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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0239900 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0239900.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | U3 small nucleolar RNA-associated protein 25; TAIR: AT1G17690.1 U3 small nucleolar RNA-associated protein; Swiss-Prot: sp|B6JX19|UTP25_SCHJY U3 small nucleolar RNA-associated protein 25; TrEMBL-Plants: tr|A0A151T5S0|A0A151T5S0_CAJCA Digestive organ expansion factor isogeny; Found in the gene: LotjaGi6g1v0239900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:55106712..55118680) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CATAGTCTCAGAAAAATAAAAAAAGAAAAGGAACTGCAACATAACCCTCGTGAGCTTGTGACTTAGTGCAGACTGCTGTC CCCTCCCTCCGCCACGACATCGCCGCCGGCCGCCGGCCACCGTCCAGCGTCTCACCATCCGCCGCCACTGAGTGAGCTTA ACCTCTGTAGTTTGGTTACTGATGTTTCTGTGTTTTAGTTCAGCAATGCCTCCTCACTCTCCTCTTGCCATCTTGTATTT CTAACCTTTCTTTCTTCCTTTTCTTCTTATGCAGGAAAATCATCCAAGAAAAACCAAGTTATGAAGACTCCACAATCTAA TCCTAACTTGAAAAGGTAACAGTAGTGGTTTTGTCAATTGTCATGCTTTTTTTCTGTCCTCAATGTGTTGTAGAGTTTAT ATAATTGATTATTAATCAATTCATCATGTTTAAGCTCTTTTAATTGTACTGCTAAGAATGAAAATATAATTCAGAAACTC CTACTTCATGTTGCAGCTCCCTTTGGCTGTGGCTTTTTCATGTTGTGTATGAGCCTGTTTGGATGCAAACAGAAAAAATA CTTATTGGAGCTTATTCAGTGCTTTGTTAAGTAAATACACTCCAATAAGCTCTAATAAGCTGGTATCCAAACAGGCCCTA AGTATTAAAAGCACGCTGCAAATTCTCTTTAAGTATGCTCTGTTCTAGTCCATGAGATTTTACTGCTTAGTTTAAGTGAT TAAGTATTTTATCATGCTCATGTATCAATCTAATTTCTTGCTGGTCTTTGCTAAGTTTGAACTGCTCTGCCTCTTTTCCA GGAAAAGAAAAGAAGGTAAAAGTGAGAAGAAAAAGAAAGAGAGTAGAAGGAAGGAGAAAAGGAAAAATGATGATGTCCCT GAATCTCGTAGCATGTTGAAGGATGTCCATGATGATGGAGAAGGTTCGGTTTAATATAGTTTGAAGTTACATATGTACTT CGTGGGTTTAATGATTAATTTCTTTTCCGCAAGGCTTTGTTATGGGCTTATGGTCAGGTTCATAATTAGATATTGCTCTT TAATTTATATTTTATAGAATAACAGGTAAAAACCTTTTGTTAGGCCAAGTTTAATCGTTGGTTCTTGATTGCATCCTCTG ACACTCTGGCTGATGATTTGTCTTCTGCAGTCCCTCCCCCCCCTTTTCAATAACCTAAGATAATTATATGATCGTGCAAT TTCTTTTTTGAAGATTTTTTCATTCTTTCATGTTCTTAGGGTTTGATGATGAGTCTCCAAGAAGCAATCTTGTGGAAACT GTGCAGCAAGATCCTGATAACAGTAATTCTGGATTGATAGAAGGTTCTGAAACTGAAGATGGTGTTGAGTTTTCTGATTT AGATGAAGAGGATATTGAAATTAATGGTCCGCTTACATCTGAGGATTCAGTGCAATTGAGGTTTGTTAACATTAAAATCC CCTCTTAGGTAGAATAAATTTCATTTGGGAGATTGGAAACGTGAAACATAGAGGGGTGTGTGTGCAAACCGTGAAGAGCT AAGTGGCTAAAAGATGCACAGAAAGTCTCCAATCTCTATGCCAATTAGAAAAGGAAAACCCTCTAGTTTTGTTTGTCTAT TTTATAACTGATTCCCATGTTAAATATTTTAACAATAGTGAAATTTATGGTTTTGACATCGCTTGAATGTTTTTCAGTGA