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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0160000 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0160000.4 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1; TAIR: AT5G51660.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 160; Swiss-Prot: sp|Q9FGR0|CPSF1_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1; TrEMBL-Plants: tr|I1MQ84|I1MQ84_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0160000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:56179927..56200731) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TGGAAATTATCTTATAAAGGAAGTTTGTAGTAAAATTTAATATGAAGTTCTTAACCCAATGCAAAAGCTACATTTTTTTT CACTTCAGTTGAACTTGCTTTTAGAAGCAAAATAATTTTAACTTGCAATAATCAAACCTCGTTTTTTTTTCTTTTTAAAA TTTTGTTTTCTTGCATCAAACGTGATTTTGGAGGATGCAAATGCTTTACCAAGCACACTATTTGTGGTTGATTTGGGTTT TTATCTCAGTCCTGCTTTTATGCTTACAATTCAGGTTGCATGGAAATGTTAAAAGCATGGCTGTCTTGAGCATTGGGGGT GGTGATACTTCTAAAAGGAGAGATTCTATCATCTTAACTTTTAAAGATGCGAAGATTTCAGTTCTAGAGTATGATGATTC TATTCATGGACTCCGAACTAGGTGAGTCGGTTGTTAAAATCAGCATTTAAATGAATATGATTTTTGTTTCTGTTAATTCA TTTTTTTAATGGCATTATATTTGGGTTTGCACTTCTGCAAACTGAGAATTAGGAAGGATTTATAATAGGAAATGTAGAGA GATAGCTCCGGGAAAAATAACTTTGAATTTGTGGTGTAGTCTGATTATGGGTGGTTTTATCCAACTTCAAGTTTTATTCT TTCTCCAACGTCTTATTCTTCATGGTTGGATATTGAAATAGTTGACTAAATTTTAGAAGGGTTCTTTCTTTGATGGTTAT TTTGTGGATTTTGGTGGGCTTTATATTTAGTGTTAAAGTTGTGTTTTTTTTTTCCTTTGGTTTTTTCAATTTATATTTTT CTTTGTCCTTTCAATCTTTTATCTTCATCTCTTGTGCGTTTCTCAAATCTTCCATCATTAGATTTCTTTTGTTTATAAAT AGGAGAGTGAAATGAGGGTACGTGAGATTATATAAATTGGATCACATTTGAGATTTTGAGCTGTGTTAATGTAGTCATAT 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GATGTTGCTGCGAGAGGTCGAATCCTCTTGTTTTCCTTGGGCAAAAATACTGATAATCCACAAAATCTGGTAACCAATAT TGTCCTCTATTTTTATCTAATTTTGGGTGATACTTTCATTTGGACATCATTTAAAATGTTCATCTCATCTCCTTACAGGT TTCAGAGGTTTACTCGAAGGAATCAAAAGGTGATGTGTCTGCATTGGCCTCACTTCAGGGCCATCTATTAATAGCATCTG GTCCAAAAATTACTCTGCATAAGTGGACTGGCACTGAGTTGACTGGTATTGCATTTTTTGATGCACCACCATTACATGTT GTGAGCTTAAATATTGTAAGTGACATTTCCTTAAATCTTTTATCATTAGGATAAAATGGGCAATGTATCAAAGACATGCA AAGTTTAGTTATTTAGATGTCTTTAGTTTTCCCAAGTTTCTCTTGCAAGATGTAAAGTTTCACTGTTTTCATTTTAGAAA