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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0284800 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0284800.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | CRS2-associated factor 1; TAIR: AT5G54890.1 RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9FFU1|CAF2M_ARATH CRS2-associated factor 2, mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|V7C8Q9|V7C8Q9_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0284800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:75770572..75795484) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCTATGAGTCATTTTTGTCGTCACTAAACCTTTTAGTCACAGAAATAAACCATGGTATAGATAGGATATGCGGACATATA ACTTACTCTGTGACTATAATTTGTGGATCATTGTAACATTGTTTTCTTACTCTGTAACTATGATTGTTCAATAATGTAGT TATATATGTTGATTATCTTCTTAAATCGTAATGTTGTCATTAGCTACCAATTGTTATCAGCACCACAATCACCCCTGAAT TGTTTAGAATTTAATAAACAGAGCATACAATAAAACAGTAGGTTTGGTCAATATATATTTTGTTAATGATAGCTCAGTTT AGAACAATTAATTTGAAAATAAGCAGGTGTACGCCAAATAATGCTGTCAAAGCTACGTGTGTTGTTAGTTGTTGTATTTT TTAGGTAAATGAAGCAGATATCCGAATTATAAGGCAAATCTGACACGCATATAATTTATTAATTGAAGGTTCGGTAAAGC ATTTATATTTTATATAGTTGATGAAATTAAATTGTACTTAAAAGTTACTTTTGGGTTGAGTATATTATGTTTAATAGGAT TCATATACTTGTGAAGGGCTTACAATTTACTGTGATCAAAATTGTGTGAAAGGTGTCGTATATAAAATACCTTAACCCAC TTTCACAATATATTTTTTTATAGGCACTTTAACAATATATTGATTGAATATTGATGCTCGAAAAGAAAATACATAAAACA TGTGTCTTCTCTAGTGAAGTACAATAATTCTTTAGATGAGAGGGTGAGTAGCACAACTTTGAATTGTTGTGCATCCCGCA AGAAGCCGATTTAAAATGCGTTTGATAAATAGTTTAATTAAATTCTTATGATTAAGTGCTCGTTCACATAGCAAACTTTT TGTACTTCTCTACCTAGCAGTAGGCTCACAGATCTTATTTACATGCATGCTAAATATCATGATGTTAATGGAGGGAGTAT 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CGTTAATGCAAAGGCTAGAGACTCATGCTACCTGAGACAGCATGGTAGTTATTCAAAAGGTTTCATGAAGAAAGGAGCAG CTATGGAGCAAGACAAACAGTTTTGGTCACTAAATTGAAGAAAGAAATATCTTGAACCTGTAGGAAAGGATCTACTCACT TCTTTTTTTTTTTTGGGTAAAGTAAGTCATCAAAGCCATTGATTGAGTTGTTTTATTGACCTTTCAAAATAGGTAATCAC TATGAATGGTTGTGATGACTTACTTTACCTTCCAAAGGGACTCTCAGTTTAGAGCTAAATCCTTCTCATTTTATGTAATT GTTTCAGCAATTGTAGTATGTTCAAAGTCCGCAATGATTTGTACAAGTATATGGTTTAATTATTAGAAGAAATGGTTTTA AAACATACGATACAGCTCCACTTTTACACTTTATATAATTGTTTTTGAAACTGCACAAACAGGGTAAGATTTCAGAGAAA TTAACAAAGATTGCACAAACATAGTCATCAATGCTTGCAATCAAAGTTATCAAAGACAAGCGAAGGTGCACAACACATGC