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LotjaGi1g1v0199000.9

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0199000
Transcript ID LotjaGi1g1v0199000.9
Related isoforms 9
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Transcriptional corepressor LEUNIG; TAIR: AT2G32700.1 LEUNIG-like protein; Swiss-Prot: sp|O48847|LUH_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG; TrEMBL-Plants: tr|I1LA80|I1LA80_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0199000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:42118645..42134496) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGCGCAGAGTAATTGGGAAGCAGATAAGATGTAAGTAGATGAATTTATGTTTGATTGATGAGTGTAGGTGTAGTGTAG CCAATCCCAATTAATGGTATTTTTTGTTGTTTACTTCAAGTTTCCACTCAGTGTGTCTTCTTTTGCTTCTGCCTGCTAGG CTTGATGTTTACATTTATGATTATTTGGTGAAGAAAAAGTTGCACAATACTGCCAAGTCATTCATGACAGAAGGGAAGGT TTCTCCCGATCCAGTAGGTGAGAGTTCGTTAATATTGTTGTTTAATGCTCTTTAATATTGATCTCCTGATTTTGTTATTC ATGACAGAAGGGAAGGTTTCTCCCGAACCAGTAGGTGAGAGTTCGTTAATATGTAGTTTTTAAATTGTCTTTCACATTGA TATCCTGATTTTGTTATTTTATTAAATGATCTTATGACCTGTTTGGAATGCTCTGATGTGTAATCATGGTTGCACACAAT GTTAATGTACATCTATTGGGTGTAATATTTAGAGGGTAACTTAATTATACTGCTGTTGATTATAGCTAACACTATCAAAA TGCAGCAATTGATGCTCCCGGTGGTTTTCTCTTTGAGTGGTGGTCTGTTTTCTGGGATATTTTTATTGCAAGGACAAATG AGAAACATTCTGAGACTGCTGCAGCATATTTAGAGGTGCATCCCTTCTTGTTCTTTGGCTTCAAGTTCAATGGTCATATA TAAAATCATTCAAGTGCCTTTACTTAAAAAGCCAAGTTTGTTTTCTTTTTGATTTTTACTGAGTTGCAGGCTCAACAGAT TAAAGTGAAAGAACAACAACAATTGCAAATGCAGCAGATGCAACTAATGCGTCAAGCACAATTACAAAGAAGGGATTCTA ATCATTCTTCCCTTGGAGGTCCTGTAAATGCTATCACAACAGAAGGAGTGCTCGGGCAATCTACTGCAAGTGCTTTGGCT 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ATTGTTGTGGAGACCTCCCATATTTGGGTCACCCATTGTTGTTGATTCCACGTTCCTGTTTGTTCAGTCCTAGATGTGAG GGGTGTTAGAAGTCACACGTTGACTAGAGATAGAGCATAGATAACCTTTATAAGGTAGTGCAAACCTCAACTCTTGAGCT AGCTTTTGTGGTTGAATATAGGCCTCCCAAATTCTACAACCATTATTGTTCTGTTATCTATCAACCTAAGCTTGTGGGAG AGTTAGTTCATGATAGTAAACTCACTTCTGCCTGTAACACATAATTTGAGTAAATACTGTAGCAGGAGAAATACAAATAA CCCAAGGTAGAAATTCGTTTCTCTTATTTTATCGATCCATAATTATAATTCTTTCATTTTTTTGTTTCCTTTTTTTAATA TTTCCAAGTATTTTGCGTTTATTCCCATATTTATTCATCTACTTAGAGATCATTATGTATTAAATTTGAGTCAACATTCT CAATTCTCATGAAGGTTCATTATTTTCAAAAATATCAAATGGAATCAAAGTTTGAAGTAAATGAATGACTTAAGGCTTAC CAAAAAAAAAAATGAATGACTTAAGACACTTATCTTTTATTCAGTTTCAAGAACTGATTGAAAAAGATTAAACGTTAATA AGATGGTATTTATGCAAATGAAATATAAATGGAGTTTGACTTTTATTTTAAGTTTTAAGAAGCGGAGAATGAGAGTAAAT