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LotjaGi1g1v0343400.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0343400
Transcript ID LotjaGi1g1v0343400.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description F-box protein, putative; TAIR: AT1G69630.1 F-box/RNI-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9FWZ1|FBL13_ARATH F-box/LRR-repeat protein 13; TrEMBL-Plants: tr|G7J4J0|G7J4J0_MEDTR Cytochrome C biogenesis protein ccsA, putative; Found in the gene: LotjaGi1g1v0343400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:80619406..80628928) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CATAAACAAACCCTAGCAGAGCTAAAAAAATGAAAGTGGCGGCGCCACCCTTCCTCCCCCATGGGAGTTGGGGGTTTCCT CACTGTCGAGGTCTTTTTACACTCTTTAGGAGGACTTTTTCTCTTCTACTTTGAGAGAGCTTCTACCATTCAAGTATGAT CTTTCTCATTTTTTTGTTTTTTTAATATTTTTTTGATCCCCTCTCCCTACTAACATATCCTCCTTCGAATTGAAGCTGTA ACTACCGCCAAAGCTCTGAATGGTGGTTATTTGTGGGATTCAAATAGCAAAGTTTAATAGACTCAAACTTAGCTAGAAAT TGATAGAAAGAAAGGTTTCATAGTGCAGACCAGTCAATGAAGCGGAATGGAACAACTACCACAATGCTAGGTTTTCTCCA TCAAGGTTAAATGAATTTGATTTTGGAATCTCAACATTTTCTTTCATGCATGATTTGAGTTCTAGTATTTTACCTGTTGG TGTTGATCACTGATTTTACTTTTTCTTTATTTGTCTAAATGTGCGAGCAAACGAGATTAGTCAAAAATGTGTGTGTTTTA TTCGCCATCGTATTGCTTGCGATAGAGTTTGATTACTTTTATTTGTTTATAAGTGGTATTTGACTTAGATTAATCTTTAT ATTGGAATTATGTATTGGTCACTTTTCATGGTTTGGTAAACATTAATATGAAATACCTAAGAGCGGAGTGAGTTGCGTAA TAACGGAAAAAAAAACAACAAATTCAACTTTTTAACAAGTTGTGGTAATCTATTACCAGCAAATTGGTAGTTTGTTACCA TGTTGTCTACTTTAATTTGATTGTGAGCATCGCTTAGCCCTCATGATAGGTAGAGACTATAGTTATAATTGATATGGATA TATCACCTCTGTAATCACTGAATTAAAAACCGAAGGCTCCACCCAACGTTGCAGGTATTCTGAATCAAGGAGATAAAGAC 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GTTCAAATATCTCTTTTTTCAAGCAATTTAATGCATGATTGTGTGATACATGTACTACCCCATATCCTAGCTGCTTATTT TAAATTATTTTAAGTGTAGATATTCCTTTGACATTAGATTGAACAATGTTATGTTCACACACAATTTTTTCTTCAATTTC ATATCCATATTATTTTCTTTCTATTTCTCACCTCTTTTTCACAATGTTATGTTAAGTGTAGATATTCCTTTAACAAGTTT TATCATTTCACCTTTGCAAAACTCTCATGACTTGTCTCTGTTTGCATTTCTTTCTTCTAGGTATGTGAAAACAAAAAATC TATTGCATTTTTCTTCATTTTCTTTTCTCCGTTGTTGTACCGGTTTTGCAAGCTTAAAATTTGTGCTTATTGTTGTAGCT AGATTAGAGTGCTCCTTTCTCTAAAGATTTTCTGGTTCATACTATTCACCTTCACCCATTTTAGTCAACTTGTTTTAGCC TTCTCGGTAACTAACCTCTGTCATACAAGACTCTTCCCTTTCATATATGCACTTTATTTTTAGCCACCCCGAAGTTAGAA TCCTGCCTCCGCCACTGCTAGTGATAGTTATTGACATAATATCAGACATTTTAGTCAACGTCTAATTATTAGAATCATAA CTTTCTCTGAGTTTTAGTGAGAATGGGCATGACTTTATTGTTTTTCTTTACCACATTTTTTTTGAATTTGGGATGCCTTC ATGATAATATTATTTATAAGTTTCAATGATAAAGGTAGACAATTTCAAAAAAAAAAAGAAAATGATAAAGGTAGACAAAT TTGTTGAGGAAGGGGTTTTGGAAACTGAGTTTTGTAAAAATATTTTTGTTTATTTGAATGGTGCATATTCTCTAATTAAA GTTTGTGATTTGGTCGAATCAGAAGAAAAGAAAAACGTATAGTAGGCTTGTTTGAATAGTAGCGAACTCATATGACAAGA 