTGGAAGTTTCCAAGATGCATTTCATAAACATTTT GGTAGACATTTGGCAGTTCATTGTTAAGAAATTTTCTTTAGCCTCTGGTCAATGTGGAGCTGCTAAAAGAACAAACATTT CATTGCTATATAATCACTTGGAAGCTTTTGTGTTACAAAATATTCTTGAATTGGCTGTAGAGATGAAAAGTGATCTTATT CAATTACAATCCATTCCCTTCCTTGAGCAATTCTTCAGATGTGCTCTTCTCTATAGATTCAACGATCCTACAACAATGAA GACTCTCCGGCTTATATTGACTCATCTTAATGAGGGGAGGCTGCCATATGAATTATATCTTCAGTTGTTAGTTGCTCATT CTCAGTTTGCTCCCACTCTTCATTCTGTGCGCAAACCAGCAGGTTCCCTTTTGAAGCCTGTGTCCAGCATTCTGAAATGT CTTGTCATTCCTTCTCCTAACCATTATGAAAATAATGAGGAGCACAAAAAGCCAACAACAGAGCTCACTAGTAGACCATT GGAAATTGTTAAGTTGCTTTGGATACTCTTGCGTACAAAGAATTGTCATGCTGGTTTAGATGCTGGAAATGATGTCAGCA TAAACTTAAAAGAATTGCATGCACTGCTACTTCATTCTTATGGTGCAACACTCAGTCAGATTGATTTGGGGATATACAAT CTGATGCAACACATTGAGTCTATGACTGGATCAAGGCCTCAGAATGCCCTGTTGATTTCAGATGCAATTGCGGAATGGAC CAGAAGCCAACATGGAGACAACTATCCAATTGACCCTGACATATGTGTGTCAACAGTTCTCTATTTTCCCTATGACCGAA GTATCTCTGATGAACCATCATCTTTAAACAAAATTGAGAAAGATACTGTCAGGAAAAAGATACGTTATTCTCATGTTGAA GTTAGAGAGCGTTATGATCCTGCATTTATCCTGAATTTCTCAATTCACAGCCTATCAAAGGCGTATATAGAGCCTGTGGA GTTTGCTGGGTCAGGGTTGCTTGCCATTGCATTTGTTAGCATGTCTTCACCAGATTATGGGATAAGAAGATTAGCTTATG GCACTCTTGATAAACTTAAGAATGTCTTAGAGTGCCAAAAAAGGAAGGATATGATAGGACTTCGGCTTCTACTAAATTCT ATTCAAAACAGCATAGAAGAGCCATGGCAAAGAATCCCATCTGTTATTGCTCTATTTGCTGCAGAGGCTTCTTGTGTATT GTTAGATTCATCACATGATCATTATGCAGCTCTAAGTACATTGTTGATACACTCTTCCAAGTTGGATATGAGGGCGATAC CTCTGTTTGATAACTTTTTTTGGAGTACGTCTGTTAATTTCAAAGCAGAAAGGATTTGGATGCTTCGGCTAGTATATGCA GGGCTGAACTCAGATGATGATGCAATGATATATATCAGGAACTCTACCATTGAGAGTCTAATGAGTTTTTATGTCTCTCC TCTGTCAGATGTCGAGTCAAAGGGCTTAATTATTGAGGTGTTAAAGAAATCAGTGAGGTTGAATAAGATTGCTCGTCATC TTGTGAAACAGTGTTCTCTGTTTTCATGGTTTTCATGTATCATCTCAGTTACTAGAGAGAGGCTTAATGGAGAAGACAAT AGAGTTTTCTTGAGGCATGTATCGGTAATATTGAAGGTTGTCAATGATGTTATTTCTTTTGAAAGCATCTCCAAGTGGTT ACAAAACTATGGTCTTGAGCAGCTCATGGAGCTTTCATCCACTCTATTTCATTTCTTACTCCGTGATGTATCATCATTGG CAAAGGAAACTGTGGGACTAGTTAATCCTTTTCTACAAATGATAGCATCAATGTTGAAGTTATCTCAAAAAAGGAAGGTA TATCAGCCACATTTCACTTTATCAATTGAGGGCTTATACCAGATATACCAGGCTGGCAGTGTGTGTAATCAACCAACAGA