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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0167200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0167200.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Small RNA degrading nuclease; TAIR: AT5G25800.1 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q8L7M4|SDN5_ARATH Small RNA degrading nuclease 5; TrEMBL-Plants: tr|I1LXA9|I1LXA9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0167200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:31792232..31803985) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTAATATGAGGCCCATGACTTTGAAAAGGGCATGAAAAATCCCTAGGCGACCCACACCACCGCCTACCCAATTTCACCAT CAGTTTGAGACACTTTTCCTTTTGTTGAATTGCTTTTGTTGAGTTGTGTTCGAACTCACTCAAGTCCCAGGTTGGTACCT CCTCTCGCGACAATGGATTCTTCGGAGGCGAATACTGAATCCCCTAGTCGCGCCGAACAGGATTCCACGGCGAACAAGAA ATGCACCAAGTTCTACGATATCTACGGCCCCGAAGTAAATTTTCCATGTCTTTATTATGATTTTTTTATTTCTTTGTTTT GGTTTTTCCTTATGGGACATCAAGTTTGAGCTTTTGTTTTGACTAGAATGGTGCTGGAATGTGGTTTTAATCATGAGGAG GTGCTTGTTGCTTTTGGTTACTTTTATTTTGAAGTTGTAGTTTGAATTGAAGTGAAACTGTTTCTTTGCTTAACTTTTTG ACCTTTGTTAAAGAGCATTCATTGTCTTCTTAGCTGAATTCTGGATTATTTGTGGCAATCCAGTTGGGGTAAACTGGTTT TAGAGTTCCCAAATTTGGTGCTTGTTTACAAAACTCAAATATTTGTTAGCCTATTTGTTATGTCTCCTATTATTTGTTTT GTGTTATGTATTTTATATGCAGTATTAGATTCCTTTTGTGAAAAATGCCCCCTTTTGTGTGTTTAGCAACTGGCTGTTTT CGATTTACGTGTTGCTAATTTTTCTCGTAGGTTGTCCTTTGACATGGAAAGTTTTCAGTTGGTATTACATACATTTTTTT TTATAGGCAAATGTTAGTTGTTAGTAAATTAGTACAAATTATCCCTCCTCAGGGTTAGAACCCTGGCCCTTCACCTACAT TACATACATATATGCGACTAGGCACCGATAATCAGTCGTTGGTTTTTTACATGCCGTCTAAGCTTCCTTCTGCGATAACT 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GGTTTTTTGGGTCCGTTATTTGGCTATGTTTTGACATGTATTGTGGCGCCACTGTTGTGATCATTCGGTCTTCCTCTTCT AGTGCCCTGTTTGGTTCGTGGGTCTACTGTGTTTTTTCATCTCCCTGTGACATATCTTGCTGTTTGAGTTCTTAGTTTGC GTCTCATCGTTCGAGATGGTCTTATTAAAGTGATCTTGGCCGACTTTATACAATTAGGTTTTGAAGGTGACACCTTTGTA TGTGGTCTTCGTATGGTTCACTCTCGATTTTTGGTTTTCTGGTTTTAGGGCTTCAGCTGCTGTTAACGCTGGCTCACTCT CTAGTTTTCGCGAGTTATCAATGTCAAAGTTGACACCATTATTTGTCTCAGAAGCCATCAATTGATCTACCTCAAATCAT AGTAGTCAATCGCAGCAAATCGCACCATCGCGTCGCGGCCCCTCCCTGCGATTCTGAAACAATCGCGTCGCGGATCACCG TCGCGGCTGGAGCGGCGCGATTCGCGGCCAAAATCGCAGTCAATCGCACCAGATCGCGGCGCGACAGGGAGAAGAGAAGG