TATTGTGTTCACAGCTGTTTTTTAGTGTTATCATTGAATGCTTAATAAGATTCATGATACAATTTATAAATTGGCAGAGA GCTAAAAATAACATAATGAAAACTCAGATAATTGGACGTTAACTAAGGCACATTAGTTTTTCTCTTTTGGTTGATACCTA TTAATGATTTTGCAGGTAAAGAACTTCATTCTTATCGGTGATGTCCATAAAAGCATATACTTTCTTAGTTGGAAAGAGCA GGGTGCTCAACTTAACTTGTTAGCTAAGGATTTTGGCTCTCTTAATTGTTTTGCGACAGAATTTTTGATTGATGGAAGTA CTCTGAGTCTCATGGTTTCAGATGATCAAAAAAATATCCAGGTCTGACCATTTATTTGTTCTGATTTGCATTTACCATTT TTAAATGATAACAGCAAAAACCTTATTCCACTAAGTGAGGTCGGCTATTTGGATCACACGACGCCATTGCGCTCAGTCAA AAACCAAATTTTGTGGTATATTATTGACCATGTGACTGTTTTTAAAATATCTTCCTACGTCCTTTTTGGCTTCTTGTACC TCTTATCATAGGGCTGAAAACCTTGTTATCAACCTTTCTGATTGGTGCCTCAGAATGTCTTCTTTGCACTGAAAACCTTG TTATCAACCTTGATAGCTTTCATGTGAAATGGTCAAGGTGATATTGGCAATTTTTAGTCAGTCAGTCAAATTGGATTACA TTGACCTATTGGGATTTTGGAATGCACATTCTGCTGCAGTTCGTTGTACCATGATTTTATTTTTTCTTAATTAGTTACAT TTCTTATTTTTGACTTTATTAATATTTAAAGTCTTGCCTTATTTAGTATATTTAAATGTTACCCGATTCATCTGAGAAGT TGCTTTCATTTCATAAAAGCATAATTATATATGCTGGGGTTTTTCCTTGGCTGAAAGTGTTCATTTGCCTAGTTCTTTTT AAATTTATAGTATGTTACATTTTCCTTTTCTTCTTCATCGTAATTGTAATTCTTTAATATCTAATAGGCTGTTGGTTGCA TGTTCCTATTTGCCTCCTGTTGTTACAGTGAAATGAAAACCTGAAATCATCATTGTTGGGTTTGTTGTGTTTGTTTGTAT TATATTTTCGGCCTTTTAGTTGAGACATAAGTTATAACCTTTGTAATGTCTGGACTCTGGAAGCAGATTTTTTACTATGC TCCAAAGATGTCTGAGAGTTGGAAAGGACAGAAGCTTCTTTCAAGGGCTGAATTTCATGTTGGTGCACATGTGACTAAAT TCTTAAGGTTGCAGATGCTATCCACTTCTGACCGAACTGGTGCAGGTCCAGGCTCAGATAAAACCAATCGATTTGCCTTA TTATTTGGTACCTTGGATGGCAGTATTGGTTGCATTGCTCCTCTTGATGAAATCACGTTTCGTAGACTGCAATCTTTGCA GAGGAAGCTTGTAGATGCTGTACCGCATGTTGCTGGCTTGAATCCAAGAGCTTTCAGGCAGTTCAATTCAAATGGAAAGG CCCATCGGCCTGGCCCTGACAGTATAGTTGACTGCGAGCTTCTATGCCAGTATGTTCTATCTTCGCCCAAAACATTATTG TATATGCCATTAAGTAATATATATATATATATATACATTTAGTGTTACAAAAGTGAAAAAATAAAGTAGATTATTCAATA CATGTTAATGAATTGTGTTTTGCAACAAGAAAAGAATGTTCATATAAAAGGCACGAAACCTGCACAGTCAACCAGAGTTG AATCATAAGAAGTTAAAACCAACAGATAACTGCAAGAAAAATGTTGGTGATTTCTTCACTTGGCTTAGTCAATCTATTGT GGTGGATCCAGCTAAAGAGCTATATCTAGTACTAGTAGTTACAGACATGACTTGTTTTTTATGTTTACAACTTAAGTATA TTTTGTTAATATGTTAGTTGCTTGTTTTTAATTGGGCTGCTTTGTTACAGTTATGAAATGCTTCCATTGGAGGAACAGCT TGAAATTGCTCACCTAATTGGGACGACTCGATCACAAATTCTCACAAATCTAAGCGATCTGTCCCTTGGAACAAGCTTCT TGTGA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0160000.