ATTTGATGAGTAATAGTAACTACTAACTAGTTAGTAAATAGTATTATTACTTGGTTATTATACATTGCTCATAAGAATAT TATTCTTTTTGCATGCTTAATCTGACATTGTTTTTTCCATGCAGCTCTTTTTATTTACATTTGCACCATATTTTATCAAA AGAAGAAATTGACAGTCAAAAGAACTGGAAATATAGCTGGGAGATACCAGCTATTGGTATGACAAATTGCAAATGGACAG 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CATAGCTGATAAACTCTCACTACATCAAAATCTCTCAACATTTACTTGCTCTGTTATAGTCTATTATTTGTTTTTATAAA ACACAAGGGAATTATTGATATGCCCTCCGTTTTCTTAAATAATTACATGATTATAGTGGTAAAAACACGTTTATATTTTG TAAATCTTACAATCGTCAGTGTATTTTAATTGAAATATGCAGGTGAAGTTGATGTGTGAATATAAAGGTGTTCTACACAA AGTGCTACCTGAAATACGACAGGTATGCTTTCTCAATATTGCTGGCTAGCTTTATTTGGTCCTTTTATACTAGTGTGGTG AAGTTAAGGTCTTGTTGATGCATAGTGTTTCAGATGGGAATGAAACCAAATGGGTCTAAGTGCATTCTGATCCTCTAGTT AGCAATATTATTGCACCCCATTTCCTTGGATCTTATGCGATAAGTAAAATGTTATTCATTGTTGTATTATTAATTGACAG ACGATTGGGAAAATGGGTTACTATATATATTGATTTATTTGCCTTGCTTTGTGGTTCATTCTTAGGCTAGATTTTCTAAT TGTAAATAGAAAAGCCGGGCGTACTAGAAAGTTCCAGCCATGGTGGGGTTGGGTTTAATCAATCGAGGGTCTATTGTAGG CAGCCTTACTTAGCATTTGGAAGATGCTAATTCAACTACTCAAACCTGTGATCTCCTAGTAACACAGCAGAAACTTCAAC CATTCTCACAAGGCTCCCATTTTAATTGTAAATAGAAAAAAAAAGTATATTACAGGGTGGGTATTCTTGGTCTGTAAATT AGAAGGTAGGGATAGATATGATGTAGATGTTCTACAGATTAGTACATTTTCATGTAATAGAGGTCTGTTGAGCATGCTAA CAAGGTCTATATGAGACCAGAGGTTATTGTTTGGATTATTGTAGTTAAACCAAGCATATGGTTGAAAATGATTTTGCATT 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GAGTTCATCTGCTAAGAATTGTCGGCAAAATATTTCTGTTAAATTTCTTTAAACAGGAGCCTTGGGGTGGTTTGGAAGTT ATTAATAATTAAGAGCTCATTATCATGAATTTATGTCCATTTTTGTCTTGCAGGTTTTTCCAAGAATAAAAGATTCTGAT CAGGTTAATTTATTGAAAAAACTCATTTTTTTGGGTGTGTATGCTTGTGATCATTAAACTTATGTACAAATAAATTTTCT TTGATACAGGGAGGGATTATGCTATTTATCAATTCTTACTTTGAATTTGTGCGGATCCGAAATTTTTTAAAGTCACAGAA TGCCTCCTTTTGTCTGCTTGGGGAGTAAGGATCTATTTCCATTATTGTGCCATCACTATTTTTATTTTTTCAGTATTATG ATTATTTGATCCTAACTTTGTAGTTAATTTTTTTGCAAATTTATACAAGTAGCTCTTATGTTGCTTTGTGATTTATGAGT GCTATTTTTTGATTAATTTAGGTATACAAAACAAAGTGATATTTCTCGTGCGCGTCTTTGGTTCTATGAAGGAAGCAGAA AAATCATGCTTTACACAGAGAGATCTCATTTTTACCACAGATACAAGGTTGAATACAATGAAATAGTTTTTCCTCGCACT ATCTTTCGTGTAATTGTTTTATCTGGTATTTAATAGCTGTAAGTTTTTATAGTTTTGAAAAAATTAAAATGCTGCCTGGC TGCTGAGATTGTTGGAATGGCATTTAGCACCTTTAAGAAATTGTATGCTCTAGTCCAAAGTGTCTATGATATAGACCAAG ACAGAATTGACAAAATTGCACAAGTGTAGTCTATGTTGTGAGGACAAGTTGTGACTTATACAGGGTTTTATTATCCTTCT ATAACCTATTATTATAATGATGAAAATATTAACAAATATAGTTTATTTCATGATGGCAGATTCGTGGGGTTAAGAATCTA ATCATTTATTCGCTCCCAGAGAGGAAGGAGTTTTACCCTGAGGTAAGCAGACTTGTAAAGTAGGACATTTTTCTCCTCTA