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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0413400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0413400.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Symplekin; TAIR: AT1G27595.1 symplekin; Swiss-Prot: sp|Q92797|SYMPK_HUMAN Symplekin; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VD61|A0A072VD61_MEDTR Symplekin tight junction protein carboxy-terminal protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0413400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:90524053..90546756) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGATGGATAGTAGATAAATTTCCCACTTCGAAATTCCAATCTCAATGCGCAATTCTGCATCGTCCCAATCCTGGGCGTGA CTGTGATTACGAATCACCCTGCGCCACCGACTCGTTGCTTCATTCCATTCTCTCCGTTCTTCAAAACCCTAAAACTCATG GCCGCTCCTCCGCCAACCAAGGACCAAGTCCTCTCTCTCCTCGCCGCTGCCAACAACCATGGTGACCTCTCCGTCAAAAC CTCCTCCTTGAAACAAGCCAAAGACCTTCTTCTCTCCCTCGACCCCTCTCTCGCCGCCGACCTCTACCCTTACCTGCTCG AGCTTCAGTCTTCTCCCGAATCTCTCGTCCGCAAATTGCTCATCCAGTCAGTTCCCCTAACCCTCTTCTTCTTCTTCCAA TTACTGTGTCTTCAATTGATTCATAGGCTCTTAAAATTTTCTATGCTCTATATTGAATTGGCTATGGTTTATTTCACGTT TTCCACTTCGAATTAGCTTGTTAGGGCAATGCTGTGCGGCGACATTTCGTGTTTTTGTGGTTGGGTGCAATTTTTACCTG TTGAATTTAGTAGCTTGTTTTTTCCCCATCTATGTGTTATTCGTCATTTGAATTATGCTCTCCATACGTGGCAACTGCTG GCTTGGTTGTGTGTATTTTTGTTGATGCGATTCCTTCTTTCGTTCGATATTTTTCAGGATAATCGAGGAGATTGGTTTTA AAGCAGCTGAGGATTCTCCGAAACTGATATCGGTACTGCTAACATTTTTACGAGATAGTGATGTGGAGGTAGTAAAGCAG TCTATTGTTAGTGGCTCGAATATATTCTGTAGTGGTTTTGAGGAGTTAGTTGTGCAGGTACTTCTCTCGTGACCCTCCTC CATAACTGCAAATGTCTTGAATAATAACTATTGCAAATGATTGAGGTTAAGGATTTCTATGGTTTAACTTTATTTGGGGT 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TCTGTTATGCTGTGTCAGTTTGAACTTAGTTAGAACTGAAGTAACATAGAAATTCTGATATTGCCTCTTTCCACCATGAT TTTTGGAAATTATTTTCCACTAGGGCTGTTTTATATACTTTTCTTCTGTCAAAACCCATCGAGTTCTTTGTTTTTTTCTG TCCATAGTACCCTGTCTCTTTTAGCCTTGTACATGGCAAGGTAGTTGTTTAGAAACATTGCAACCATTATTCATCTTATG CATGAAAAGCTTTAGCATTGCTAGACATAATGCAATTATTATTATTGTCTTTGTCCATTAAATTTTTTAGCCTGATAATG ATTGTCTGCCATTGTCAGCCATCTAAATCTCAACTTTGGTTTAGTTATCCTTAGGGATCGAACTTTGCAGCAACTATGAT CCTATCATATTTCTAAAAGGTCCATTACCATATAGCTAACCAAAGTCTGATTGGCTGTATGCTCATATTCTGCATAAGTC ATAATATCAACTGTTGAGAAAACGTAAGTTGTGACTACTGAATTATTACTTTGTGCTATCAGATAACAGATGCTTGCTCA GCTTGTTTTGAGCAACGTACAGTGTTCACACAGCAGGTTCTGGCCAAGGCACTGAACCAGATGGTAAGGAGATCCTCTAT