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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0064500 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0064500.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Integrator complex subunit 7; TAIR: AT4G20060.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5ZL91|INT7_CHICK Integrator complex subunit 7; TrEMBL-Plants: tr|B0BLJ2|B0BLJ2_LOTJA CM0545.610.nc protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0064500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:8943424..8956155) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTTCGTTTGTTCTGTATCTCGCTTGAATTCTTTTGAGTCTTTTCGTTTTCACCTTCTCCCTTTTCATCTTCCTTCACCT GTTTCCGTTTTCACTCCTCTTTTAACCTTCCCTTTTGCCTTCGTGACACTCACTTTTTATCTTCTGTCCATGACCATTGA GGTGTCATGGAGGTTGTCCGGGGTCTGTAGTGAGGGTGAGGGTTTTGGCAGCGGCGCGGAAGACGGAATGGCGACAGGAC TGGCGAAACGTCTTTCTATTATCCTTTGAAACCCCATTCACGTGAGAGAAGATCCTCAATCAGGTAAGAACTGTTTCTTC TCCTCACTAATTTAGATCTTTGCACTAACATTTCAGCTTTTTCTACAAACTCTCTCTGTTCTGCTCTATGTCAATTCCTT TTCATTTTTCCTTTCAGAACCTCTTTTCCGCTGCCGCTTAGCAAAGCCCACCATCTGTTTCGCTCTTTGTCAATTCATTT TTATTTTGCCGTTCAGAACCCTTTTATGCTTTCCATTTTTTAACTTTTTGCATCTTCGTTATCTTTCTAACTCCTTTTTC GTTTCTCTTATATTGTGCAGTGCATTGTTGTTACTGTTAGGAGCTTCATTAACATGCCTTTTCTGACCCCTTGCATGTCT ATTCATTACTTTCAGGTGTTTTTCCAGCAAATTCCATCCTTTGGGTGAGTACAATGAAGTCTTTTTTCCTTATTATCGTA TTTTGTTCATCACTAATCTTATTGTCTATTTTAGGGATCCAAACTTTCTCAGTTAAGGTATTCCATGCTTTTGATTTTTG TTTGATTCGTGTACTCTCTTGATTTGCTTTTTCATGTGTTATTTGAAATCAATACTGCAATCTGATTTAGGGTGCCATCT CCTCTTCTCCAACTCCGATAATAGAAAGACATTTTCGGAGGATCTTCTCCCCTTTCCAAGTTTCTTTATGGGTGAATAAT 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AAGATTACCAGCTTCTTTCTAAACGGTCACACAAAATGCTCCAAAACAAGTGTAGTAATCTCACAGACTAAAATATGGTA AAAAAACCTTGTATGCTTTACTCGCAACTGAATATGAGCACTTAAATTTTGCAAAAACTCGTACGACAGCCAACTTTATA GGCAAAGATACTGCAGGTGTATTCACCATGTTAAACAACATCTCCAATGTAATACATGCAAAATCATCTGAATATCTCAC AGAAGCATCCAGCAGCAAATAATGATGCTATTACCTGTAAAAAACTAACATAAAAAAGTATATACAAGGAAGTTTGACTA AAATAATAAGAGCTCAAAAGAAAAGACAACTAGGGGAATGCCACAATGTAATCAAACTACATTATAATGTGAAAAAGGCA ATACATTGTCCAATAATTGTCAATTCACCCATGTATAATCTCACACATATTGATGTGTTTGGGTAAATAGCTTAGTTAAG TGTTTAAGGTAAGCTATATTCATAAGTTAACCAAACACGTGCAAAAGTGCTTATGCTACGAGATAACCTCAAATAAGCTC TTTCAAATGCAGCCTAAATTTAGTATGCAGTTTTCGGTCGCCATACAATTGCAGAATTTACACAAGGAAAAAATGACTAG GTGCTAAAGTATCAGAATGATATATTCACATATAATACTCCATAATTGACAGATTTTATTGATGAAATTAGAATTGGACC ACCAGAACCACAGCAACAGTAAATTACACTTATGTTACCTCACAATCATGAGTTGAAACGAGGCTGGAAAGTATCAAGTA TCGTATTTGAACATTATCATTGTCAAAATCAGCCCAGCAACCAAACAGAACCAAAGCCAGTGCCTTGGACTCTGAATCTC CATTTTGGAAGACAGATTTCACTCTCTTCAACATCTCCAAGTGGTTAGCTACTCTAGCCTTTGATAGCAAGCCCTTACAC 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AAACGAAACTAATGCAAAGCCACCCTGTCCATGCTGATAAAAACAAGTTATATCTCCCTTGGGACTCCAGCTTCTTTCTC CATGAATGGATTTCGTCATCCTTCACGTCAAACGTTTACCTTCAGGATTTGGCTGTTCCACAAGTTCTTCACTTATCTTC GATCCTTCAAAATTTGGCTGTTTGCTGGTTCCTTCCTCCTCATATGGCCCTTGTTTCTGTGTCTGCTTTCCCAGGAGGAT CTCGATGTTTTTGTTTCATCAAGCTCCTCTTGCCGTGTCTTTATCTTAGCCAATTGGGAACCTTGATCCCAAGTTACTTT CTTCAACATCTCCACCGCTTCCTCCAATGCTTCCATGCGAGATTCCATTGCTCCCTCTTTAGAATCTAGCAGGTCAGACC AAATTGATAGACCTCAGAAGAAAAGTAAGTTTTGAGAGAAAGAGACAAAGAAAGAGTGGCTGCTGTTATGACTGATTATG