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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0342700 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0342700.10 |
| Related isoforms 10 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Golgi-body localization protein domain isoform 1; TAIR: AT1G58250.1 HYPERSENSITIVE TO PI STARVATION 4; Swiss-Prot: sp|Q6IMT1|SAB_ARATH Protein SABRE; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0JPV3|A0A0R0JPV3_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0342700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:80494100..80522567) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTATGTCCCTTGATTTGCTTTTTTTATACATCTTAATTACAGATTTGCTTCTGGGTTGCTGGCATGGATTTTGAGCTGGA TTTTGGGAGCATCTGTTGGGTTCCGTGTTGGTGGATGGAAATGTTTAAGGGATGTGGTAGTGAAGTTTAAAAAGGTTTTT CTTCACTTTTTCCCCCCTTATTTCATTTTTAGAAATTTGAAGGGCATTGGGCAGAGATTTACACCCATCTACAGTTTGAG AGAGTAAAGTGCACTCAGTGCTGGGTTTTTATTTTGATAAATGATGTAAATATTGAATGACTAAATTATTGTTTAAGATT TTCCTTTAATAATATTTTCACACCGAGTTTTCCCCCGGCTCTTGAATCTGGGGATAACTTGCTTCAGCTTCTTTATACAA ACACACTCTGGATCCTAGCTAAAATCCTGTATTTTCATTGCACTGAGTTGTTATGTCTGTCTCTGTTATCAGACTGGTGT CTTTAATGGCTCATGAAAATATAACTCATTTATATCATGTACAGGGTACTGTGGAATCTATATCTGTTGGTGAAATTAAA CTTAGCTTACGCCAGTCCCTGGTCAAACTTGGTGTGGGTTTCATTTCTCGTGATCCGAAGCTGCAAGTGTTAATATGCGA CTTAGAAGTTGTAATGAGGCCTTCAAATAAAAGCCCGGGGAAGAAGAAAATCAAGAAATCCCGTGCTTCAGGCAAGGGAA AGTGGATGATTGTAGGCAATATTGCAAGATATTTGTCAGTTGGTGTGACTGATCTGGTTCTGAAGGTGAACAGCTCCATA AAATTGTATTGTTCTGCTTGTATGGTCGTCAAATATGCTGACTTTATTTTCATACTGATGTGTGTGTGTGGCACTTAATA TATTGATGAACAATTTTAGATCATCAAATGTAACAATTATATTAGTGAAGCAATTAAACTTTTAAGTGATCTGCTTATCA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0342700.10) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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GATGCTGTTTGGGCCTGGGTTGGTGGTTTATCCAAAGCCTTTGAACCTCCCAAGCCCTCTCCATCACGACAGTATGCGCA GAGGAAATTACATGAGGAAAACAAAAGGCATGACGGAGATGATTTTCGACAAGATGATGTTTCCAAGTGCCCTCCCACTG GTAAAATTACCAATTCTCCCTCTTTTCAGGACGCAAGTACTTCTGGATTACTTTCTTCTCCACCTAATTCAGTTAAGGTG GACAACTTGTCGTCTGCTAAAAGCGAGAACACAAATGATTCAGATGGGACCCGACACTTCATGGTGAATGTTATTGAGCC