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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0306000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0306000.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pectin lyase-like superfamily protein, putative; TAIR: AT3G15720.1 Pectin lyase-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9LW07|PGLR3_ARATH Probable polygalacturonase At3g15720; TrEMBL-Plants: tr|G7JXT8|G7JXT8_MEDTR Polygalacturonase/glycoside hydrolase family protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0306000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:74536262..74545670) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATAAGGACCATTTACAAACATTGCTCTTCTTCTTCTTCAGTTTTCTTCGCATTTTATGTAACTTTCCATGGTAACCAAAC GCTGATGAACAGTGTTTTCCACACATAATCACTCCCCTCCCTTTTCTTTCCTGCTATTTTCAACCCAGCCAAACACAGTG TTAAGGCATCGGTTGCAGAACGGCTACCTTTGATTTACGCTCAATTTAGAGCCAATGGTAACACATATTTCACTCATCCT TCTCATTCCCGGGAAATTTAGGCTCGCGCTTCTTCTCCCTCTCCGCGCGCAGAAAACCCTAGCTCTTCATTCCGAGCTGC ATGTTGTTCCGCACGAATTGCAGAAGAAACCCTAACCGGTGAAGGTGAATTAATGGGGTTTTTCATCTTCATTCTGTTGC GTCTGCGCGCGTTTGTCATCTACTCACATCGTTTCCAAGGTTGTCACCATTTGTTGTTTGCTGCTATTATTTTCCAGATT ATTGTCAAATAGTATTGCAGAGTTCGTTAATATACTCATGGATTTAGGAATAAGAAACCACTAAAAAATAGAGGAGAAGA GTTGTATAACTTAGTCACACACTCAACATTTATGGTTAGGTAATGATGGGTGGAAGAAAATTCTAGCTGGTTTTATCACT GTTTTCTATAATTGTCACTTATGTAACATAGGCATTGACCCCTGAATCTAGTTATATTAGATTAGATTTCCTTCTAGATA CTTGTAATGACTACCATGACATGTTGGGTCCTCTCTGCTAACTAGAGCCAGCTGACAAATGCTGAATGTGAGTCAACTTT CCTAATGAACCATAGCATAACTGATCTGTCCTGAGTCTTAATATGGTTAAATTACTTTTGCTTTGTTCAAGATTGTCTAA CTTATTAGTTATTAGTGCTTAGTAGGGATTGATTTTAGTCGGATTTTCACCTTCTAATAATCTTTTATTTGCTGCAGTTC 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GGTACTTGATGAATTAAAATTTCCCAAGTCCTGGGTTCAAATCTATTGGTACCTAGATACCAAAAAAATACTGGTCTAAA TGAGTTTTACTAGAATTGTAATTGACCTTTTCATTTTCTTTGACGGAATAGGAGAATTTATGCATGAAATAACTAAATCA TAGGCCCTAAATCAGCAAAATGTAGACAATGAAATTATTTTTCACAATGCAATTGGACTTCGCAAGACAAAGATTTGAAT GCCATTATTGCTGATTACAATTTTCCTGCAAGGAATGGTGTTCATCCAGTATATATAATAAGTTACCATTTCACCACTTT TCACATCAAAACTTTATTCGAGCTTCTGAATCACCTCATAGTTTTTTCCCCCACCAATATGGAAGGCCTATTTTCTGTGA TTTTTATGTTGTTTGTTGCTATACCTAGCTTGTATGCTAGAGTAACACCCAAAGCAGGATCTAGCAACTTCAATATTGTT AACTATGGTGCAAAAGGGGATGGCCAAACTGATAATTCACAAGTATATAAGTTTTTAGTTTTTTTTTTATATTTTCATAT TATTTGATATAATTAAGTTTTAAATATTTATTGTTAGGTTTTCATATTGAATCTGACACCATTCTAATTGAACTTTCCAA GGCTTTTGTGAAAGCATGGAATGATTTGTGTGCTGCAACTCAAGGTGCCCCAACACTTCTCATACCCAAAGGGAAATCAT TCATGTTGCAACCTGTGTCATTTAAAGGTCCTTGCAAAACTAACAATGTTAACATTGAGGTAAACGAATATGAACCATGT TTTTACTAGCTACTAACATTTAGTAATTTTCTTTTTTGTAGCTACTTACATTATATACATTTTTTTGCTTGACAGCTTCA GGGCACTCTTGTTGCCCCTAAAAGTGTTGTTGCTTGGAAATGGGCAAATAATAATAAGGGAGCATGGATCGATTTCTCAG 