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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0142500 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0142500.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | NAD-dependent protein deacetylase; TAIR: AT5G55760.1 sirtuin 1; Swiss-Prot: sp|Q9FE17|SIR1_ARATH NAD-dependent protein deacetylase SRT1; TrEMBL-Plants: tr|V7BPZ4|V7BPZ4_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0142500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:41189202..41203259) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GATGTTGTGCTTGTTTGTGATGCCATGCTCCTGGGGATGAATGTTTTGAGTATATAGGCCTTTTGGGGTCTCCTTAAAAG AAGCAAATGCTTCACATTCCATTTTCTCTCTGCTGAAGAAAAGAAAAACACACACTTTCTTCTCCAATTTCTGTGTGTGA GAGATGGGAAAGTGAGAGGCATTCTGGCAGCACACTCAGTCACCAATCAACCATGTCTCTTGGGTATGCCGAGAAGCTTT CCTACATTGAAGATGTGGGCAACGTCGGAATGTCCGAATTTTTCGACTCTTCCCATGTTTTGCGAGAAAAAGTGGGTCCC TTGTCTCTATATTACCTTCTAGTTTCTTTGCTTTGCTTTTCTTCTCACTGTTGTTTGTGCCAGTAAGAACTTTGATGGGT GATCTCCCATTTGCAGCATTAATGCTTAAATGGGGTGCTACTTGGTGGCCAAAAAATGAAAACTTTGTGCTGTTTGTTGC ATGATTGATGGATAATGGCATTGATGTTGTGATCTTGTGCTGATCAAGCTGAAATTTTGATGAAATTTTTAGTGCTGTTT TGATAATTAGCATGCATGATTTTGAATATGTGCTATACTGGATTTGGATGGCACATACTTTTGAGTAGATGATTGTTGTT CTAGTTTGAGGGTTTTGATTAAGTGATCTATGTTCGATACATTGAAATGCTTACTGGGTTTTGGGATTGTATCTCATACA TTGGTTAATATGCTAAAGATTATCAACTATGGTGGTGCTTTTCGTGCATATCTGTGAGGCATGCCTTATGGCCTATATAA AATTGCTGTATATTCACTATTCCTTTTCTGGTTACAATCAGGAAATGGGAGTTATCTTTTGTTTTGGTGGAAAGTCAATT TCTCGCTATTGAAGTGTGATTTGGGTTGGGTAGCCTAGGTGTTTTATCTTAGCCCCCAAAATGGTGTTTAATTTCATTGG 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GGGGTTCTAGTAATTTATGACTGTTTGGCTATCAAGTTGGCTTTACCTATTTTCAAGATGCCCGTGTACTGGGTTCGACT TGAAATTGGTTTGCAAATCAAAATGCTTCTAAACTTCTGTTTTCCCCTCCTCCATCATTCTTCTGCCTGCTCCTTCTTGA ATTTCCTGCTTTCAGTTTCTCTCTTTTGATTTCTTCTCTCCTTCCCGTTCTTGATACCTGCTTACGATCAGAATGTTCTA GTGCCTTTGTGTTTGCTAGAGTGAAATTCAGATGATGAATCCTGCTAGTTCCCTTTTAAGGGAGAGCAAGAATGGAGCTT TCTAGCTGTATCCATTAACCAATCTCATGTTTTGATGAAAAGAGAAATAATAAGGAAAAGCTAGAAATTGACTAGCAATT TATGACTGTTTGGCTATCAAGTTGGCTTTACCTATTTTCAAGATGCCCGTGTACTGGGTTCGACTTGAAATTGGTTTGCA AATCAAAATGCTTCTAAACTTCTGTTTTCCCCTCCTCCATCATTCTTCTGCCTGCTCCTTCTTGAATTTCCTGCTTTCAG TTTCTCTCTTTTGATTTCTTCTCTCCTTCCCGTTCTTGATACCTGCTTACGATCAGAATGTTCTAGTGCCTTTGTGTTTG CTAGAGTGAAATTCAGATGATGAATCCTGCTAGTTCCCTTTTAAGGGAGAGCAAGAATGGAGCTTTCTAGCTGTATCCAT TAACCAATCTCATGTTTTGATGAAAAGAGAAATAATAAGGAAAAGCTAGAAATTGACTAGCATATCTGTCCTTGTCTGCA GGTCTCCTTCACAGACAAGGAAAATTACAAAGCAGCTATTCTGGATAAACAACCATTTCAGCTTAAAAGGTTTTCTCACG CTGTGTTTCTTTATGCCTTCAATAAATTTTTTTAGTTTATTGGTCCTTACATACTTGACGTGATTACACTGAATTCAGAA 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CDS sequence (LotjaGi6g1v0142500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTCTTGGGTATGCCGAGAAGCTTTCCTACATTGAAGATGTGGGCAACGTCGGAATGTCCGAATTTTTCGACTCTTC