GGAACTCGCGGAAAAACCTAAATTGCCCTTGAAATTTTACAATTAGGTTAAACTTTGAGGGTATTTTTGGGATTTCGCTT CTGAATAAATGAAACGCGCGTTTCATCTCACTATTCATCTTCTTCTCTCTTCTGCGACCAGAACCCATGGTCATTGTGCG ACCTCCTTCAGCCACCGTCGATCAGCACCCATGGCCACAGCCCGACCTCCGACAGCACCGTCCAACTTCCGGCGAACATT GTGCGGTGGCTTTCAGCCTATCTCCGGCGACCACTGCCCCTGTTTCCCTTTGGCCTCTGTTCTGCTCTGTTTTTTTTTTA TCTTTTCATTCCTCTAATTTTCTTTCCTTTCTTTTCCTCTTTTTTTTTTCTATTCTCAATCATTTCATTATGTTACCCTT CAGTTCTCTCCTTCCAGCAGGGCATCCTCCTCTCTTCTCTATCATTTCATCATGTTATGTATTTTAAGTTATATTTATCA TTTTTTAGTAATTATATGTATATACTATTAAACTACAAATTATATAAAATTATATATGAAAAATCAGAATAGCGGCCATC CCGCCATGCGCTATCCCGCTATCCCACTTTTTTGGTCGGCTGCTACGTGCCGCTATCCGGGATTGATTACTATGCCTCAA ATGTTTTTGTGTGGGTGCTGCTGGTTAGCTGTTGCTTCAGCCTTGTTTATTTCTGGGCGTATTGTTGTTGGTTTTTCGCC CTAGTTTGCTGGCTCAGCTGATCCTACGATACTCCAAAAGAATTAGTTGTTTACTTGCTTCAATTTCAGCCAGATCAAGT ATGAGAAGTTATCTTTTGTGGGCCCATGGATTTAGCAGAAGTTCGAAAGGTTGACCTATTCGATTCAGATATTCGCAAAG ACCGTCATTATTAAGAGATACCTATTAGGATATATCTTGTTGGGATAGATAGGTTTGTTACAAGCTTAAAGCTAAGTAAG CTTTAGCTTGAGGGGGAGTGTTGAATATCTCTTATTAAGATTGAGTTTATTATTAACTTATCTAATAGAAGTAGAGATAA GGTTTAGATATAGTTATTCTCTATTTTAGATTAGTATCTATTAAGATAGAGATAGATTTAGTTTTTATCTCTTTGGTATG TCTATAAATTTTACAAGTATGTTGTTGAAATACATAGAGTAACATTTTCATCAGATTTAAGTCTAACTTTCTGTAACCTT TATATTTACTTAATTTGCTATATTGTTTGTTAGCATCACTGCTGTGACATACTTTTGGCTTCACCCTTGAAACAGGGCCT GACTTTGGTTCCCCTCCTAACTTCATGCGGAAAAAGCTCCTTTCCATTTTGAGCGAATCTGGCAAAACTTCCTCATTGAT TGATGATATATCCGTTGTAAAACGATTTGCCTCTGAGTCCTCTCATGCAATTCCAGTTACATCTGATGAAGAAGCACTTG CAAAGACAACCAAGGAGGTAGATGTCTTAGCTGGCTCTATACTCTATTTGCTATTGGATTCCTTCCTGATTTAACAACTA CAGCTAAGCTTTATGTCCACACCTTTTTCCAGTTGAAGAATGAAAAGGTCCATTTTATTTGGACACAGTTTTCAGAGTTA TACTCATACTTGAAGAAACAAGCTGAGGATTCAGAGAAACTGCATAAAAGACTTGCAGAGATGATGGCATTACGAACGTG TGAGAAAGGGAAAGGCTTCAAGTACAATGCATCTTCCGAACTGAAGGAAATTCTAGCTCGCATGGATGCTAGAATTCGTA ATCTGTACATGTCATTACCAACAAATGCTATGGTGATAATTTGCACTGGTCACGGAGACACAGCAGTTGTTCGCAGGTAT ATGCATATCTTGTTTATGCCTAAGTATCTTTTTATTTCTTTTTGCTAGTATACGTTTTTCACCTTACAATATAGTCAGAG AAAATTAATGTTTGATCCCGGAATGGTGTATTATTTTACAATTGAGTCGTCATGAGCAAGTTTTGTTTTCATGCAAATAT GCTAATGCAATTTATTGATTCCCCTGTGGAGGTGGACCCTAGGGGTCGTTCGTATCAGACTCACTTATTTGTATAGTTTG ATCCAGTGTTGTCAAATAGCAGATATCGCGGTGCTATAGAGCTATAGTGTTAGCGCTTTGAGGGCTCACCGCTATCCGTA