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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0134900 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0134900.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1; TAIR: AT1G09920.1 TRAF-type zinc finger-like protein; Swiss-Prot: sp|Q99MM4|TRAD1_RAT TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1; TrEMBL-Plants: tr|I3SBZ7|I3SBZ7_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0134900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:21739204..21754145) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTACATATTTTTAGTGGATCATACATAAATTTTAACCGAACAGAAAAAGAGATTAAAGTGAAGTATTTCTTCCTACTACT TTACCACCTAAAACAGTTAATCCTTTCAATCATCAATTAGGCCAAGGGTCAGGGTCAGGAGAAGTCTCCCCCCAACCAAA AAGCAATTTCTCTCTTCCTCGTTTCTAACATCCAAAACCGGAATCAAAGATCCACAAAACCTTGTTCTTTTTGTTTTCCT CATCGAGAATCAAACACTCCTATCGTATAATCCGAATCTCCCTTTTCGACCGTAAGATCTATCCTCTCTCTGAGGATCTG GTCGCAGAATTAACCACCCTTTTGTTCTAGGATTGTTTTTTCGCTATCTTTTGCGATGGAAGCTGGTTCGGATCAAGCAA CTAGTGTGTGCACTCACTGGTAAAACACCTCGATTTTTCTAGCGATGATGAATTTTTTACTTCTTATGTAAATTGTCTAG TTCTTATGTTCATGTTATTTTTTTATAGCAAATTAAAAATTAGATTATGGAAAATTGATTGGGATTATTTGTTTGGTAAG TAGAAGAACTTTGATTTTAGTTTTTTTTTTTCTGGATTTTGTAATAGAGTACTGAATTGTGGTTGACTTGTAGGGTAGTT CATGGTGATGAAAGAAACTATGCTAATTTGGATTTTGAAGTCTATTTTTTGTTTTGGAATTATGCTGTTTACTATGGGAA AGTTCAATGATGATTGGTGTTTATGTTAATGGTTTCAGTGATCGGGCTATCCCTGCTGCAAATATTGACTTGCATAGTGT CCATTGCGCCCGGAACCTTGAAAAATGCAAAGTTTGTGGTGATATGGTTCCCAGAAAACATGCAGAGGATCACTACTTAA GTACTCATGCGCCGGTACGTGAATTTAGGAGAACTGGAATTTTGGTGCTTTGAAATTCCTGCACGTGTGTATGGATACTC 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CATCCAGTGCAGTTGCATATCAAAGGCAATCATGTAAGACATTTTCTTCATTTAAACTTTCAGAATTAGTTTGATTTTAT GTCAAGATGAATTGCTTGAGATTTTGATCTTTGTTGAGTTTCAACTTTCAGGTGGTTATGGACAATGGCATACTTCAAGT GCAATTTTCCAATCCTGGTGGATTCATCACTAGAATACAATATAATGGCATTGATAATCTGCTTGAAGTTCTTAATGATA GTAATAACAGAGGGTATACGTGCATTTTCTTAATGATTTTTTCTCACTCTTCATTCAACTAAACTTATGATTACCTCCAT TAATGGATTCACAGGTATTGGGACCTTGTTTGGAGTAAAGCAGGAAGTACAGGAACAACAGGAACACAAGAGCGGTATGT GATAATCGCCTAAAAGAATGTTACAATTGTTTTTTGATTGAGCTAAATGTTACTTGAGATTTTTCACTCTAAACCAATAC TTGTGAACCATGGTTGTGATTGTGTCTTAGCATGTTTGCATCAGCTTCTTTTTTCTCACGAATCTAGCACCTAGAAGGCG GATTCAATTGTAGAAGAGTTTCTAAACATGCACTAATGGTTGTAACAAGCTTGTTTATGATTAATTGGCCCCTATGCAGG ATCGTAGGAAGAAGATTTAGTGTTATTGTGGAAAGTGAGGAGCTGGTTGAAATCTCATTTACAAAAATGTGGGATCCATC TCAGAAGGGAAACCTGTCACCTCTAAATATCGATGAGAGGTATCACTACATATGTTGCCTAATAAGATTAGAACTAATGT CATTCATAGCATGTTTGGATCAATTTATTTTTTCGCAGAATCAGTGCTACTAACAAAGCTTTTCTCTGGGATTAATTTTT TTCAGAATAAATTGTCGAAGAATTTCTAAACATGCGGTAAATATTTTGAAAAATAAGATGATGACTATTCAGCAAAATGT