AAACATCAACCCGGAGTTTGTTCTTGAAGCCATACTTATGAATGCACCTCCCGTCTCCATTTTCTCAGTGAATCAGGAAA GGCTTCAAAGCTTTCTTGACTGGGCAGTTACAACTGCTTTACAGTCGGAGTCTTCCCAAAGGCTGAGGTCCTATGAGTCT CGCATCATTTTCACAAATAATTTAGGGGAAGAGTCTCATGATGACTCGTTAGTGTCAAAATTACTACGCTGGTTAACAGC ATCAGTAATCATGGGGAAGGTCCATCAGAAATCCAATGATATCGATTCAGGACTTGCTGAAACAAATAACTTAGAATCCC TGCATTCTTTGCTGGTGCGTGTTGAAAATTCCTCCGGACAAGGACACGGTTTTAATATTGGCGGTGAGGAGTTACTTGCT TCTACAATTTTCTACCTCCAACAGCAGCTTGGTATAAATCAGGAATTACTACCATCAGTTGTGTCAGCTCTCTGTCTCCT GATTTTTGGCTCCTCTAATTTTCCAGTGGGCAGAACCGACTTATTGCGAGGCTACAATACTTTCATATTATCACACTGTT TAAGTTCAAGGGTGCGGTGCCCTCCTGAAGCTGATCCTGCTTGGAGATGGTTGTTTGATCAGCCATGGAAGGATCAATCA CGGGAGAACACTGATTCACAAAAGATGGAGGAATATCATGCTTGCATGATTCTATTAGTGATTGTCGCAAATGTACTTAG TGGAAAGAAATTAGAGTCAGCTAATTTTCTCCTGTAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0160300.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKEAATAAAHGGAWSGAFFNQQVKVRHETKLKELLHRITSAEIKLCSDAAKEFIKLLKSDDGGSLLCEYVRGSPKCSELL EAWKLRQGKQGTRYIFELISAILSHRDGKQQSSGETVSICKDLDKFARLIVSDYLNDVYKELNSKEVKRQKAALSLATAV VRRGPNLANEVAKSFDFNVAGFVGIAKGKRNAADGLLRKAFVRFAMSFLEVGKPGLLRWILQRKEMYSSVLRGLGSDDDE TVVFVLSTLRDCVLVEESLVPPGLRSVLFGSVTLEQLVEVCGREGGGEAVEAAFEVLVRVCTDSSNGLMPDLKRRPNPLK GNTKRIMDLMKKLWPSEVQYHRDLLLAIVNAKASFGLSYLKEFPYNVENYKSSSWISAISVAADLVSSVSSGLSKEFINS QSIDQHSFGNMDLQDIMKCLYPRPFSRSMFNKGLHHANSYVKHGTLRLLLELLKLLDSLFNGLNHNSSSSNPSSEHIVKQ EIQNYVQPFLPDMQVLLNLLSSLDACSEAHTSNLKRNADHHEHGSNARKKLKIDTSVSDIDIIVGGISAGPDLDLNSNSG TVDSVLRADALDDTEDLIDSVGEIWGVDLRSMGISTLKHADSYLLSKLLDALKYFGRTLPFALDNSIESFKSFLKNPLEL TGYLQVSLLSLLVEYIEWCPDNEIPIKTPPMLYKYLEPFLDVLMFSQVDETKDLAYRLAMAAMFSTGAFDRNLHEIEAWF LFLPGYHRKKLPVNIMEVEVLRSLSSSVVSFLCDAVSTIGNNLVKYWNIFKSYVHCLECGKDSSPDFSPFILCVMEKCLK VIRPKSGTCSWPKKSMVLLYTCNTVKYLLQTQVNAELLAALVNADLTERLGGSNEYNEVFPEWKPLKNLLDFVKSISHQQ NCLFSKNEESVSADGSLGSALGYVNKSFSSGVGHGMAETILAFVSSTILEGTDKIATNLAFRAVISQDYSVILHASELCP VMFYAGLDMVISDLGSDSRNAAPIGTSDFTLCPDSLTCNQLLDPTEADAAAFGIVLKQIPFHVIYPAIMCMNDLYISKLS