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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi5g1v0259600 |
Transcript ID | LotjaGi5g1v0259600.3 |
Related isoforms 8 | |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | piezo-type mechanosensitive ion channel component; TAIR: AT2G48060.2 piezo-type mechanosensitive ion channel component; Swiss-Prot: sp|F4IN58|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7LGZ8|K7LGZ8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0259600 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:56793383..56821203) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCCATTTTAATTAATTATTATATTTTTATTAGCGTCTTCTTCTTCTGGTTTATTTTATAAAATCCAGATCAACGAGTCTC TGTCTGAAACTGTAGAGCGAGCCAGCGAACACAAGAGAAGCCGTGAATTCCAACGCTTCGGTTTTGGCGTGTGCCGAGTT TGCTGGTAGTTTCCGGCGAGTTTTCCCCCCATCTCCGCCGGAAAGTACTTTCTTCCCCGATTCAACAAACTCAATTTCAC GATTCTACAACCTGATTCATTCATTTGTATCTCGATGTGAATTTCACGCCTCCGAACACAATGGCGGAATTCCTCACCGG CTTCGTGCTTCCTTCGCTGCTTCTAACAGGTATACGTTGCAATTTGTGTTTTCTCAGTGAGCTTCTCTGGTCGATTGGAA TTGATTGCTTTTCCATTCATGAAATCTGATTATAGATTATATGCTAAGCTTACATTAATTCTTTCCATCCAGTGTAACTT GTTCATAATTTATTGATTGCTTAGATTTTTGGGTGAATTATGACAATAAGAGCTTGTCGCTTAAGCGCTTATTCATAAGC TAATTTGAGAAACTTATTGAAGTGAATTCAAAATATGTCATAGGTAAGCATAGACTCTTATTCGCAAGCTAATATGTACA ACTTATGAAAATTAGCTCAGAACATCGTATAAGTATGCGTAAGCGCTTATGCTTTTAGATAAACTCAAATAAGCTCTTTG CCTTTATGCTTTTATCAAATTTAATCTATTGGTATTCAATTCGTCATCAAAACTAGATTGCATTTCATGATTCGGGACTG AAAAAAAATAAAACTTGCTACTTACTACTTAGAGTGAGTCATTGGTGATTGATATTGAAGTGAGAGTTAGTAATAGGCAC TAGGCAGTAGCTATTTTTGAATACTCCTATGTATGTACACTGTGTAGTTTTACTTCTCAGAGCTTAAAATTTAAAAGGTC 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ATCCAGTTAATATGCTGTCAAGCTGATGCTAGTACATTGTGGCTTGTTCCGCATGTTGTTCGGACCAGATTGATTCAGTC CCTTGAATGGTATACTGACATGGAAATTTTTTTCACTTGGATGCTTTCAAGGGACAGACCAAAAGGAAAAGAAGCTGTGA AATATGAAAAGGCTGTTGATCCTCAATATCTTCCAGCAAAGTCTGATGTTCAAAAGGTTCTTAATGGATCTATGAACAGC TTTAGGATTTATAATGTTTATCCAAGATATTTCCGTGTCACTGGTTCAGGTGATGTTAGACCATTGGACGAGGACCGTGA TGTTAGTGCTGATCTCATTATAAATCATGATCAATTTGACTGGTGGTCCTTCAAAGATATTAATCCATCAAATCTAAGTG GGTTTTGTGGAGGTTTGACGGGACCTATGGCTATCATTGTATCCGAGGAAACACCACCACAGGGTATTCTTGGTGACACA CTGAGCAAGTTCAGCATATGGGGGCTTTACATAACCTTTGTTCTAGCGGTTGGACGCTTTATCAGACTCCAGTGCTCTGA CTTAAGGATGAGAATTCCCTATGAGAACCTACCTTCCTGTGACAGGTTGATAGCAATCTGCGAGGATATATATGCTGCAA GGGCTGAGGGTGAGCTTGGAGTTGAAGAGGTCCTTTATTGGACACTAGTGAAGATATATCGGTCCCCGCACATGCTGCTT