ACAGTTTAATCTTCACTCCGAGGATGCAAATGGTAGGTTTCTGCTTGCTGCTGTAAGCGGCCGTGTTTTAGCTCGATCGT TTCATTCAGTCCTTCAAGTTGGTTATGAGATGATTGAGCAAGCACTTGGTACTACAGACGTACATATAAGTGAATACCAA CCTGAAATGACATGGAAAAGAATGGAGTTCTCTGTTATGTTGGAGCATGTACAAGCTCATGTTGCACCAACAGATGTTGA TCCAGGAGCTGGACTACAGTGGCTTCCGAAAATTCTCAGAAGCTCGCCAAAAGTAATGCGTACAGGCGCTCTTCTCGAGA GAGTTTTTATGCCTTGTAATATGTACTTTAGGTACACAAGGCACAAAGGGGGCACGCCAGAATTGAAGGTGAAGCCCTTG AAGGAGCTCATATTCAATTCTCATAATATAACGGCAACAATGACATCTCGCCAGTTTCAGGTCATGCTTGATGTGTTGAC AAATCTTCTCTTTGCACGCCTTCCAAAGCCTCGAAAAAGTAGCCTGTCATTTCCTGCCGAAGATGATGAAGATGTTGAGG AGGAAGCAGATGAGGTGGTTCCTGATGGTGTTGAAGAAGTGGAACTTGCAAAAATCAACCTTGAGAAACAAGAGAGAGAA CAGAAGTTGCTTCTTGATGATATTCGAGAATTGTCTCTTTGGTGTGATCCTTCTACAGATCTACATCCAGAAAAGGAAAG TGACTTGTGGATGATAAATGGCGGAAGATCTATGCTGATCCAAGGACTTAAGAGAGAACTTCTAAGTGCACAAAAATCTA GGAAAGCTGCATCTGTATCACTACGGACGGCTCTTCAAAAAGCTGCACAGCTACGTCTAACAGAGAAGGAGAAAAACAAG AGTCCTTCCTATGCTATGCGTATATCATTGCAAATTAACAAAGTTGTTTGGAGCATGCTTGTTGATGGTAAATCTTTTGC TGAAGCCGAGATTAATGATATGATATATGACTTTGACCGGGATTACAAGGATGTTGGTGTTGCTCAATTTACTACAAAAT ATTTTGTTGTCAGAAACTGCCTGCCTAATGCCAAGTCTGATATGCTTTTGTCGGCATGGGATCCTCCATCCGAATGGGGA AAAAAAGTGATGCTTCGAGTAGATGCACAGCAGGGAGCTCCAAAGGATGGAAATTCTCCCCTTGAACTTTTCCAGGTAGA GATTTATCCCCTTAAGATCCACTTAACGGAGACAATGTACAGAATGATGTGGGAGTATTTCTTTCCAGAAGAAGAACAAG ATTCCCAACGACGACAGGAGGTTTGGAAGGTTTCAACCACGGCTGGTGCAAGGCGTGTAAAGAAAGGTTCATCAGTCCTT GAAGCTTCTGCTTCAAACAGTCATTCAATAAAAGAGTCTGAGACCTCATCCAAATCTGGCATATCTGCAGTGCTATTTCC TGCAACAAATCAGCCTTCTGTCCATGTTGATTCAGCTCAGGCATCCAAAGCTGAAAATGTCAAAGAAAACTCTGGTACTG GTACAACCCCTGAGTTGAGAAGAACATCTTCTTTTGACCGAAGTTGGGAAGAGACTGTTGCAGAATCTGTAGCAAATGAA CTTGTCTTACAAAGTTTCTCTTCCTCAAAAGATGGTCCATTTGGTTCTACGGAGCAACAAGATGAAGCATCTAAGAATAA ATCAAAAGATTACAAAGTTGTTAAAGGTGGTCGTGCATCTCATGAAGAAAAAAAGGTAGCTAAGTCACATGAAGAAAAGA GATCTAGGCCACGAAAGATGATGGAGTTTCACAACATTAAAATTAGCCGGGTTGAGTTGTTGGTTACATATGAAGGGCAA AGGTTTGTTGTGAATGATCTCAAACTAATGATGGATCAATTTCACCGGCCTGAGTTTACTGGGACTTGGCGAAGACTATT TTCACGAGTTAAGAAACACATCATTTGGGGAGTCCTGAAGTCTGTAACTGGAATGCAGGGGAGGAAATTTAATAACAAAG GTCAGAGTCAGCCTACCGGAGCTGGTGTTCCTGAAATTGACCTTAATTTTAGTGACAATGAAGGCCAGGCAGGAAAATCT GATCAATATCCACCATCTTGGCCTAAGCGTCAAGGTGATGGTGCAGGTGATGGATTTGTAACATCCATTAGAGGACTGTT