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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0375200 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0375200.2 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Scarecrow transcription factor family protein; TAIR: AT1G07530.1 SCARECROW-like 14; Swiss-Prot: sp|Q9XE58|SCL14_ARATH Scarecrow-like protein 14; TrEMBL-Plants: tr|G7JUT6|G7JUT6_MEDTR GRAS family transcription factor; Found in the gene: LotjaGi2g1v0375200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:87243409..87265686) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TTATTTTGCAAAATATGAATTAATGTTAATTTCCGATGTACCATAAAAAAAAATTGCAAAATGTTCCTCATCATCTCCCT CCCACAATTGCTAATACTTAAAACCCTATCCATTGAATTCTAAACAAAACCCCAATTTTGTAAGACGGAAAGCGGGTAGA GATGGAGGAGTGTCTTCACCGGAGAAGTGAGAATCTTCAATCGGAACCCTAGCTTCTGCAATCGCTTTCGATCTTGCAGC TGTTCAACGCCGGCCATGTGCTTGCTGTTGCTTGTGTTTTGGAAGCGAAGCGCCACTAAGCTGCACTACGGCGTCATTGT GCTTCTGCACCAATTCCATGAATTGCTAGTGTGAGTATTCATCATCCATGGAGAATTAGTAATTCATTTTAAAATTACTG CATCATCTTTGAATTATCTTCTCATCTTGCAACAATTTGAATTCGTATCATCTCAATTTATAAACACTGGTTGCCGCTAC TACTGTTTGGTTTAGAATTTAGATGGAAGGTAATTGCAGAACCAGAAACCATTTAAGTACCAAAATAAGCTTCCTCATTG CTAGATATAAGCATAAATATCTCAAGTAACCAAGTATTGGTAGGAATATGAGTATGACTCAAAAAACATTAACAGGAGAA GAAAAGAAGGAAATGCCAAAATGGACAGATTCTTATATAATTATTTGTACCTTACATTCAAGTGTGTGATAACTTCATTT TGCAGGCACCCAGATAGTACAACCAGACAGAATGCGTCCTTTCCAACTCTGAAGCATCCAATTGCTGTCTTCATCAATCA AAAAATTATCCGGTTGCCATTTCCTTAACTTGCTCCTAAATTTGGCCATTAATTTCTGGTTCAGAGGAAGCTGCTTGAAG CCAGCCCTTGTGTTCCTAACCTGCCATTGTTTGTATGTCTCAGGCCTCTCAACCCTCTCAAAACCTTCACATGCTATTAC 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GAACATCAATATTTTCATTCAGAGTTATTTTAATTTTCCAGAATTGGCCAGGATCCAAACACACTCCTTCTTATCTTGTC TCTTTTTAGCCAAACAGAATGCTGACACTTGGACTCTTGGCGGCTCTATGATTTTCAACGGCAAGAAAGAAAAAGACATG GTGCAGAATCTCCCAAATGCAAGTTGTTTCAATATCTATCTGCAAGTGCAAAGTATCCTTGGTTTTTTTACATTAGTATT TTTTAACGTAAAAAAACATTTTAGCATTTTTACTACAGTGTTAGTACAATTATTATCTGATTCAATCTGTCACCTTTTTC TATTTCTTCCGTCGAGCATATGATTCACTTACATTATGTACATTTTAAGCCCACTCATTAACTATACAATTTAATCAATT AGTTTTTTTTTAAATTTCCCATTCTATTTCTCTCAAACATTTCCGTTTCAAGAATAGAGGAGCCAGATATGTACCCGTAA GTCGTATCAATCCATTGATCTAATCTTTGTGTCAAAATCAGAATTCATAGCTATGGTTGGATGATTAATATGTCAGCTGC ATCATACAAGAAATACTTAAGTATGTTTAGTTTTAAGTTTTTAACCTACTTCCAACTGTACATGCATTGCTAGAGTCTAG AGACATTGTATATATGAGAGTTGGTAGTGTTAAAGCAAGTAATGCATTGCACCACATTATTATATCATATCCTCTTTTTT TTGACATAGTATTAAAAAATTGATCCCCTCCATCATCTTTGACAATTGTCCCATTTGATCCTTCTCCGAATATTCATGGT