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LotjaGi2g1v0160000.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0160000
Transcript ID LotjaGi2g1v0160000.3
Related isoforms 5
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1; TAIR: AT5G51660.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 160; Swiss-Prot: sp|Q9FGR0|CPSF1_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0FSW8|A0A0R0FSW8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0160000
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:56179927..56197549) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ACTTACACTGTGTTGCATCCCGTAATTCACCTGACATGTAGAATGTGATTGAATAACATAAATGGTGATTCATTTTGTTT GTGTATTTTCATATGGGAAAGTTTCTGTTTTTATATTTTTGGTTGTCTTTTTAATTTCTCTTATTTATTTATTTATTTAT TTATTTATTTATTGTTGTTGTTGTCAGGCTGGTTCTGGTTTAGTTGGGGAGGATGATCCGTTGGGTTCTGGAGGTGCAGT TGCTGCTCGCATTGACTCATCTTATATGATAAATCTGCGTGACTTGGATATGAGGCATGTAAAAGATTTTACATTTGTTC ATGGTAAGTGTGACATAGTATTATTTGTTACCAACTTCTCACTTATGCAGTTATGCTAGAATTAAGGATATGGAGTTCAT AATTCAGATTAAGTTTTTGGTAAAATGGAATCACGGTTGTTGCAACTTGCAAGTAACACTAATGTTAATTCTTCAAGTTA AATTCTCTTTATAATTCTTTTTTTGGTACAGCTTTATAAATATATATATATATAATTATATATATAGGGGAATGCTAACT TACTCCCACTTGTTTTTTAGAAGGAGTAAGTTAGCAACCTACACCTTTTCATTTGGACAAAATCACCCTTCACTTTTTCT CTTTTAAAATATTTAGGATGTGGGTTTCAAGTAATTTTGCATACCAAATACTTTTTAATTTAAATATTCAAATTTTCTCT CTCCCATTTATTACCTTTCTTTTTCTCTTTCTTCTCCATCAAACCCATTCCAGAACACATCTCCTTTCTTTCTCACCTTC CCTAGAGCTGAACACAACAGATGAACGGAGATGAAAATTGTTACACTTCCATAAGCCAATTTAGATATAAATTCCCTTTT TCTATGTATTCTTTTTCGGTTTCTCCATAAATTAACAGATCCATGTAATTTTGTGGTTTTGTATTCCTACATACACTTGT 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CACAGTCAACCAGAGTTGAATCATAAGAAGTTAAAACCAACAGATAACTGCAAGAAAAATGTTGGTGATTTCTTCACTTG GCTTAGTCAATCTATTGTGGTGGATCCAGCTAAAGAGCTATATCTAGTACTAGTAGTTACAGACATGACTTGTTTTTTAT GTTTACAACTTAAGTATATTTTGTTAATATGTTAGTTGCTTGTTTTTAATTGGGCTGCTTTGTTACAGTTATGAAATGCT TCCATTGGAGGAACAGCTTGAAATTGCTCACCTAATTGGGACGACTCGATCACAAATTCTCACAAATCTAAGCGATCTGT CCCTTGGAACAAGCTTCTTGTGA 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0160000.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTGGTTCTGGTTTAGTTGGGGAGGATGATCCGTTGGGTTCTGGAGGTGCAGTTGCTGCTCGCATTGACTCATCTTA TATGATAAATCTGCGTGACTTGGATATGAGGCATGTAAAAGATTTTACATTTGTTCATGGCTATATTGAACCTGTGATGG TGATCTTGCACGAACGTGAGCTTAGCTGGGCTGGGCGTGTCGCATGGAAGCATCATACTTGCATGATATCAGCGCTTAGT ATCAGCACAACTTTGAAGCAACATCCACTTATTTGGTCAGCTGTTAATCTGCCTCACGATGCTTACAAGCTTATTGCAGT GCCCTCTCCAATTGGTGGTGTTCTTGTAATTGCTGCTAATACTATTCATTATCACAGTCAGTCTGCTTCTTGTGCACTGG CCTTGAACAGCTATGCGGTTTCACTTGATAGTAGTCAGGAGATGCCAAGATCATTTTTCAACGTAGAACTTGATGCTGCC