CCCTATCATGCACTATATATACTCCATGCTTAAAAAAGTTTCAGACTCAAAAAATTGATTAACTCACACCGAAAAGAAGA CTCCCCCATGAAGCAAGACTTTACTTTACTGACTTCATTTATTAACATCAAGTGGGAATTAAATGAGCAGACTCAAGTGG GAGTTAAAAGAGCAGACTCAAGTCTGAATTCCAATAATGAACACAATATTCCCAAAGTATTGACTGGCTTCTCAAGTCAA TTTGACAAGCTTCCACATTTTCCTTCTGCAGTTGCTTAAAGCATAAGTCTTATACTTCAATGCTGTTTCATCCCAAATCT GATTTTACTTTATAGTAACTATCATGTCTGCTATAGAAAGACCAAATACTCATAATAAATTTGTTTACCTATCTGGACTG TAGCAATATCTCCATACCTTACTGGGAAAAAATAAGGTCTTATTTCTAAATTGTCAATTACATCGGAAAAAGTTGTGTTC ACACTTCCTTTTAAGTGAAAATGGGGTGGAGAGAAGAGAGATATAGGAAGAAAAGAGATAAAGTAAGAGATGAGATGAGT GATATGATTTGATGAGAAGAGAGAGATAGAAAGTGAATGTGGAAATGAAGTGTAAAATGATAGGAGTGTGAATGAATGAT AGCTCAATTACTATCAGTGCTAATGTTACAAGAAAGAATATGTAAAAGTCATCCCAATAGCCGCACTTTTATTTACCATT ATCTACCAAATCAATTAACATGTTAAATTTTATTATCTATAAGAAGTAACTTTTTACAAATTCTAATTACAAAAGCAAAA TTGCTGCCAATGAACAGCTAATGAAAAGAATCAAGAAACTTGGTCACAAGAATGTGAGGGTTTGAACCTGATGCTGTAAA ATACCAGAACCAAAGTCAGCAATGCGCCTTAGCCACATCTGCAACCAACAAATTCAAGCAGGGCTTCCCTTGGCTTTGCT TGACTAGGATCTTTTGGTTCAAATTAAATCTTCCACGTTTGGAAATCCTTCTACGATTCTTAAGTCAAAATCAATTATGG GGAGAAGCTTCTACAAGTAGTTTTTGGATGTCAGCATTGATTCTGAGAAAAAATAAGCTAATCCAAACATATTAAGTACA GTGGCCCTTCACGACGTATTCAAACTAGCCTGACTGAAGAAGTCTGTGCTGTAATTTTGGCTGCCAAATGCCATCCTCCT AAACAGTCTTATTTCTTCAGATTGCTGTGCAGAGTCAAACGCCTGGCTTTCCCCGAGTCGCATTCCGTTCGTTATATCTG AAGTTGCTAAACTATCAAAAGCTCTAACAACCTATGAAACATAATTGTTTTTCAAGAAAAACAATGTTAGTATAGTGTGC ATGTTTACTACTTGATAATCCAAGAGAACTCTGTTGCTGCTTTTTTCATTTGTTTACCTGTCCCATGCGAGGTCTCTTTG AAGCCGAATGCCGCACACACGCAGCAGCAACTTCAATCATGCAAAACATTTCACTTTCAACGTAGTTATTTCCTAGCCTT GAATCTACCAAACTCTGAAACTCTTCACTTTCGATTGCGTGACTCAGCAAAGGTCGAGCCTGAGAAAAAAGGTAGCATCG TTAGTGACCAAAGGGTGATGAGCTGAGAACAGTCAAGTAAGTGAAGGCATAGAACACAGATAATAAGAACATGATAACAC TCCACATGTCTGTAAAAATAAATTCATTATTTATCATAAAAATGGCAGAATATTGGAGATTGAAAATCAAGGACTAACTT ATGCCTCATATCCTTAAATTAGGGGCTCTATAACATGGACATTGAAACACACAAGATAATAATATAGAACCTGGGTTTAC TTCCTCTGGTCCTTTTAGAGTTTCTTAACCTTCACAGGTCAGTGATTCAATTCTCAAAAAAGGGCTTACATACAATACCT AAATAATTAGACCCTAGTCTGTAACTAATCTGATGCAAAAACTTGTTTTTACTAAGATTTATGTGTTGAAGAGTGAAGAC ACTGCAGATTTCACATTCAACAGTAGATGCAACAAACATGGATGCACTTTGCAAGCTGGATGGCAACTATGGTCACAGTG GAAGGCTCAAAAAATAGTAAGCATTTTGTCATCGTTTTCACACACGAGTTACCATGAGAAATATGTAATTCCCAAAGAAA