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGTCTTGAGCATTGGGGGTGGTGATACTTCTAAAAGGAGAGATTCTATCATCTTAACTTTTAAAGATGCGAAGAT TTCAGTTCTAGAGTATGATGATTCTATTCATGGACTCCGAACTAGTTCTTTGCATTGCTTTGAGGGTCCAGAATGGCTCC ATTTAAAAAGAGGCAGGGAACAATTTGCAAGAGGTCCAGTGGTAAAGGTTGATCCTCAAGGAAGGTGTGGTGGAGTTCTA GTCTACGATTTGCAAATGATAATACTAAAGACTACTCAGGCTGGTTCTGGTTTAGTTGGGGAGGATGATCCGTTGGGTTC TGGAGGTGCAGTTGCTGCTCGCATTGACTCATCTTATATGATAAATCTGCGTGACTTGGATATGAGGCATGTAAAAGATT TTACATTTGTTCATGGCTATATTGAACCTGTGATGGTGATCTTGCACGAACGTGAGCTTAGCTGGGCTGGGCGTGTCGCA TGGAAGCATCATACTTGCATGATATCAGCGCTTAGTATCAGCACAACTTTGAAGCAACATCCACTTATTTGGTCAGCTGT TAATCTGCCTCACGATGCTTACAAGCTTATTGCAGTGCCCTCTCCAATTGGTGGTGTTCTTGTAATTGCTGCTAATACTA TTCATTATCACAGTCAGTCTGCTTCTTGTGCACTGGCCTTGAACAGCTATGCGGTTTCACTTGATAGTAGTCAGGAGATG CCAAGATCATTTTTCAACGTAGAACTTGATGCTGCCAATGCTACTTGGTTGTCGAATGATGTGGCCTTATTGTCAACAAA AACTGGTGAATTGCTATTGCTTACTCTTATTTTTGATGGAAGGGTTGTACAGAGACTTGATCTTTCCAAGTCAAAAGCTT CAGTTCTGTCATCTGGTATTACGACAATCGGAAATTCTCTGTTTTTTCTCGCCAGTCGATTAGGAGACAGTATGCTAGTG CAATTTTCTTGTGGATCAAGTGTTTCAATGTTGTCTTCCAATCTAAAAGAAGAGGTCGGTGATATTGAAGGAGATGCTTC TTCAACAAAGAGATTGCGGAGGTCACCTTCTGATTCTTTACATGATATGGTTAGTGGTGAGGAACTCTCCTTGTATGGAT CTGCTCCAAATAGAACAGAATCAGCACAGAAATCCTTCTCGTTTGCAGTAAGGGATTCATTGATTAACATTGGTCCTTTG AAAGATTTCTCATACGGTTTGAGAATAAATGCTGATGCAAATGCTACAGGGATAGCCAAGCAGAGTAACTATGAATTGGT CTGCTGTTCTGGTCATGGAAAGAATGGTTCTCTGTGTGTTCTTCGGCAATCAATTCGCCCAGAAGTTATTACTGAGGTTG AACTTCCTGGGTGCAAAGGAATTTGGACTGTTTATCATAAGAGCGCACGCTCTCATATTTCCGATTCTTCTAAGCTGGCC GATGATGATGATGAGTATCATGCATACCTTATTATAAGTTTGGAGGCTCGTACTATGGTACTAGAAACAGCCGATCTGCT AAGTGAGGTTACTGAAAGTGTTGACTATTATGTTCAAGGAAAAACACTTGCGGCAGGGAATTTATTCGGAAGGCGTCGAG TTATTCAAGTGTATGAACGTGGTGCTCGGATCCTAGATGGTTCTTTTATGACCCAAGATATAAGCTTTGGGCCTTCTAAC TCTGATTCTAATTCGGGATCTGAGAGTGCTTTAGCACTCTCGGTGTCTATAGCTGATCCATATGTCTTACTCAGAATGAG TGATGGAAGTATTCGACTTTTGGTTGGAGATCCTAGTACATGCACCATTTCTGTCACTTCTCCAGCTTCATTTGAGAGCT CTAAGGAATCAGTTTCTTCATGTACACTGTATCATGATAAAGGACCTGAGCCATGGCTAAGGAAGACAAGCACTGATGCA