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LotjaGi1g1v0682500.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0682500
Transcript ID LotjaGi1g1v0682500.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description E3 ubiquitin-protein ligase; TAIR: AT3G53090.1 ubiquitin-protein ligase 7; Swiss-Prot: sp|Q9SCQ2|UPL7_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase UPL7; TrEMBL-Plants: tr|K7MZ55|K7MZ55_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0682500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:124979361..124999716) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

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AACGATTGGCGGACAAGATGTAGAGAGGCTTCCATCAGCTTCAACTTGCTACAATACTCTTAAGGTACCACTAATAGAGT AATAGGGGAACACATTCTTGACCATATGCTTGGAGACATTTCGTGTGATAGGGTCCTGCTTGCAAGTATTTTTCAAAAAA TCTATGAATAAATGTATTTGGGATTTGGCTGAGATATTTGAAAGTTAAGATTTCATGTTGGCTAAGTTATGGCGTATAGC ATGGGGAAATGTCATACCCAAAAATATCATATAGATAGGTTTTTCGGTGATATATTGACACTTTTGTCACAGTGATATAT GTATATGGGATTTTGGATATCCCTTTAGTGATTTAGCCAGGTCATTGAGACAAAAGTGTTGGTTTTAAAGGAAATCTCTT TTCATAGGTTTGAATTGTTCACAATGGTTTTCTCCTTTCAATGATTACAGCTTCCAACATACAAACGTTCAGGCACTTTG AGAACAAAGCTTCTATATGCTATCAGTTCAAATGCAGGGTTTGAACTTTCTTGATTTGCTACAGGTGGTCAGTATTTCTT TTCATTGTATAATGAAGTCATCCCAATTTCTGTTGCATCTGCTTTGATAAATCATGCTCTGCAAGATTATTGCATGTTTC TATGCTTCTGTTCACCTGTCCTGGATTTTAACTTCATTGATTTGCTTGAGGTGGTTGGTATTTTTTTCAATATATAATAT AATGAAATCTTGCCAATTTCTGCTGCATCAACGTTGATAAATTATGAAAGCAAGAATAGGACATGTTTTTATGCTGTTCA AGTATTCCAGTATTTGGTTGTTTATTGGCTGTGCCCACTCTAGTGTGAATAAAGTTCTTATGTCTTAATTTCATTCAATA AAAAATCCATTGGAAATTGGGAGATAATGTTGGCATCAAAGATGTTCTGAAGAGACAAGCATTTAGTTTTGGAGGGAAAT TTAGAAACAAGCCAAAATAAGAGAGAGAACTGTTTCAATAATAAGGTTACTGGGATATATAAATAGGAAGTCTGAAGTCC AAATGACCTTATTCTGAAAACATTCTTCTCTCTTATTTGGCGTGTTTCTTAATTGCGATCTTAAGAGGTAAAATTGACCT TCTATTCCCTCTTCTCATACACTCCCACTTTCACATGGTGCTCTTTGTATCTATATTATGTGTGTCTAAAAATCATTCAT TGGATTGTGACTTAACAGAAATTTAATGCAGCTATTGGTCTAATTAATCACATGCAATCTTTTGCAGTTTAGTTCTTATT CAAGGAGTTCGAGAATAGTCTATTTGTCTGTGCGACTTTTATATGCCAACTTTCAGTCAAGTAAATTGTTATTGAGCCTG GTGATCATGTTCCAAAGAGGCAGTATAGATCAAGCACCACAAGTTAGACCAAGGAATCTTTCAGACGTGCTGTTTTTGAA