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LotjaGi1g1v0064600.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0064600
Transcript ID LotjaGi1g1v0064600.2
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description MD-2-related lipid recognition domain-containing protein / ML domain-containing protein; TAIR: AT3G11780.1 MD-2-related lipid recognition domain-containing protein / ML domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q54SW1|Y2179_DICDI Putative phosphatidylglycerol/phosphatidylinositol transfer protein DDB_G0282179; TrEMBL-Plants: tr|I3T113|I3T113_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0064600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:8959052..8972365) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATCATTATTTATTCATGTACAAATGATGCCAAGTACAGTAGTCACCGATGTTCACGCGCTCCATAGCCATGGCGGTTCAC TCTACTTCAACGCTTTACCTTGTTCTCTGCTTATCATCCACCGTTTTGCTGCTACTTTCTTCTTCTCATGCACAAGCTCA GTCCCTCAAATACTGTGGTAATTAACTAAACTAGCTACCTTTACTCTTCAAACTTTTAGTTCATGATTTTGTTTTGTTTA TATAATTCTTCAACATTCATCATTGATATGCCTCATACTTAGTTTTGCAATACTTGAGAGCTTCCTGTTTGAGATTGCAT GTTGCAAGTAGGGAGAGAAACATAGAGTGACTGACTCAGCTGCCATTTCTGGTATTAATAGCTGAGATGAAAAACGGTAG AAATAGAACCCCTTTGTGGAATTAGGGAACCTGTTTAATTTGCTTGGACAATATAAACCCCTATCAGAAGACATGGGGTC AAAGGCTGTCATGTGCGTGTCACGTGATTACACTGTGTTGTTTAGTTTTTTTTTTGTTTTTTGTTACAAAGAAATGTTAG TTGTTAGTTATTAGTAAATTAGTTCCTTTACCAGGGTTTGAACCCTGACCCTTCACCCTTCAATATCCTTCATTTCCCTT AGCTCACCCACCCCACCCACAATGTGTTGTTTAGTGGTTTTGTTGTTGAATTGTTAGTTAGTTTGAAATGTTCACTGGTT TAATTACAAGTGGGTAGTTAAACCAAAATGCAAACTTCTTTGCAATTTGGGTCGGCAACTTGGCATGCCTGGCGGTTAGA CCCCGGTTTGAGCCTCACCCCAAGGGCGCGGGTTTGAATCCCCTAGAGATCTCTGACGCTCCAGCTAGCTACTGGAGTGG GTCTCGACTGGCCTCCACAGAGGTAATAGAGGAGATAATCCTCCTCCGTTGGAGATTCTCAGTATGTCATTGGCAACCTG 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ATAAACGTTCTAGATCGATCACCAGTGTTTGATGACGTGGAACAGGGAAAGACTCCAGCTGTGAATTTCTTTGTGAATGG TCGTCCCTATAATATGGCATACTATCTAGCCGATGGTATCTATCCTTCTTATCCAACTTTCGTCAAAACGATTAGACTTC CTCAAAGTGAACCCGATAAGTTATTTGCAAAAGTTCAGGAGGGATGTCGGAAGGACATCGAACGTGCATTTGGAGTTCTT CAAGCTCGTTTTAAAATCATCCGTGAACCAGCTCGCTTGTGGGACATAGATGACTTGAGTATCATTATGAGGTCATGCAT CATATTACATAATATGATTGTCGAGGATGAACGAGATTCATATGCTCAACTTTGGACCGATTTTGAGCAATCTGGGGAAG GTGGATCTAGTACACAGCAACCATACTCGACCGAGGTTTTACCCGCTTTTGCAAATCATGTGCGTGCTAGATCCGAGTTG CGTGATTCAAATGTTCATCATGAACTGCAAGCAGATCTAGTGAAGCACATCTGGGTAAAGTTTGGAATGTCTCAGGATTG AAGATGATTTGTATCGTACTATTTACGTTATTTGTGTGTTGTGTGCTTAGTTTTCCCTTGTCTTGCATTTTAAGATATTG