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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi5g1v0198900 |
Transcript ID | LotjaGi5g1v0198900.1 |
Related isoforms 5 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | Endosomal targeting BRO1-like domain protein; TAIR: AT1G73390.1 Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q4V8K5|BROX_RAT BRO1 domain-containing protein BROX; TrEMBL-Plants: tr|A0A0L9TYL6|A0A0L9TYL6_PHAAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0198900 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:49632387..49641595) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTCTGTTTCCGAATAAGACTGTCTGTCTCTGTCTCTGTCTTTGGCTTCTGTTCTCGTCTCTCCAAAGGAATTGCTTACAA TCTCACATTCTTTCCAATTCTGGTTTTTGCTTCTGCGATCTTCATCTTCACCCTCACTGTGCTCATGGCCACTTCTCTTT TGCTTCATCCAGGGTTCATCATCTCTTTCTCAATTGGATTGCAATTCAATTAGCTCACACTGCTTGCTTTGCTCTCAGTT GCTGCCACTCCTATCTATTCAGGGTAAGACCCATTATCATCATCATGTGATTCCCAATTGGAAGTGTCTAGTTCATGAGT AGATTTTTTTCTAATTTTTGTTTATCAAAACAAAAGTTTGGTTTTTTCTTTCTGGGTTTGGTGTTGCTTTTGAATTTGGA TTGTACCTTTATGGAAAATGGAAAATCAACTTAACCCAGTTCAACTTTATATTGAAATAATCAGAAAGTTTTGTTTTTTT TTCTGGGTGTTTCTGTATTGAAGATAGATTAACAATCAACATAACCCAGTTAAACTTAGTATTTGCAGGATCAAAAAGGT AACTTTTTTTTTCATCATTAGCTTCTAAATGTTTTGAACTTGAAACTTGAGTTACTATTTCTGGAACATTATTGGGTTTC TAAATTAATGATAAGATAATGCAATTGTTGCTTGTTGTCTGAATTTCTTTGGAAATCCTTTACTCTAAAGTTGTAATTCT CTTTCTTTTTGCATAAATTCTGATGGTTTCTTCTTCACTTTTATGATCCAAAACCTTTTGCTTGAAGCTACTTTATCTTG AGGAAGCTTTCATTCTTGTTGAGTCTGAATTGTTGCCAGTGTAAGGTTTATGTGGTTGGTGTAAGGGGGTGCACGGGGAA AGCTACTTTTTAGTTTTATCTCCATTCATGCATGTTGTAATCTTTTGAAAATCCTTTTAATCTTGTTAGTACAATGAAAT 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AATTCTCTTCATATCTGCATTTTAGATTGGAAATTTTATCTTGCCTTAAACAGAAGAATACAAAGTGTACTGTTTTTTCT TTTCAAGTCTTGGTTATATAATGCGGTAGCTGATTAACTGGAAAACATATTCTGCTGTCTTATATAATACTTCTATTTCT GACAGTGTTGCTTCATTGATTCCCCTATTATGTTTTCCTACTTTGAAGTTTGAACTTTTGGTGATTACTAATTACTAACA GAAAACAGACGAGCTTCTGTTGATATCTTCTTAAAGTCAGCTGGGTATCTGGACTGTGCTGTCAAGCATGTTCTCCCACA GTTGCCTGAAGAGCTCAGGTATATGAATATAAACAATGAATTGACTATCACACTGCTGTGTAGTCTAAACAATGTTCTCT TTTTTTATTTCTCTTCTCACTGTTGGTTATGGGTTTTAGGAGAAATTTACCAGTGGACCTTGCAGAAGGAGTTCTTCGAG