AATGCTACTTGGTTGTCGAATGATGTGGCCTTATTGTCAACAAAAACTGGTGAATTGCTATTGCTTACTCTTATTTTTGA TGGAAGGGTTGTACAGAGACTTGATCTTTCCAAGTCAAAAGCTTCAGTTCTGTCATCTGGTATTACGACAATCGGAAATT CTCTGTTTTTTCTCGCCAGTCGATTAGGAGACAGTATGCTAGTGCAATTTTCTTGTGGATCAAGTGTTTCAATGTTGTCT TCCAATCTAAAAGAAGAGGTCGGTGATATTGAAGGAGATGCTTCTTCAACAAAGAGATTGCGGAGGTCACCTTCTGATTC TTTACATGATATGGTTAGTGGTGAGGAACTCTCCTTGTATGGATCTGCTCCAAATAGAACAGAATCAGCACAGAAATCCT TCTCGTTTGCAGTAAGGGATTCATTGATTAACATTGGTCCTTTGAAAGATTTCTCATACGGTTTGAGAATAAATGCTGAT GCAAATGCTACAGGGATAGCCAAGCAGAGTAACTATGAATTGGTCTGCTGTTCTGGTCATGGAAAGAATGGTTCTCTGTG TGTTCTTCGGCAATCAATTCGCCCAGAAGTTATTACTGAGGTTGAACTTCCTGGGTGCAAAGGAATTTGGACTGTTTATC ATAAGAGCGCACGCTCTCATATTTCCGATTCTTCTAAGCTGGCCGATGATGATGATGAGTATCATGCATACCTTATTATA AGTTTGGAGGCTCGTACTATGGTACTAGAAACAGCCGATCTGCTAAGTGAGGTTACTGAAAGTGTTGACTATTATGTTCA AGGAAAAACACTTGCGGCAGGGAATTTATTCGGAAGGCGTCGAGTTATTCAAGTGTATGAACGTGGTGCTCGGATCCTAG ATGGTTCTTTTATGACCCAAGATATAAGCTTTGGGCCTTCTAACTCTGATTCTAATTCGGGATCTGAGAGTGCTTTAGCA CTCTCGGTGTCTATAGCTGATCCATATGTCTTACTCAGAATGAGTGATGGAAGTATTCGACTTTTGGTTGGAGATCCTAG TACATGCACCATTTCTGTCACTTCTCCAGCTTCATTTGAGAGCTCTAAGGAATCAGTTTCTTCATGTACACTGTATCATG ATAAAGGACCTGAGCCATGGCTAAGGAAGACAAGCACTGATGCATGGCTTTCTACTGGTGTTGGTGAGGCTATTGATGGC ACTGATGGTGCACCTCAGGACCATGGGGATATTTATTGTGTTGTTTGTTATGAAAATGGAAACCTTGAAATATTTGATGT GCCCAATTTTAGTTGTGTTTTTTCTGTTGAGAATTTTATGTCTGGAAAGAGCCATCTTGTTGATGCTCTGACGAAAGAGG TGGCCAAAGATTCTCAAAAGGGGGATAAAGGTTCTGATGCAGTGGCCAACCAAGGCAGGAAGGAAAATGTACTGAATATG AAGGTTGTAGAGTTAGCCATGCAGAGATGGTCAGGGCAGCACAGCCGCCCATTTCTTTTTGGTATTTTGAGTGATGGAAC AATACTTTGTTACCATGCTTACCTTTATGAAAGCCCTGATGGTACTTCTAAAGTTGAGGACTCAGTTTCAGCCAGTGGAC CTGTTGACCTTAGCAGCACTAGTGTTTCTAGGCTTAGAAATTTGAGATTTGTTCGTTTGCCATTGGATGCATATCCCAGG GAGGAGACATCAAATGGATCACCTGGTCAACATATTACTATTTTCAAGAATATTGGTAGTTATGAAGGGTTCTTCCTATC AGGGTCAAGACCGGCTTGGGTTATGGTATTGAGAGAGCGACTCCGTGTTCATCCGCAGTTATGTGACGGGTCCATTCTTG CTTTTACTGTCCTACACAACGTGAACTGCAATCACGGACTCATATATGTTACATCACAGGGTGTTCTAAAGATATGCCAA TTACCTACTGGCTCAAACTACGACAGCCACTGGCCTGTACAGAAAGTTCCATTGAAAGCCACACCTCATCAAGTAACTTA CTTTGCAGAGAAGAATTTGTATCCGCTTATTGTTTCATTTCCTGTTCTTAAGCCACTAAGTCAAGTTGTTTCTCTGGTTG ACCCAGATGCCAACCATCAGACTGAGAATCCGAATTTGAACTCTGATGAACAAAACCGCTTTTATACTGTTGATGAATTT GAGGTTCGTATCATGGAGCCAGAAAAGTCTGGTGGCCCTTGGCAAACTAAGGCAACCATACCTATGCAGAGTTCTGAAAA TGCCCTCACTGTGAAGATGGTTACTCTGGTGAATACAACCTCAAAAGAAAATGAAACACTTTTAGCCGTTGGTACTGCTT ATGTGCAAGGCGAGGATGTTGCTGCGAGAGGTCGAATCCTCTTGTTTTCCTTGGGCAAAAATACTGATAATCCACAAAAT CTGGTTTCAGAGGTTTACTCGAAGGAATCAAAAGGTGATGTGTCTGCATTGGCCTCACTTCAGGGCCATCTATTAATAGC ATCTGGTCCAAAAATTACTCTGCATAAGTGGACTGGCACTGAGTTGACTGGTATTGCATTTTTTGATGCACCACCATTAC ATGTTGTGAGCTTAAATATTGTAAAGAACTTCATTCTTATCGGTGATGTCCATAAAAGCATATACTTTCTTAGTTGGAAA