TCTTGTTCTGTTGCACGTACAATCTTAACAAGAGGACTCAAGGAAGCTAAGAAAACAAGCATGTCCTATAAAAGGTGTAA AGGAAGAAATTTACGGCTAGAAGTTTAGGAATTAAGCTCCAGATTAGTTCGACAGATTCCTCTAAAACAAGCACATCCAA TAATAGATTATTGCTCTTTCTGATCTGTTTGTTCAGTGTGTGCATTCAGAAAATTTAGTTCATGACTCTTTTTTTATGTT GATATAATTTTGCAATAAATGCTAATCTCATTTTGTCCTCAGATTGTAAATATGCTTGATGGATCTGATGGTATGCCATG CACGGCCCTTTTTTCTTGCCTTGACAAGTTTCGGGTAATACTTTGATGTCCCTTTAGCATTATTCTACTTTTTAGAACTT TGTTTGTGATACTGTATATTAATATCTGAATGAGAGGTGATTAATGTCTCATACTGTCCTTTGCTTTTGTGGTTATATAT ATTTTAGCTGGAAAGAATTGTTGGAACTACTGTGGCGAAGAGGATGGTGACTGCAGAGAAAGGCGTTTTTGTTTTTTGTC ATTAGACACTGATGTAAAAATTGTTTGAGAGGTTATAATTTAGAACTCTAGTATTTGTATTTAATATGTGTTATAGTTTT ATCCTTTGAAAACATTACAACTTCAGTGACGTTTAATCGTTTTATTTTAATATACTTAGCTGATGATATATCACTTTCTA ATCAATCATAAATCAGAACCATTTTGAAAATATTAGCAAATTAAACATACTTTTAATAGTTATGGTTGATCTGATCCCTT TCAATTGTAAAACTTGAAGATTATGCAATTGGCTTGGATTCAACTGCAGATAACTTCTCTGCAGCAACTTTATTTTCTTT TTATAGATTCCATCGTAATCACTTCTTCATTCTAACGAGGAGATGAGTGAATGGCAGAGCACATACAACAATGTCAATTC AAATATAGGCCTTTTGAAGAAAATAAGGCGTCTTTTAATGCCCTTTTGTTTTAGCATCCCACCACCCACAACGTGCGTTT TTTTTATAATAGCCAAGTGCTATGATTGCAAAAATACGCGCGTTGGAGTCTCCTCAATGCTAACCCAAAGCGACCCTTAA CAATGATCATTACCATGTTAAATATCCCAATTGAAATTCACTATTCATTTATGTAAGCAAATGTTTCTTAGTTGTTGTTA TTGACCTCTTTCCATTAAGAATCTTAAAAGAGGATGCATTTGCAAACACCTGTGGTTAAAATTTAATTAGCTTTCAGTTG TATTCGCCCGCGCAACGCACGGGTCTTATTCTAGTTATACTTGTATTTG
CDS sequence (LotjaGi6g1v0239900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAGACTCCACAATCTAATCCTAACTTGAAAAGGAAAAGAAAAGAAGGTAAAAGTGAGAAGAAAAAGAAAGAGAGTAG AAGGAAGGAGAAAAGGAAAAATGATGATGTCCCTGAATCTCGTAGCATGTTGAAGGATGTCCATGATGATGGAGAAGGGT TTGATGATGAGTCTCCAAGAAGCAATCTTGTGGAAACTGTGCAGCAAGATCCTGATAACAGTAATTCTGGATTGATAGAA GGTTCTGAAACTGAAGATGGTGTTGAGTTTTCTGATTTAGATGAAGAGGATATTGAAATTAATGGTCCGCTTACATCTGA GGATTCAGTGCAATTGAGCTCTTTTTATTTACATTTGCACCATATTTTATCAAAAGAAGAAATTGACAGTCAAAAGAACT GGAAATATAGCTGGGAGATACCAGCTATTGGTATGACAAATTGCAAATGGACAGGAACTGGAGATAATTTTTTGAAGGAT ATGAATACCAATTCTTATGATGGTCTGAAGGCAAGGCTGTATGAGCATTGGATGGATATCAACAAGACATCTGGAGTTGA TTTATCTAAACAAAAGATGTTGTTTTCCCTTTGTAGCAGCTACCGGGATATACTTTACTGTAACAAGAGGCCATTCTATC TCAAAGGCCCTGATGACACAAACACAATGGATGCATACATAATGCACTCTCTCAATCATGTCTTCAGAACTAGAGACTGT GTGAAAAAGAATGATTCCAAACTGAATAGGCTTGAAGAGAATGCTGATACTGATAGATTTCGAGATCAAGGTTTTACTCG TCCTAAGGTTTTAATTGTATTGCCACTGGCAAGTATTGTTTACCGTGTAGTAAAGAGGCTTATACAGCTTACACCTTCAG ATTACAAGGTCAATGTTGAGTACATGGATCGTTTTGCCACTAAATTTGGAAGTGAAGAGCATGAAGATGGCAGTGGAGAT