TTTTCTGCTTTAAGGGCTTGAAATAGCGGATTTTTGGCTTTCCGTAATCCACAATAAACAACACTAATTTGGTTGCACAT GTAAATGGTAAGTTGTCAACAAATTGCATGGCGTGATCTCATATTATCAATTAGATGATGATTTAAAAAGTGAACACATG ACACTTGGGGCTAACAAACGTAATATTTTGGATAGTCAATTGAGACCCCTGAATTTACTCGGGGATTTTGATTGTCACTC ATTTGGTGACCTTAAATTTTTCACAATCACTTGATAATCTGAGACTAGGGCGCACCATTTATTAGGGTTCCATGTGAGCT ATCCACCAGGTCATGGAATTTTATCCATTAGACCAACTCCAAACTCACCCCGGCTTGTACATTATCAATTTGGTTCAGTC TGGAACTTTACAAAGCTAGGGCTGTACTTTTTTCTAACTAATGTTATTTATGTTAATTGAAAATTGATGGTTTTGTTAAC CTTTTTTTTTCTTGTAGGGTGAGGAGAATGCTTGCTGAGGACAGTGAAAGTAATTTTAGTCGTGAGAAGATCGTGGAACT CCTGGAAGAGTTTCAGGCGAGAGCTGAAGTAGCCTTGTGTTTTGTAGGTGTAAAGCACTGAATACTTGGTTTTTTGATTT TTTATATCCTGTGGGGAGTGAGTTCCCACAATTTGATTGTAAGCTTTGTAAATGTAAGTTATTGGCTCACTGCAAGAGTT CTTCGCGCATGTCATAAGGATATCAAGAAAATATAGAAGAGCCCCAAATATTATCAGCTATTCTGCTTCATTCAGAAGTT ATTTTTTGTTTTAGCCATTTTGCAATTTTGTTGACAAACATTTTCCTTCATAGTTTATATATTTGAAGTATTTGTAAGTT AAATCTATTCAGTTCATATATTTGAAGTATTTGTAAGTTAAATCTATTCAACCTAATGGTTCCGGCTCCTTTCAAGTGAG TTCACTCACTTAAGAGGTAAAGTAAGTCGATCACATCATTAATTGATTTTTTTTATTGATTTTTCAAATTAAGTAATCGA TTATTAGTCGTTGGATATAGAACCTCCTCATCTTTAGGAGGTTCTTTCGTAGTAAGTCGTGGTTAGTTGCACATATTACA ACTATGACAGAACTGTATGAGTTGTTTGAGTGCTGATTAATATGGGGAAATTTCTCTCCACACTCAAAAGTGGTGTGGTT GGTGAACTGTTGAATATGTTTAGGGGCTTTTGTGACCTTTAAGGTCTTTACATCATGTTTCAGTGTCAGCTCAATATATG TATCGGCATTCGTGATCATGCTTGTTCTAAATTTTGTTTATCTATGTGCATTGCAAAATCACTCTTTAAGATTA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0167200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATTCTTCGGAGGCGAATACTGAATCCCCTAGTCGCGCCGAACAGGATTCCACGGCGAACAAGAAATGCACCAAGTT CTACGATATCTACGGCCCCGAAGGCAAGGCCGATGTTGTTTTCAAGTCACCAGAAGATAATTCAACTTTGAATCTTAATG ATATTCAAGGACTTATAACTTGGGTGCTTGGTGAAGGATTTATGCCATCATGGGTCTTTATTAAGAATAAACCTCTTATT CCCAAAGTGGTGATGCTATATATGCCAGGCTTGGATGCAGCTTTGTTCTTGTCGCAATCTAAAATGCTTCCCAGTCTAAA AAAATTCTGTGGCAAACCAAGGCCAGTCCTAGCTCTTAGCTGTGTATCAGATGGTATGCAGACAATAGATGCACTGCTAA CATGCAAGGTGAAAAGAAAGAGGGATGAAAATTGTTCAATTATGACGAAAGCTACTCTGACACCACAACAAGAAGATGGC TGTGTTGGTACTAACAGTCTATCATATATGGAGCTAACTAAAGATATACCTTTCCCTGTCACGTACTATACACTAACAGA GAAAGATCTGGAAGAGAATGGATATTCTATTAATAAGCCAGGTTTTCTTTCTACTTTGCCTGCTCCTTTGGGATCTCCTT TTCATGAAATGTTAGCAGTTGATTGTGAGATGTGTGTAACAAGCGAGGGTTTTGAGCTGACAAGAGTTACTCTGGTAGAT