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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0021200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0021200.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA-binding protein, putative; TAIR: AT3G07810.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; Swiss-Prot: sp|Q8W034|RNP1_ARATH Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2QW64|A0A0B2QW64_GLYSO RNA-binding protein Musashi like Rbp6; Found in the gene: LotjaGi1g1v0021200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:2584604..2614720) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CACAAAACTTGTCTTAATATTCTTGCACCAGAGGATTTGCAGTGTTGTTGTGTTCTCTCTCTATCTTTGCTTGAAATTCC ATTTCTTTTGATTTAATTAAAGGGTAGTGGAAGCAAGGAACAACAAGATAAAAAAGCAAGCAAGAGAGAGAGAGATAGAG AGAGGGGATGAGACCACATCCTCTGTTTTCATTCTCCCTGCCATTCAAATTTTTCACATAACCTCTCATTATTATTGTTG TTGTTGTTTTTTATTTTTGCTTCTGTTTCCATCACCTACCATTCATTTTGATTCTTGAATGGTGAATTTCCCATCCAGGT TGTTCCAATTTTTGATTTCCTTCTCCTTTGATCTCTAATCTCTTCATTCAACTACTCTGAATTTCTTCTCTGATCCTATC TTTCTTTGCTGGATTGCTGGATTGGTTAAGTTTCTGATTGGTTCTCTGAAGATCCGATTCTCTTAGATCGAATTTCACAA ACCCCACTTCGTATAATTCAGAAGCATCAACTGGGTTCTGGCTGAATTTCAATATAAGGTGACCCTTTTAGCAGATTTAT CTAATCTGCATTTCTGATCGCTTTACTTTGCTTCTGCTTATCAAAGATTGAATTTTTATGTAGATTGAGCTCAATTGTAC ATTCACCAATTACCTATGCATTTAGATTGGTTCAGGGACTGAAATTTCTGGCCATCACATAAATAATGAGTTGAGATATG CATGTTTTGTTGTTGTTGGTTTTGGCATGAGAATTTTGACTAATAATGAGTTGTTTGTCTGAATCTGTTGAAAGGAAATA GTTTTTGATGGTTAATTTGCCATGGTTGGTTACATGACAGATGGAATCGGATCTTGGCAAGCTCTTCATTGGGGGAATTT CCTGGGATACTGATGAGGAACGTCTCAAAGAACATTTTGGGAAATATGGGGAGGTGATAGAGGCTGTGATCATGCGAGAT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0021200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAATCGGATCTTGGCAAGCTCTTCATTGGGGGAATTTCCTGGGATACTGATGAGGAACGTCTCAAAGAACATTTTGG GAAATATGGGGAGGTGATAGAGGCTGTGATCATGCGAGATCGCGCCACAGGCCGTGCTCGAGGCTTCGGTTTTGTTGTCT TTGCTGATCCTGCTGTTGCTGAGAGAGTCATTGTGGATAAGCACATAATTGATGGCCGAACTGTTGAAGCCAAGAAGGCT GTTCCTCGGGATGATCAGAACACCTTAAACAGACAGTCCGGTGGCGTCCATGGATCTCCCGGTACCGGACGCACCAAGAA GATTTTTGTTGGAGGCTTGCCATCAACAATCACAGAAAGTGATTTTAAGAACTATTTTGATCAGTTTGGTACAATTACCG ATGTTGTAGTAATGTATGACCACAACACCCAGAGGCCAAGAGGTTTTGGCTTCATCACTTATGATTCAGAAGAAGCTGTA GACAGAGTTCTTTTTAAGACATTTCATGAACTCAACGGAAAGATGGTTGAGGTCAAGCGAGCAGTTCCCAAAGAGCTTTC CCCCGGACCGATTCGGAGCCCATTGATAGGATCATATAACTATGGTTTGAATAGGGCCAGTAGCTACCTAAACAGTTATG