GTTGGCCAATAGTACTGGATGTACTTCAATTCTTTTTTGACTTACTGTTAAATTTTTCAGGTTGATCAAACTCCATTGCC TCTGCTTTTCATGAGAACAGTTATTCAGTCAATCGATGCTTTTCCTGCACTGGTAAAAAAAATTCCCCCCAATTTTTGGG TGTTTATGCATAGCTGCTTTTGTTAGTCATTTTTGAAGTGCTGAGATATTATGTTGAAGCTGATTTCTTTTTGATGATTT GATTCGGCTGATTAAGCTATTTTTCCAATTTCTGCCTTTTTATTTATGAAAATTTGTTCGACCAAGATTTCTTTTCTTTA TGCTTTATTTTCAGGCTCATTCATGTATGGAAAATTGTGGATAATAAAAAAATCCAAAGTAGAAAGTAGGGTAGTAATAA CAAAATATAAGGTATCTTAGGTGCTTTTGATGATGTTTCATTAGCGATGCTTCTCAAATTCACATTTTTATTTTCAAAGT TTTTGTGCCATATCAGGGATAACATGGAGAAAACATCAACTATACTCTTCTAATATCGATGTTCTGTTTGTAGGTTGATT TTGTTATGGAGATACTCTCAAAACTTGTGACCAAACAGGTATGCTTACTCCATGGGAATTCAATTTATTCTGACAAGGAA TTTAAACCGCTAATGTTTTATTTTATACTGAGTGCAGGTGTGGCGTATGCCAAAACTTTGGGTTGGTTTCTTAAAATGTG TATATCAGACACAGCCACGTTCTTTTCATGTATTATTGCAGGTACGGCGGCATTCTAAACTTAACATGATACTGTATCTT ATTTTGTTTTCATGGATCATCACCTTTTTCTGTATTCTCCTTGCAGTTGCCACCTCAACAACTAGAAAGCGCACTCAACA AGCATGCCAATCTCAGAGCCCCTCTGGCTTCTTACGCCAGTCAACCAACTGTAAAATCTTCACTTACTAGGTAAGCTTTT CTAGATATAATTGTTTTAAAAGAGGAACTTCTTTTACAATGAATATTTATTTTGATGTACATGTTTTAGTTTAATATGAA AGAATATTCCCTTTCATTTTGAGCTATGTGCTGTTTTAATTCTTCTTTTTTTGAAGTATATATGCTGTTTAAATTCACCA CTCAAGAGAAAGCTCACTTTTGTTCTAAAATTAATCTCGGAGGTGCTGTTGCTTTTAATGCCACAGATGACAGAACCAAA TTTATGTTGATTAATTTAAAAGTCGAACTGGAAAAAAAAATGATGTAGATTTCATGAATGTATTATACTTTCAAGTCTTA GGTTATTCTCTGCGTTCTGTATTATAGAAGATGCGTCTAAATTATATTTACAAATAACTGAAATTTCATAACCCATGTGC AGATCCACCTTAGCAGTTCTTGGTCTCGCAAATGAAACTCATGTGCAGCAACATTTGTCAACTTCATTACACCCTTCTGA GGCAAGTTCTTCAGTTAGCGGGGCAACTCTGACATGATCATTCAAGGGACTAACAGGAATTTAGTCACGGCAATTGAAAA TATCTTTGAGATTGGTCAAATTTCCAGGGTTTTCAGGGATCCAAGGAGAAGATACACATAAAACTAATCGTTTGAACCAG AATGCAGCTTTTCGGAGTCTATGTGACCCTGTCGAGTCCAGGGCACGCATCCACAATTATATCAAGTTTTCATCAACAGT TCTCCTAGAAATCCTCCCAGCTTGCCTCTACGAATGTATCATAGTTTTTTTTCCTGTGATTTTTTTTCCCATTGTAATAT CATTCATCCAATTTTGATGTTTTTATTCCTGTGGCTAGAGACATCGCTATCTTCATTCATATAGGCATGGTTGCTTGGTC ATCATTCTCCATAATTTCTCATAATGCTGAAATGCAATTCACTCTCTGAAAGCTCCATTCTGTGCCCTTAACCCCCATTG TCACATCTTTTTTAGGGTCTTGGGGAATGATGGACAAGAAATGGATGAATTAATCATTCATGAAAGGTTTGTGTAATCAT ATAATCTGCGGTAACATTCCAAATATTCGAACATTATTAAACATGAAAGCTTTGTATAAAATGAGGAAACTTACGGGTTA GTTCAGACTTCAAATAGAGTGTTTTAATTGTATTATTGAAATAATGAAGTTTTTTTGACTTTTGATTGGGGTATTGAATG CTAGATGCAAAACGTAATGACGTTTATGATAAGCTTGTATAAAATGAGGAAAGTTACGGGTTAGTTCAGACTTTAAATGA