GAGTACACCAACCCTGATTAA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0259600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAEFLTGFVLPSLLLTASLINWSLISLIDLIAFLLILYNVSQLGFHFRRRFLLLWSIVIFSVVAILSQVTYLVIWAVKQT SWSISDVWWAKLIGFMTIQSWKYPYVIYFLVIQLLALLVALFDIYGKRHFLNTWQDSRWGHFLSIVEHLGSHLRVASCLL LPAVQLIVGISLPSWASLPFFIGSCVGLVDWSLTSNFLGLFRWWRLLQLYAGFNIFLLYVYQLPVEQPSVIHRMADLIGL YKISSNSQWPEICSCLSLVFYYIMLSFTKSDLEEMNFIISRTDCSLTEQLLPSRHSFFIRESRSGVRHTNVLLRGAVFQT FSINFFTYGFPVSLFALSFWSFHFASLCAFGLLAFVGYIIYAFPSLFRLHRLNGLLLVFILLWAVSTYIFNVAFTFLNWK LGRDMKIWEMVGLWHYPIPGFFLLAQFCLGILVALGNLVNNSVFLYLSDEGGQSSNDNVSVKAEGETKALIVATIAWGLR KSSRAIMLALIFIIAIKPGFIHAVYMIFFLMYLLSHNVSRKMRQALILLCEIHFSLLYVLQIDLISAALEKKGSVSMEVV MQLGLLEEDSAWDFLEVALLACFCAIHNHGFEVLFSFSAIIQHAPSPPIGFGILKAGLNKSVLLSVYASSSVRNSDESFS NERRIASYLSAIGQKFLSIYRSCGTYIAFLTILFTVYMVRPNYISFGYIFLLLLWIIGRQLVERTKRQLWFPLKVYAILV FIFIYTLSSFSSLEMYLSKLIDLYFYLGYDSKASSFHNVWESLAVLVVMQLYSYERRQSKQIRQEQNQLDSPEPGILGFI RRFLIWHSQKILFIALFYASLSPISAFGFLYLLGLVFCSILPKTSSVPSKSFSAYTGFLVTAEYLFQMWGKQAEMFPGQK YSDISLFLGFHVFQPGFWGLESGLRGKVLVIVACTLQYNVFRWLERMPNTVLCEGEWEEPCPLFVSTEDAFDDATPCNME SKTSCNSYPPSSIQENVSSKSLKITTSGFSQARDISSSKTGGSDSNSRKYSFGFIWGSNKESHKWNKKRIVALRKDRFET QKTVLKVYLKFWMENLFNLFGLEINMISLLLASFALLNALSMLYIALLAACILLNRQIIRKVWPIFVFLFASILILEYFV IWKDMSPLSSHDPSEIHCHDCWEISTLHFGFCEKCWIGLVVDDPRMLISYFSVFMLACFKLRADRLSSFLGSSTYRQILS QRRNTFVWRDLSFETKSMWTFVDYLRLYCYCHLLDLVLVLILITGTLEYDILHLGYLAFALVFFRMRLEILKKKNKIFKF LRIYNFSVIVLSLAYQSPFVGGPSSKTGKCETANYIFEMIGFYKYDYGFRITARSAIVEIIIFVLVSLQSYMFSSQEFDY VCRYLEAEQIGAIVHEQEKKAAWKTDQLQQIRENEEKKRQRNMQVEKMKSEMLNLQIQLHSMNTSTNCIDGFSHPGEGLR RRRSTSITSNIGFGIPDKEDQGLGRLDYAIREDSVFPIERHESSTCPNVETPLTEEYMKYSVDSPCCEITEIDIDTSSSD SGKKEKVIGQAKENPLKSAVQLIGDGVSQVQSIGNQAVNNLVSFLNISQEDSDSNEHTNIEDQIYDEMESQKTQHIFVER SSSLQSDKSSDAASLQLGRIFRYIWYLMRSNNDVVCYCCFVLVFLWNFSLLSMVYLGALFLYALCVNTGPSYIFWIIMLI YTEVYILLQYLYQIIIQHCGLNIDPSLLRELGFTTHKITSSFVVSSLPLFLVYLFTLIQSSITPKDGEWMSSTDFKFKRN GLHTKDNPTRYNWQERAWALLNQMTNMVMWIIRCFYRYWKSLTQEAESPPYFVQVSMDVNFWPEDGIQPERIESGVNQFL RVVHSDKCKEKNPNVCSSSSRVNVQRIERSQENPNVALVVLEVVYASPVLDCSSAEWNKSLTPAADVAKEILKAQHAGFV EEVGFPYRILSVIGGGKREIDLYAYIFCADLIVFFLVAIFYQSVLKNKSEFLEVYQLVDQFPKEYVFVLMAIFFLIVLDR IIYLCSFATGKVIYYISNLIIFTYSVTVYDWQLEPSQQHAARLALRAIYLAKAVSLGLQAVQIHYGIPHKSTLYRQFLTS EVSRINYLGYRAYRAVPFLYELRCVLDWSCTTTSLTMYDWLKLEDINASLYLVKCDSVLNRATHKPGEKQTKCTKCFNGI LLFFVLICVIWAPMLMYSSGNPTNIANPIKDASFHVDIKTEGGRLNLYETTLCERIRWDSLNSDVNPDPYGYLDAYNKND IQLICCQADASTLWLVPHVVRTRLIQSLEWYTDMEIFFTWMLSRDRPKGKEAVKYEKAVDPQYLPAKSDVQKVLNGSMNS FRIYNVYPRYFRVTGSGDVRPLDEDRDVSADLIINHDQFDWWSFKDINPSNLSGFCGGLTGPMAIIVSEETPPQGILGDT LSKFSIWGLYITFVLAVGRFIRLQCSDLRMRIPYENLPSCDRLIAICEDIYAARAEGELGVEEVLYWTLVKIYRSPHMLL EYTNPD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