CACTCTGTCTACAAGCATTGGGACAGGTATTAATGTTTTCTATTTCATGGAGTTACCAGATGAATTTCCTCGCATCTTGT AGTTCATTCTGCATGCTTAAATAGGAAGATACACAGCAGAGAATTAAAACTGAAAACCTATCATATTTAATGGCTAACCT AAAACCAATGGGTCATGTAACTTTATTCAAGGTGGAAGCTTCTTGTTTACTATTCTTGTCACGAATTTATGTTGAACATT AAGTTAACGACTACTAGAAATCACTTTGCTGGGGGTTTATTTATGTATCTAATCTAATAATTGACACCGGACTTAGGCCT AACTTAACCTGAAAAGCCAGTTTAATGGATGGAGATTGCCCAAGTCACTGCTAGTGGTACTAAGCCCATATACCCAAACA GTGAGATCTTTGTACACCAACCTCACACCTAGGACTGGAATCTAGGCCATGAAGTTTGCAAGATTGGACATATGCGAGTG 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ATAATGAACCTTCCTTTAGCTAATGGTTGGGGGAAGAAACATATACTTTATGTTAAATGGAAACATGTTGAAGCAAAGGT TTGTGTTTTTTCTGCCTTCTGGTTATTTGCATCTTGCTATTTAATACTCCCTCCGTTCCTAATTATAAGACCTAATACAA AAAATAGCGCTTATTAAGAAAGTATTAAATGTGTCTAATTAGTGTATTGGTTTTTTAAAAATGCATACATTCTTCCATAT TTACCCTTTGTCATTTTCTCTCACTAATTAATGATAGGTGGTAATTAAAACTTTGAAATTGAAAACACACAATTAATGTG AGGGGTATATATGGAAGAGTATAATACTTTTTGCTAGATTATTGTAAAAGGTCTTATATTTAGGAACATGAAAAATCTAA AACTAGGTCTTATAATTAGGAACGGAGGGAGTATGTGTTATTGTATAGTAGTATGAGTTGAATGGATTTTCCTTGTTTAC TGATTGCATTATGCCAATAAATGTTGGAGTATAAATTGATTGATATAATGCATTGTCCAAGATAAAATATGGAGCTGGTA ACTTGAGAAATTGTGAGATTAAATTTCTATGTTTATTATGAGACCATGTTTAGTTGGAAGTGTCTTTAGGGAGATTTAGT TAATTGATCATGACTCATCTGCTTTTGTATAGTGACTGAAAACTAAAATACTTGGTCCAGCTGATGCTGATGTTTTCATT GAAGAGTTGAAGAGGATGATTAAATATTTTCTAAATTCTAATGATTAATGATCCACAATTACCTTCCCTGGGCCATATTT TACAATTGCTAGCTTTTCTCACATTCTAGGTACAGACCCGAACCTGGTAAATGAATTAGGGACCCTAGAATTATCATGTG TTATGCTGTTCAATTATATCATTAGTTTTCTTCTTTTCTCTTCTGTCATTGACTTGGTAGTGGGTTTCAACTTGGTTAAT GAAGTGCTCAGCTGTTCCCATTTCTAGACTCTGACAATAATATGCTGAAATCATTTGATTTATTCTTATTTTATATGCCC TTAATCCTAGTTGATGAGACCTAAGTCTAACTACCACCATAAGCCTATATAGTTTCTTTTGCTTTCATCATATTGATGTA AAGTTCAGGAATTGAGTATAGAAGATGCATTCAACTGAAGCAACTGATGTAGATTAATTAATATGTTTATTGTATTGATT TACCAGTCTGCGGCATATTACTATCATGGTATGATTCTTGATGAGGGAAATACAGAGAAATCTCAAGGGATGGCTGTAGC TGCTCTGGAAGCAGCTGACGATTATTTCAAAGAAAGTAAGAAGCTGTGTGAGGCATTCAATGTGGCACCCCCATTATCAA GGTAATCCATTATATTCCCCGGTGCTCACTAATGTGATAGCATCCTTAGTTATATTTAGCCTGTCTCGAACTGGCACTGA GTGCATGTTAGATGTGTGCCAATTTGCTGTTAACTATGCTGTCTTTTCTGTTTACTGCATAAATGTACTAGGAAGAAGCA TGGATGTCAAGATAATAAAAGGAATAGTAAATAGTTAGAAGAATTGGAATGCACATGATGCCTGTGTGAATGAAGATGGG