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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0374700 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0374700.1 |
| Related isoforms 10 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Scarecrow transcription factor family protein; TAIR: AT1G07530.1 SCARECROW-like 14; Swiss-Prot: sp|Q9XE58|SCL14_ARATH Scarecrow-like protein 14; TrEMBL-Plants: tr|G7JUT6|G7JUT6_MEDTR GRAS family transcription factor; Found in the gene: LotjaGi2g1v0374700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:87165644..87186426) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATCAAATTAAATTTGAATTTGAAATGAATAATAAAAAGATAAAAGTAACAATCATTGTATGTGAGACATTTATTCAAATA ATATATATTTTATTAAATTAAAAATATTGGCTCGGATGGTTTTTAATCATTCCCGCTCGTTATTAATTTACCAATTTTTT TCCAAATAAACCGGCCACTTGATTTGTTCAATCGGTTTGATCCGATTAAAACAATGAGGTTCAATAATAGTCCGAATCTA AAATCTATGGACCTCACCAGATTGGAATCTTATGTTTTCGAACTATGTTTATTTTTTGTTTCAGTAATAAAATGTTGACA TACCAATTAAAAACTAGCATGTAAGTTTATAATTGCTCAACTCAATTTTTTTTTAATTGACATGTCAATATTTCATTGAT ATGATGGTACTATAAAAAACTGAAATACCATTGGTTACACAGGAAAACTAAACTAACACATTCTGGCACAGCAGCGACAC AACATTGGAGGATGGGTCCTTCCGAATCTGCCTTCTACATCCAACCCGGGTTGCATATCTTACTAATGCATCCGCCACCC TATTCCGTTCTCGCTGAATATGACTAACTTTGATCTCCCACCTCCGACAAAGCAACTCCCTTATCTACTGAATTGTTGTA TGATGCCAATATCAAGTGATATCAAAATTGGCAGTGACCACATCAACCAACTCAGAACAGTCAGAATACCAATGAACCTT TCTAAATCCCAGCTCCCACACCATCAACTGAAATACCATTTAGAGACAAGTATTACACCAACATTTATTTATGTTTTTAT GGGTATAACATTTGTTTATGTTTTAATGTCCAGGATGAGTTTATATTTTGCATTGAATGCTTATCTTTTGGAAGTTTCCT ATACTCTCATATGAGTGTTTGAGTAAAAAAATTATATAAAAATTAAGAATTTTTTAAACACTTTTTCAAAACCACATGTA 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ATCCATTTTGTTATAAATTTATCCGATATAAATCACGTTAATTTAACTTACATTTAAAATACTCAAACATATTAGAATCA ATTCTGCAAACGTTATGTTAAAAATATGAAAACTATTTTTCATATTAAAAATTGTAGGATTGAAAAAAGATATATGACGA TGATGAGACAAACGGAACACATAATTTATAACACACAATATTTTTGGCTTTGTTCATAGTCATTGTTACAAACACTGAAC ATAACACAAGTCAAGCTTGTTGAAGCTTGCTTAATTTCTCTACTCACAGTCTCTGGTGCTTTCGTTTGCACCTTTAACGT GCTCAGATACATGGACCTGGTCACCTGGCACACACACACACACACACACACACAAAACTCTACATTTTTCTCTTACTCCT AATTTTCCTCACACACTCTGTTTTTCTTTCTTTCAAGTATGGCCGTTTCAATCCCAGATCTGAACGGCGGAAGTGAGCGG TGGTGAGTGTTTTGGAATTGTCAAATGGGTATTTTCGGTTTTTCATTAAAAAAATTAGGGTGAACCGCCCACCATAGAAG ATGACCTTTGTTACTTCATTGGTTGCCGTGAAACTGAAAACCCTGCAACCCTATGACTATGACTAAGATTAAGATTATGA AGCTCCTAAGTCATCATCATCGTGTTTCATTCAAAACCTTCCGCCACGTGCTCCGATACGGCAACGTCAACACTTACAGC GTCATGATCCCATCGCCGGAGAAGAAGGTGGGGCAACCGAAACCAACCACTGAGAACCAAAATTCAGTTTCGTTGAATGC GGCTGTTCAGGACTTGTGCCGGAAAAGTAGGATGTCAGAGGCTATGGTGATGTTTGAGAAGATCAATCGGACGGGTTTGG CCCCAGATAAGAGGACTTACATGGCTCTGTTTCACATGTTCTGCCGCCAGTTTCTCTATGAACAGGCTTATAAGCTTTTG