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LotjaGi1g1v0265500.5

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0265500
Transcript ID LotjaGi1g1v0265500.5
Related isoforms 4
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description VAC14-like protein; TAIR: AT2G01690.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9ZU97|VAC14_ARATH Protein VAC14 homolog; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VR25|A0A072VR25_MEDTR VAC14-like protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0265500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:64851263..64886557) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTCTTTCATTCAATTTCCATTTCAAAGCTTTGGCCTTTGTGTGTTGTGCTGTGTTTTCCTTCACGTAAACGCCGTTAGAA GCTGTCTATTTTCCATCCATCCATTTTCAAATTCCATTTCTCCCTTCATTTTCATCCCTCCTTTTTCTCTCCCTTTTCCC TTTCTCTTCCACTCTAGGGGTTTTCAATCTTCCTCAAATTCCCAATTCAACGACGTCGTTTCAAGATGATACCCCCGGGC CTCGAAGCGCTTCTCAACCGGAAACCCCCCAAGAACCGCCGCAAGAACCACCGCAGTCCACAAACGAAAACGCTTCTTCC GGCGAGGAACCTCTCGAATTTGGTCACAAACAGCGATGGGGTTGAATCCCCTGGCCTCTACAATGTCCGCAATGTCTGCG TTCCTCAAAGCTTGGTTTGTGGGTTCTTGCTATATTTGGTTTGTGGGTTCTCATGGGTTTGCGTTTCTCCAACAACCATG GTGGACGCTCTCTTGGTGGTTACGGCAGCCGTGCTCTGCACCCTCGCCGACGAGAAGCGCAAGAATGCTGCCCTCGAGGT TTTTCGATTTCCCTTTTCCTTTTCCTCGAGGTTAATAATGCAATTGCAATTTGGGGAATGCTTAGGGTTTTGTGGTGCGG GTTCTTGGAAATAGGTTAATGCAATACTGAAGCAGCTTGCTACTGCTGGAGATCATGGCTTGCTACTGCTGGATAACTGC TGTGATCAATTTGCTGACTACAGAATACACTTATTATTCCAGTTGATTCTAGTTGGAAGTAATAATTTGAGCATGTTATT TTTTTTAGGGAGGGTTAATAGGCTTGGCTGCATGAAGCTTTAAGGTTTGCCCACTAGTTACTGGAATGTATAGTTTTTGA AGTCTGTATTTTTTTTCTTTTATTAGGGTTAATAGGCTTGGCTGCATTTAGAGGTGTATAATGATATCTATTTTTGTAAC 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TACGTTTGTATTAGGAATTCTCATTGTAATTTTTCTTGCTAGATTGTATCTAGGATCAATCTTTGTACTTTATAGTTCCT TTGTATTATGATATAGTTTTGTATTTTTCTTTTTCTCTCTTGTAAGAGGACCTTGGACATTCTTTTGGGATCATATGGTT GATCCCTACATGTTTGCTTTGTTTGTGTGTGGGTGAGTAAATACATTGGACATTGGTCCTCTAGGTTGAAATATTATTCT TTGCAATGTTTCTTTAGGGTTGATTTTGATTGTTTTTGTTCTTTGTATTTCCTTTGGCATTTTGTATGCTCTTGTGATGG CCAGTTTGTTTAGGAGCTATTCTTCTCTGTCTACTAGTCAAGCCATATTCATGGACTTGCAGCATCAAGTCCAAAAGTTG ACCATGCATTTAGATGCAAAAGAAAAAGGTGACAATGGGAAAAATTAGAGATTGTTGAATATGCTTTAAAGCACATTATA AGACTCTTAAGAGATTATTAGCTACTATAATGGTTAGGATAATCAAATAAAGAATATATTTCATACAAGATTCTAATTAG TGGGTACTCTTATTCCCTCATCAGTTGCTTTTGAGCAAAAATTATTCCCTCACTAGTATTAGTAGTTGCATAGTTGCACT AATTTAAAGCCATGACTTGTTTGGTAGTAATCAAGTCATATTTTCCTTGTCCATTGGAATTGTCTTGATGATGTCTTGTA TAATGTTGTAGCCAT 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0265500.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCTGAAATTCTGGTCCAGAGGGCAGGTTCTCCAGATGAATTTACGAGGTTAACCGCTATCACATGGATAAATGAGTT TGTCAAACTTGCAGGAGACCAGCTTGTTCCATATTATGCTGACATTCTTGGAGCCATTTGGCCTTGCATATCCGATAAAG AGGAGAAAATTAGAGTGGTTGCTCGGGAAACCAATGAAGAGTTACGAGCAATCAAGGCTGATCCAGTAGAAGTTTTTGAT GCAGGAGCAATCCTATCCATTACTAGGAGGCAACTGTCTAGTGAATGGAAAGCCACTCAAATTGAAGCATTGCATTGGAT ATCAACCCTTTTAAGCATACATTGTACTGAGGTTTTGACATACCTTGATGACATATTTGACACCCTACTCAAAGCACTTT CCGATCCATCTGATGAGGTTGTGCTTTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0265500.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MAEILVQRAGSPDEFTRLTAITWINEFVKLAGDQLVPYYADILGAIWPCISDKEEKIRVVARETNEELRAIKADPVEVFD AGAILSITRRQLSSEWKATQIEALHWISTLLSIHCTEVLTYLDDIFDTLLKALSDPSDEVVL 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 142 142 3.8E-84
PANTHER 1 142 142 3.8E-84
SUPERFAMILY 3 141 139 9.72E-18

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Biological process Phosphatidylinositol biosynthetic process The chemical reactions and pathways resulting in the formation of phosphatidylinositol, any glycophospholipid in which the sn-glycerol 3-phosphate residue is esterified to the 1-hydroxyl group of 1D-myo-inositol.
Cellular component PAS complex A class III phosphatidylinositol 3-kinase complex that contains a phosphatidylinositol-3-phosphate 5-kinase subunit (Fab1p in yeast; PIKfyve in mammals), a kinase activator, and a phosphatase, and may also contain additional proteins; it is involved in regulating the synthesis and turnover of phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate. In mammals the complex is composed of PIKFYVE, FIG4 and VAC14. In yeast it is composed of Atg18p, Fig4p, Fab1p, Vac14p and Vac7p.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0265500.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…