GTTAAAGGGCAGGTTTTGATAGATAAGTTAGTTAAACCAACGAATGCTATCACTGATTACAACACAAGATTTAGTGGAAT AACATATGAGATGTTAGATGGGGTGACAACAAGTTTGAGAGATATTCAGGAAGAGTTTCTAAAATTGGTTTACAAAGAGA CTATCCTCGTTGGCCACTCTTTAGAAAATGATTTATTAGCGTTGAAAATATCCCATGACTTGGTCATTGACACAGCAGTA TTATACAAACACCCACGAGGGTCATCTCATAAAACTGCTCTACGGTTTCTTGCTAAAAGATTTCTTAAAAGGGAGATACA GCAGTCAGGGAATGGGCATGACAGCATTGAAGATGCTAGAGCTACCTTGGAATTGGCTCTATTGAAGATAAAAAATGGGC CTGACTTTGGTTCCCCTCCTAACTTCATGCGGAAAAAGCTCCTTTCCATTTTGAGCGAATCTGGCAAAACTTCCTCATTG ATTGATGATATATCCGTTGTAAAACGATTTGCCTCTGAGTCCTCTCATGCAATTCCAGTTACATCTGATGAAGAAGCACT TGCAAAGACAACCAAGGAGTTGAAGAATGAAAAGGTCCATTTTATTTGGACACAGTTTTCAGAGTTATACTCATACTTGA AGAAACAAGCTGAGGATTCAGAGAAACTGCATAAAAGACTTGCAGAGATGATGGCATTACGAACGTGTGAGAAAGGGAAA GGCTTCAAGTACAATGCATCTTCCGAACTGAAGGAAATTCTAGCTCGCATGGATGCTAGAATTCGTAATCTGTACATGTC ATTACCAACAAATGCTATGGTGATAATTTGCACTGGTCACGGAGACACAGCAGTTGTTCGCAGGGTGAGGAGAATGCTTG CTGAGGACAGTGAAAGTAATTTTAGTCGTGAGAAGATCGTGGAACTCCTGGAAGAGTTTCAGGCGAGAGCTGAAGTAGCC TTGTGTTTTGTAGGTGTAAAGCACTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0167200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDSSEANTESPSRAEQDSTANKKCTKFYDIYGPEGKADVVFKSPEDNSTLNLNDIQGLITWVLGEGFMPSWVFIKNKPLI PKVVMLYMPGLDAALFLSQSKMLPSLKKFCGKPRPVLALSCVSDGMQTIDALLTCKVKRKRDENCSIMTKATLTPQQEDG CVGTNSLSYMELTKDIPFPVTYYTLTEKDLEENGYSINKPGFLSTLPAPLGSPFHEMLAVDCEMCVTSEGFELTRVTLVD VKGQVLIDKLVKPTNAITDYNTRFSGITYEMLDGVTTSLRDIQEEFLKLVYKETILVGHSLENDLLALKISHDLVIDTAV LYKHPRGSSHKTALRFLAKRFLKREIQQSGNGHDSIEDARATLELALLKIKNGPDFGSPPNFMRKKLLSILSESGKTSSL IDDISVVKRFASESSHAIPVTSDEEALAKTTKELKNEKVHFIWTQFSELYSYLKKQAEDSEKLHKRLAEMMALRTCEKGK GFKYNASSELKEILARMDARIRNLYMSLPTNAMVIICTGHGDTAVVRRVRRMLAEDSESNFSREKIVELLEEFQARAEVA LCFVGVKH
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| PANTHER | 10 | 470 | 461 | 7.3E-148 | – | |
| PANTHER | 10 | 470 | 461 | 7.3E-148 | – | |
| Gene3D | 214 | 375 | 162 | 7.2E-54 | ||
| SMART | 216 | 375 | 160 | 5.7E-48 | ||
| SUPERFAMILY | 217 | 370 | 154 | 7.59E-32 | ||
| CDD | 218 | 367 | 150 | 5.39156E-92 | ||
| Pfam | 219 | 365 | 147 | 1.4E-12 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0167200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…