AGAAAAGCATAATCATGAAATAATTTTGATCCCAATGAGTAGTTTAAACTAAGAGCTTCTCAGAAACAAGATAAGCAAGA AGATAGCCGCTGCAGCAAACGAGTGAAACACATACCCATTCAACTAGACTCTCATCTCCCAAGGGTTGGGATGAATCTAC TGCCTTACGTCCGGAAATTAGCTCCAAAAGCACAACTCCATAAGCATATACATCAGACTTCTCAGTCAATTTTCCACTTG AAGCATATTCAGGTGCAACATACCTTTTAAGGGAGAAAAAGGCAATCAATGTTCAAGCAGATTGTGTTCTAAAAGTTTGT TAGTCTAAGTGAAATAGTAAAAAAAACGACAAGAGAAGTTAGTAGAAATATTAATGAATACCCACCCAAAAGTTCCCATG ACACGCGTCGTTATATGTGTATATGCATCAAGAGCTAATTTGGCTAGCCCGAAATCTGAGACCTGTAACATAAAAAATAT GAGCACTAAGATTTGGATATATATATATATATATATATATAGCACAAACAATATTGAACTTTGAATTTGTAGAATGGTAG ATACTTTGGCTTCATAGTTGTTATCCAAAAGAATGTTTGATGACTTGATATCTCTGTGAATAATCCGAGGATTGCCTGAA AAGTTTGTAACATTCAACATCAATAACAATACTAACCACTTGGCACTATCCAACTAGGAGTCAGTTTGGATACGGACCAA AGAACACTTATTAGAATTTTTCTACTAAAAAATACACTAGATTAGCTCTAATAAGAGCTCTTCGGTCGCATCCAAACAGG CTTTAGGTAGAATAAGCTACCTGCATCACTTGATGCCATTGTGTTGCAACATTGGTCCATATATATTGGTTGTGGATAAC CTAACACAACCTCTCTATTTTTTCTCTAGTTCATGATAGATTAGATTTTTGGTGTTTGTAACTGAAAACTCGACATCCAA TTATGTGGTTTTCACCCCTCTTTTGTCCATAAACGCTAACTAGATGTTTAGCCCAATCAGGTCAACGTTCTCCATATAGT TCAATTGACATATGCATTAAAATTATGAGACTTTCCTTTGTTTAGTCATGCATGTGAGGTAAACATACCTTCGATTATAA ATATCAAATGATTTCTAGGATCATCTAATCAAGAGGGTAAGCTCAAGTGGTAAGAACTAGGGGACATAAGGGTTGGGTGG GATGAACGGTGAAGGGTTTGAACCCTGAGGAGGGACTAATTTACTAACATTACTAACAACTAACATTTGCGAGGAAAAAT ATAAGCATAAAGTCCAAACTCCTAGCCACTAACCATATCTACAGTCTACACTACTCAAAATCTAAGTCAAGCAATTGAGT TCCAAATAAGTAAAAAGAAAGGACTATAATGTTTTTCTAGCACCCATCATCAATTCACATTCATGCCTTCTGATTTGGTT TTTAGCTAATTCAAAAAATTCAAATTTCCAAAGAATAAAGTTAACTGATAGGCATTTATGTTCTTGCATGACCAAAGAAT AAAGTAATAAGGGTTCTGCAAACAAAACAAAAAAAAGTAATAAGGGTTGATAATTACAGTCTTCATGGAGATAAGCTATT CCTCGAGCTGCACCAGCGGCGATTCTAACACGTTTTTCCCAGTCTAGCACAGGCTGACCCGGCCCTGCAAATTACAATTT CAGTTACTACAATCAAAGGTAATAAAAATACCAGAAGTGAAACAATCTTTTGCCACTCAGAAGTAGTTTTACCATGTAGA TGAAAATAAAGGGTATCGTTAGAGACATAGTCATAGACAAGTAGTTTTCTGGTATCTTGAATGCAGAATCCCACCAGAGA AACCAAATGGCGATGATGTATGCGACTAATAATTTCAACCTCAGCTTTGAATTCTTTCTCTCCCTGACCTCCACCAATTT TCAGCTGTTTGACTGCTATCTCTCTCCCATCAGGTAGGGATCCTTTATATACAGAACCAAATCCGCCCTCGCCCAAAAGA TTTTGAGCTGAGAAACCATTTGTGGCCTTGACCAGTTCTTCATATGAAAACCATGATCTTGAGTTGCCAAGTCCACCAGG GTCAGATGGTGAATGCAAAACATCACTGCCAGATCCACTTCTTATAGGAGCTGAGGATGGTGTCTTGAAAAAGGATGAAT