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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0213400 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0213400.1 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | SNARE-interacting KEULE-like protein; TAIR: AT1G12360.1 Sec1/munc18-like (SM) proteins superfamily; Swiss-Prot: sp|Q9C5X3|KEULE_ARATH SNARE-interacting protein KEULE; TrEMBL-Plants: tr|G7JLB0|G7JLB0_MEDTR SNARE-interacting KEULE-like protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0213400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:49679486..49698454) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GGCCAATCATCCAACGCTAGCAAACGGAAACCTATTAAATGAATTAAGCAAAACAAGCAGCCATAGCATTTTAATTTAAT TTAAAAAAAGTACTACAAATACAAATTAAATTGGATGAAACTCAACGATAGCGAAGCTTTGGGTAGAAAGAAAGCAGTTG TGTAGAAGAGAGAGGGTGAACGGAATGCGTTGGCGTTAGGGGGTGGAGCCCACTAGCGGTTCAGCGGTGCCGGCTCAGGA CCTGACCTCGTCCTCAATCGGTCCACTTCGCTTCTGCGAAATTTCTTCCCCCCATCTCCTTCCTTCAACCATTCAACTCT CCGCGGTAATCATCTTCTCCTTAAAACTAACTCTTCCTTTCCCGTAATCTCACCTTTCAAGTCAATTCTAAATTCACCTA ACCGTTTCCATTTCATCATTCACAGCTTCATCGACCAGGTTTCCGATCAATCGCCGATCTCCTCCGTCTCGCGATCGATC ACCGCCGTAACCGTCGCCACCGTCACCATGTCCATGTCCATGTCGGATTCCGATTCCTCCTCTTATGGCGGCGAATACAA AAGCCTCAAACAAGTTAGCCGTGAGCGTAAGTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTAATCTAATTGCTTTGTTTTGATTCCT GATTCATCGATTGGCTCTGAGCCTTGAACACTTGAACTCACTCCGAGCATCATCGATGATCTAGTTAGTATAAGCTTTAT TTTCTTGCTTTTGGTTGTTAGCTCATGGTTGATTGATGTCTTAGTTTTATTGGTTTATCATTTTGTCCTTGCGTGTATTG TTGCACACTGGTTCTGATCTCAGCAAAAGCAAATGTGATTTTGTCTTTGGTGCACGTTTTTTTGTTTTGTTTTGGGAGGT TTATCAGCTAAACGACAAAGCACAAATTTATCTGCTAGTGTGTTGAAATGCGAAGCTTACTTCCAGTGGCACCTGTCTCG 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AGAAAATAAAAGTGGATTTTATATTTTCATATGATGGCATTTTTAATTTAGAAGAATATTATATATGATGGTTTGATTTG TTGCTTATAAAGCTTTTAAGCCTCTTGAGTGGATGATCCATCATTCAGGAACTTATTGAAAAAGTGAGCAAAAATGAACT GCCAAAGGAAGACTATCCATGTATAAATGGCCCAAGTCCATCTTTCCATGGAACATCTTTGGCTGGACCGGTAATTCAAA TTCCTCCCGCTCATTCGATGAGATCGAGGCGCACACCAACCTGGGCTCGACCTAGGGGCTCTGATGACGGATATTCAAGG TTTTGCTTTCTTTCATTCGTAATCTGAGTCAGTGCTATGATAAATGCTTCTAATGAGATCAGTTGATATTTTTCACTTCA TTCATGAACTAGAACCTATGATTCCACACTCACATTTAATTTCATCTTTTCCTGCTTGCATCTAGCGATTCGGTGCTTAA ACATGCATCCAGTGATTTCAAGAAGATGGGCCAACGAATATTTATATTCATTGTTGGTGGAGCAACCAGATCTGAGGTTG GAATAATTTCTTCATAAAATGATTGCCATATTTACTACTTTTCCTTTCTGCTTGTCTGGTCTGACACATTTGTTTCAATC ATCAGCTTAGGATTTGCCACAAGCTTTCTGGTAAGCTGAGGAGGGAAGTTATTCTGGGCTCGTCAAGTATTGATGATCCT GCACAATATATTACGGTATTGAAATATTTACCTTTTCAAAACCGAGCGTGTTTCCTAAATTATGATTTACCATAACAATC CTTGCATACTATTTTTCTTTTGTAGAAATTGAAGATGCTATCAGTACAGGAACTTTCATTGGATGATCTCCAGATATGAT