CAATACTCAACGTCGCAAGGCAAAGGCATTCGTGCTACGAACTATGAGGGGTGAAGCTGAGAATGATTTTCAAGGTGATT GGAGTGAAAGTGATGTTGAGTTCTCCCCTTTTGCGAGGCAACTCACAATTACAAAAGCCAAGAAACTTATTAGGAGGCAT ACTAAGAAGTTTCGCTCCAGAGGACAAAAAGGTTCAACTTCTCAACAAAGAGAATCTCTACCATCATCACCAAGAGAGAC AACCCCATTTGACAGTGATTCTTCAAGTGGATCCTCACCCTATGAAGATTTTCATGAATAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0342700.10) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MRPSNKSPGKKKIKKSRASGKGKWMIVGNIARYLSVGVTDLVLKTQNFTVEIKELNVDISKDGGSKSNVIVRLQILPILV HIGEPRLSCDQLSDLSGGGSISSGQASIAAIERSSAPFICENFSVSCEIGHDREVGIIIKNVDVSSGEVTLNLNEELLLK RKSSSESSSSSDSIIGLRADSISTKKPSKQQQTLASFSKYSSMFPEKVNFNLPKLDVSFVHREHGLSFENNIMGIQLKST KSRSTEDVGESTRLDFQVEFSEIHLLREAGSSILEILKVDLISFVYIPVQVCFLKSPISPVRAETEIKLGGTQCNIIMSR IKPWLLLHFSKKKKMVLREEASVVVKPQSSDSKTIMWTCNVSAPEMTIVLFDMVGSPVYHGCSQSSHLFANNVSNMGTTV HVELGELNLHLADEYQESLKESVFGVESNSASIMHIAKASLDWGKKDMESFEEDGLRCRLGLLVDVTGMGVYLNFKRIAS LISTAISFQALLKGLSASKKKLTPSRGHLSKPSGKGTQLLKFNLERCSVHVWGETGLENTIVPDPKRVNYGSQGGRVIIN VSADGTPRNANIMSTISDELPKIKYSVSFEIVQFSVCVNKEKQSTQMELERARSVYQEYMEENRPVTKVTLFDMLNAKLV KRSGGLKEIAVCSLFSATDITLRWEPDVHLSLIELVLQLKLLIHKSKLQEHGNEHMGDVSHAQDANWKQETTIESGHLEK QKKKESIFAVDVEMLSISAGLGDGVDAMVQVQSIFSENARIGVLLEGLMLSFNGARVFKSSRMQISRIPSVSASTSDAKG HVITTWDLVIQGLDIHICMPYRLQLRAIDDVIEDMIRGLKLIIAAKTNLIFPVKKESSKVKKPSSVQFGCIKFCIRKLTA DIEEEPMQGWLDEHYQLLKKEAGELAIRLNFLDELISKAKHSPKSADTIEIDVKDSSTIESTREEIYKRSFRSYYQACQN LVLSEGSGACGEDFQTGFKPSTSRRSLLSISAQDLDVSLKKIDGGDAGMIDVLKKLDPVCFEKDIPFSRLYGANILLSTG SLVVQLRNYTFPLFSGSSGKCEGRLVLAQQATSFQPQIYQDVYVGRWRKVRMLRSATGTTPPMKTYSDLPLHFQKGEVSF GVGYEPAFADVSYAFTVALRRANLSVRHPGPLILPPKKERSLPWWDDMRNYIHGKISLLFSESRWNILASTDPYEKVDKL QIVTSFMEIHQSDGRVFVSAEDFKILLSSLETLANRRGFRIPTGVSGAFLEAPVFTLEVTMDWDCESGNPMDHYLFALPV EGKPRDRVFDPFRSTSLSLRWNFSLRPFPPSSEKHPTSSITSDNIEESASVFEPPHVSQNVSSVSPTFNFGAHDLAWILR FWSLNYNPPHKLRSFSRWPRFGVPRVARSGNLSLDKVMTEFMLRLDSTPACIKNMPLHDDDPAKGLTFVMTKLKYELCYS RGKQKYTFESKRDILDLVYQGLDLHMLKAFLNKEASPSVAKVVNMVLKSSQSVSLDKIPSEKVYITDKNRDDGFLLSSDY FTIRRQSPKADPARLLAWQEAGRRNAELTYVRSEFENGSETDEHMRSDPSDDDGYNVVIADNCQRVFVYGLKLLWTIENR DAVWAWVGGLSKAFEPPKPSPSRQYAQRKLHEENKRHDGDDFRQDDVSKCPPTGKITNSPSFQDASTSGLLSSPPNSVKV