KIQELLLHKLSESINDCSLLLNLQLVLFWTHHIQLSYKDNPLAEIKERLNLCVILVRNLLAQLLVPGSGSEWSTIRAFSS SNSQQVIKTIFCHPCVPMSLSFSLGSSLANGYIGSGFDMLNVLSREGLHEFGNPILNILTMTLDYMWSLFGTHRCASKAQ DVANNFMKSFEGLQQKLFLDFREQFELCVCSKDMMPLPPTLCTLHALHQFLNPFQLLELVDWMFNRVELEVDDLPTKISY LSVGCSLATDAFRAISIFFQQSSGNRVPYDLFWKMGEKVTKGDIFEKIYSKVVDFSVNYEIDCADRCLHEAVNALYKQKH MQQEKFHPLLLVMWKVIGMTPVQMLSHCIHKTNPMRSKFIHILTELSSLHSSIFGQFFLGIVNISLHHDIGVMGHAFDVT LSEDQFILLLPASLSYLSLISKGLGENNHKDFKHIPYFYSKILLKGFSQGKSFFSKNIFEEEFGEFLPSSVQELLSLIDR SLLGKSIHMLQYHFALHGDSVKLKKRLKLFKSICPKFASLDMLMDCDCQDIDSDSLHQSLNVINHVVAKMSLCKLLLFHE VGEDLKEAAAEKRSKLEVSKMHFINILVDIWQFIVKKFSLASGQCGAAKRTNISLLYNHLEAFVLQNILELAVEMKSDLI QLQSIPFLEQFFRCALLYRFNDPTTMKTLRLILTHLNEGRLPYELYLQLLVAHSQFAPTLHSVRKPAGSLLKPVSSILKC LVIPSPNHYENNEEHKKPTTELTSRPLEIVKLLWILLRTKNCHAGLDAGNDVSINLKELHALLLHSYGATLSQIDLGIYN LMQHIESMTGSRPQNALLISDAIAEWTRSQHGDNYPIDPDICVSTVLYFPYDRSISDEPSSLNKIEKDTVRKKIRYSHVE VRERYDPAFILNFSIHSLSKAYIEPVEFAGSGLLAIAFVSMSSPDYGIRRLAYGTLDKLKNVLECQKRKDMIGLRLLLNS IQNSIEEPWQRIPSVIALFAAEASCVLLDSSHDHYAALSTLLIHSSKLDMRAIPLFDNFFWSTSVNFKAERIWMLRLVYA GLNSDDDAMIYIRNSTIESLMSFYVSPLSDVESKGLIIEVLKKSVRLNKIARHLVKQCSLFSWFSCIISVTRERLNGEDN RVFLRHVSVILKVVNDVISFESISKWLQNYGLEQLMELSSTLFHFLLRDVSSLAKETVGLVNPFLQMIASMLKLSQKRKV YQPHFTLSIEGLYQIYQAGSVCNQPTENINPEFVLEAILMNAPPVSIFSVNQERLQSFLDWAVTTALQSESSQRLRSYES RIIFTNNLGEESHDDSLVSKLLRWLTASVIMGKVHQKSNDIDSGLAETNNLESLHSLLVRVENSSGQGHGFNIGGEELLA STIFYLQQQLGINQELLPSVVSALCLLIFGSSNFPVGRTDLLRGYNTFILSHCLSSRVRCPPEADPAWRWLFDQPWKDQS RENTDSQKMEEYHACMILLVIVANVLSGKKLESANFLL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 2415 | 2415 | - | – | |
| PANTHER | 20 | 2501 | 2482 | 0.0 | ||
| Coils | 24 | 44 | 21 | - | – | |
| Pfam | 76 | 377 | 302 | 1.9E-48 | ||
| SUPERFAMILY | 130 | 689 | 560 | 1.73E-5 | ||
| Pfam | 1954 | 2143 | 190 | 1.0E-44 | ||
| Phobius | 2416 | 2436 | 21 | - | – | |
| Phobius | 2437 | 2518 | 82 | - | – | |
| Coils | 2518 | 2518 | 1 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0160300.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…