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Field | Value |
---|---|
Gene ID | LotjaGi1g1v0343400 |
Transcript ID | LotjaGi1g1v0343400.1 |
Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
Description | F-box protein, putative; TAIR: AT1G69630.1 F-box/RNI-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9FWZ1|FBL13_ARATH F-box/LRR-repeat protein 13; TrEMBL-Plants: tr|G7J4J0|G7J4J0_MEDTR Cytochrome C biogenesis protein ccsA, putative; Found in the gene: LotjaGi1g1v0343400 |
Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:80619406..80628928) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CATAAACAAACCCTAGCAGAGCTAAAAAAATGAAAGTGGCGGCGCCACCCTTCCTCCCCCATGGGAGTTGGGGGTTTCCT CACTGTCGAGGTCTTTTTACACTCTTTAGGAGGACTTTTTCTCTTCTACTTTGAGAGAGCTTCTACCATTCAAGTATGAT CTTTCTCATTTTTTTGTTTTTTTAATATTTTTTTGATCCCCTCTCCCTACTAACATATCCTCCTTCGAATTGAAGCTGTA ACTACCGCCAAAGCTCTGAATGGTGGTTATTTGTGGGATTCAAATAGCAAAGTTTAATAGACTCAAACTTAGCTAGAAAT TGATAGAAAGAAAGGTTTCATAGTGCAGACCAGTCAATGAAGCGGAATGGAACAACTACCACAATGCTAGGTTTTCTCCA TCAAGGTTAAATGAATTTGATTTTGGAATCTCAACATTTTCTTTCATGCATGATTTGAGTTCTAGTATTTTACCTGTTGG TGTTGATCACTGATTTTACTTTTTCTTTATTTGTCTAAATGTGCGAGCAAACGAGATTAGTCAAAAATGTGTGTGTTTTA TTCGCCATCGTATTGCTTGCGATAGAGTTTGATTACTTTTATTTGTTTATAAGTGGTATTTGACTTAGATTAATCTTTAT ATTGGAATTATGTATTGGTCACTTTTCATGGTTTGGTAAACATTAATATGAAATACCTAAGAGCGGAGTGAGTTGCGTAA TAACGGAAAAAAAAACAACAAATTCAACTTTTTAACAAGTTGTGGTAATCTATTACCAGCAAATTGGTAGTTTGTTACCA TGTTGTCTACTTTAATTTGATTGTGAGCATCGCTTAGCCCTCATGATAGGTAGAGACTATAGTTATAATTGATATGGATA TATCACCTCTGTAATCACTGAATTAAAAACCGAAGGCTCCACCCAACGTTGCAGGTATTCTGAATCAAGGAGATAAAGAC 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GGACGCTCATGATGCCTCGTATTTTCACATGCCATACTTTAACATCTCTTAAGATCACAATTGGCGGTAGAAGTATGATT GACAATTTTAGTTCATTGCCCGAATCTGTGAATTTGCCAGCATTAACCACCTTGTATCTGAGAAATTTCAAATTTTCCTC AAGCAGCGGCAACGACCGTGCCGACCCATTTTCTGCGTTTAAGAGGTTGAATAGTTTGACCATTGAGGGATTTTACCTCC CGGATGCAAGAATCCTCTGCATATCAAGCGCAACGCTTGTCAATTTATCTATTTGTAACTATGCTTGGGCTCCCAGAGAC TTCTGCAAAGTTGAGTTATCCACACCATGTCTTCATAGGCTTACTTGCTACGGTAATCCTACTTATTATCTATGTGGGAG TGGTCTTTCTTCAGTTAAGGAAGTTTACATGGATATCGATTTGAATTGGACCATGGATAAACCGGAGTTTCCTTTGATTC TACTTAGCTGGCTGCAGAATCTTGTTGATATGACATCATTGTCTGTTACTACAAATACTCTTCAGGTATCTATCTACCTT AGCATGTTTTGAGGCTATGTTAACAAATTTTTGTTAAAAAGTCAATTGACAGCTTGCATTATCTAATTCACCCTCATTGC TTAGGTTCTATTCTTAGTTCCTGACTTTTTGAAGATTAAGCTCCCTACATTGGCTAACTTGAAGATATTCAAAATAAAAA AGGTGCGACTTTCAGAAGCTCTGAGAGGCATGGTGATAAAGAGGATGGAGAGACAGATGGTAACCACTAAGTCACGGATA CAAGCTATCAGGTTAGTGCTTGAAATTGGCAAGTGGAAAGCAAGGAACGAGCCATTTGCACCTTTCCCTGAAGGATTCTC AAAGTTCTTAGATTTACAAGTACTGCCGTTTGGAACTATAGTTGGAACAGAACGTCGCTAATGTGAATTTGGCATTCAAC TTTTTGAATAAGGTAACATGCTTTGGTTTTTACTTCCTTCCCCTTTTTTTTGCTAGTTCTCTTTTCTTATATAACTGATT ATTGAGTTTTATAGGTAATGCAATATTATAGTATCCTACCTCAGTTTAAGTTCATGCGTGGAAGTTGCTTGTATTAAATG AAAGAATTTTATAGTTGTTTTTTGTTATATATCATTGTCTTGACTCTTGAGGTTAATGAAGGTTTATGAGAACAAAGAAA TAACTAATTCTTAGACGTTGAAATTTTCAGAAACTTTCTTCACTCTTACTTGTTAAATTTTTCAGCACTTAACATTCTTG TAAAGAATTGGATAACTTGACCAAGTCCACATGGTTGATTAGTCATAGCATATGTATGCATAGTTGTCCTCCCATTTTCT