GAGCAGGGTGCTCAACTTAACTTGTTAGCTAAGGATTTTGGCTCTCTTAATTGTTTTGCGACAGAATTTTTGATTGATGG AAGTACTCTGAGTCTCATGGTTTCAGATGATCAAAAAAATATCCAGATTTTTTACTATGCTCCAAAGATGTCTGAGAGTT GGAAAGGACAGAAGCTTCTTTCAAGGGCTGAATTTCATGTTGGTGCACATGTGACTAAATTCTTAAGGTTGCAGATGCTA TCCACTTCTGACCGAACTGGTGCAGGTCCAGGCTCAGATAAAACCAATCGATTTGCCTTATTATTTGGTACCTTGGATGG CAGTATTGGTTGCATTGCTCCTCTTGATGAAATCACGTTTCGTAGACTGCAATCTTTGCAGAGGAAGCTTGTAGATGCTG TACCGCATGTTGCTGGCTTGAATCCAAGAGCTTTCAGGCAGTTCAATTCAAATGGAAAGGCCCATCGGCCTGGCCCTGAC AGTATAGTTGACTGCGAGCTTCTATGCCATTATGAAATGCTTCCATTGGAGGAACAGCTTGAAATTGCTCACCTAATTGG GACGACTCGATCACAAATTCTCACAAATCTAAGCGATCTGTCCCTTGGAACAAGCTTCTTGTGA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0160000.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAGSGLVGEDDPLGSGGAVAARIDSSYMINLRDLDMRHVKDFTFVHGYIEPVMVILHERELSWAGRVAWKHHTCMISALS ISTTLKQHPLIWSAVNLPHDAYKLIAVPSPIGGVLVIAANTIHYHSQSASCALALNSYAVSLDSSQEMPRSFFNVELDAA NATWLSNDVALLSTKTGELLLLTLIFDGRVVQRLDLSKSKASVLSSGITTIGNSLFFLASRLGDSMLVQFSCGSSVSMLS SNLKEEVGDIEGDASSTKRLRRSPSDSLHDMVSGEELSLYGSAPNRTESAQKSFSFAVRDSLINIGPLKDFSYGLRINAD ANATGIAKQSNYELVCCSGHGKNGSLCVLRQSIRPEVITEVELPGCKGIWTVYHKSARSHISDSSKLADDDDEYHAYLII SLEARTMVLETADLLSEVTESVDYYVQGKTLAAGNLFGRRRVIQVYERGARILDGSFMTQDISFGPSNSDSNSGSESALA LSVSIADPYVLLRMSDGSIRLLVGDPSTCTISVTSPASFESSKESVSSCTLYHDKGPEPWLRKTSTDAWLSTGVGEAIDG TDGAPQDHGDIYCVVCYENGNLEIFDVPNFSCVFSVENFMSGKSHLVDALTKEVAKDSQKGDKGSDAVANQGRKENVLNM KVVELAMQRWSGQHSRPFLFGILSDGTILCYHAYLYESPDGTSKVEDSVSASGPVDLSSTSVSRLRNLRFVRLPLDAYPR EETSNGSPGQHITIFKNIGSYEGFFLSGSRPAWVMVLRERLRVHPQLCDGSILAFTVLHNVNCNHGLIYVTSQGVLKICQ LPTGSNYDSHWPVQKVPLKATPHQVTYFAEKNLYPLIVSFPVLKPLSQVVSLVDPDANHQTENPNLNSDEQNRFYTVDEF EVRIMEPEKSGGPWQTKATIPMQSSENALTVKMVTLVNTTSKENETLLAVGTAYVQGEDVAARGRILLFSLGKNTDNPQN LVSEVYSKESKGDVSALASLQGHLLIASGPKITLHKWTGTELTGIAFFDAPPLHVVSLNIVKNFILIGDVHKSIYFLSWK EQGAQLNLLAKDFGSLNCFATEFLIDGSTLSLMVSDDQKNIQIFYYAPKMSESWKGQKLLSRAEFHVGAHVTKFLRLQML STSDRTGAGPGSDKTNRFALLFGTLDGSIGCIAPLDEITFRRLQSLQRKLVDAVPHVAGLNPRAFRQFNSNGKAHRPGPD SIVDCELLCHYEMLPLEEQLEIAHLIGTTRSQILTNLSDLSLGTSFL 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 14 534 521 0.0
PANTHER 14 534 521 0.0
Pfam 39 485 447 2.1E-34
PANTHER 525 1227 703 0.0
PANTHER 525 1227 703 0.0
SUPERFAMILY 572 1085 514 6.83E-5
Gene3D 769 1153 385 7.6E-77
Pfam 880 1212 333 8.5E-86

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Nucleic acid binding Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid.
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Cellular component Nucleus A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0160000.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…