GTGATCCCCAAGTATTGTTTACAGATTATGCTCACAGTCATAGATTAGTTAGTCAAAACTCAAAACAGCTGCATCTCTGA CTATATAATAACACAGAAATCCAAACATCTCTTTCACCTTCATCTCCATCGTCCTTCAATCAAACCACTATCATAAAACC AGCAATTGTTCATGGTAATCTTTCCTTCAACCATATCAAATTATTATCGGATTAACTTCTTTTTTCTCATAATTAATTCT GTCGCATGAAGTTACTTCATGTTTTCATGTTCATGCTTTTCATTTGCTTTTTTATGTTTCTCTGAACAGAACTATTGAGT TGTGTGCTTTGTTGGTGACTGTTTCTCAAAAAGGAGAAGATGACAGATCCATGGTTTGCTGAAGAAGGAAGCATACTTGT CTCAGATCCAAATCAATATGCATCAGACTGGGATGCCTTTCAACAATATGAAAGCCTCTCAGCGAATTCAAACCCTGTAG AAGGTTCTGTTTCATCCATGTCCATGAACACGGTTACAGATCCTTCACTAGAAGACACCGATTTCTCAGAAACCGCCTTG TTCATCAGTCAAATCCTCATGGAAGAAAACGTTGAACAGAGTCCATTTTATGATTCACTCAGCTTGCAACTCACTGAGAA ATCATTCCATGATGCTCTCATAAACCCATCTCTGTCCCCCAATCAACAACACCCCTTTGATTTTCAAAACAGTGAAACCA CCACCAGCAACAGCAACAATAGCAGTAACAGTTCTCGTGAGTTGAAACCCCCTTCTCCGGATACCCCTGTTTCTGTTCTT CGTGATAATCATGATTTTCAATTCAATTCCCGTCCTTTGCATGATTTGGATTCTTCTGCTACCAATTTGTTGGCACAAGA TATCTTCAATGATGCAGATTCTGTTTCCCAATTCAAGAGAGGGTTAGAGGAAGCTAGCAAGTTTCTTCCGGTGGAGCCTC GGATCGTGACCGGTCTAGACTCGAATGGACAACCGCCAAACATGCTTAGGTTGAAGAATCGAAAGCATCATGATCGCGAA GAAGAAAGTGATTCTAAGGAAGAAGGGAGGAGAAGTAACAAGAGAGGGTTAGAGGAAGCTAGCAAGTTTCTTCCGGTGGA GCCTCGGATCGTGACCGGTCTAGACTCGAATGGACAACCGCCAAACATGCTTAGGTTGAAGAATCGAAAGCATCATGATC GCGAAGAAGAAAGTGATTCTAAGGAAGAAGGGAGGAGAAGTAACAAGCAATCAGCATTTAGTGTTGTTGATGAAGAAAAC AATCAAGACCTATCAGAAATGTTTGATAAAGTGTTGCTTAATCTGGAACATTTGCCGCTGTGTAATGAAGTCCATGGCTC GCAGAATGGAGAAGTGAAAGCGGAGAAGGAAGGTGAAAAGGATAAGTCACCTTCAGCTAATGGAGGAGGGAAGGGTCGTC CTAAGAAACAAGGAAGGAGCAAGGAAACGGTGGATTTGAGGGCTCTTCTGCTTCTATGCTCACAAGCTGTTTACTCAAAT GACAACAGGGCTGCGAATGAATTTCTAAAGCAGATTAGGGATCACTCTTCTTCCTATGGGGATGCATCACAAAGATTGGC TCATTACTTTGCCAATGGCCTTGAGGCGCGCTTGGGCGGTGATGGAACCGGCGCACAAATATTCTATTCCTCACCAAGCT CCCAGAGGATCTCTACTGCTAAGTATCTGAAAGCTTACCAAGCTCATCTAAGTACAAGCCCATTCAAAAAGTTTGCATAT TTCTTTGCAAATAAAATGATTATGAAAGAAGCTGCAAAAGCAGAATCTCTTCATATCATTGATTTTGGTATCCTATATGG TTTCCAGTGGCCAATTCTTATTAAGTTCTTATCAGAAAGAGATGGTGGACCTCCCAAATTGAAGATCACAGGGATAGAGT TCCCTTTACCCGGATTTCGGCCCACGGAAAGAATTGATGAGACCGGTCATCGTCTCACCAACTATTGCAAGCGTTTCAAT GTTCCCTTTGAGTACAATGCCATTGCATCAAAGAACTGGGAAACAATTGAAGTTAAAGACCTTAGAATTCAGACTAATGA GTTTGTTGCTGTGAATTGTATGATGAGGTTCAAGAATTTGCTGGATGAGACTATTGAAGAGAACAACAGTCCTAGAGATG CTGTTCTGCAATTAATTAGGAAGATCAATCCGAATATTTTTACTCAATCAATCTCTAATGGATCTTTCAATGCCCCTTTC TTTGTCACGCGGTTTAGGGAGGCTTTATTCCATTTTTCTGCTACTTTTGACATGTTTGACACTGTCATATCTAGGGATAA CCAATGGAGGAGGTTGATTGAGAGAGAGAGTGTGGGGCGGGAGGCTATGAATGTGATAGCATGTGAAGGTTTGGAGAGGG