TTAATGAACTTAGTCTCATGCCTCATCCTTTTGAGAGAACAGCAAGTCTTCTCATGACAATTTTGACATCTCAATTTCTT ATGCCTTTAGAAAATGAAAGGTATTATATTATACTAAAATTGCTTAGCAGGTGATATACCTGTTTCAAGCTCTGAGCAAC TAATTGATTAATGCTAAACTTGGGTCGTTGGTGAACTTTAGTTTGTGACTGATGTCTAAATCTATGTGCATAGCTCAACT AAATATTTGCTTTTACTTTAGTAATGTTTTTGACTTAGATAGTTCAGTATGTTTTGGTTTCGGATAGCTTGATTCTTGAG TTTCTACCTGTATCTTGCACTGTGAAATATTGGTAGTTGTTTCTCCTCTGAAAGGAATGTAAAATAATAATGAAGAATAA AGTTTGGAAACTGCAGTTTAATCTCAAGTTACTTTGCATATATACAACAAGCTTACGATATTTTGGCATGAACTTTTGTT ATGTTTCTTTAGTTTAATATATTTAGGGAAAATAATTAGGGTTCTCAAGGAAATTGTCCATACCCTTTTCCTCTCCCTTA AATGTAATGCAACACCTTAGGAATTGCTGAAATCATATAACCTTGTAAAGTTGAATAGTTTTCTTCACCGGTTTCTTGTC CAAAGAAAAGATCAACATTAAGTGAGACATGTAATATACATATGCTCAACTCTTTGTCATGAACATGCCCTATTTTTTCA AGTTCATTTTTCATGCACCATTCTAGTTCCATATTTTTTGTGGTGATATGCTTTATTATGGTCATCTAACTGGCTTATTC ATGGTACAGAAATCCACCACTTTGGGGTACAATGAAATATCTCTCTGAGAAAATTCCTAAGGATACCTCGAGCAAGGTTC GAGTAAACCGTGATCTTTACTCTCATGAGAGGTAAACTTTACAGAGTGCAAGATTTAGTGGTTGCCTGAACAACTGTAAT TTCAACATTGATAATTATTCTTTCTCAATGAGAAGAAGTAAAGAAGTACAAGGAGTAACTAATTTATGCATGTTCTTGCT AATGTTTTTTACAGAATCATGGAGACAGCACCAACATTGCCTGATTTTGCCTTGGCTTTGAAACCAGATGAGTATCAACT TCCTCCAGTGAGTCCCTCTTGGACCGAAAACGTGAAAGGGGGGCTAACTGGCGCCGCCAACCATCTCAAAGGATGACAAA TGATTAAAAAAAAAAACTTGCCAATTTGCAGACCTCAGAGCTGTCATCTTAGCTGTGGAAGAAGGAGAAGGAAATGAACT TATTTCCATCTTTTTTCTCTGCCTTATGCTTTTGTTTTTGCTTTTATAAATTGATTGCCTTCTTTCCTCCACAACATTTG GAAGCAGCAACTGGAAATAGAGCTGCAAGTTGTGTTCGATTGATCTGTCTAAAGAAAGGGGTTCCTTTGCCAATACCCAA ATCCTTCCATTTGTTAAACCAAGTTGTATAAGTGATTGTGTGTAGAATTAACATGAGCTATGCAGAGAAAGAATGATTTC CTTCAAGTGTCAAAATTCGAAGGACTTTGAAATGCAAGGGGAATATATGATACTTTAACATATGATACACTCGACAATTT TGAATTTTCATATGATAGTGTGCTCCATTACATTTTCAATGCTAGGTTCTTAGTTCTTATTACTATTCATGTGGGCACGT ACTGTCACATGTGCTTAAGCAACTCTCAAGCAATTTTGCTCCAACCATAGTTCTTAATTCTTAGTTCTTAGTCTTATTCA TTTGGTTCCACAAACCACATTATTTATATTTTTTATTTTCATAAAGCAATAAAATAAAACTCATAAAGTAATAAAGAACT TTGGATGAG