CTGGACAAAGTTACAAACAAAGGTTAATTGATTTAATGGCAAGAAATTGGCAAAGATTTAACTTTTTTTTATGTAGTCTG GAAGCATGGGAATGAGAAATTAAGCAAGTCATGAAATCTGCTTCAACAAAAATAAGGACCCCCTTTGACTACCAATCAAA AAGTAACCTAAACACACTTAATGAAAAATGAACCTCTACCAGTGCACCAATTATAATGAGAACAAAACTACCAAATAAAA GAGGACCAAACAAGGGAAGGAGAGTGATACATTAAGGACAATCCATGAAAGAAACAACAACAATGTCAGCGTTAAGTGTT AACCATTTTACCTGATCCAGTTGAGGAAGGTTGAGTGAATGGCATGACATAACCATTATTATCAGGCTCCTTCTTCTTTT GCCTCCTGAAGCACCATATAGCAACTCCAATCAAGATAAACCCCAAAATTCCACCCAGCACAACAAGAGCCACTACAGCA CCAGTACCAATTCCACCACTGTCTCCATCCTCAGGGCTTGAGTTTTCTGACCGGTTCTGCGATGGCGGCGGTGGTGAAAG CAGGAAGCGCGATGGAGGAGGCGCCAATTGAACAATTGGAGGTGATCTTGGTGTAGAATTTGAAGGTGGAACCGGTTGAG AACTTGGTGTGACAGGTGGAGGACTAATTCTAGGATCAGGAGGGGATGCTGCTGGTGGTGGTGAGGATGATGATGATGGT GGCGGTGATGACCTGGGCGGCGGCACAGCCACCCGCGGTGCCGGTGCTTGTGGTGGAGTTGCGTTTCTTGGGGGTGGTGC AGACGGTGGCGGCGGCGGTGGAGGTGAACCTCTAGGTGGTGGCACAGAAGCCGGAGGAGGGGGTGATTTCTCTGGCGGAT TAGACGGAGGTGGAGCTAATACTGGCGGCGGAGAGCTTCTTGGAGGAACCTGTGATTGCGGTGGAGGTGATGGACGTCCC GTAGAAGGTGGTGGCGGTGGCGGTTGTTGCGCCGGAGGAGGGTTTGATGGTGTTGCTGGAGGGGAAGCTACTGGAGGCGA CAATGGAGGTGAAGCCGGAGGAGGCGATGGAACTGCGGGAGGAGGAGCTGATGGGGTTGCCGGAGGAGGAGCTGATGGGG TTGCCGGAGGTGGAGCTGGTAGGGTTGTTGCCGGAGGAGGAGCTGACACATTAGCCGGAGGTGGAGCTGATGAGGTGACC GGAGGTGAAGAAAGTTGTTGCGGTGGCAGAGTGGCGGCAGGGGACAGTGTCCGTGACGGTGGCGCGGCGGTGGAAGACGC CGGAGACGGCGACGCCGCGGACATTTTCAAACTTCCGTTACAGCAAACTTCATGAATGTCCCAAGTGTCAGAACCAAACA AAAATCTGGTTACCCAGATCGCAAAAAGCAATTCTGAGCAATACCCAGATCACCAAATCCAAGATAAACAAATAGAATCA CCACAGAGTCATAAATTTGTGGATCAACAAGAACAACATACAAGAGAAAATCCCAATTTTCTCGAGTTTCAGAATCGTCG GTAAAAGTATGTGACAGCAGTGCCTAGATTATTGACCACTTACCATTGTTGTCGACATGAATTAGAGCCAGGAAGCAGAA GCAGAAGAGGATTCAATCGTAAAATTCTGAATTGTTGAGGAATGAATGAGTGTCTGTCTGTCTTGTGTGCATAGGCTTGT TGTTCACATTCACAGTGGAGTCAGGACACGGTTACGCGGATTGTGGGGTCCAATTCCAAAAACTATGCGACTCCGAACAA TGCTACCTCAGGTTTGAATAGTGGACATTGGAC
CDS sequence (LotjaGi2g1v0284800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTCCGCCATGTCAGCAACGAGCCAATTATCATAAGATACATCTCATATATATTACCGAAATAATTTTTATCAAATT AACAAAATTCATTGAACAATACAACCGAATGCAGAACCACCTCTTCTCGTTCACCGGCCGTCGTGTACCACTCTCTCTCC GCCGCTTCCTCAGCCAATCCACCGGCAACGACCTCTACGACCCGCCGTTTACCCCATCACCAAAACCGCACAAAGCAAAC AATGAAAAGAAGCAGAAGAACAACAACAAAAACAACAGCAACTTCAACAATGGAGCTCCGAATATCAAACCTGACCCGAA