GACCTGGAGTCTCATAATGCAAAACCTCAGAAGTCATCCAAACCGGCTGACTTTCAATTACTTCTTGAGGGCAACAATGA GGATGACTTTATGATTGGCATTAAATTTACTAGGAAGACAATCAAGTTGTTTAGTGATTTCCATACCTCTGACATCATTA TTGCTTCAGCACTTTCCTTGGCTAATAAAATTGAAGAGGCTGGCAATGATAAGGAAAAAGATGTAGACTTTCTTTCATCT ATCGAAGTTCTGATTATTGATCATGCAGACGTAATAGCAATGCAGAATTGGTCGCACGTGCATACAGTTATTGAACATTT GAACTGCTTGCCATCTAAGCAGCCCAGAACAGACGTTATGCGCATTAGGCCATGGTATCTTGATGAGCATGCCAGATTTT ACAGGCAAACAGTAATCCTGGGTTTCTATTCAAATCCAGATATAAATGCCTCATTCAATCACCAATGTTTTAATTATGAA GGGAAGGTGAAGTTGATGTGTGAATATAAAGGTGTTCTACACAAAGTGCTACCTGAAATACGACAGGCTTATGAACGGTT TAATGTAGACTCAATAGTAGATGCTGATGATGCCCGTTTTGATTATTTTGTTAAGAAGGTTTTTCCAAGAATAAAAGATT CTGATCAGGGAGGGATTATGCTATTTATCAATTCTTACTTTGAATTTGTGCGGATCCGAAATTTTTTAAAGTCACAGAAT GCCTCCTTTTGTCTGCTTGGGGAGTATACAAAACAAAGTGATATTTCTCGTGCGCGTCTTTGGTTCTATGAAGGAAGCAG AAAAATCATGCTTTACACAGAGAGATCTCATTTTTACCACAGATACAAGATTCGTGGGGTTAAGAATCTAATCATTTATT CGCTCCCAGAGAGGAAGGAGTTTTACCCTGAGATTGTAAATATGCTTGATGGATCTGATGGTATGCCATGCACGGCCCTT TTTTCTTGCCTTGACAAGTTTCGGCTGGAAAGAATTGTTGGAACTACTGTGGCGAAGAGGATGGTGACTGCAGAGAAAGG CGTTTTTGTTTTTTGTCATTAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0239900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKTPQSNPNLKRKRKEGKSEKKKKESRRKEKRKNDDVPESRSMLKDVHDDGEGFDDESPRSNLVETVQQDPDNSNSGLIE GSETEDGVEFSDLDEEDIEINGPLTSEDSVQLSSFYLHLHHILSKEEIDSQKNWKYSWEIPAIGMTNCKWTGTGDNFLKD MNTNSYDGLKARLYEHWMDINKTSGVDLSKQKMLFSLCSSYRDILYCNKRPFYLKGPDDTNTMDAYIMHSLNHVFRTRDC VKKNDSKLNRLEENADTDRFRDQGFTRPKVLIVLPLASIVYRVVKRLIQLTPSDYKVNVEYMDRFATKFGSEEHEDGSGD DLESHNAKPQKSSKPADFQLLLEGNNEDDFMIGIKFTRKTIKLFSDFHTSDIIIASALSLANKIEEAGNDKEKDVDFLSS IEVLIIDHADVIAMQNWSHVHTVIEHLNCLPSKQPRTDVMRIRPWYLDEHARFYRQTVILGFYSNPDINASFNHQCFNYE GKVKLMCEYKGVLHKVLPEIRQAYERFNVDSIVDADDARFDYFVKKVFPRIKDSDQGGIMLFINSYFEFVRIRNFLKSQN ASFCLLGEYTKQSDISRARLWFYEGSRKIMLYTERSHFYHRYKIRGVKNLIIYSLPERKEFYPEIVNMLDGSDGMPCTAL FSCLDKFRLERIVGTTVAKRMVTAEKGVFVFCH
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 91 | 91 | - | – | |
| PANTHER | 18 | 672 | 655 | 7.1E-252 | ||
| MobiDBLite | 29 | 59 | 31 | - | – | |
| MobiDBLite | 61 | 81 | 21 | - | – | |
| Pfam | 190 | 671 | 482 | 1.5E-167 | ||
| MobiDBLite | 311 | 330 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 311 | 335 | 25 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Nucleus | A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0239900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…