ACTGAAATGGTTGTTAGGGGGTTTTCACCCTCGGTTTCTTCATTCAACAAGCTTATTCGTAGGTATTGCTCTGAGGGGAC ACTTGAGGAGCTTGAGGAGGCTCTGTGGATTCTGAGGGGCATGCCTGAGATGGGCTTGTCCCCTGATGCTGTTAGTTATG CCACTGTTATATCCGGGTTTTGCCGAATCAGGAAGCCCATGAAGGCGTATGAATTGAAGCTGGAAATGGTTGACAAGGGC ATCTTGCCTAAATTTGGCACATATTCGCAGCTTATAGACTACATGTACCAACATGGGAGACTGTCCGAAGCTTTTGATCT CTTCCGAGAGATGCTGCGCGCGGGTGTCTGGCGACACTCGCCAGATAAGTATTATTATTTAACTGGAAATTATTCTAAGT TGATGCATGCTTATTGTGATAAAGGTGAAATCAGTAAGGCTTTTCTTGTGCATGATGAAATGATACACAATGGTATTTTC CCTGATGCTCACAAGTATTCGAAGCTTATACAGAAGCTGTGCCTGTATCGGAGACTGTCGGAAGCTCTTTATTTCTTCCG AGAGATGCTGCGCGAGGGTGTATGGCCACGCCATCAAGATAATAAGTATAAATATGTAACTGAAAGTTATTTTAGTTTGA GGAATGCTTATTGTGCTGAAGGTGAATTCAGTAAGGCTTTTCATTTGCATGATGAAATGATACACATTGGTATTTTGTGT GATTTTATTACTGGGTTTTCACCGTCTCTTGTTACATACAACGCGCTTATTCATGGTTATTGTTTTTTTGGGAGGTTTGA AGAGGCTCTGGGAATTTTGAGGGGCATGGCTGACATGGATTTGTCCCCTGATGTTGTAAGTTATGGCGCTATTATATCCG GGTTTTGCCGAAACCGGGAGCTGGGGAGGGCGTTTGAATTGAAGCTGGAGATGAAAGAGAAGGATATCTACGGGATGGAT AGAGCCGTATATTCATCACTTATGCAAGGCTTGTCGGATGAGGTTACTTATACAAGTTTGATAAATGCTTATTGTGCAAA AGGTGAAGTGGACAAGGCTCGTACATTGTTGCTGGAAATGAAAGTCAATGGTTATTTGTCAGATTCTGATAGTGAACTGG AGTAATAATCAATTTAAAAGTGTGTTAGGGCTTGTCAAAGGTTTCCTCATGAGGGATTTAGTGAATGAAGCAGCCCGAGC TCATAACACAATGCTTGAGCAGTTTATAATTTATTAATATTTGATCATTGTAGATCTCTTAATGATCTTAAGGCGTATAA TATGCACACCGAGATGGTGGATTATGGTTTTATTCCTCATATGTTCTTTGTACTTGCTTTTCTTAATGCTCTATATGATG ATGGAAGGTACAATGAGATGAGGTGGGTAATTCAAAACACATCTCATTGATTCTGAGCTAGTTAATGTAGTTAATGAAAT TGACGTCAGAAATGTGAAATTGATGCTCTTCGAATGTGCTAGCTGAAATAGCCATGAATAGCCTGTTACTTGATGTTGGA AAGTGTTCATATGCTTTAGCAAGTACCTAATATCTTTGGTTTTGCTTGAATTTTGTTACCATG
CDS sequence (LotjaGi2g1v0374700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATCCAACCTTTTCTGGGGCCAGCGATTTCACAAACGGATACCAGTTTAGTGAAGAAGGGAGCATATTTGTCTCGGA TCCAAATCCATATGCAGCATACTGGAATATGTTTCATCAACATGTTGGTGTTGACCCTCTTGGTTTTGCAGCAAATACAA GCTCTGTAGAAGGTTCCGTGACATCCATGTCCATGAACTCGGAGACAGATTCTTCTCTGGAAGACACTGACGTCTCAGAA ACCACCAAGTTCATAAGCCAAATCCTGATGGAAGAGAACCTTGAACAGGGTCCATTTTATGACTCCCTGAGCCTGCAACT CACAGAGAAATCATTCCATGATGCTCTCATAGACAATAACTCATCTCTTCCACCAAATCAACAACACTTAAATGTTCAAA GCCCTTACGGTGAAACAACTAGCAGTGACAGTGACAACATCAGCAATTTACACTACAATTCTTGTGAGTTGAATCCCCCT CCTCTGGATACCCATGTGGCTGTTATAGGTGATCACGCTTTTCAGCTTAGCTCTCATGGACTGCTAGACTTGGATTCTTC TGTTACCAAACCATTGGCACAAAATATTTTCAGTGATGCAGATTCTGTCTCCCAATTTAGGAGAGGATTAGAGGAAGCTA CCAAGTTTCTTCTACCTGCAGAACCTCAGGTTGTGACTGGAGTAGAGGCCTGTGTAGAATCATCGAATATAGTTGCAGAG AATTCTTTTGGGTTAAAGGGTAGTAGAAAGAATCATGAGCGTGGAGAAAGTGATTTTAATGAAGAAGGGAGAAGTACCAA GCAATCAGCAGTTGGTGTTGTTGATGAGGTGGATGACTTATCTGATATGTTTGATCAAGTGCTGGTTAATATGGAACAAT TGCCACTTGGTAATGAACATGATTCCCTAGAGAGTGGTGCAGCGAAAGAGAAGCAGCAAGGTGAAAAGACACCATCATCT