Phobius | 1 | 19 | 19 | - | – | |
PANTHER | 5 | 2486 | 2482 | 0.0 | – | |
TMHMM | 15 | 37 | 23 | - | – | |
Phobius | 20 | 40 | 21 | - | – | |
Phobius | 41 | 51 | 11 | - | – | |
TMHMM | 50 | 72 | 23 | - | – | |
Phobius | 52 | 77 | 26 | - | – | |
Phobius | 78 | 104 | 27 | - | – | |
TMHMM | 104 | 126 | 23 | - | – | |
Phobius | 105 | 125 | 21 | - | – | |
Phobius | 126 | 152 | 27 | - | – | |
Phobius | 153 | 172 | 20 | - | – | |
TMHMM | 166 | 188 | 23 | - | – | |
Phobius | 173 | 177 | 5 | - | – | |
Phobius | 178 | 199 | 22 | - | – | |
Phobius | 200 | 205 | 6 | - | – | |
TMHMM | 203 | 225 | 23 | - | – | |
Phobius | 206 | 224 | 19 | - | – | |
Phobius | 225 | 248 | 24 | - | – | |
Phobius | 249 | 267 | 19 | - | – | |
Phobius | 268 | 310 | 43 | - | – | |
TMHMM | 311 | 330 | 20 | - | – | |
Phobius | 311 | 330 | 20 | - | – | |
Phobius | 331 | 341 | 11 | - | – | |
TMHMM | 340 | 362 | 23 | - | – | |
Phobius | 342 | 363 | 22 | - | – | |
Phobius | 364 | 374 | 11 | - | – | |
TMHMM | 375 | 397 | 23 | - | – | |
Phobius | 375 | 396 | 22 | - | – | |
Phobius | 397 | 415 | 19 | - | – | |
Phobius | 416 | 439 | 24 | - | – | |
TMHMM | 417 | 439 | 23 | - | – | |
Phobius | 440 | 484 | 45 | - | – | |
Phobius | 485 | 514 | 30 | - | – | |
TMHMM | 488 | 510 | 23 | - | – | |
Phobius | 515 | 525 | 11 | - | – | |
TMHMM | 525 | 547 | 23 | - | – | |
Phobius | 526 | 549 | 24 | - | – | |
Phobius | 550 | 658 | 109 | - | – | |
TMHMM | 657 | 679 | 23 | - | – | |
Phobius | 659 | 677 | 19 | - | – | |
Phobius | 678 | 682 | 5 | - | – | |
TMHMM | 683 | 702 | 20 | - | – | |
Phobius | 683 | 702 | 20 | - | – | |
Phobius | 703 | 713 | 11 | - | – | |
Phobius | 714 | 737 | 24 | - | – | |
TMHMM | 715 | 737 | 23 | - | – | |
Phobius | 738 | 756 | 19 | - | – | |
Phobius | 757 | 774 | 18 | - | – | |
TMHMM | 757 | 774 | 18 | - | – | |
Phobius | 775 | 810 | 36 | - | – | |
TMHMM | 811 | 833 | 23 | - | – | |
Phobius | 811 | 832 | 22 | - | – | |
Phobius | 833 | 851 | 19 | - | – | |
Phobius | 852 | 869 | 18 | - | – | |
Phobius | 870 | 880 | 11 | - | – | |