TTATGCAGGTATGTGATGCTTCGTAATTCCTCAGGCTTCTACTCCTATGCCATCTTTGAACACCTAAAGGAGTGGCCTGC TTTCAACATACCTCAAATCAGGATTGTCTATAAGCTTCGAAAAGACAAGTATATGGACTTTCCCTTGTGAAATTCATAAA AACAAAGTGCCCTTCATTTCATTGCCTTAAAGCAGATATTTGACAAAAATCATGTAAATTATTAGCTTGATGCAGGGCTA ATTTTTACAAGTTGTTATATTATGCAGGTTCCATTACATGGCTGTGGAGGATAATAGACAGAGATTCATGCCTCTTCCTG ATGATAGATCACCCGGAAGAGGAGAAGAACTAGTTCCCCCAGAAGCAGTTTTGCTTGTCGATCCTGTTGAGCCAGAGTTC AAGGGAGAGGTACTTCTTTTATGTAAAATAAAAAGGCATTAAAAATAATTTGCATAGTTGTTGACTTGCATGTAATTTTG GGATTTCATCGGTTGTATTTGGTTCTATTTGCCTCAACGCAAACAGGAAAACACACATCCCAACGTATAGAAAAAGTAAG GTTTTACCACGCTGCGTTCAATGTGTTTTGGCTTTGAATTTAACAAAAATCTAAATACACATTTGATCTAAAGAATTGTG ATGTGTAATGAGCTAATATACAGACACATTTTAGCCTTTGCATGTGAACCAAGGTAAGTAATAATAAAATTGTCTTATAC ATATTGGAAGATTGAAGGACTAAATTGATGTTAGTTTGTATTATTGAGAGAGCAAAATAATATTATCTTTGTAGAACTGA GAAACTGAGTTAAAATGTGCTATTTGACTGATTAAGGTGGATGACAAATATCAATACTCAAGTGAAAACAAAGATCTGAA GGTTCATGGATGGATAAGTTCAGAATCCAAAACTGATCCGGCCATGGGGTTCTGGGTAATCATACCCAGCAATGAGTTCA GATCAGGTGGCCTTGTTAAACAGAACCTGACTTCCCATGTTGGCCCCATCAGCCTCTCAGTATGTACTCTTCTTTATAAA GCATCTCCCCACCTTGCTCGTAGTATCTTTGAGTGCATGTTTAGAAATCTTTCTACAAAATCCTAAAGTCATAACCAATC ATGGGGAGAAGTTTTTGTCATCACTTCTTAGTTCCATAATTGACTATGAGGAAAGAGAAATTATTTCAAACATGCTATTT GTAGCATTCTTGATGATTTCTTAATAATTTGGATTCTCTATTGTCAACGAGAGTTTGAGCTGTTTGATCAAGATTAGACG GCTACAATCTTTAGCTACCAACTGATCTTGATGATATTTATGGGCCGATCTTTAATCAAACAGTGCAGATTTTTTTATTG TAGATTTTTGACTGCGTGAATGCAGCATTGCCCTCACCGCAAGGAATCCAAATCCATAATTTCAATGATGCAAATCTATT ACAGTTATTGACTTATTTCATGTTGATCAACTAAAAACAAATAGCTTGCAACGTTTTTGTTTGTGTCAGATGTTTCTTAG TGCTCATTACGCAGGAGAGGATATAGTTCTTAAACTCCAGCCAAATGAGGCATGGAAGAAAGTTTTTGGGCCAGCTTTTG TCTATCTCAACACTTTGTTGGATGGTGAAGACCCATTGAAGCTATGTGAGGATGCTAAAGATCAGGTTTTATTTTCATTA TTAACCTTATGTTATGGAGAATTTTAGTTTCATAGTATTACATAGAATTAGCACTAAGTACTAACTTAGATCACCAAAAA TGACATCTAGATGAACAAGGAAGCTCAAAGTTGGCCCTATGATTTTCCAGCTTCAGAGGATTTTCAAAAGTCTAGCCAAC GGGGCAGTGTGTATGGCACATTACTAGTTCGAGACAGGTAAAGCTAAAGTACCGGTATTAGCATGTTTAAATCAACTTTT 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TCTATTGGCTATTCAGCATTGATGTGCCAGGTCTTCTGCTAGTGAATGGTGTTAATACTGTATTTTTAACACAGGCTTCA GCTAATGGCCCCTTGACCCTCTTCCAGGGGATAATGTATGACTACATTAGATTAGAAGGCCCCAACCCTTTGCTTACTAT TAAAAGAAATTAAATTAGTTTATTCAATATGAACTTGCTTTATGTACTACCAAAAACAATATATATGAACCTGTCTCTAC TCATCTCATTTCCGTGCCTTGCTCTGTATTGTAAAATGTAATTAATAGAACTTCAATATTGGACTTTGATTTGGTTACAA ATTGCAGGCATTTCAAAAGACCCATTTCAATCACCCTACTTTTTTTTTTGTAAATGACTATACACAAGTCAAACAGACTT ACAAACAGGGTAATCAAATCCTAATAAGATGATCACAGTACAATATAAGCTCATTTAAAGTTTAAAAGAAAAAACAACTA TACTTCATGTTTATCAAAACCAGAAAAAGATATTTTGGAGCTACAAAAAGACATTTTTGTTTTCTACCTTCCTAATTTCT