GTTATATAGACTTGAAAACAGGAAGATAATCTTCTGCTTGCTTGTCAAAAATGTGTTGTAATATAGATTATTAAGCTCAA TTTAGCAAATTCTTTTGACATTTGACTGCGGTTCAGCTGAGCCACTGATGTCATATTGTGCATATGCTAGGAATTCTTCA TTGGTTAGAGAAACTATTCTTAAAAAAATTATGGTAAATGAGATTTTCAGATAGCACTTGTTAGGTCATTATGGATATAA AATGTTCGTGTCATAAAAGTCATTATTATTATGCAATTAAAAAAATTATTATAATATTTAAATTTCTATAATAATGAATC AGTGGCAGTTGATCTCGTTATATAACATGTAAATTTATGTGGTGATATGGTAAAAAAATGTTCTGATTAAATAAGCAAAT TTGATGAATGACTTGTAATTGATATGGCCTTAATGAGGTTGATATCTTATTAGATCAAGATTGCGTATGTTTCAAAAAAA ATTCATAGAAAAAAAAATTCTTTATTTTTTTAAGCTTTTCAGAAGATTGAAGTTGATATCATATTATTTAGAAAACTATT TTGATTAACTTATTAGGAAAATTTATTATGATAGATGAGGGAGAAAATTAAAAAAGTGATTTTAATTAGTGAAATCAAAC ACAAACCTGCTTACCAAAAAAATATTGGTCTAGTAGTAAGCAGACCCATAAGGATGAGAGCACAAGTTTAAATTTCAATT TTCATAAAAAAAAAATACACAAACCAGCTTTTGTGGATAGAAAAGATTTCACCAAGGTAAGAAAGCTTCCTTTTCCAAGA CAATAGGCG
CDS sequence (LotjaGi4g1v0213400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCCATGTCCATGTCGGATTCCGATTCCTCCTCTTATGGCGGCGAATACAAAAGCCTCAAACAAGTTAGCCGTGAGCG ATTATTACATGAAATGCTCAGGTCAGCAAAAACAGGGGATTCAAAATCTACATGGAAGGTACTAATAATGGACAAACTTA CTGTAAAGATAATGTCACACTCTTGCAAGATGGCCGATATCACTGATGAGGGTGTTTCATTGGTTGAAGACATATACAAG CGAAGGCAGCCATTGCCCACCATGGATGCTATATACTTCATCCAGCCAACAAAAGAGAATATCATAATGTTTTTGTCAGA CATGTCTGGAAGGAAGCCCTTATACCGGAAGGCATTTGTTTTCTTTAGTTCACCTATAGCGAGAGAATTGGTTATGGACA TTAAGAAAGATGCACTGGTGTTGCCTCGAATAGGTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTATTTTGCCATTGACAGTCAG GGATTCATTACTAACAATGAGAGGGCTTTAGAGGAGCTATATGGGGATGAGGAGAATGCTCGAAAAGCTGTTGCATGTTT AAATGTTATGGCTACTCGGATTGCTTCAGTTTTTGCTTCACTAAGAGAATTCCCTTTTGTTCGCTTTCGCGCTGCCAAGT CCCTAGATCCTACCACAGTGACTACTCTTCATGAACTTATTCCTACAAAGCTTGCTGCTGGTGTCTGGGACTGTCTCATG AAATATAAAAAAAGTATACCTAATTTTCCTCAGACTGAGACCTGCGAGTTGCTCATCATTGATAGAACTATTGATCAGAT TGCCCCTGTTATACATGAATGGACTTATGATGCCATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGAGGGAAATAAATATGTTCACG AGGTTCCTGGCAAGAATGGTGGTCCACCAGAGAGGAAAGAGGTTCTATTGGAGGATCATGATCCTATATGGCTTGAACTT CGTCATGCACATATTGCAGATGCTAGTGAACGATTGCATGAGAAGATGACCAGCTTCATTTCAAAGAACAAAGCTGCACA AATCCAACATGGTTCTAGAGGTAATGGTGAAATGTCGACGAGGGACTTGCAGAAGATGGTTCAAGCACTTCCACAATACA GTGAACAAATTGACAAGCTCTCCCTCCATGTAGAGATTGCAGGAAAAATTAACAGAATCATCAGGGAATCAGGACTTCGG GAACTTGGGCAGCTGGAGCAAGATCTTGTTTTTGGAGATGCTGGAATGAAAGATGTTATCAAATTTTTGACTATGAAAGA GGATACAAGTCGTGAAAATAAGTTACGCTTGTTAATGATTCTTGCAGCCATGTATCCTGAGAAGTTTGAGGGTGAAAAGG GTCTGAATTTGTTGAAGGTAGCGAAATTGACAAACGAGGATGCAATTGCTATAAATAATTTGAGAATGCTTGGGGGAGAA CCTGAGACTAAAAAAACCTTGACTGGTGGTTTTGCTCTTAAGTTTGATATGCACAAGAAAAAGCGGGCGGCAAGGAAAGA