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LotjaGi1g1v0129900.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0129900
Transcript ID LotjaGi1g1v0129900.3
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Receptor-like kinase; TAIR: AT4G23140.1 cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 6; Swiss-Prot: sp|Q9C5S9|CRK6_ARATH Cysteine-rich receptor-like protein kinase 6; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2P4Q9|A0A0B2P4Q9_GLYSO Cysteine-rich receptor-like protein kinase 29; Found in the gene: LotjaGi1g1v0129900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:20809372..20862176) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AGGCGGATGAGTTCAACCAAGCGCTGAGGACTCACGTTTAAAGTATGCTACTGGAAATGTTTCTGGTCCAGATTTTCTAG ATTTGTATGGTCTGGTGCAGTGCACTCCTGATCTGTCTAGCCTTCAATGTGATGACTGCTTGTCTGGGGCTGTTGGAGAG TTGCCAGGATGTTGTGATAGTAAGATAGGTGGGAGAGTTATTAGACCAAGTTGTAATATTAGATATGAAATCAGCCCGTT CTATGAAACGCCGCCACCACCACCACCACCGCCATCCTTATCAACACCGCCAACTTCAGCATCCACTAATAATACTACCT CAGAAGGTACTGTCTCATTTTATTCAATGTTGTAGTTAAATCTGGGCCACCCAAAATGAACCAGGAGTTGACTTCATTCA TGTTTTTGGATTGTATACAAAATTACAAATATCCCACCAAGGATTCTGATTTGTGCAGGGAAGAGCAACACATCTAAAAT TATTGCAGTAGCCATAGCGGTTCCAGTTGTTGTTGTTGCTTTGCTGCTCATTTCTATCTGCATCTATTTAAGAGTGAAGA AGCAAAGAGAAAATGTTCAAAGTAAGTCCAAGGCCTCCAAGCATGAATTTACTGTCACTTGTCATGAACATAGTCTTATT AATTTTAAGGGATATACAATGACATAATTCATTTTGAGAACAAGTGTTGTTTGGATCAGCATTGTTAGAATTGATTGTTG ACAGATATAACTCAGATAAAATTGATGATGGTAAAATTGAGTTTAAAATGAAGGAGAAGCAGGGATTTAATGACATTTCC TTCTTGTTTCACATTTAGAAATTTTATCTTTCAATTTTCTTGTTTGGTTGTACTTATCATATAAAAAACTTATTTGTTTA ACCCAATTTCACAGTTCCTTCACAAGATGATGATGGTTATGATGATGAAATCATAACCAATGACTCACTGCAATTCAAGT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0129900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCTGGGGATTGCTCGAGGCCTTCTCTACCTTCATGAGGATTCGCGATTGCGCATTATACATCGTGATCTCAAAGCAAG CAATATTCTCCTAGATGAAGAAATGAATGCTAAGATAGCAGATTTTGGCATGGCAAGACTGATTGTAGTGGATCAAACAC AAGGAAATACGAGTAGAATTGTTGGAACCTATGGATATATGGCACCAGAGTATGTAATGTATGGACAATTTTCAGTAAAA TCAGATGTCTACAGTTTTGGTGTGCTGGTTCTTGAGATTATAAGTGGCCAAAAAAACAGTGGTATTGGTCATGGGGAGAA TGTGGAGGATCTATTAAGCTTTGCATGGAGAAACTGGAGGGAGGGGACACCTACAAATATTGTAGATCCAACATTAAACA ACAGTTCAAGAAGTGAAATGATAAGATGCATTCACATTGGTTTACTTTGTGTTCAAGAAAACATATCTACCAGACCACCT ATGGCTTCCATTGCACTCATGCTTGGAAGCTATTCTCTGACTCTTCCTGTGCCTTCAGAACCTGGATTTTTCGTGGGTAG AACTAGAAGCCACCCAAACACGTCTTCGTGGGAAGACAATTCAAGGGAAACAAGATCAAGTGAATTGATACTCAAATCAG CTCAAGAATCAATAAATGAAGCTTCAATTACTGAGCTGTACCCTCGTTAA
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Protein sequence (LotjaGi1g1v0129900.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLGIARGLLYLHEDSRLRIIHRDLKASNILLDEEMNAKIADFGMARLIVVDQTQGNTSRIVGTYGYMAPEYVMYGQFSVK SDVYSFGVLVLEIISGQKNSGIGHGENVEDLLSFAWRNWREGTPTNIVDPTLNNSSRSEMIRCIHIGLLCVQENISTRPP MASIALMLGSYSLTLPVPSEPGFFVGRTRSHPNTSSWEDNSRETRSSELILKSAQESINEASITELYPR
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Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D
G3DSA:1.10.510.10
1 174 174 3.7E-52 –
ProSiteProfiles
PS50011
1 174 174 25.46
IPR000719
Pfam
PF00069
1 101 101 2.2E-27
IPR000719
SMART
SM00220
1 166 166 3.2E-4
IPR000719
SUPERFAMILY
SSF56112
1 203 203 1.01E-46
IPR011009
PANTHER
PTHR27006
3 181 179 1.6E-79 –
PANTHER
PTHR27006:SF207
3 181 179 1.6E-79 –
ProSitePatterns
PS00108
19 31 13 -
IPR008271
MobiDBLite
mobidb-lite
185 204 20 - –

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
GO:0004672
Molecular function Protein kinase activity Catalysis of the phosphorylation of an amino acid residue in a protein, usually according to the reaction: a protein + ATP = a phosphoprotein + ADP.
Subterm of
GO:0005524
Molecular function ATP binding Interacting selectively and non-covalently with ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.
Subterm of
GO:0006468
Biological process Protein phosphorylation The process of introducing a phosphate group on to a protein.
Subterm of

Genome browser

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0129900.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…