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CACAAACACGGGATATTATAAGAGTCTATCTTGCTCTTATCTTATCATGTTGCGATCCTGCTCACATATCATATCCGATC ATATCATTTTTCGTTTATTTGCATTTTTTGACTTTTGAAATTTCATGTCAAACAAAAAGTCAAGTTTACTTACCTTCTTA GTTCTTCCCTGAGTATATAAGTGTAACCATTGTGATCAATTCCTTGCCCAGACACCTCATTGCTCGTTTCTCCGTGGAAT TAGGGTTTCAGCTGCAAATCAACCAACGATAGGTATTCATCATTTCTGCATGAATTTTCGTTTTTCAATTTTCCCTAGTT ATGATCATGGTTGCTGATAGTTGAACATGCTTTCTAGATTTTATTTTCTCACTTGTTTACCGTTCAAACCCAACCCCATT TTACTTAGTTTTGAAATCTCACTGTATGATTGCTTCTCCATCACTATAGTGCTTGTTCTATAGTTTTAATTCAAGAAAAA TCATTCATTTATTCTTCTTACGTTTTCCTTTGCATGCATAGGTGGTTTTCTGAATCTGAATGTCTGATTCAATGGATGAG AGGTTGATTCCACCGAAGGCGAAGCGAGGAAGGAGCAATGAGAGTGAAATTGAAGAAGAGAACAAGGACTGGTTCAGTGA GTTATCTGATTGCATTCTCCTTCAAATTCTGTCATTTCTGGAATTTAAAACTGCTGTTCAAACATGTGTGTTATCCTCAA GATGGAAGGATCTATGGAAACGCCTTCCAATCCTTACTTTACACTCATCAGATTTTTCAACTTATAAGGATTTCGACAAA TTTGTGCCTAAGATTTTGACCCTTCGTGATGGCTCAATTTCCTTGGAAGAACTTGATTTTGAGCATCAGGGTATCATCCG GCCTCACCTCATCAAAAGGGTCATAAACTATGTCGTTTCCCACAATGTCCAGCGATTGAAGCTCGATGTCACATGTGACA GGACGCTCATGATGCCTCGTATTTTCACATGCCATACTTTAACATCTCTTAAGATCACAATTGGCGGTAGAAGTATGATT GACAATTTTAGTTCATTGCCCGAATCTGTGAATTTGCCAGCATTAACCACCTTGTATCTGAGAAATTTCAAATTTTCCTC AAGCAGCGGCAACGACCGTGCCGACCCATTTTCTGCGTTTAAGAGGTTGAATAGTTTGACCATTGAGGGATTTTACCTCC CGGATGCAAGAATCCTCTGCATATCAAGCGCAACGCTTGTCAATTTATCTATTTGTAACTATGCTTGGGCTCCCAGAGAC TTCTGCAAAGTTGAGTTATCCACACCATGTCTTCATAGGCTTACTTGCTACGGTAATCCTACTTATTATCTATGTGGGAG TGGTCTTTCTTCAGTTAAGGAAGTTTACATGGATATCGATTTGAATTGGACCATGGATAAACCGGAGTTTCCTTTGATTC TACTTAGCTGGCTGCAGAATCTTGTTGATATGACATCATTGTCTGTTACTACAAATACTCTTCAGGTATCTATCTACCTT AGCATGTTTTGAGGCTATGTTAACAAATTTTTGTTAAAAAGTCAATTGACAGCTTGCATTATCTAATTCACCCTCATTGC TTAGGTTCTATTCTTAGTTCCTGACTTTTTGAAGATTAAGCTCCCTACATTGGCTAACTTGAAGATATTCAAAATAAAAA AGGTGCGACTTTCAGAAGCTCTGAGAGGCATGGTGATAAAGAGGATGGAGAGACAGATGGTAACCACTAAGTCACGGATA CAAGCTATCAGGTTAGTGCTTGAAATTGGCAAGTGGAAAGCAAGGAACGAGCCATTTGCACCTTTCCCTGAAGGATTCTC AAAGTTCTTAGATTTACAAGTACTGCCGTTTGGAACTATAGTTGGAACAGAACGTCGCTAATGTGAATTTGGCATTCAAC TTTTTGAATAAGGTAACATGCTTTGGTTTTTACTTCCTTCCCCTTTTTTTTGCTAGTTCTCTTTTCTTATATAACTGATT ATTGAGTTTTATAGGTAATGCAATATTATAGTATCCTACCTCAGTTTAAGTTCATGCGTGGAAGTTGCTTGTATTAAATG AAAGAATTTTATAGTTGTTTTTTGTTATATATCATTGTCTTGACTCTTGAGGTTAATGAAGGTTTATGAGAACAAAGAAA TAACTAATTCTTAGACGTTGAAATTTTCAGAAACTTTCTTCACTCTTACTTGTTAAATTTTTCAGCACTTAACATTCTTG TAAAGAATTGGATAACTTGACCAAGTCCACATGGTTGATTAGTCATAGCATATGTATGCATAGTTGTCCTCCCATTTTCT GAACTTACTTATTCTGCCACAAGCGCGCATTATGTGCATCACTATTGATGCTACAGGGGATGGTAGTGAACTTTATGAAA ATGCACTTAACTTAAAAAAGTTAAGTGTTTACTTTTAGTGTTTTTTTTAAGTGTGCCATTTGGCAACAAAGATGAATCAA