TGGCTTTCTACTGGTGTTGGTGAGGCTATTGATGGCACTGATGGTGCACCTCAGGACCATGGGGATATTTATTGTGTTGT TTGTTATGAAAATGGAAACCTTGAAATATTTGATGTGCCCAATTTTAGTTGTGTTTTTTCTGTTGAGAATTTTATGTCTG GAAAGAGCCATCTTGTTGATGCTCTGACGAAAGAGGTGGCCAAAGATTCTCAAAAGGGGGATAAAGGTTCTGATGCAGTG GCCAACCAAGGCAGGAAGGAAAATGTACTGAATATGAAGGTTGTAGAGTTAGCCATGCAGAGATGGTCAGGGCAGCACAG CCGCCCATTTCTTTTTGGTATTTTGAGTGATGGAACAATACTTTGTTACCATGCTTACCTTTATGAAAGCCCTGATGGTA CTTCTAAAGTTGAGGACTCAGTTTCAGCCAGTGGACCTGTTGACCTTAGCAGCACTAGTGTTTCTAGGCTTAGAAATTTG AGATTTGTTCGTTTGCCATTGGATGCATATCCCAGGGAGGAGACATCAAATGGATCACCTGGTCAACATATTACTATTTT CAAGAATATTGGTAGTTATGAAGGGTTCTTCCTATCAGGGTCAAGACCGGCTTGGGTTATGGTATTGAGAGAGCGACTCC GTGTTCATCCGCAGTTATGTGACGGGTCCATTCTTGCTTTTACTGTCCTACACAACGTGAACTGCAATCACGGACTCATA TATGTTACATCACAGGGTGTTCTAAAGATATGCCAATTACCTACTGGCTCAAACTACGACAGCCACTGGCCTGTACAGAA AGTTCCATTGAAAGCCACACCTCATCAAGTAACTTACTTTGCAGAGAAGAATTTGTATCCGCTTATTGTTTCATTTCCTG TTCTTAAGCCACTAAGTCAAGTTGTTTCTCTGGTTGACCCAGATGCCAACCATCAGACTGAGAATCCGAATTTGAACTCT GATGAACAAAACCGCTTTTATACTGTTGATGAATTTGAGGTTCGTATCATGGAGCCAGAAAAGTCTGGTGGCCCTTGGCA AACTAAGGCAACCATACCTATGCAGAGTTCTGAAAATGCCCTCACTGTGAAGATGGTTACTCTGGTGAATACAACCTCAA AAGAAAATGAAACACTTTTAGCCGTTGGTACTGCTTATGTGCAAGGCGAGGATGTTGCTGCGAGAGGTCGAATCCTCTTG TTTTCCTTGGGCAAAAATACTGATAATCCACAAAATCTGGTTTCAGAGGTTTACTCGAAGGAATCAAAAGGTGATGTGTC TGCATTGGCCTCACTTCAGGGCCATCTATTAATAGCATCTGGTCCAAAAATTACTCTGCATAAGTGGACTGGCACTGAGT TGACTGGTATTGCATTTTTTGATGCACCACCATTACATGTTGTGAGCTTAAATATTGTAAAGAACTTCATTCTTATCGGT GATGTCCATAAAAGCATATACTTTCTTAGTTGGAAAGAGCAGGGTGCTCAACTTAACTTGTTAGCTAAGGATTTTGGCTC TCTTAATTGTTTTGCGACAGAATTTTTGATTGATGGAAGTACTCTGAGTCTCATGGTTTCAGATGATCAAAAAAATATCC AGATTTTTTACTATGCTCCAAAGATGTCTGAGAGTTGGAAAGGACAGAAGCTTCTTTCAAGGGCTGAATTTCATGTTGGT GCACATGTGACTAAATTCTTAAGGTTGCAGATGCTATCCACTTCTGACCGAACTGGTGCAGGTCCAGGCTCAGATAAAAC CAATCGATTTGCCTTATTATTTGGTACCTTGGATGGCAGTATTGGTTGCATTGCTCCTCTTGATGAAATCACGTTTCGTA GACTGCAATCTTTGCAGAGGAAGCTTGTAGATGCTGTACCGCATGTTGCTGGCTTGAATCCAAGAGCTTTCAGGCAGTTC AATTCAAATGGAAAGGCCCATCGGCCTGGCCCTGACAGTATAGTTGACTGCGAGCTTCTATGCCATTATGAAATGCTTCC ATTGGAGGAACAGCTTGAAATTGCTCACCTAATTGGGACGACTCGATCACAAATTCTCACAAATCTAAGCGATCTGTCCC TTGGAACAAGCTTCTTGTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0160000.