TGTGCTTAGTTTGTTATCTTGCATTTTATTTTAAGAAAATAAAATAAATTCTTGTATGCTTAGTTTGTTGTCTTGCATTT TAAGTTAAGAAAAAAAAATTATAGTCTATATTTTTTTAAAAAAAGTCTATATTTAAAAAAAAAAACAAATTGTTAAGTGT TTATTGTTTTAATTTAATTTAAATCGATAATTGTAATTTTATGTAATTATAAAAACAAAAATATAAAATTAAATAAAAAT GTGAAATAAAAAAGTGGTGGGGTAGGGTGAGTGGTGAGTGGTGGGGTAGGGTGTTGAGAGTTAAACAAAACCATTGGAGT GGGTAATTGTTGAAAGTTTGTCGAATTTGAGAAAAAAGATGATGTTGAGTGTTGGGAAGAGAAAAAGTGGGGTAGAAAAG GGTTAAACAAAACATTTTTTGTTTAACCATTGTATATGGTCTCACTTTAGAACTTAGAAGAACTAGACAGGGGTGGAAAA ATTTCTCCACGCTATTAGATTTGTGGCGCTTCTTTAGAGTTCATGTTTATTGCACTATTGCAGAACTATCAATTGTCATT AGCCCGGATTTTTCATGCTAAACGTCTTTCATAAAGTAAATTTGATATTGTTGGCCAAGAATCCATAATCCATAGTATAT ATATTCAGGAAAAGATCTCAGTCCCAAAATGTATGATGTGGCATTCACTGATTGGCTAATATTCTACTGAATCCTATGTG TCACTTCATCCTCCATTCTTCTTTCTCCTCCTTTCTTCTTCTCCCATATTAAATGGGTAATCCTCTTTTATTTTAGGATC TGTTTCTCAGTTTCAAAAAAAGGATTTGTTTCTCTCTTTCTCTCTCATTTTCGGCGTTCTCTCTCTCTCGACATCAATCT GTTTCCTCCCTCGCTTGAGATCACCATCCCTCCATTACCATCCATCCCAGTCGCAGCTCTCCCCACGGTGCGACGTTGAC GACCCAACTCTCCTCGCAAAGTCTGTAACAGAGCAAGGTCCTCGACCGAGAATCATCGTCGTCAGAGCTTCTCCTCGCTC TGCTCCAGTAACTCCGTTAGAATCCTTCAAATCTCCGATTTCGATTGTGGATGACAAGGTATGAGTCTACACTCTACACA TATTACTATTGCGGTTACAACTTCAATTTGATAATCCAGATTACTATTGCGGTTACGGCTTCAATTTGATAATCCAGATT ACTTCCTTTTGATAATTTTGAGTTCTTTCCTATTTTCGAACAGATTGGAGACTAAAAAATGCAATCCAGAAGTCGCTACT CACAGCCACACTGAGCTCTCACCCCATGGTCCATTAGAACTACTTCAAACCCTAATTTTGAGCCGCCAAGCCCATATATT CTTCCCTAATTTTGGAACTCCGGCTGAAAATGGAATCCCGTTAGTTTCTCCCGGTAATTCTTCTCTTAGAAATTAGTGTT TTTGAATTCAAATTTGTTCTTGACCGTAAAATACTTCCCCCATTAATTGATTACTTGACTATATTCGCTTTCAATTGTTT CCTTTCTTGAGTGGAAATTTAAGAAAGTTAATTATCGGTATCAATTAGTTCATATTTATGTTTCTACTTTCTAAGCGCCT ATATATATTGCTACTTCTGCATTGTCCTTCGCACATTTGATATTTTATATTTTTCAGATCAGTGTTTATTTTGAGTCTGA GGTTTTGTTTTTCTTTTCTTGACTGTGTTGATTATCGAAGCAGCTTACTAAGGTGTCTGAACGGGAAGAACATTCAGGGT ATTCCATGTGAGAACTTGAACATCACAAAATATGATTGAAGACTGAGCATAGGAAGAGCTATACGCAGGTTGAGATTCTC TCAAGACTTCTCCCTTAATATTCTTTGAATCTGTTGATCTCACTGACTTATCATTTTTCTTTGAATCTTTTACTATCATA AAGGTATGGAGAGACTACTATTGTGTTTATTTATGCTAAGTATATGTCTCTCATGTAAAATCTTACCAATTCCTTTTACC CTTTTGTCTGTGATTTCGCTGGTGCCCTTTTGGCCAGATGGTTATTCTGACCTTCTTTTACTTATCAGTAAAAACGTTTT CCTTTTGTTCTCTTTTTCTGTTTATAGGTTTATAGGTTGCATTGCATATGTTCTCTGTTTCCATGACTGATTGATTCATG CGTCCTCTTCACTTCTGTTATCACACAGGGAAGATGTTCTCTGAGGAGCCGGATAGAGATGGTGATAGCCAAGTAACTCT TTCAGGTACCATTTTCACCTTCCAATTAAGCCACAAACAAAATTTCAAAAGCAGCATAATTTATTTTTAAGGGGCATTTT GCTAATAAAATTTCAAGGGGCATTTTTCTATTAAAAATTTTAATTCAAGATCTCACCAAAACTGATTGTTTTGCTATACA