TTGAGAGGCCTGAGACATATAAAAGGTGGCAGGTTAGGAATACAAGGGCTGGTTTCAAGCAGCTACCCCTAAATGAGGGA CTAATGGACAAATTTAGGATCAAGTTAAAGAAATGGTACCATAAGGACTTTGTCTTTGATGAAGACAACAACTGGATGCT TCAAGGTTGGAAAGGCCGCATTATGTATGCTTCCACTTGTTGGGTACCGGCTTGATGAACTCATACTAGGTATGTATGAT TCTGTGCATGTTTGGAAAACACTTCTAGAGCTATTGAATTTCAAAATTGATTCTGATGAAATAAAAGTTTGATCCAAACA TATTGTCTATCCAATTTTTTACGTCCTTCTTTTCCCATGTTAATGTTTTGAGCTATAGTCCTACTAATGTTTTGTGGTTA CTTAAGAATTGAGACATTTCATCATGTATGTTGCATTGTTGAAGGCATGAAGCTTATTTTGATCTTTAAATGGTTTCAGG TTCTGGTACTCCTTGTTACTTGATCATCAGGTGCTGTGATGAATATTCTTCAAAAGTCTTCCACCAAGTTACTCTAGAAA ATTATGTCAGAACAACTTCTCTTGTAGAATTGAGACTTGTGAGTGTAATGCTAATTCAGTAATGATAAGGAGTGTGTATT AGTGTAGGAAGGCCCTTATAGTGTTTGGCATTTTACTTCTTACCAATAAATTGATCATAGGTTTTTGCAGGATACTTGTC TCTTGAGACATATTAGCTACTGAGTTGACAATATGTTACTAATTTGAGATGGATGAATTTGTTTAGTTATTTTTCAAGAC TATCAATGGATTGATTATTGGCCTTTGATACAAATAGA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0375200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGACAGATCCATGGTTTGCTGAAGAAGGAAGCATACTTGTCTCAGATCCAAATCAATATGCATCAGACTGGGATGCCTT TCAACAATATGAAAGCCTCTCAGCGAATTCAAACCCTGTAGAAGGTTCTGTTTCATCCATGTCCATGAACACGGTTACAG ATCCTTCACTAGAAGACACCGATTTCTCAGAAACCGCCTTGTTCATCAGTCAAATCCTCATGGAAGAAAACGTTGAACAG AGTCCATTTTATGATTCACTCAGCTTGCAACTCACTGAGAAATCATTCCATGATGCTCTCATAAACCCATCTCTGTCCCC CAATCAACAACACCCCTTTGATTTTCAAAACAGTGAAACCACCACCAGCAACAGCAACAATAGCAGTAACAGTTCTCGTG AGTTGAAACCCCCTTCTCCGGATACCCCTGTTTCTGTTCTTCGTGATAATCATGATTTTCAATTCAATTCCCGTCCTTTG CATGATTTGGATTCTTCTGCTACCAATTTGTTGGCACAAGATATCTTCAATGATGCAGATTCTGTTTCCCAATTCAAGAG AGGGTTAGAGGAAGCTAGCAAGTTTCTTCCGGTGGAGCCTCGGATCGTGACCGGTCTAGACTCGAATGGACAACCGCCAA ACATGCTTAGGTTGAAGAATCGAAAGCATCATGATCGCGAAGAAGAAAGTGATTCTAAGGAAGAAGGGAGGAGAAGTAAC AAGAGAGGGTTAGAGGAAGCTAGCAAGTTTCTTCCGGTGGAGCCTCGGATCGTGACCGGTCTAGACTCGAATGGACAACC GCCAAACATGCTTAGGTTGAAGAATCGAAAGCATCATGATCGCGAAGAAGAAAGTGATTCTAAGGAAGAAGGGAGGAGAA GTAACAAGCAATCAGCATTTAGTGTTGTTGATGAAGAAAACAATCAAGACCTATCAGAAATGTTTGATAAAGTGTTGCTT AATCTGGAACATTTGCCGCTGTGTAATGAAGTCCATGGCTCGCAGAATGGAGAAGTGAAAGCGGAGAAGGAAGGTGAAAA GGATAAGTCACCTTCAGCTAATGGAGGAGGGAAGGGTCGTCCTAAGAAACAAGGAAGGAGCAAGGAAACGGTGGATTTGA GGGCTCTTCTGCTTCTATGCTCACAAGCTGTTTACTCAAATGACAACAGGGCTGCGAATGAATTTCTAAAGCAGATTAGG GATCACTCTTCTTCCTATGGGGATGCATCACAAAGATTGGCTCATTACTTTGCCAATGGCCTTGAGGCGCGCTTGGGCGG TGATGGAACCGGCGCACAAATATTCTATTCCTCACCAAGCTCCCAGAGGATCTCTACTGCTAAGTATCTGAAAGCTTACC AAGCTCATCTAAGTACAAGCCCATTCAAAAAGTTTGCATATTTCTTTGCAAATAAAATGATTATGAAAGAAGCTGCAAAA GCAGAATCTCTTCATATCATTGATTTTGGTATCCTATATGGTTTCCAGTGGCCAATTCTTATTAAGTTCTTATCAGAAAG