AAAGAAAATAGCATTCTGGTCTAGTCTGAATATTTATCGTTGCTTCCAGACTCCAGAGCCAAATAGAGTAGTGACTGCAG GCAAACAACTAGTATGTGCCATGGCTGCTACTTCAATCTTCCATTATCCCAGTTATGGAGATTCTGTTGCGTTCTCATAT TGGAAGCGATATTATAGTAATTGTTTAAGCGGGTGTGTAAATGCAAACGGCGTTGAGAATAACATTTTAGTGTCTTACAA CAGGTTATAATTGTACAATCAAAAGTGACGGGGTTATGAGAAATTTTCCTTCGCATTGTGCTGTGAAATTTTCACAAACA TTCATCCTTTCATGTAGAGATTAATTCTGTTACATCTTTCTCCACCCCTTCCCACCAATAAAATGCATATATACAAATGT TGATATATCTTATTAGAATATGAATGGATGGTGTAAGACGAATGTTGAGTCTCTTATGAGAATTTTATACACTATAGGGA TCCAAGGCTCAAAACACCAGTAGAATCAATTGATGATCCTGAAATTCGCCATTTATACATCCTCTACCATTTGTACCAAT TACGAGTTAGTGTTTTTTTTTTGGTAGATAAGTGAGTTAGTGAGTTAAAAAGTAGTGTTAAATATATATTTAATCCTGAT AAAAATATTATATTATAATTTTACTCTAATTTTCAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0682500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGACGCTCCTCGTAAACACCAGGTGTCACTGAGAGGAGCGAGTGCGAAGGAGATAACGAGGGATGATCTTCTCCAGAA AGTCTCCCGCGAAAGAGAGCTTCGCAATTATGCAAAACGCGCTGCTGCTGCTGCTCTCTTCATTCAGAGGGTATGGAGGC GCTTCAAGGTTATGAAGATGGTTTCCTTGCAGCTTCAGCAGGAGTGGGAGACAATGGTGAATAATTATAGTGGGGTGAAG ACAGCCGTTTGGATTTCAGACAATTTGTTGAGACCATTTTTGTTCTTTATGATAAGCTCCTCAACTAAGCATCAGAAGAT CCATAGGAAGAAGATAGACTCTGTGAAGATTTGCTTTACAATCCTTTTGGAAAGCCTGAAATCTTCTGATTCAAAGCAGA ACTATTGCTTTCTGGCAATTGGTACAACTGAAGAGAGAAGAATATGGAGTTACCAGGTGCAGCAGCTGACTTCTCTTGGT TTTCTGATTCTTTCGGAGTTTAGTGAATGCAACTCAGGGGCTGAAGATATTACTATTGTTACATCCCTGGCAATGCGTGT CCTTGTTATGTTAACTGATTTGAAAGGATGGAAAGGCATTACAGATGACAATCGCTTAGATGCAGATTTAGCAGTGAAAG ATTTAATTCAGTTCTTGGGGAGTAGTAAAAGTGGTAGTTATGTTTCTATTGCCAGATATATTAGTGCATTGGATAATTAT TCTTCTAAGTCTAGAATTATCACCCAGGCAGACGAAAACTTTTTCATTACAACAAGTGCAATAACTTTAGCTGTGCGGCC ATTTCATCTGACAAACTTCAATGTCGAAGGGCCTGGAATGCTGGATGTCAACCATGCTGTTAAGCAGTATATTGTATATC TACTGACTATTCCTTGGCTTGTGCAACATCTTCCACCTGTTCTCCTCCCTGCTTTGAAGCACAAATCTATTTTGTTCCCA TGCTTCCAGAATTTATTGATTTTGAAAGAGAATGTTTTAATGGAGATGTCAGAGTTGGACAAGTCAGAGAATGTTGTCTC TTTCAAGGCAATTCCACCAGTTGGTTGGGCTCTTGCTAACATCATATGCCTTTCAAGGGGGAATGAGAATGATTCTATTG ACTCTGGATCCTTCAATCAAGGTTTAAACTATGCATTATATGTCCATGTTGTTATCATTCTAGCAGAAAGCTTACTGGCT TGTCTTGATAATATTGGATGGGTTAGGAAGAGGAAGGCCCTTCAAACTGATGTTGAAAGCTCAAGGCAGCCAGTTGATTT GGTTCGACATGAGGGTGAGGCAACAAATGAGTCATTAATAATGTCATTCATGGATCAGTTTAGGCCTGTTTGTCAGCAGT