GTTATTCAAGTGAGAGTTAATATTTGTCAAGAGAAAAGTTCAAAAAAAAAAAAGTATTTGTCAAGAGAATATCTTGATTA TTGAACCGTTTTGCATATTTTAATTTTAATTTCTGCATCTTCATTAAAACATAAAAGGGTTAGATAAGGTTTTGGTCCCT GTATAATACGCTAAGTTTGAAAATGGTCCCTTTCCGGAGCGAAGTTTGAACTCACTGTGTACTTTTTGAGAAACTACATG 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0199000.9) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCGCAGAGTAATTGGGAAGCAGATAAGATGCTTGATGTTTACATTTATGATTATTTGGTGAAGAAAAAGTTGCACAA TACTGCCAAGTCATTCATGACAGAAGGGAAGGTTTCTCCCGATCCAGTAGCAATTGATGCTCCCGGTGGTTTTCTCTTTG AGTGGTGGTCTGTTTTCTGGGATATTTTTATTGCAAGGACAAATGAGAAACATTCTGAGACTGCTGCAGCATATTTAGAG GCTCAACAGATTAAAGTGAAAGAACAACAACAATTGCAAATGCAGCAGATGCAACTAATGCGTCAAGCACAATTACAAAG AAGGGATTCTAATCATTCTTCCCTTGGAGGTCCTGTAAATGCTATCACAACAGAAGGAGTGCTCGGGCAATCTACTGCAA GTGCTTTGGCTGCAAAAATGTATGAGGAGCGGATGAAGCACTCTAACCCCATGGATACAGAGACATCCCAACCACTTCTA GATGCTAGAATGACACTTTTGAAACCAACAAACCATCCTAGTCAAATGGTTCAAGGAAATTCAGGAAGTGTGACAGCAGC TTTGCAGCAAATCCAGGCTCGATCTCAGCAAACCCCTCAGGAGATCAAAAGTGAAGTCCACATGGGCACCATGCAGAGAT CCTTGCCTATGGACCATTCTTCAATTTATGGGCAGGGAGGAGTGCAGTCAAAGCCTGGAATCACAAATGCAGGATTAAAT CCCGGAGTTGGTGGTCTCACATTGAAGGGATGGCCTTTAACTGGCATAGATCAAATTCGTCCTGGCTATGGAGCACAAGT TCAAAAGCCTCTCCTTCAGAATGCAAATCAGTTTCAGCTTTTGCCACAACAACAACAACAGATCCTTGCCCAGGCACAAG GAAATATAGACAATTCCTTGATGTATGGAGATATGGATCCACAGAGATTAAGGGGATTGGCTAGGGGAAGTTTGAATGTG AAAGATGGTCAACCAATTACAAATGATGGATCAATAGGATCTCCAATGCAATCCACATCATCTAAGATCAACATGCCGCA AATCCAACAAACCACTTCCCAGCAACAACAAGATCCTTTGCATCCACAGCAACTGGTGCAGAATTACCGAAAAAGGAAAG GACCTACATCTTCAGGAGCTGCCAACAGTACTGGTACAGGAAATACACACGGCCCTTCTAATTCTCAACCATCGACTCCT TCTACTCATACTCCTGGGGATGGAGTAGCTATGGCGGGTAACTTGCAGAATGTCACTGGTGTATCCAAAGGATTGATGAT GTATGGTACTGAAGGAACTGGTGGTCTTACATCTTCCACAAACCAGCTGTTGCAGGATGACATGGAACATTTTGGAGATG TTGGCTCCTTAGATGATAATGTGGAATCATTTCTCTCACAGGATGATGGTGATGGAAGGGACTTATTTGGCACGTTGAAA CGTAACCCTTCTGAGCATGCTACAGATGCTTCAAAAGCCTTTTCCTTTAGTGAAGTTGGTTCTATACGCAAAAGCAACAG CAAAGTTGTTTGCTGTCATTTCTCTTCAGATGGGAAATTATTAGCTAGTGCTGGACATGACCAGAAGGTTGTTCTGTGGA ACATGGAAACACTGCAAACAGAGAGCACACCAGATGCACACTCTCTTATTATTACTGATGTTCGTTTCAGACCGAATTCA ACTCAACTGGCAACGTCTTCATTTGATACTACTTTGCGGCTTTGGGATGCTGCAGATCCTAGCTTTTCTTTGCAGACATA TAGTGGTCATACTTCACATGTGGTGTCCCTTGATTTCCACCCAAAGAAAAATGACTTTTTCTGTTCGTGTGATGATAACA ATGAGATTCGCTACTGGAATATTAATCAATGTTCCAGCACTCATGCTTTTAAGGGAGGATCTACCCATGTAAGGTTTCAA CCAAGGACTGGACACCTTCTGGCTGCAGCATCTGGCAGTGTTGTGTCTCTCTTTGATGTTGAGACTGACAGGAAGATGCA