AATCAAGGAGTGTAACTCCTTCAAAGGGTCACCCCTTTCACACCAAAGCATGCTAAGGTATAAAGAATTATGCTACCTGA ATGCTCAATTCCCCTAGTTGTGTGTCTTCCCTCCTAACTACCCACTGTCTTTTTTGTTTCTTTTAGTGTATACCTTCCAT ATTTTTTCCATCCCATTAGCTAGTTCCCTACTCCTCAACATGTGTTCTTACGACTAGTTTTCAAATTTAACATTGGTGTA AAATAGCATAACGAGATTGTTATAGTGTTCAACTTATGTAAACTTTTAACTGTCTTTGTTGTCTGTTTCTTTCTTGAAAT CATCTGTATAATCTTATCTTATGTGATCATTGATTGGATGCAGATAGGTCTACAGTTGATATTAAATTCTTCAAATGAAG ATCTTTTGGTAGCTATGCTATTCTCACTTTCAAAACTGGCTTCTGTTTCTACAGTTCTAGCCTCCAATGAGGTACGAGCC 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ATGCTCGACTGTGGTGTAATTGTAATGTAGCCGGAAAAAAACGTGAGGTTAAACTTTAGAACTGCCAAAACACCTTATTG GTAAAGGGTTAAACCTAAAAACCGTCCCTGAACTTTGAGCCAGATTTGATTTTCGTCCCTTGCCGGAAAATCTTCCTATG CATGCCTTCAAACTTACGTTTTCTTTTGAAACTATCCTTACCGCCAATTTAGCTCCGGCCGCCGTGACCAAGTGTCACTT TTGGCCTACGTG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0064500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAACCAACTTGTGCTGCTTGTGCCATGGAATGGAGCATCCAACTTGAGAAGGGCCTCCGTTCTAGTAAACCAGGTGT ACCTGTCAAAGCCATATTGAAATTGGGGCCCCACCTTCAGCTATGGAGTAGAGAGTTCGAGTCTGGTATTGATTCCAATG CCATATTTGGCCTTGTTCCAGGAGAAGATAGGCTGTTTGCCAATGCCATCCTCTTACGCCTTGCTGATGCCTTTAGAGGA GGTGACAAAGAAATCAGGTTTTCTATTGTCAGAGTTTTCTTGTTTGAACGAAAGCACCGTGATAATGGGAAACACAAGCA GTGTAAGGGCTTGCTATCAAAGGCCATAGTAGCTAACCACTTGGAGATGTTGAAGAGAGTGAAATCTGTCTTCCAAAATG GAGATTCAGAGTCCAAGGCACTGGCTTTGGTTCTGTTTGGTTGCTGGGCTGATTTTGCCAATGACAATGTTCAAATACGA TACTTGATACTTTCCAGCCTCGTTTCAACTCATGATTGTGAGGTAATAACATCATTATTTGCTGCTGGATGCTTCTGTGA GATATCAGATGATTTTGCATGTATTACATTGGAGATGCTGTTTAACATGGTGAATACACTTGCAGTATCTTTGCCTATAA AGTTGGCTGTCGTACGAGTTTTTGCAAAATTTAAGTGCTCATATTCAGTTGCGAGTAAAGCATACAAGATAGGTCTACAG TTGATATTAAATTCTTCAAATGAAGATCTTTTGGTAGCTATGCTATTCTCACTTTCAAAACTGGCTTCTGTTTCTACAGT TCTAGCCTCCAATGAGGTGGACTTTCTACTGTCATTTGTCAAGCGAGAAGTAGCTTCACATGTGCAAGAAACAGCATCCA AATGCATACATTATCTATTAAAAAATAATCCAGCTCTAAAGCTTTATTGTAATGAGTCCTTTGAGCTCCCAGATGGACAG ACCCTAGAACACTCACCCTCTGAAGATCAAGCTTGGAAAGATGATTGGAGAGATGATGAAATAGTAGAACTGAAGAATTT GTTTCCGGATTTGGAAGCACCTCTATAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0064500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEPTCAACAMEWSIQLEKGLRSSKPGVPVKAILKLGPHLQLWSREFESGIDSNAIFGLVPGEDRLFANAILLRLADAFRG GDKEIRFSIVRVFLFERKHRDNGKHKQCKGLLSKAIVANHLEMLKRVKSVFQNGDSESKALALVLFGCWADFANDNVQIR YLILSSLVSTHDCEVITSLFAAGCFCEISDDFACITLEMLFNMVNTLAVSLPIKLAVVRVFAKFKCSYSVASKAYKIGLQ LILNSSNEDLLVAMLFSLSKLASVSTVLASNEVDFLLSFVKREVASHVQETASKCIHYLLKNNPALKLYCNESFELPDGQ TLEHSPSEDQAWKDDWRDDEIVELKNLFPDLEAPL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 306 | 306 | 1.9E-116 | ||
| SUPERFAMILY | 71 | 337 | 267 | 4.53E-7 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | SnRNA processing | Any process involved in the conversion of a primary small nuclear RNA (snRNA) transcript into a mature snRNA molecule. | ||
| Cellular component | Integrator complex | A protein complex that stably associates with the C-terminus of RNA polymerase II and mediates 3'-end processing of small nuclear RNAs generated by RNA polymerase II. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0064500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…