CCATGTTTTGCGAGAAAAAATAGAACGACTTGCTATCATGATAAAAAAGAGCAAGCATCTAGTGGTATTTACAGGTGCAG GAATTTCAACTTCTTGTGGTATACCTGATTTTCGAGGTCCCAAGGGTATTTGGACACTTCAGCGTGAAGGTAAAGCCTTG CCAGGAGCATCATTGCCATTTCATCGTGCGGTGCCAAGCTTGACTCACATGGCTCTGGTTGAATTAGAAAAGGCTGGTAT TTTGAAGTTTGTTATCAGTCAGAATGTCGATGGTCTCCATCTTCGGTCTGGATTACCAAGGGAAAAACTGTCTGAATTGC ATGGAAATTCCTTCATGGAAACATGCCCTTTGTGTGGTGCTGAGTACTTTCGCGATTTTGAGGTAGAAACTATTGGTTTA AAGGAGACCTCACGGCGCTGTTCAGATGCAAAATGTCGGACAAGACTTAAGGATACAGTCCTTGACTGGGAGGATGCATT GCCTCGAAAGGAAATGGCTCCTGCAGAGAAGCACTGCAAACAGGCAGATATAGTATTATGCTTGGGGACAAGTCTGCAAA TAACTCCAGCATGCAACTTGCCTCTTAGAGCTATTCGTGGTGGAGGTAAAGTTGTCATTGTAAATCTCCAGAAAACACCT AAGGATAAAAAAGCCAGTCTTGTCATACATGGGTTTGTTGATAAGGTAATTGCAGGTGTCATGGACAAGCTTAATCTGCA AATTCCTCCATTTGTCCGGATTGATTTTTTCCAGATTATTCTAGTGCATGCTCTGAGCAATGATAAAAGATTTGTAAACT GGTCTCTCCAAGTTGCTAGTTCTCATGTGCAGAAAGCAGCATTGCCTTTCATCGAGTCTGTTGAGGTCTCCTTCACAGAC AAGGAAAATTACAAAGCAGCTATTCTGGATAAACAACCATTTCAGCTTAAAAGGAGAACAGCATATGACAAAGCATTTGA AATGGTTCTGAAACTCAATTTTGGTGACGGCTGTGGTTGCCCGTCTCTTGAAATCGATGTCCCGGTTGATTTTAAGTTTA CAACAGATGGCTTCAACTTGGACAAGGACGTCATATTCCAAAAGCTGAGAGACAAGGCAATTCGCAAATCAAAATGCGGT CAGAATGCTGTTGTTGAGAGAAAGACAATCTTGACACCAAGAAGTGATGTCACTACCTATGCTGTTGTGACCAATGTTAT TCAGTACAACAAAACATGTAAAGAAGCTCTTGATTCTGTTAGCAATGGTGATGTTAAGAAACGAAAAGCAAGCGTGACTG GTAAAAGATCTTCCAGGAAGCGTTCAAAAGGGTCCAAAGTGTAA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0142500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSLGYAEKLSYIEDVGNVGMSEFFDSSHVLREKIERLAIMIKKSKHLVVFTGAGISTSCGIPDFRGPKGIWTLQREGKAL PGASLPFHRAVPSLTHMALVELEKAGILKFVISQNVDGLHLRSGLPREKLSELHGNSFMETCPLCGAEYFRDFEVETIGL KETSRRCSDAKCRTRLKDTVLDWEDALPRKEMAPAEKHCKQADIVLCLGTSLQITPACNLPLRAIRGGGKVVIVNLQKTP KDKKASLVIHGFVDKVIAGVMDKLNLQIPPFVRIDFFQIILVHALSNDKRFVNWSLQVASSHVQKAALPFIESVEVSFTD KENYKAAILDKQPFQLKRRTAYDKAFEMVLKLNFGDGCGCPSLEIDVPVDFKFTTDGFNLDKDVIFQKLRDKAIRKSKCG QNAVVERKTILTPRSDVTTYAVVTNVIQYNKTCKEALDSVSNGDVKKRKASVTGKRSSRKRSKGSKV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 452 | 452 | 4.8E-198 | – | |
| PANTHER | 1 | 452 | 452 | 4.8E-198 | – | |
| SUPERFAMILY | 5 | 291 | 287 | 1.57E-75 | ||
| ProSiteProfiles | 35 | 269 | 235 | 43.452 | ||
| Gene3D | 38 | 264 | 227 | 7.3E-88 | – | |
| CDD | 45 | 251 | 207 | 3.66282E-128 | – | |
| Pfam | 52 | 74 | 23 | 9.1E-6 | ||
| Pfam | 88 | 216 | 129 | 5.3E-20 | ||
| Gene3D | 135 | 184 | 50 | 7.3E-88 | – | |
| MobiDBLite | 441 | 467 | 27 | - | – | |
| MobiDBLite | 452 | 467 | 16 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | NAD+ binding | Interacting selectively and non-covalently with the oxidized form, NAD, of nicotinamide adenine dinucleotide, a coenzyme involved in many redox and biosynthetic reactions. |
Expression pattern of LotjaGi6g1v0142500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…