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LotjaGi5g1v0259600.6

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0259600
Transcript ID LotjaGi5g1v0259600.6
Related isoforms 8
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description piezo-type mechanosensitive ion channel component; TAIR: AT2G48060.2 piezo-type mechanosensitive ion channel component; Swiss-Prot: sp|F4IN58|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog; TrEMBL-Plants: tr|K7LGZ8|K7LGZ8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0259600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:56794558..56819365) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATTGTTGAAGTATGTGCTCATTTTATATGCTCACTTTTTTGCAGCTTCTTTAATCAACTGGAGTTTGATCTCTCTTATTG ATTTGATAGCCTTTCTTCTCATTCTGTATAATGTATCACAATTAGGTAAGCTGCTTTGTTCTTTCTGTTTGGAGGGTTAT TATTTCTTAAAATATTTTGCTTGGAATATTAAATTATAATTTTTTGTTTATCAAAATGTGGAAATGACTTCCTTAGTCCT TACTATTAGATTTGTTCATAAAAGGGACCTCTTCCTTCTCTACCATGGGAATTCTACATAAAAAGGGGAGCACTTGCCCT CCTTTCTTTTTGGGCTCTTTGATTGCTGTATAGTCGACAGATCACATTTGTCATTTGTTGGGCAAACCTCTTTAGAAGTC CAGCATTTTCTTCTGTATGCTAATCTGTGAGGATGTAGTCCACCTGCAATTTTAAGAGGTTTTGAGTGGAAATCATAGAA AAGAAAGAATAAGGAACAACCAATTCTATCGTCGTGTCAATCAGTGAATAGCGCCCCCTTTGATTTTGTACGAAAACATA ATGAGTTGGATTTGCTTCTGTTTGAAGGAGGACTTGGTAGGTTTCCTTATGAATGTTTATCTTTATATGTGCTTAGTTGT TAAAACTTGATCCTTGAGATGATAATTATGAAGACGCTATTCATATGGGTTGGTTTTTTATGATATTGTTATTTGAAACC TATGAATTCTGATCTAGTTATTCTATGAGTTTACTATACAAGAAAGCAATCTCAGTGTCACAGAAATGAGAATGTTACGA TGGTTGATTGGATATACAACACAGGATAGGATTCAAATACAAATCGGGAGAACATGGCACCAGCTAGGAGGGTTGTCCAG ATGGAGGGTAGTCCTATAACTAGGGTTAGAGGTAGACTAAGAAAAACTATAGATTAAACATTTATGAGAGATAAAGGGGT 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0259600.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

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Protein sequence (LotjaGi5g1v0259600.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

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Domain prediction

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Domains

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Phobius 130 153 24 -
Phobius 154 172 19 -
Phobius 173 215 43 -
TMHMM 216 235 20 -
Phobius 216 235 20 -
Phobius 236 246 11 -
TMHMM 245 267 23 -
Phobius 247 268 22 -
Phobius 269 279 11 -
TMHMM 280 302 23 -
Phobius 280 301 22 -
Phobius 302 320 19 -
Phobius 321 344 24 -
TMHMM 322 344 23 -
Phobius 345 389 45 -
Phobius 390 419 30 -
TMHMM 393 415 23 -
Phobius 420 430 11 -
TMHMM 430 452 23 -
Phobius 431 454 24 -
Phobius 455 563 109 -
TMHMM 562 584 23 -
Phobius 564 582 19 -
Phobius 583 587 5 -
TMHMM 588 607 20 -
Phobius 588 607 20 -
Phobius 608 618 11 -
Phobius 619 642 24 -
TMHMM 620 642 23 -
Phobius 643 661 19 -
Phobius 662 679 18 -
TMHMM 662 679 18 -
Phobius 680 715 36 -
Phobius 716 737 22 -
TMHMM 716 738 23 -
Phobius 738 756 19 -
Phobius 757 774 18 -
Phobius 775 785 11 -
Phobius 786 803 18 -
Phobius 804 808 5 -
Phobius 809 826 18 -
Phobius 827 947 121 -
Phobius 948 966 19 -
Phobius 967 971 5 -
TMHMM 972 994 23 -
Phobius 972 1000 29 -
Phobius 1001 1006 6 -
TMHMM 1007 1026 20 -
Phobius 1007 1026 20 -
Phobius 1027 1070 44 -
Phobius 1071 1088 18 -
TMHMM 1071 1088 18 -
Phobius 1089 1131 43 -
TMHMM 1130 1152 23 -
Phobius 1132 1150 19 -
Phobius 1151 1155 5 -
Phobius 1156 1173 18 -
TMHMM 1156 1173 18 -
Phobius 1174 1184 11 -
TMHMM 1185 1204 20 -
Phobius 1185 1202 18 -
Phobius 1203 1231 29 -
Phobius 1232 1253 22 -
TMHMM 1236 1258 23 -
Phobius 1254 1538 285 -
Coils 1293 1316 24 -
TMHMM 1539 1561 23 -
Phobius 1539 1565 27 -
Phobius 1566 1576 11 -
TMHMM 1576 1593 18 -
Phobius 1577 1597 21 -
Phobius 1598 1626 29 -
TMHMM 1626 1648 23 -
Phobius 1627 1647 21 -
Phobius 1648 1681 34 -
Phobius 1682 1701 20 -
TMHMM 1682 1701 20 -
Phobius 1702 1846 145 -
Phobius 1847 1870 24 -
TMHMM 1848 1870 23 -
Phobius 1871 1889 19 -
TMHMM 1890 1912 23 -
Phobius 1890 1910 21 -
Phobius 1911 1916 6 -
TMHMM 1917 1934 18 -
Phobius 1917 1936 20 -
Phobius 1937 1947 11 -
Phobius 1948 1972 25 -
TMHMM 1949 1971 23 -
Phobius 1973 2060 88 -
Pfam 2000 2389 390 4.2E-112
Phobius 2061 2082 22 -
TMHMM 2062 2084 23 -
Phobius 2083 2308 226 -
TMHMM 2309 2326 18 -
Phobius 2309 2326 18 -
Phobius 2327 2391 65 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0259600.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…