CAGGTAACCTATGATTTGTTTCGTGTTGTAGGATATGGAGGCAGTGTCGAAGGTGATTAAACGAAGGATTGACGAGAAGC TTGAGGCGGCAAAGGAAGAGATTTATGACTTCTTCGCCACGATGGTTACGAAGAAATCTTTGTTTTATCATCTCCTTATC TAGTATTCTTTTGAATTATAACTTCTTTCTTAGTTTTGTTGAAGCACTTGGGTGTAAGGATTATTATTTTGAATTTGTTT TTATATTTATATATTGGGTATTATACATTGATATTATTTTGGAGGAGTATTTTCAAAATTGATTTTTGAAAAGCGAGGCG CCG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0343400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTCTGATTCAATGGATGAGAGGTTGATTCCACCGAAGGCGAAGCGAGGAAGGAGCAATGAGAGTGAAATTGAAGAAGA GAACAAGGACTGGTTCAGTGAGTTATCTGATTGCATTCTCCTTCAAATTCTGTCATTTCTGGAATTTAAAACTGCTGTTC AAACATGTGTGTTATCCTCAAGATGGAAGGATCTATGGAAACGCCTTCCAATCCTTACTTTACACTCATCAGATTTTTCA ACTTATAAGGATTTCGACAAATTTGTGCCTAAGATTTTGACCCTTCGTGATGGCTCAATTTCCTTGGAAGAACTTGATTT TGAGCATCAGGGTATCATCCGGCCTCACCTCATCAAAAGGGTCATAAACTATGTCGTTTCCCACAATGTCCAGCGATTGA AGCTCGATGTCACATGTGACAGGACGCTCATGATGCCTCGTATTTTCACATGCCATACTTTAACATCTCTTAAGATCACA ATTGGCGGTAGAAGTATGATTGACAATTTTAGTTCATTGCCCGAATCTGTGAATTTGCCAGCATTAACCACCTTGTATCT GAGAAATTTCAAATTTTCCTCAAGCAGCGGCAACGACCGTGCCGACCCATTTTCTGCGTTTAAGAGGTTGAATAGTTTGA CCATTGAGGGATTTTACCTCCCGGATGCAAGAATCCTCTGCATATCAAGCGCAACGCTTGTCAATTTATCTATTTGTAAC TATGCTTGGGCTCCCAGAGACTTCTGCAAAGTTGAGTTATCCACACCATGTCTTCATAGGCTTACTTGCTACGGTAATCC TACTTATTATCTATGTGGGAGTGGTCTTTCTTCAGTTAAGGAAGTTTACATGGATATCGATTTGAATTGGACCATGGATA AACCGGAGTTTCCTTTGATTCTACTTAGCTGGCTGCAGAATCTTGTTGATATGACATCATTGTCTGTTACTACAAATACT CTTCAGGTTCTATTCTTAGTTCCTGACTTTTTGAAGATTAAGCTCCCTACATTGGCTAACTTGAAGATATTCAAAATAAA AAAGGTGCGACTTTCAGAAGCTCTGAGAGGCATGGTGATAAAGAGGATGGAGAGACAGATGGTAACCACTAAGTCACGGA TACAAGCTATCAGGTTAGTGCTTGAAATTGGCAAGTGGAAAGCAAGGAACGAGCCATTTGCACCTTTCCCTGAAGGATTC TCAAAGTTCTTAGATTTACAAGTACTGCCGTTTGGAACTATAGTTGGAACAGAACGTCGCTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0343400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MSDSMDERLIPPKAKRGRSNESEIEEENKDWFSELSDCILLQILSFLEFKTAVQTCVLSSRWKDLWKRLPILTLHSSDFS TYKDFDKFVPKILTLRDGSISLEELDFEHQGIIRPHLIKRVINYVVSHNVQRLKLDVTCDRTLMMPRIFTCHTLTSLKIT IGGRSMIDNFSSLPESVNLPALTTLYLRNFKFSSSSGNDRADPFSAFKRLNSLTIEGFYLPDARILCISSATLVNLSICN YAWAPRDFCKVELSTPCLHRLTCYGNPTYYLCGSGLSSVKEVYMDIDLNWTMDKPEFPLILLSWLQNLVDMTSLSVTTNT LQVLFLVPDFLKIKLPTLANLKIFKIKKVRLSEALRGMVIKRMERQMVTTKSRIQAIRLVLEIGKWKARNEPFAPFPEGF SKFLDLQVLPFGTIVGTERR 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 22 22 -
PANTHER 27 358 332 1.1E-66
PANTHER 27 358 332 1.1E-66
Gene3D 28 379 352 6.4E-17
SUPERFAMILY 28 74 47 1.31E-10
Pfam 31 72 42 2.4E-6
SUPERFAMILY 59 341 283 1.09E-6

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0343400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…