GGCATCTCACAAATCTTTTGGCATCAATAAATAGAGATGCCTCCAACAAGGCTGAGACTTTGCTCTCAAATAGTGTGGAA TCTTTGGGGAAGCTAGATTTGTGTGATATTGCACTTTTTTACTCCAACTTAATTAGAATTTTTTCGGTCTTGAGTCCAAT TCGTGGCTCATTACCAGTCCTCAATATGCTATCGTTCACTCCTGGATTTCTTGTGAAATTGTGGGGTGTACTGGAGGTTT CCTTTATCTCTGGAGACAAACATATTTCTGATAATCACAAAAGTGGAAATGTAAAACAAAAAGCTTTAGAGAAGATGCAA AAACAGGTAAGTAAAGATGGGACTAATAAGTGGGTCAGCGTACTTCATAAGTTTACGGGCAAGTCACAAACTGCAACAGG TGATACAGATCCCACTGGGAATCACTCTGAGCCCAGCAGAGTGAATGAGGATTCATCAGATATATGGGACGTAGAACCTA TGAGGCATGGCCCACAGGGCATTCCAAAGGATATGTTTTCTTTGCTTCATCTTTTCTGCGCGACCTATTCTCATCTGCTT TTAGTTCTTGATGACATAGAATTCTATGAGAAACAGGTTCCATTCAAATTAGAGCAGCAACGAAGAATTGCATCAATGCT GAATACCCTAGTGTATAATGGCCTGTCCCATGTTAGTAGTCATCATAATGGGTTCCTCATGGATTGTGCTGTCAGATGCT TACATTTAATGTATGAAAGGGATTGCAGACACCCTTTTTGTCCTCCTGATTTGTGGCTTTCTCCTGCTAGAAAAAGCCGG CCTCCAATTGCTGTTGCTGCCAGAACTCATGAAATATTATCAGCCAACCTGAGATTTGATGATTCATCAGCCTCCCTGAG TGTAGGTTCCGTTATCACCATGACTCCTCATGTGTTCCCTTTTGAAGAGAGAGTTGAGATGTTCCGTGAATTCATCAAGA TGGATAAAGCCTCCCGAAAAATGGCTGGTGAAATTTCTGAACCTGGTTCACGAGCCGTTGAGATAGTAGTACGTCGAGGT CATATTGTTGAAGATGGATTTCGGCAATTAAATTCCCTTGGACCAAGGTTGAAGTCATCCATCCATGTATCATTTGTCAG TGAATCTGGCCTTCTGGAAGCTGGTCTAGACTATGGAGGATTATCTAAAGAGTTTTTAACTGACATATCAAAAGCTGCAT TTTCCCCTGAATATGGACTTTTTACACAAACCTCAACTTCAGACAGGCTGCTAATTCCAACTGCATCTGCAAGATATTTG GACAATGGTTTTCAGATGATTGAGTTCCTTGGAAGAGTAGTCGGTAAAGCTCTTTATGAAGGAATATTGCTTGATTACTC CTTCTCGCATGTTTTTGTAGAAAAGTTATTAGGACGATATAGCTTTCTGGATGAATTGTCAACACTTGATCCAGAGCTAT ACAGGAATCTTATGTATGTCAAGAATTATGATGGTGATGTCAAGGACCTCTGTCTTGATTTCACAGTTACTGAAGAATCA TTTGGAAAAAGGCATGTGGTTGAGCTCAAGTCTGGCGGCAAAGATATTTCTGTGACAAATGAGAACAAGATGCAGTACAT CCATGCAATGGCAGACTACAAACTTAATCAACAGATACTGCCCTTTTCAAATGCATTTTATAGAGGATTAACTGATCTTG TATCTCCATCCTGGTTGAAGTTATTCAATGCGAATGAATTTAATCAGTTGCTTTCAGGTGGCAATTACGATATTGATGTT GATGATTTGAAAAATAACACGCGATACACTGGCGGTTACAATGAGGGAAGTCGGACAATCAAGATCTTTTGGGAGGTGAT TAAAGGTTTTGAACCCGAAGAGCGTTGTATGCTTCTTAAATTTGTCACCAGCTGTTCTCGTGCTCCATTACTTGGATTCA AATATTTGCAGCCACCTTTTACCATCCATAAGGTTGCATGTGATGTCCCACTTTGGGCAACGATTGGCGGACAAGATGTA GAGAGGCTTCCATCAGCTTCAACTTGCTACAATACTCTTAAGCTTCCAACATACAAACGTTCAGGCACTTTGAGAACAAA