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0306000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGTTATCGCTGATAGGACTTCAGAATGCTGGAAAGACTTCCCTTGTAAATGTTGTTGATGCTTTTGTGAAAGCATG GAATGATTTGTGTGCTGCAACTCAAGGTGCCCCAACACTTCTCATACCCAAAGGGAAATCATTCATGTTGCAACCTGTGT CATTTAAAGGTCCTTGCAAAACTAACAATGTTAACATTGAGCTTCAGGGCACTCTTGTTGCCCCTAAAAGTGTTGTTGCT TGGAAATGGGCAAATAATAATAAGGGAGCATGGATCGATTTCTCAGGCATAAATGGCCTTGTTATTAGGGGAGGAGGAAC ATTCGATGGGCAAGGTGCTACATGGTGGGCCAAGTACTCTGATGATTCTGACAGGCCAAGTGCACTTCGGTTTCATAGCT GTAAGAATCTAGCGCTTAGTGCAACGAATCACATCAACAGCCCAAGAAATCACATAAGTATAAGTACATGCAGTGACTCT AGCATTTCCAATATTCATGTTACTGCCCCAGAGGAAAGTCCTAACACCGATGGGATTGATATCTCAGGATCAACTAACAT CCTCATTAAGGATTCTACGATCCGAACTGGAGATGATTGCATTGCCATCAATGATGGTTCCTCTTTTATCAACATAACTG GTATTACATGTGGTCCTGGCCATGGCATCAGTGTTGGGAGCCTCGGGAGAGATAGAAAGTTTGAAACAGTAGAAGAGGTA CATGTGAGAAATTGCATCTTCCAAGGAACCACAAATGGTGCCAGAATCAAGACATGGCAGGGAGGATCTGGGTATGCGAG GAAGATAACTTTTGAAGATATTATACTCGATGAAGCAGAGAACCCTATCATCATTAACCAAAATTATAGGGCTTATCAAC GTAATGGTCTTGCGGAGGCAGTGAAAGTGAGTGAAGTTACTTTCCGTAACTTCACAGGAACCTCAGCTTCCGAGGAGGCA ATCACACTAAATTGTGACCCTACCGTCGGCTGCACCGGCATTATATTAAATAAGATTAACATAAAATATGTATCCGCAGG GAAAAGAACACGTGCATTGTGTAATAATGTTCGTGGGTCATTCTCTTTATGTAGTCCAAATGTTGTCTGTTCTTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0306000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MELSLIGLQNAGKTSLVNVVDAFVKAWNDLCAATQGAPTLLIPKGKSFMLQPVSFKGPCKTNNVNIELQGTLVAPKSVVA WKWANNNKGAWIDFSGINGLVIRGGGTFDGQGATWWAKYSDDSDRPSALRFHSCKNLALSATNHINSPRNHISISTCSDS SISNIHVTAPEESPNTDGIDISGSTNILIKDSTIRTGDDCIAINDGSSFINITGITCGPGHGISVGSLGRDRKFETVEEV HVRNCIFQGTTNGARIKTWQGGSGYARKITFEDIILDEAENPIIINQNYRAYQRNGLAEAVKVSEVTFRNFTGTSASEEA ITLNCDPTVGCTGIILNKINIKYVSAGKRTRALCNNVRGSFSLCSPNVVCS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 9 | 368 | 360 | 8.3E-111 | ||
| SUPERFAMILY | 17 | 370 | 354 | 1.05E-106 | ||
| PANTHER | 21 | 370 | 350 | 1.1E-148 | – | |
| PANTHER | 21 | 370 | 350 | 1.1E-148 | – | |
| Pfam | 37 | 358 | 322 | 1.3E-89 | ||
| SMART | 157 | 183 | 27 | 560.0 | ||
| SMART | 184 | 205 | 22 | 7.0 | ||
| ProSitePatterns | 214 | 227 | 14 | - | ||
| SMART | 237 | 258 | 22 | 140.0 | ||
| SMART | 298 | 325 | 28 | 6500.0 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Polygalacturonase activity | Catalysis of the random hydrolysis of (1->4)-alpha-D-galactosiduronic linkages in pectate and other galacturonans. | ||
| Biological process | Carbohydrate metabolic process | The chemical reactions and pathways involving carbohydrates, any of a group of organic compounds based of the general formula Cx(H2O)y. Includes the formation of carbohydrate derivatives by the addition of a carbohydrate residue to another molecule. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0306000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…