AGATGGTGGACCTCCCAAATTGAAGATCACAGGGATAGAGTTCCCTTTACCCGGATTTCGGCCCACGGAAAGAATTGATG AGACCGGTCATCGTCTCACCAACTATTGCAAGCGTTTCAATGTTCCCTTTGAGTACAATGCCATTGCATCAAAGAACTGG GAAACAATTGAAGTTAAAGACCTTAGAATTCAGACTAATGAGTTTGTTGCTGTGAATTGTATGATGAGGTTCAAGAATTT GCTGGATGAGACTATTGAAGAGAACAACAGTCCTAGAGATGCTGTTCTGCAATTAATTAGGAAGATCAATCCGAATATTT TTACTCAATCAATCTCTAATGGATCTTTCAATGCCCCTTTCTTTGTCACGCGGTTTAGGGAGGCTTTATTCCATTTTTCT GCTACTTTTGACATGTTTGACACTGTCATATCTAGGGATAACCAATGGAGGAGGTTGATTGAGAGAGAGAGTGTGGGGCG GGAGGCTATGAATGTGATAGCATGTGAAGGTTTGGAGAGGGTTGAGAGGCCTGAGACATATAAAAGGTGGCAGGTTAGGA ATACAAGGGCTGGTTTCAAGCAGCTACCCCTAAATGAGGGACTAATGGACAAATTTAGGATCAAGTTAAAGAAATGGTAC CATAAGGACTTTGTCTTTGATGAAGACAACAACTGGATGCTTCAAGGTTGGAAAGGCCGCATTATGTATGCTTCCACTTG TTGGGTACCGGCTTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0375200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MTDPWFAEEGSILVSDPNQYASDWDAFQQYESLSANSNPVEGSVSSMSMNTVTDPSLEDTDFSETALFISQILMEENVEQ SPFYDSLSLQLTEKSFHDALINPSLSPNQQHPFDFQNSETTTSNSNNSSNSSRELKPPSPDTPVSVLRDNHDFQFNSRPL HDLDSSATNLLAQDIFNDADSVSQFKRGLEEASKFLPVEPRIVTGLDSNGQPPNMLRLKNRKHHDREEESDSKEEGRRSN KRGLEEASKFLPVEPRIVTGLDSNGQPPNMLRLKNRKHHDREEESDSKEEGRRSNKQSAFSVVDEENNQDLSEMFDKVLL NLEHLPLCNEVHGSQNGEVKAEKEGEKDKSPSANGGGKGRPKKQGRSKETVDLRALLLLCSQAVYSNDNRAANEFLKQIR DHSSSYGDASQRLAHYFANGLEARLGGDGTGAQIFYSSPSSQRISTAKYLKAYQAHLSTSPFKKFAYFFANKMIMKEAAK AESLHIIDFGILYGFQWPILIKFLSERDGGPPKLKITGIEFPLPGFRPTERIDETGHRLTNYCKRFNVPFEYNAIASKNW ETIEVKDLRIQTNEFVAVNCMMRFKNLLDETIEENNSPRDAVLQLIRKINPNIFTQSISNGSFNAPFFVTRFREALFHFS ATFDMFDTVISRDNQWRRLIERESVGREAMNVIACEGLERVERPETYKRWQVRNTRAGFKQLPLNEGLMDKFRIKLKKWY HKDFVFDEDNNWMLQGWKGRIMYASTCWVPA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 51 | 242 | 192 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 51 | 242 | 192 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 101 | 147 | 47 | - | – | |
| MobiDBLite | 101 | 138 | 38 | - | – | |
| MobiDBLite | 203 | 308 | 106 | - | – | |
| MobiDBLite | 218 | 249 | 32 | - | – | |
| PANTHER | 241 | 751 | 511 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 241 | 751 | 511 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 273 | 295 | 23 | - | – | |
| MobiDBLite | 334 | 368 | 35 | - | – | |
| MobiDBLite | 336 | 353 | 18 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 364 | 749 | 386 | 88.894 | ||
| Pfam | 373 | 748 | 376 | 1.6E-108 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0375200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…