CCCAGGGCTTTAATATGAACCCGGTTGGAGGCTTGGGAGTCAGGATGGATGGTAGGTTTAATCTTAATCCACTTACTAGT AGTAGAGGCGGATTAACCCCATTTGGCTTCAGTGGTTATGGAATGGGAGTGAATTTGGACTCAGGATTGAATTTGAACCC AAGCTATGGAGGAACTTCAAATTATGGGGGTAGTCTAGGATACGGTCGGATAAGTCCTTTCTACAACAGCAACTCAAGCA GATATACCACTCCTATCGGCTATAGCGGGGGCAATGTGAGAAGTGATTCGCTTATGAACTCGCCTTCTCGGAATGTTTGG GGAAATGGGGATCTAAATAGTACTTCCAATAACCAAGCCAGCCCTGGTGGTGCTTACTTGGGATCTGGAAGTGGGGCTTT TGGAGTTTCGATTGGAAATAGCGGCGCGAATTGGGGTCAATCTGTCCCAAACCAGGGTGGAGGAGCTGCTTCCGGCTATA ATGCTTGGAATAGTGCTTATGAAGGTGGAGGTAGCACCATTGGATTAGGAGGGGGAGGGTATGGAAGGAACAGTCCAAGT GTGACTCAATCCTCAACATTTACTGCACCAACTGGCGGTTATGAAGGATCCTATGGGGACTTGTACCGCAATGGTTCATT TTACAGCGACTCAACTTTGCGGTCCGGTGCTTCTGAAGTAGATGGCTCAGGCTCATTTGGCTATGGACTTGGTGGTATAG CTTCAGATGATCTAGTAAAGAGTTCGGATGATTTGATTGGTAACTACAATGTAGCAAGTAGACAATCTAATAGAGGTATT GCTGCTTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0021200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MESDLGKLFIGGISWDTDEERLKEHFGKYGEVIEAVIMRDRATGRARGFGFVVFADPAVAERVIVDKHIIDGRTVEAKKA VPRDDQNTLNRQSGGVHGSPGTGRTKKIFVGGLPSTITESDFKNYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYDSEEAV DRVLFKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPIRSPLIGSYNYGLNRASSYLNSYAQGFNMNPVGGLGVRMDGRFNLNPLTS SRGGLTPFGFSGYGMGVNLDSGLNLNPSYGGTSNYGGSLGYGRISPFYNSNSSRYTTPIGYSGGNVRSDSLMNSPSRNVW GNGDLNSTSNNQASPGGAYLGSGSGAFGVSIGNSGANWGQSVPNQGGGAASGYNAWNSAYEGGGSTIGLGGGGYGRNSPS VTQSSTFTAPTGGYEGSYGDLYRNGSFYSDSTLRSGASEVDGSGSFGYGLGGIASDDLVKSSDDLIGNYNVASRQSNRGI AA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 2 | 92 | 91 | 1.5E-25 | ||
| SUPERFAMILY | 4 | 104 | 101 | 3.9E-28 | ||
| ProSiteProfiles | 6 | 82 | 77 | 17.711 | ||
| SMART | 7 | 78 | 72 | 1.5E-23 | ||
| CDD | 8 | 78 | 71 | 2.46736E-38 | – | |
| Pfam | 8 | 75 | 68 | 8.2E-17 | ||
| PANTHER | 11 | 345 | 335 | 1.1E-153 | – | |
| PANTHER | 11 | 345 | 335 | 1.1E-153 | – | |
| MobiDBLite | 81 | 101 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 102 | 181 | 80 | 1.8E-25 | ||
| CDD | 104 | 183 | 80 | 3.66396E-49 | ||
| ProSiteProfiles | 106 | 183 | 78 | 17.933 | ||
| SUPERFAMILY | 106 | 193 | 88 | 8.73E-26 | ||
| SMART | 107 | 179 | 73 | 2.1E-23 | ||
| Pfam | 108 | 164 | 57 | 7.6E-16 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0021200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…