TACGTTTCTCAATTAATTTAGTTCCTTTCTAACCTGTTGATGGCATTGAGGAATTAAATCATTCACTATCCTTGACCCAC TGCCTATATTCCCTAATTTTCATCTTTACAGGCGGGTAGGTGTTTAGAACTGAATCCTCCTCTTCACCGTGGATGCCATT ATGACCTCATCGCCATCTCATGTATGTCCAAGCATGATTTTTTTTATTCCTTTTAAAAAAAAAATTGGTGATTTGCTCCA TTGTCAAGGACATGACTGTTGCTAATTTAGTATGCATTTAGGAGAAACCTTTTGAACTTTAATATACTGGTCACCAGATT TTGATTGATGGATTTCACTTTTTTGATAATGATATTAAGGGTTTCCCCCTATAGCCATAACCCCGTCAATTACTTACGGG TTATTCTATATTGCCTGTGAAGTGATAACATAACGAAGCGCTTAACTAAGTGGAGTTTCTTTTGAAATTATGCAGGTCGC ATGGGTATTGGGAGAAGCACAAAATGATTGGTGGAAATCATGTAGACAAGCAAGAGGATTAAGGAGAAAAAGAAAACATG CAGGTGCAATGCGTTTATATCTATCTATATCATATCATTGTGATGCTAAACACTGCATTAGAGAACAAATGTGTCTTATA GTCTTAATTCTGCATTTTTTCTTATTTTACGCCGAATACTGCATGAGCCTCATTTACTTTGGTTTTATTAGTTCCTAATT AAAATTACTTCTTTAAGTTTTATAGTATTTTTATCTGCAATCACAAATAGTTTAACTTAACTGATATTAATTGTACATAC CTTACTTTTAAAGCTTCAACAGCAAGTTTGACATCTGAAGATCTAACTTTGACCATCAACTCCAATGAGCTCTTTCGTTT GTTTTGCTGAGTTTTTATGAAGAGTGAATGATGAAAGAGGTCTTGGAGACACCGGGGGAGTAGAGATTCATGTCTATTAT GGATGAAAACTAGAAACAAAGTTATGATGGTGAAGCTCAAACAGTTTCTATGAGTGATCTTTGATTGAAAGGTACTTATT GTTCATTTTGCAGAAAAACTATAAGGATTGGATTTGAAGGCAATGGTTTTATTAGTTCTTCAATTATTGAATATGTCATG TCCCTTCTGCCTCAATGAATTGGACCATTTCAAGTTGTTACTCTTTTGACTCTTATTTATTTATGATTAGCAGTTAAATA TTGTGCTCTCTTTTATTTGTTCTAAAGTTCTTCTCTTCTGTTTTGTATGTTATTGCTTGAAATGCAAAAAATGTTGCAGT AGCTGCGTGTTTAGAAGGAGAAAGCTCTTTAGGACTATGGATCAGCTGCTGGAACAGAAGGAAAATGATCTTGAAAGTCA TGGCCTGGAGCAGGAGAAGCTTCACTTTGAGATGTACTGTTTCTGTTGGGGTTAGCTATGTCTACATATATAGAGCTTAA CTGGACATGGTAAGTTGGTAGAGTACTTGAAACCTATTCTTCCTATTGATAGTGGTAAAACTGAAATTTAAGATCTGTAT GGTTAAAGTGTGATAGGATCAAGGTTTTATATAATAGTGTGGTTTTGTTGAATTGTTGTAGAATGAGTTCAATTCCATTA ATGGAATGGAGAAAAGCTCTCAAATAGATGAGTGTCTGAACCAATTGGAAAGAAATTTCATGTGAGAAGATGAATCTCTA CTATGTTACATACATTATATATTACAACAGAAGAATTCAAGGCATTAAATAGAGTTATCTTTGATTAGAGAAGAAGCCTA TTAGCTTATTCAAGCCTTTTTATCTTTGATTATATTTTTAAGACTTTTTAGTCCTTCTAAGTTCTATGTCTTTGGCTTCT ATGTATCTTTAAGATTTTTGGGTTAAATACCAGATAGATTTTTTCCTTAATTTATAGGTTGAAGAAAATATCGGCAAGTT TGCAATGACAGGTTTACTCCCATCGCTGATCGGGGTGGTTACCTTCGAGACTCGCACGATATCGCTCATATCAGTGCTGC ATGTGTTAGAGGAAAACTGATGTAGCTTTGATTTTATTACTTTATTTTTGGTATAGTTCTCTATCTGACTGACTTTCTCT TGCATTTTTTTCCTCAAGGATGGTCCTTTGCTCTATTGTCAAGGACATGATTGTTGCTGATTTAGTTTGCATTTAGGAGA AACCTTTTGAACTTTGATATACTGGTCTAGATTTTGATTGATGGATTGTTACTTTTTGGATAATGATATTAATGGTGACA TAGCGAAGTGCTAAACTAAATGGAGTAATTTCTTGCAGAATGAGCTCAACTCCATTAAGGAAATGGAGAAAATTTCAAAT AGATGAGCCTGAACCAATTGGAAAGAAGTTTCATGTGAGAAGATGAATCTCTACTATGTTACATATTAATACATAAGAAT