TCTTCCATTGAAATCGGACCTTCCATTCGACTTCAGGTACTCTTACTCAGAGACAGACCCCAATGCGACACCCATCAGCT TCCGCGAATCGCCCAAGTTCTCGCCGTTCGGACCGGGACGGCTTGACCGGAAATGGACCGGGACTTCGGCTCCGGTTGGT AAGGAAGTGGACCGGGTTAGGTTGGAAGAGGAGCGGAGCCGGGTGCTCGGAGCACCGCTTGAGGAGGAGGAGGTGGCGGA GCTTGTTGAACGCTACCGTCATAGTGACTGTGCTAGGCAAATTAATTTGGGGAAGGGGGGAGTAACTCACAACATGTTGC ATGACATCCATAACCATTGGAAGAAGGCTGAGGCTGTGAGGATTAAGTGCTTGGGTGTGCCAACTCTTGACATGGACAAT GTTTGCTTCCACCTTGAGGACAAATCTGGCGGGAAAATTATCTACCGCAACATTAATATACTGCTCATTTACAGGGGACG GAATTATGATCCCAAGAACCGTCCAGTTATTCCTGTTATGCTGTGGAAGCCTTATGCACCGATATACCCTAAGCTTGTGA AGAATGTAATTGAAGGCTTGACGCACGAGGAAACAAAAGAATTGAGAAATAAGGGATTGAATGCAGATCCTCTGATGAAA CTCACTAGAAATGGTGTTTATGTGAATGTGGTGGAGAGGGTGAGGGAAGCTTTCAATACTGAGGAGGTTGTGAGACTGGA CTGCACTCATGTGGGTATGAGCGACTGCAAAATGATCGGAGTGAAGCTAAGGGATTTAGTACCATGTGTCCCTATCTTGT TCAAGGATGAGCAGATAATCATCTGGAGAGGAAATTTAAGTCAAGAACAACCTTCAGATGCATAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0284800.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSPPCQQRANYHKIHLIYITEIIFIKLTKFIEQYNRMQNHLFSFTGRRVPLSLRRFLSQSTGNDLYDPPFTPSPKPHKAN NEKKQKNNNKNNSNFNNGAPNIKPDPNLPLKSDLPFDFRYSYSETDPNATPISFRESPKFSPFGPGRLDRKWTGTSAPVG KEVDRVRLEEERSRVLGAPLEEEEVAELVERYRHSDCARQINLGKGGVTHNMLHDIHNHWKKAEAVRIKCLGVPTLDMDN VCFHLEDKSGGKIIYRNINILLIYRGRNYDPKNRPVIPVMLWKPYAPIYPKLVKNVIEGLTHEETKELRNKGLNADPLMK LTRNGVYVNVVERVREAFNTEEVVRLDCTHVGMSDCKMIGVKLRDLVPCVPILFKDEQIIIWRGNLSQEQPSDA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 47 | 393 | 347 | 2.5E-186 | – | |
| PANTHER | 47 | 393 | 347 | 2.5E-186 | – | |
| MobiDBLite | 63 | 109 | 47 | - | – | |
| MobiDBLite | 86 | 101 | 16 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 178 | 276 | 99 | 17.924 | ||
| SUPERFAMILY | 180 | 274 | 95 | 2.22E-20 | ||
| SMART | 180 | 265 | 86 | 5.0E-18 | ||
| Gene3D | 180 | 279 | 100 | 4.0E-6 | ||
| Pfam | 181 | 265 | 85 | 4.3E-18 | ||
| ProSiteProfiles | 298 | 394 | 97 | 16.075 | ||
| SMART | 300 | 383 | 84 | 5.1E-12 | ||
| Gene3D | 300 | 393 | 94 | 4.1E-5 | ||
| Pfam | 300 | 383 | 84 | 1.4E-12 | ||
| SUPERFAMILY | 300 | 385 | 86 | 4.97E-19 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0284800.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…