CDS sequence (LotjaGi5g1v0198900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGGTGCATTGTGTCCTCTCAAAAGGATTCTGGGGGAAATAGAAGGAAGCCAGGGAGTATTGGAGAAGTTTCTGTAAA TGTTCCCGGTCTAAGAATTCCTAAACCTGTTGATTTTGCTCACTCACTTGGTGACTGCTTGTCCAAGAGTTTAGTGGAAC GCCTATCAGCACTTAGAACTCGTATAGTTGTAATGGCCGGCCAAGAAGGTCCTACAATTACAAGAACAAAAAGAAAAAGT GCCACCCAGCATGGTGGTTCAACACTGGCTGATCTTCTGCAAGCTCTTGAAGACTACTTGCCAGTACTTTTGGGATTAGT CAAAGATGGAAGCCATTTGCAATTCAAAGTACAATTTGTTTGGGTGAATCAGGAGGATGATGCAGAGGAAACAGCTATGT CTAATGCTTGGTACGAAGTGTTGTCAGTTTTGCACTTGATGGCAATGCTATTGTTATCACAGGCTAATTTATTACTTCTT CCAAGAACATCCTCTGATGGTTATCAGCCAAAAGTAACAGAAGAAAACAGACGAGCTTCTGTTGATATCTTCTTAAAGTC AGCTGGGTATCTGGACTGTGCTGTCAAGCATGTTCTCCCACAGTTGCCTGAAGAGCTCAGGAGAAATTTACCAGTGGACC TTGCAGAAGGAGTTCTTCGAGCACTCTGTCTACAAGCATTGGGACAGGGTGTAGATATCCAACTTGGAATGGCAATTGAT AGTGCCAAAGCCACACTTGCTGTGAAGCGTAGACTTGCATGTGAGATGGTGAAATATTGGCAACAGGCTCAAGATAATAT AATGAACCTTCCTTTAGCTAATGGTTGGGGGAAGAAACATATACTTTATGTTAAATGGAAACATGTTGAAGCAAAGTCTG CGGCATATTACTATCATGGTATGATTCTTGATGAGGGAAATACAGAGAAATCTCAAGGGATGGCTGTAGCTGCTCTGGAA GCAGCTGACGATTATTTCAAAGAAAGTAAGAAGCTGTGTGAGGCATTCAATGTGGCACCCCCATTATCAAGAAATCCACC ACTTTGGGGTACAATGAAATATCTCTCTGAGAAAATTCCTAAGGATACCTCGAGCAAGGTTCGAGTAAACCGTGATCTTT ACTCTCATGAGAGAATCATGGAGACAGCACCAACATTGCCTGATTTTGCCTTGGCTTTGAAACCAGATGAGTATCAACTT CCTCCAGTGAGTCCCTCTTGGACCGAAAACGTGAAAGGGGGGCTAACTGGCGCCGCCAACCATCTCAAAGGATGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0198900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGCIVSSQKDSGGNRRKPGSIGEVSVNVPGLRIPKPVDFAHSLGDCLSKSLVERLSALRTRIVVMAGQEGPTITRTKRKS ATQHGGSTLADLLQALEDYLPVLLGLVKDGSHLQFKVQFVWVNQEDDAEETAMSNAWYEVLSVLHLMAMLLLSQANLLLL PRTSSDGYQPKVTEENRRASVDIFLKSAGYLDCAVKHVLPQLPEELRRNLPVDLAEGVLRALCLQALGQGVDIQLGMAID SAKATLAVKRRLACEMVKYWQQAQDNIMNLPLANGWGKKHILYVKWKHVEAKSAAYYYHGMILDEGNTEKSQGMAVAALE AADDYFKESKKLCEAFNVAPPLSRNPPLWGTMKYLSEKIPKDTSSKVRVNRDLYSHERIMETAPTLPDFALALKPDEYQL PPVSPSWTENVKGGLTGAANHLKG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
MobiDBLite | 1 | 21 | 21 | - | – | |
PANTHER | 1 | 421 | 421 | 1.9E-257 | – | |
PANTHER | 1 | 421 | 421 | 1.9E-257 | ||
CDD | 23 | 400 | 378 | 1.82283E-92 | – | |
SMART | 25 | 403 | 379 | 5.0E-42 | ||
ProSiteProfiles | 29 | 424 | 396 | 13.073 | ||
Gene3D | 72 | 415 | 344 | 4.6E-43 | ||
Pfam | 90 | 359 | 270 | 3.0E-14 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0198900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…