GCTTCTATATGCTATCAGTTCAAATGCAGGGTTTGAACTTTCTTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0682500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MDAPRKHQVSLRGASAKEITRDDLLQKVSRERELRNYAKRAAAAALFIQRVWRRFKVMKMVSLQLQQEWETMVNNYSGVK TAVWISDNLLRPFLFFMISSSTKHQKIHRKKIDSVKICFTILLESLKSSDSKQNYCFLAIGTTEERRIWSYQVQQLTSLG FLILSEFSECNSGAEDITIVTSLAMRVLVMLTDLKGWKGITDDNRLDADLAVKDLIQFLGSSKSGSYVSIARYISALDNY SSKSRIITQADENFFITTSAITLAVRPFHLTNFNVEGPGMLDVNHAVKQYIVYLLTIPWLVQHLPPVLLPALKHKSILFP CFQNLLILKENVLMEMSELDKSENVVSFKAIPPVGWALANIICLSRGNENDSIDSGSFNQGLNYALYVHVVIILAESLLA CLDNIGWVRKRKALQTDVESSRQPVDLVRHEGEATNESLIMSFMDQFRPVCQQWHLTNLLASINRDASNKAETLLSNSVE SLGKLDLCDIALFYSNLIRIFSVLSPIRGSLPVLNMLSFTPGFLVKLWGVLEVSFISGDKHISDNHKSGNVKQKALEKMQ KQVSKDGTNKWVSVLHKFTGKSQTATGDTDPTGNHSEPSRVNEDSSDIWDVEPMRHGPQGIPKDMFSLLHLFCATYSHLL LVLDDIEFYEKQVPFKLEQQRRIASMLNTLVYNGLSHVSSHHNGFLMDCAVRCLHLMYERDCRHPFCPPDLWLSPARKSR PPIAVAARTHEILSANLRFDDSSASLSVGSVITMTPHVFPFEERVEMFREFIKMDKASRKMAGEISEPGSRAVEIVVRRG HIVEDGFRQLNSLGPRLKSSIHVSFVSESGLLEAGLDYGGLSKEFLTDISKAAFSPEYGLFTQTSTSDRLLIPTASARYL DNGFQMIEFLGRVVGKALYEGILLDYSFSHVFVEKLLGRYSFLDELSTLDPELYRNLMYVKNYDGDVKDLCLDFTVTEES FGKRHVVELKSGGKDISVTNENKMQYIHAMADYKLNQQILPFSNAFYRGLTDLVSPSWLKLFNANEFNQLLSGGNYDIDV DDLKNNTRYTGGYNEGSRTIKIFWEVIKGFEPEERCMLLKFVTSCSRAPLLGFKYLQPPFTIHKVACDVPLWATIGGQDV ERLPSASTCYNTLKLPTYKRSGTLRTKLLYAISSNAGFELS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 383 383 -
PANTHER 1 1161 1161 0.0
PANTHER 1 1161 1161 0.0
Phobius 384 402 19 -
Phobius 403 624 222 -
MobiDBLite 581 599 19 -
MobiDBLite 581 606 26 -
Phobius 625 643 19 -
Phobius 644 1161 518 -
SUPERFAMILY 793 1154 362 1.11E-108
CDD 794 1159 366 3.1072E-147
Gene3D 795 1033 239 6.6E-75
SMART 811 1161 351 3.8E-119
ProSiteProfiles 817 1161 345 84.159
Pfam 848 1161 314 1.6E-92
Gene3D 919 998 80 6.6E-75
Gene3D 1036 1161 126 1.0E-39

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Ubiquitin-protein transferase activity Catalysis of the transfer of ubiquitin from one protein to another via the reaction X-Ub + Y --> Y-Ub + X, where both X-Ub and Y-Ub are covalent linkages.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0682500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…