CACATTACAGGGACACTCTGCAGAGGTACATTGTATATGTTGGGATACAAATGGAGATTTCTTGGCATCTTTGAGTCAAG ATTCTGTCAAAGTGTGGTCACTTGCTACTGGGGATTGCATTCATGAACTTAATTCCAGTGGAAACATGTTTCATTCTTGC GTGTTTCACCCAAGCTACTCTACACTCTTGGTTGTTGGAGGATACCAGTCACTGGAGCTGTGGAATATGGCCGAGAATAA ATGTATGACAATACCAGCTCATGAGTGTGTAATATCGTCTCTAGCACAATCACCACTGACAGGGATGGTGGCTTCTACCA GTCACGATAAATCAGTAAAAATTTGGAAATAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0199000.9) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAQSNWEADKMLDVYIYDYLVKKKLHNTAKSFMTEGKVSPDPVAIDAPGGFLFEWWSVFWDIFIARTNEKHSETAAAYLE AQQIKVKEQQQLQMQQMQLMRQAQLQRRDSNHSSLGGPVNAITTEGVLGQSTASALAAKMYEERMKHSNPMDTETSQPLL DARMTLLKPTNHPSQMVQGNSGSVTAALQQIQARSQQTPQEIKSEVHMGTMQRSLPMDHSSIYGQGGVQSKPGITNAGLN PGVGGLTLKGWPLTGIDQIRPGYGAQVQKPLLQNANQFQLLPQQQQQILAQAQGNIDNSLMYGDMDPQRLRGLARGSLNV KDGQPITNDGSIGSPMQSTSSKINMPQIQQTTSQQQQDPLHPQQLVQNYRKRKGPTSSGAANSTGTGNTHGPSNSQPSTP STHTPGDGVAMAGNLQNVTGVSKGLMMYGTEGTGGLTSSTNQLLQDDMEHFGDVGSLDDNVESFLSQDDGDGRDLFGTLK RNPSEHATDASKAFSFSEVGSIRKSNSKVVCCHFSSDGKLLASAGHDQKVVLWNMETLQTESTPDAHSLIITDVRFRPNS TQLATSSFDTTLRLWDAADPSFSLQTYSGHTSHVVSLDFHPKKNDFFCSCDDNNEIRYWNINQCSSTHAFKGGSTHVRFQ PRTGHLLAAASGSVVSLFDVETDRKMHTLQGHSAEVHCICWDTNGDFLASLSQDSVKVWSLATGDCIHELNSSGNMFHSC VFHPSYSTLLVVGGYQSLELWNMAENKCMTIPAHECVISSLAQSPLTGMVASTSHDKSVKIWK 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 783 783 0.0
PANTHER 1 783 783 0.0
SMART 8 40 33 2.0E-4
ProSiteProfiles 8 40 33 9.822
Pfam 10 36 27 1.3E-7
MobiDBLite 317 413 97 -
MobiDBLite 321 405 85 -
Gene3D 480 633 154 2.4E-32
SUPERFAMILY 495 783 289 1.85E-62
SMART 495 534 40 5.5E-6
CDD 498 783 286 4.44109E-65
ProSiteProfiles 502 543 42 11.411
ProSiteProfiles 502 783 282 40.471
Pfam 507 534 28 5.6E-4
ProSitePatterns 521 535 15 -
PRINTS 521 535 15 4.5E-5
SMART 537 576 40 3.7E-6
Pfam 542 576 35 8.5E-5
ProSiteProfiles 544 576 33 12.614
ProSitePatterns 563 577 15 -
PRINTS 563 577 15 4.5E-5
SMART 580 620 41 4.9E-5
Pfam 584 620 37 0.0034
ProSiteProfiles 587 629 43 10.809
SMART 621 659 39 72.0
Gene3D 634 783 150 1.5E-30
SMART 662 700 39 4.7E-8
Pfam 665 700 36 6.4E-6
ProSiteProfiles 669 709 41 9.272
SMART 703 742 40 1.1
SMART 744 783 40 2.4E-4
Pfam 749 783 35 0.017
ProSiteProfiles 751 783 33 12.012
PRINTS 770 783 14 4.5E-5

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0199000.9, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…