GATGAAGGGAAGGCTCATCCAAAGAAACAAGGCAGGAAGAAGGAAACGGTGGATTTGAGGGCTCTTCTGCTTCTTTGTGC ACAAGCTATTCATGCCAGTGATAACAGGGGTGCTAATGAACTTCTAAAGCAGATAAGGCAGCATTCTTCTCCCTTCGGTG ATGGGTCACAAAGATTGGCTCATTACTTTGCCAATGGCCTTGAAGCACGCTTGGTTGGGGATGGTTCAGGTGCACAATTA TTTAATTCTACTCCTGCCCACAAGACAACCTCTGCTGATGATTTCTACAAAGGTTACCAAATTTATCTATCTCCTAACCC GAACAAAAAGTTTGCACATTTCTATGTTAACAAAATGATTCAGAAAGCATCGGCAAAAGCTGAATCTCTTCATATTATTG ATTTTGGTATCTTATATGGCTTCCAGTGGCCATTACTCATCAAGTTTTTATCTGAAAGAGATGGTGGACCTCCCAAGCTG AGGATCACAGGGATAGAGTTCCCTTTACCTGGCTTTCGCCCCACACAAAGGATTGAGGAGACTGGTCGTCGTTTGGCTAA CTATTGCAAGCGGTTCAATGTTCCCTTTGAGTACATTGCCATAGCATCACGGAACTGGGAAACCATTCGAGTTGAAGACC TTAAAATTAAGAGCAACGAGTTTGTTGCTGTAAACTGCATGATGAGGTTCAAGAATTTGCTGGATGAGACTAGTGAAATG AACAGTCCCAGAGATGATGTACTGCTTTTGATCAGGAAGATAAATCCAGATATTTTTGCTCATTCCATCATTAATGGATC TTTCGGTACCCCTTTCTTTGCCACACGGTTTAGGGAGGCCTTGTTCTATTTTTCTGCTGCTTTCGACATGCTTGACACTG TCATATCCCGGGAAAACCAATGGAGGATGATGAATGAGAGGGAGATCATTGGTCGGAGCTCCATGAATGTGATAGCATGT GAAGGTTTTGAAAGGGTTGAGAGGCCTGAGACATACAAACAGTGGCAGATTAGGAACACAAGGGCTGGTTTCAAGCAGCT TCCTCTGAATCAGAAATTGATGGCCAAGTTTAGGAGCAAGTTAAAGAAATGGCAACCCGATAATTTTGTGATAGATGAAG ACAGCAACTGGATGCTTCAGAGTTGGAAAGGACGCATTTTATCTTGTTCTACCATCTGGGTGCCTGCAAAATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0374700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDPTFSGASDFTNGYQFSEEGSIFVSDPNPYAAYWNMFHQHVGVDPLGFAANTSSVEGSVTSMSMNSETDSSLEDTDVSE TTKFISQILMEENLEQGPFYDSLSLQLTEKSFHDALIDNNSSLPPNQQHLNVQSPYGETTSSDSDNISNLHYNSCELNPP PLDTHVAVIGDHAFQLSSHGLLDLDSSVTKPLAQNIFSDADSVSQFRRGLEEATKFLLPAEPQVVTGVEACVESSNIVAE NSFGLKGSRKNHERGESDFNEEGRSTKQSAVGVVDEVDDLSDMFDQVLVNMEQLPLGNEHDSLESGAAKEKQQGEKTPSS DEGKAHPKKQGRKKETVDLRALLLLCAQAIHASDNRGANELLKQIRQHSSPFGDGSQRLAHYFANGLEARLVGDGSGAQL FNSTPAHKTTSADDFYKGYQIYLSPNPNKKFAHFYVNKMIQKASAKAESLHIIDFGILYGFQWPLLIKFLSERDGGPPKL RITGIEFPLPGFRPTQRIEETGRRLANYCKRFNVPFEYIAIASRNWETIRVEDLKIKSNEFVAVNCMMRFKNLLDETSEM NSPRDDVLLLIRKINPDIFAHSIINGSFGTPFFATRFREALFYFSAAFDMLDTVISRENQWRMMNEREIIGRSSMNVIAC EGFERVERPETYKQWQIRNTRAGFKQLPLNQKLMAKFRSKLKKWQPDNFVIDEDSNWMLQSWKGRILSCSTIWVPAK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 72 | 716 | 645 | 1.5E-292 | – | |
| PANTHER | 72 | 716 | 645 | 1.5E-292 | – | |
| MobiDBLite | 246 | 263 | 18 | - | – | |
| MobiDBLite | 246 | 271 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 298 | 333 | 36 | - | – | |
| MobiDBLite | 303 | 333 | 31 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 330 | 714 | 385 | 85.158 | ||
| Pfam | 339 | 713 | 375 | 4.3E-106 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0374700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…