Phobius | 881 | 898 | 18 | - | – | |
Phobius | 899 | 903 | 5 | - | – | |
Phobius | 904 | 921 | 18 | - | – | |
Phobius | 922 | 1042 | 121 | - | – | |
Phobius | 1043 | 1061 | 19 | - | – | |
Phobius | 1062 | 1066 | 5 | - | – | |
TMHMM | 1067 | 1089 | 23 | - | – | |
Phobius | 1067 | 1095 | 29 | - | – | |
Phobius | 1096 | 1101 | 6 | - | – | |
Phobius | 1102 | 1121 | 20 | - | – | |
TMHMM | 1102 | 1121 | 20 | - | – | |
Phobius | 1122 | 1165 | 44 | - | – | |
TMHMM | 1166 | 1183 | 18 | - | – | |
Phobius | 1166 | 1183 | 18 | - | – | |
Phobius | 1184 | 1226 | 43 | - | – | |
TMHMM | 1225 | 1247 | 23 | - | – | |
Phobius | 1227 | 1245 | 19 | - | – | |
Phobius | 1246 | 1250 | 5 | - | – | |
Phobius | 1251 | 1268 | 18 | - | – | |
TMHMM | 1251 | 1268 | 18 | - | – | |
Phobius | 1269 | 1279 | 11 | - | – | |
TMHMM | 1280 | 1299 | 20 | - | – | |
Phobius | 1280 | 1297 | 18 | - | – | |
Phobius | 1298 | 1326 | 29 | - | – | |
Phobius | 1327 | 1348 | 22 | - | – | |
TMHMM | 1331 | 1353 | 23 | - | – | |
Phobius | 1349 | 1633 | 285 | - | – | |
Coils | 1388 | 1411 | 24 | - | – | |
Phobius | 1634 | 1660 | 27 | - | – | |
TMHMM | 1634 | 1656 | 23 | - | – | |
Phobius | 1661 | 1671 | 11 | - | – | |
TMHMM | 1671 | 1688 | 18 | - | – | |
Phobius | 1672 | 1692 | 21 | - | – | |
Phobius | 1693 | 1721 | 29 | - | – | |
TMHMM | 1721 | 1743 | 23 | - | – | |
Phobius | 1722 | 1742 | 21 | - | – | |
Phobius | 1743 | 1776 | 34 | - | – | |
Phobius | 1777 | 1796 | 20 | - | – | |
TMHMM | 1777 | 1796 | 20 | - | – | |
Phobius | 1797 | 1941 | 145 | - | – | |
Phobius | 1942 | 1965 | 24 | - | – | |
TMHMM | 1943 | 1965 | 23 | - | – | |
Phobius | 1966 | 1984 | 19 | - | – | |
Phobius | 1985 | 2005 | 21 | - | – | |
TMHMM | 1985 | 2007 | 23 | - | – | |
Phobius | 2006 | 2011 | 6 | - | – | |
Phobius | 2012 | 2031 | 20 | - | – | |
TMHMM | 2012 | 2029 | 18 | - | – | |
Phobius | 2032 | 2042 | 11 | - | – | |
Phobius | 2043 | 2067 | 25 | - | – | |
TMHMM | 2044 | 2066 | 23 | - | – | |
Phobius | 2068 | 2155 | 88 | - | – | |
Pfam | 2095 | 2484 | 390 | 4.4E-112 | ||
Phobius | 2156 | 2177 | 22 | - | – | |
TMHMM | 2157 | 2179 | 23 | - | – | |
Phobius | 2178 | 2403 | 226 | - | – | |
Phobius | 2404 | 2421 | 18 | - | – | |
TMHMM | 2404 | 2421 | 18 | - | – | |
Phobius | 2422 | 2486 | 65 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0259600.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…