GAACTTACTTATTCTGCCACAAGCGCGCATTATGTGCATCACTATTGATGCTACAGGGGATGGTAGTGAACTTTATGAAA ATGCACTTAACTTAAAAAAGTTAAGTGTTTACTTTTAGTGTTTTTTTTAAGTGTGCCATTTGGCAACAAAGATGAATCAA CAGGTAACCTATGATTTGTTTCGTGTTGTAGGATATGGAGGCAGTGTCGAAGGTGATTAAACGAAGGATTGACGAGAAGC TTGAGGCGGCAAAGGAAGAGATTTATGACTTCTTCGCCACGATGGTTACGAAGAAATCTTTGTTTTATCATCTCCTTATC TAGTATTCTTTTGAATTATAACTTCTTTCTTAGTTTTGTTGAAGCACTTGGGTGTAAGGATTATTATTTTGAATTTGTTT TTATATTTATATATTGGGTATTATACATTGATATTATTTTGGAGGAGTATTTTCAAAATTGATTTTTGAAAAGCGAGGCG CCG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0343400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTGATTCAATGGATGAGAGGTTGATTCCACCGAAGGCGAAGCGAGGAAGGAGCAATGAGAGTGAAATTGAAGAAGA GAACAAGGACTGGTTCAGTGAGTTATCTGATTGCATTCTCCTTCAAATTCTGTCATTTCTGGAATTTAAAACTGCTGTTC AAACATGTGTGTTATCCTCAAGATGGAAGGATCTATGGAAACGCCTTCCAATCCTTACTTTACACTCATCAGATTTTTCA ACTTATAAGGATTTCGACAAATTTGTGCCTAAGATTTTGACCCTTCGTGATGGCTCAATTTCCTTGGAAGAACTTGATTT TGAGCATCAGGGTATCATCCGGCCTCACCTCATCAAAAGGGTCATAAACTATGTCGTTTCCCACAATGTCCAGCGATTGA AGCTCGATGTCACATGTGACAGGACGCTCATGATGCCTCGTATTTTCACATGCCATACTTTAACATCTCTTAAGATCACA ATTGGCGGTAGAAGTATGATTGACAATTTTAGTTCATTGCCCGAATCTGTGAATTTGCCAGCATTAACCACCTTGTATCT GAGAAATTTCAAATTTTCCTCAAGCAGCGGCAACGACCGTGCCGACCCATTTTCTGCGTTTAAGAGGTTGAATAGTTTGA CCATTGAGGGATTTTACCTCCCGGATGCAAGAATCCTCTGCATATCAAGCGCAACGCTTGTCAATTTATCTATTTGTAAC TATGCTTGGGCTCCCAGAGACTTCTGCAAAGTTGAGTTATCCACACCATGTCTTCATAGGCTTACTTGCTACGGTAATCC TACTTATTATCTATGTGGGAGTGGTCTTTCTTCAGTTAAGGAAGTTTACATGGATATCGATTTGAATTGGACCATGGATA AACCGGAGTTTCCTTTGATTCTACTTAGCTGGCTGCAGAATCTTGTTGATATGACATCATTGTCTGTTACTACAAATACT CTTCAGGTTCTATTCTTAGTTCCTGACTTTTTGAAGATTAAGCTCCCTACATTGGCTAACTTGAAGATATTCAAAATAAA AAAGGTGCGACTTTCAGAAGCTCTGAGAGGCATGGTGATAAAGAGGATGGAGAGACAGATGGTAACCACTAAGTCACGGA TACAAGCTATCAGGTTAGTGCTTGAAATTGGCAAGTGGAAAGCAAGGAACGAGCCATTTGCACCTTTCCCTGAAGGATTC TCAAAGTTCTTAGATTTACAAGTACTGCCGTTTGGAACTATAGTTGGAACAGAACGTCGCTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0343400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSDSMDERLIPPKAKRGRSNESEIEEENKDWFSELSDCILLQILSFLEFKTAVQTCVLSSRWKDLWKRLPILTLHSSDFS TYKDFDKFVPKILTLRDGSISLEELDFEHQGIIRPHLIKRVINYVVSHNVQRLKLDVTCDRTLMMPRIFTCHTLTSLKIT IGGRSMIDNFSSLPESVNLPALTTLYLRNFKFSSSSGNDRADPFSAFKRLNSLTIEGFYLPDARILCISSATLVNLSICN YAWAPRDFCKVELSTPCLHRLTCYGNPTYYLCGSGLSSVKEVYMDIDLNWTMDKPEFPLILLSWLQNLVDMTSLSVTTNT LQVLFLVPDFLKIKLPTLANLKIFKIKKVRLSEALRGMVIKRMERQMVTTKSRIQAIRLVLEIGKWKARNEPFAPFPEGF SKFLDLQVLPFGTIVGTERR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
---|---|---|---|---|---|---|
MobiDBLite | 1 | 22 | 22 | - | – | |
PANTHER | 27 | 358 | 332 | 1.1E-66 | – | |
PANTHER | 27 | 358 | 332 | 1.1E-66 | – | |
Gene3D | 28 | 379 | 352 | 6.4E-17 | ||
SUPERFAMILY | 28 | 74 | 47 | 1.31E-10 | ||
Pfam | 31 | 72 | 42 | 2.4E-6 | ||
SUPERFAMILY | 59 | 341 | 283 | 1.09E-6 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
---|---|---|---|---|
Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0343400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…