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAVLSIGGGDTSKRRDSIILTFKDAKISVLEYDDSIHGLRTSSLHCFEGPEWLHLKRGREQFARGPVVKVDPQGRCGGVL VYDLQMIILKTTQAGSGLVGEDDPLGSGGAVAARIDSSYMINLRDLDMRHVKDFTFVHGYIEPVMVILHERELSWAGRVA WKHHTCMISALSISTTLKQHPLIWSAVNLPHDAYKLIAVPSPIGGVLVIAANTIHYHSQSASCALALNSYAVSLDSSQEM PRSFFNVELDAANATWLSNDVALLSTKTGELLLLTLIFDGRVVQRLDLSKSKASVLSSGITTIGNSLFFLASRLGDSMLV QFSCGSSVSMLSSNLKEEVGDIEGDASSTKRLRRSPSDSLHDMVSGEELSLYGSAPNRTESAQKSFSFAVRDSLINIGPL KDFSYGLRINADANATGIAKQSNYELVCCSGHGKNGSLCVLRQSIRPEVITEVELPGCKGIWTVYHKSARSHISDSSKLA DDDDEYHAYLIISLEARTMVLETADLLSEVTESVDYYVQGKTLAAGNLFGRRRVIQVYERGARILDGSFMTQDISFGPSN SDSNSGSESALALSVSIADPYVLLRMSDGSIRLLVGDPSTCTISVTSPASFESSKESVSSCTLYHDKGPEPWLRKTSTDA WLSTGVGEAIDGTDGAPQDHGDIYCVVCYENGNLEIFDVPNFSCVFSVENFMSGKSHLVDALTKEVAKDSQKGDKGSDAV ANQGRKENVLNMKVVELAMQRWSGQHSRPFLFGILSDGTILCYHAYLYESPDGTSKVEDSVSASGPVDLSSTSVSRLRNL RFVRLPLDAYPREETSNGSPGQHITIFKNIGSYEGFFLSGSRPAWVMVLRERLRVHPQLCDGSILAFTVLHNVNCNHGLI YVTSQGVLKICQLPTGSNYDSHWPVQKVPLKATPHQVTYFAEKNLYPLIVSFPVLKPLSQVVSLVDPDANHQTENPNLNS DEQNRFYTVDEFEVRIMEPEKSGGPWQTKATIPMQSSENALTVKMVTLVNTTSKENETLLAVGTAYVQGEDVAARGRILL FSLGKNTDNPQNLVSEVYSKESKGDVSALASLQGHLLIASGPKITLHKWTGTELTGIAFFDAPPLHVVSLNIVKNFILIG DVHKSIYFLSWKEQGAQLNLLAKDFGSLNCFATEFLIDGSTLSLMVSDDQKNIQIFYYAPKMSESWKGQKLLSRAEFHVG AHVTKFLRLQMLSTSDRTGAGPGSDKTNRFALLFGTLDGSIGCIAPLDEITFRRLQSLQRKLVDAVPHVAGLNPRAFRQF NSNGKAHRPGPDSIVDCELLCHYEMLPLEEQLEIAHLIGTTRSQILTNLSDLSLGTSFL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 626 | 626 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 626 | 626 | 0.0 | – | |
| Pfam | 16 | 577 | 562 | 9.0E-38 | – | |
| PANTHER | 617 | 1319 | 703 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 617 | 1319 | 703 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 664 | 1177 | 514 | 9.34E-5 | ||
| Gene3D | 861 | 1245 | 385 | 8.8E-77 | ||
| Pfam | 972 | 1304 | 333 | 9.6E-86 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). | ||
| Cellular component | Nucleus | A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0160000.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…