TCGTTCTGATGAAGAGACATGGCAGCTATCACGCTTTTATCCCATTATCGAGGAACTTATTGAAAAAGTGAGCAAAAATG AACTGCCAAAGGAAGACTATCCATGTATAAATGGCCCAAGTCCATCTTTCCATGGAACATCTTTGGCTGGACCGGTAATT CAAATTCCTCCCGCTCATTCGATGAGATCGAGGCGCACACCAACCTGGGCTCGACCTAGGGGCTCTGATGACGGATATTC AAGCGATTCGGTGCTTAAACATGCATCCAGTGATTTCAAGAAGATGGGCCAACGAATATTTATATTCATTGTTGGTGGAG CAACCAGATCTGAGCTTAGGATTTGCCACAAGCTTTCTGGTAAGCTGAGGAGGGAAGTTATTCTGGGCTCGTCAAGTATT GATGATCCTGCACAATATATTACGAAATTGAAGATGCTATCAGTACAGGAACTTTCATTGGATGATCTCCAGATATGA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0213400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSMSMSDSDSSSYGGEYKSLKQVSRERLLHEMLRSAKTGDSKSTWKVLIMDKLTVKIMSHSCKMADITDEGVSLVEDIYK RRQPLPTMDAIYFIQPTKENIIMFLSDMSGRKPLYRKAFVFFSSPIARELVMDIKKDALVLPRIGALREMNLEYFAIDSQ GFITNNERALEELYGDEENARKAVACLNVMATRIASVFASLREFPFVRFRAAKSLDPTTVTTLHELIPTKLAAGVWDCLM KYKKSIPNFPQTETCELLIIDRTIDQIAPVIHEWTYDAMCHDLLNMEGNKYVHEVPGKNGGPPERKEVLLEDHDPIWLEL RHAHIADASERLHEKMTSFISKNKAAQIQHGSRGNGEMSTRDLQKMVQALPQYSEQIDKLSLHVEIAGKINRIIRESGLR ELGQLEQDLVFGDAGMKDVIKFLTMKEDTSRENKLRLLMILAAMYPEKFEGEKGLNLLKVAKLTNEDAIAINNLRMLGGE PETKKTLTGGFALKFDMHKKKRAARKDRSDEETWQLSRFYPIIEELIEKVSKNELPKEDYPCINGPSPSFHGTSLAGPVI QIPPAHSMRSRRTPTWARPRGSDDGYSSDSVLKHASSDFKKMGQRIFIFIVGGATRSELRICHKLSGKLRREVILGSSSI DDPAQYITKLKMLSVQELSLDDLQI
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 12 | 149 | 138 | 9.7E-42 | ||
| PIRSF | 15 | 659 | 645 | 7.6E-178 | ||
| PANTHER | 16 | 663 | 648 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 16 | 663 | 648 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 18 | 654 | 637 | 3.14E-145 | ||
| Pfam | 46 | 648 | 603 | 3.6E-113 | ||
| Gene3D | 158 | 647 | 490 | 1.4E-88 | ||
| Gene3D | 273 | 395 | 123 | 1.4E-88 | ||
| Gene3D | 396 | 520 | 125 | 1.4E-88 | – | |
| MobiDBLite | 567 | 589 | 23 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Vesicle docking involved in exocytosis | The initial attachment of a vesicle membrane to a target membrane, mediated by proteins protruding from the membrane of the vesicle and the target membrane, that contributes to exocytosis. | ||
| Biological process | Vesicle-mediated transport | A cellular transport process in which transported substances are moved in membrane-bounded vesicles; transported substances are enclosed in the vesicle lumen or located in the vesicle membrane. The process begins with a step that directs a substance to the forming vesicle, and includes vesicle budding and coating. Vesicles are then targeted to, and fuse with, an acceptor membrane. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0213400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…