TTCTCCAAACTGTGCCTCCTCAATAAAATTTTGACATAGTCAATTAAGATCACCTTGATGTAATTCTGTAACTAACCCAC TTGACAAGATTAGATTTCATTGTTGAGACAAGAAATTAAGACATCTGAGTGAAGATCTTGATTACCTTCCCTTATGCATC ACTAGAAGGAAAAATTAGGCGGATTTATTGATTTTGTTCTTGGCATCTTCAGCAGCATCAGCAGCCTCAACCTGCATCTT GGAAGCCTCAAGTTCAGCTTCACTTGCTTCCTTCTCATTCTTTGCAGTAATAACCTTTGCCTGCTTTCCCCAAATAAAAA TGAAAAAGAAAAAGAAAACCAAGTTCTCCATCAAACAAGACTATTCCAAATTTCCAATATTGAAAATTACTTATTTCACA AAAAAATGAAAAGGGCTTCTTTGAATTTCAAACCTGACCCACAAAAGAAGCTTTCACATATCTGAAACTTTCTTGTAAGG AAACTGCAAAAGATAAGCAACTCTTCTTCAAGCGTGAACCAAACGAAGTGTTGTTCTTCTTGTGATTTGACAAAGGTGTT GAAGATGAAGAACCTATGATCTCTTCTTCCTTTGCTACGTTTTCCATTATAAATCTGAAAAAAACTAGAAAATTCTCCTT CTTTGCTCTGTTTTAAAGATAACAACAAAAAAGTATAAATCAATTAAGCAAACAAACTGAACTAACTTCCTTTAAAAACA TTAGAAAAACAAGAACAAGAGTTAGGCTCAAACCAACACGTATCTGGAATCATAGCTTCTTTCTTTACGTGGCAGAAATA TATCCTACCCGCGTCATCTTTATTACTTTGATGCCTATCATCATCTTTGATATTTTATCATTTACTAACTCTTTAGGGAG TTAGATTTAAGGGGAACTCTATTGATGTCACTTTTTACATTTTAATACCATCCCTTTTTTTT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0134900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAGCTGGTTCGGATCAAGCAACTAGTGTGTGCACTCACTGTGATCGGGCTATCCCTGCTGCAAATATTGACTTGCA TAGTGTCCATTGCGCCCGGAACCTTGAAAAATGCAAAGTTTGTGGTGATATGGTTCCCAGAAAACATGCAGAGGATCACT ACTTAAGTACTCATGCGCCGGTATCCTGTTCATTGTGCAGTGAGACAATGCAGCGTGATATTTTAGATATCCATAAAGGT GAAAACTGCCCTCAAAGGATTGTCACTTGTGAGTTTTGTGAGTTTCCATTGCCAGCAGTTGATCTGGCCGAGCATCAGGA AGTATGTGGGAATCGAACAGAACTTTGTTACCTTTGTAACAAATATGTTAGGCTTCGTGAAAGATTTAGTCATGAAGCTA GATGCAATGGTGTCCAAGATAATACTGTGGGCTCTTCGAGGAATGTGAGAGAAGCCGAGAGAGACGAAGGTCCTCCTCGA AGAAGGCCTAGGCCACAGCAGAATGACTTCTCAACTAGGCGTCTTCTGATCACAATAGCCATCACTGGTATTGCTGTTAT ACTGGGATCTATTTTTCTGCAGAAGAAGGCAGAGCCTAGTGATGTGCATTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0134900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEAGSDQATSVCTHCDRAIPAANIDLHSVHCARNLEKCKVCGDMVPRKHAEDHYLSTHAPVSCSLCSETMQRDILDIHKG ENCPQRIVTCEFCEFPLPAVDLAEHQEVCGNRTELCYLCNKYVRLRERFSHEARCNGVQDNTVGSSRNVREAERDEGPPR RRPRPQQNDFSTRRLLITIAITGIAVILGSIFLQKKAEPSDVH
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 203 | 203 | 1.4E-118 | – | |
| Phobius | 1 | 174 | 174 | - | – | |
| PANTHER | 1 | 203 | 203 | 1.4E-118 | – | |
| Gene3D | 60 | 115 | 56 | 1.2E-8 | ||
| MobiDBLite | 144 | 169 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 147 | 168 | 22 | - | – | |
| TMHMM | 170 | 192 | 23 | - | – | |
| Phobius | 175 | 193 | 19 | - | – | |
| Phobius | 194 | 203 | 10 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0134900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…