DNLSSAKSENTNDSDGTRHFMVNVIEPQFNLHSEDANGRFLLAAVSGRVLARSFHSVLQVGYEMIEQALGTTDVHISEYQ PEMTWKRMEFSVMLEHVQAHVAPTDVDPGAGLQWLPKILRSSPKVMRTGALLERVFMPCNMYFRYTRHKGGTPELKVKPL KELIFNSHNITATMTSRQFQVMLDVLTNLLFARLPKPRKSSLSFPAEDDEDVEEEADEVVPDGVEEVELAKINLEKQERE QKLLLDDIRELSLWCDPSTDLHPEKESDLWMINGGRSMLIQGLKRELLSAQKSRKAASVSLRTALQKAAQLRLTEKEKNK SPSYAMRISLQINKVVWSMLVDGKSFAEAEINDMIYDFDRDYKDVGVAQFTTKYFVVRNCLPNAKSDMLLSAWDPPSEWG KKVMLRVDAQQGAPKDGNSPLELFQVEIYPLKIHLTETMYRMMWEYFFPEEEQDSQRRQEVWKVSTTAGARRVKKGSSVL EASASNSHSIKESETSSKSGISAVLFPATNQPSVHVDSAQASKAENVKENSGTGTTPELRRTSSFDRSWEETVAESVANE LVLQSFSSSKDGPFGSTEQQDEASKNKSKDYKVVKGGRASHEEKKVAKSHEEKRSRPRKMMEFHNIKISRVELLVTYEGQ RFVVNDLKLMMDQFHRPEFTGTWRRLFSRVKKHIIWGVLKSVTGMQGRKFNNKGQSQPTGAGVPEIDLNFSDNEGQAGKS DQYPPSWPKRQGDGAGDGFVTSIRGLFNTQRRKAKAFVLRTMRGEAENDFQGDWSESDVEFSPFARQLTITKAKKLIRRH TKKFRSRGQKGSTSQQRESLPSSPRETTPFDSDSSSGSSPYEDFHE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 19 | 19 | - | – | |
| PANTHER | 3 | 2526 | 2524 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 3 | 2526 | 2524 | 0.0 | – | |
| Coils | 602 | 622 | 21 | - | – | |
| SMART | 1048 | 1196 | 149 | 3.2E-53 | ||
| Pfam | 1098 | 1195 | 98 | 6.1E-5 | ||
| MobiDBLite | 1555 | 1574 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 1556 | 1571 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 1615 | 1695 | 81 | - | – | |
| MobiDBLite | 1625 | 1648 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 1651 | 1695 | 45 | - | – | |
| Pfam | 1815 | 2361 | 547 | 5.9E-107 | ||
| MobiDBLite | 1879 | 1898 | 20 | - | – | |
| Coils | 1907 | 1927 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 2153 | 2178 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 2159 | 2178 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 2194 | 2222 | 29 | - | – | |
| MobiDBLite | 2194 | 2227 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 2248 | 2298 | 51 | - | – | |
| MobiDBLite | 2262 | 2298 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 2368 | 2415 | 48 | - | – | |
| MobiDBLite | 2476 | 2526 | 51 | - | – | |
| MobiDBLite | 2488 | 2519 | 32 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0342700.10, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…