TCAAGGCATTAAATAGAGTTATAATTGATTAGAGAAGAAGCCTTTTAGCTTATTGGCTTTATGGATGTTATAAGAAACGA GGTGGATCAGGATACTACTGAGACAACTTTCTCCAAGGTGTGTTATTTGATGAAGTCTGGGCCTGGAGGCTGAAAATGGC ACTAATAGAGAATAAACTTGAGTATAATGTCATTAGTTTTTAAATAAATTTTTAAAGGCATTGTAGTTACATTGTTATTA GGATTGTATGTTCATTCTTGAACAGAGAGTGACTGAGCAATAGGATAAGGAAGGATCTGAAGTTGTTTTAGAGGATGAAG TGCGAACTCAGACTAATTAATCTCTCTCTATCTGTTTGTATGTTTTATGAGTTCAGGTTGAGATTGGTCATTTGTATTCT GTCTCAAGAACTTTTGGATGCACCGGCTCAAGTGTGCAGGTGATTGCATAAAAGAAATGGAGGGAATTGGGTAATGTATT CAGGATCTCAGCTATGATACCTTAGTAATTATTATGTGGCACATCTGAGCTATTCTTAGCAATTCTTATGATAAGATAGA CATGTTCCCTTGCTATGTTGAATATGTATTTATATAGTGTGATGCCAATCTATTCGTTTATTCCAAAAACTGAAAGTGAA CTTGGTTGTCCTTAGTGTTATAAATATTGTGATGAAATATTTGGAAATTAATAGAATAAAAGGTGGTTGAGTTAATAAAA ATAAAATTGTAGGGTTGTTATGATAAGATAAAGATTGAATGCAATGTAAACATGGTAAGGTAGACATGCCGATAGTTTAT GTCTCAAGATGATGGTTTCAAGAAACTATGATAAACTCGCTTATGTTTCTTTCAGGTTCTCTACCATGATGAATGCATTG ACATAGAAGCACTTATGTTAGATGACTTCAAGACTTGGGACTTTCATGGCTAATGTTGGAAAAACTTGAAGTATTTGAAA TATTAGATTCAGAGTAGTTATTAAATTGCAGGAGTTAGATCACCCATTGTTGTATTTTGGTTTTTTTTTTACTATGAAAA GCTAGGATCATTTAAATTCAGTCATTTTTGTAAGAACCAATGTAATTAGTGTGGTCCATTCATGAATCTCTTTCAATGAA ATTATCCCTGCAGGGTCTTTGTTACATGTTTTCA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0064600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTTCACGCGCTCCATAGCCATGGCGGTTCACTCTACTTCAACGCTTTACCTTGTTCTCTGCTTATCATCCACCGTTTT GCTGCTACTTTCTTCTTCTCATGCACAAGCTCAGTCCCTCAAATACTGTGATAAGAATGCAGACTATGCTGTGAAGGTGA GTGGAGTGGAAATATTACCTGACCCAGTGGTGAGAGGAGTGCCGTTCACCTTTAAGATCGCAGCTTATACTGGTGAACCA ATTCCCAGTGGTGATTTACTATATGAAATTTCATATGCTGGGATAGAAGGAGAACCTGCTACATTTCTCCATGATCTCTG TGAGGAAGCACCTTGTCCTGTTCCTGCAGGCCACTTTAAGCTTGTTCATACCGAATTATTACCCTCGGTTACCCCACCGA TTGGAGACTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0064600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MFTRSIAMAVHSTSTLYLVLCLSSTVLLLLSSSHAQAQSLKYCDKNADYAVKVSGVEILPDPVVRGVPFTFKIAAYTGEP IPSGDLLYEISYAGIEGEPATFLHDLCEEAPCPVPAGHFKLVHTELLPSVTPPIGD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
SignalP_GRAM_POSITIVE 1 37 37 -
SignalP_GRAM_NEGATIVE 1 37 37 -
Phobius 1 17 17 -
Phobius 1 37 37 -
SignalP_EUK 1 37 37 -
PANTHER 8 133 126 1.6E-51
PANTHER 8 133 126 1.6E-51
TMHMM 10 32 23 -
Phobius 18 29 12 -
Phobius 30 37 8 -
SUPERFAMILY 38 134 97 5.6E-13
Phobius 38 136 99 -
Pfam 39 133 95 1.3E-8
SMART 40 136 97 0.0094

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0064600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…