GTGTTTTAGTTGTGTTATTAAAGAATTTGTTCACTCACCTTTACGACCTCCACCTTGAAAAATAGGAAGAAAAGAGAGAG AAGTGAGTGATATGATAGGAAATGCAGAGAGGGATAAAAAGAAAAAAAGAGTGAAAATGAGATAAAAGGAAAAGTGAGGT GAGTGAATCATTGGTCCAAAAGAAAATAATGTAGTTTTTGACTTTTGACCTCCACTTGGAGGCCGTATTGATATTTTATA AATGATTAAACTTAACGTTTATACTACAAGTAGAACATATAAATGTACTTGATTGTAAAAGAACCAAAATGATACATTGA TGGGATTAGACATTAGAAGTATAGTATGAACTTTTGTGTGAGATACACGTTATCCTTAACGTTTCACATTGTAGATTATC TAATTACATTTTCATCAACGCCTCACGTTGCAGATAATCCAAATACACGCTGAAACAAACAGGCATGAAATTATTGCTTA TGCAGCATCATGTTTGCCCTCATGAAAGATGAAATGGTTCATAGGTTATATCTTAACTGCTGGCTTAAAGTTATATTAAT ATGATAAGTAGTTCGGGTGAATTAACTAACACTAATGAACACTGTTTTTTACCAAACGATTTGC
CDS sequence (LotjaGi1g1v0413400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCCGCTCCTCCGCCAACCAAGGACCAAGTCCTCTCTCTCCTCGCCGCTGCCAACAACCATGGTGACCTCTCCGTCAA AACCTCCTCCTTGAAACAAGCCAAAGACCTTCTTCTCTCCCTCGACCCCTCTCTCGCCGCCGACCTCTACCCTTACCTGC TCGAGCTTCAGTCTTCTCCCGAATCTCTCGTCCGCAAATTGCTCATCCAGATAATCGAGGAGATTGGTTTTAAAGCAGCT GAGGATTCTCCGAAACTGATATCGGTACTGCTAACATTTTTACGAGATAGTGATGTGGAGGTAGTAAAGCAGTCTATTGT TAGTGGCTCGAATATATTCTGTAGTGGTTTTGAGGAGTTAGTTGTGCAGTTTCAACAATGTGGTAAAGTTGAGAGGTGGT TAGAAGAGATTTGGATGTGGATGCATAGGTTCAAGGATGCTGTTTTTGGGATTGCTCTGGAGCCTGGTGCTGTTGGAATA AAGTTGCTGGCACTGAAATTCTTGGAAACGTTTATATTACTATTTACATCTGACAACAGCAATCCTGATAAACCAGCCAC AGAAGGTGTCAGGAAAGCTGTTAATATATCATGGTTGGTCGGTGGTCACCCTGTTCTTGATCCAGTAGTGCTCATGTCTG AGGCAAATAGGACTCTTGGCACTCTATTAAATTTATTGCAGTCTGCTGGCAGTCTCCCGGGTTGTTTGACAATTACTGTT GTAAATTGTTTAGCAGCCATTGCAAGGAAAAGACCACAACACTATGATACTATCCTTTCAGCAATGCTTGATTTTAATCC AAATTTTCAAACAGTGAAAGGATGTCATGTTGCCAGTATTCAGTACTCCTTAAGAACAACTTTTTTGGGGTTTCTAAGAT GCACTTATTCTCCAATACTAGAGTCTAGAGAAAGACTGATAAGGAGCCTGCGAGGTATGAATGCAGGGGATGCTGCTGAT CAGGTCATTAGGCAAGTTGACAAAATGATCAAAAATGGTGATCGTTCTACCCGTGATGCTCGAGCTAGCAAGGATGAAGT GCCATCAACTCAGTCACCTGTTTCTGGGGAATTATCTAGAAAAAGACCTGTTCCCCAAGATAATGAACAATTGGCCAATG GTCATGAGGCCATCTCTAAGCGTATACGTTCTGGTCCTGACCCTTACTTGACTTTATCAGCTCAAATAAATGAATCTGGG AAGGATCTTAACTCTGTTAACGGAGTATCACCTAATGTTCCAGTACTGGATAGTGATCTAAATGCTGTGGAGCAAATGAT TGCTGTGATTGGTGCTTTGCTTGCTGAAGGAGAAAGGGGTGCTGAATCTCTTGAAATCCTCATTTCAAATATTCACCCTG ATCTGTTGGCTGATATTGTCATAACTAATATGAAGCACTTGCCTAAGACACCCCCACCACTAGCAAGGCTTGGGAATCCC CCAGTAACTCAACAAGTAGGTTCCCAAGTCAGTCAATCACAGGTTATAGCAGCATCTGCTCCAATAAGTTCTGTGCAATC CTTAGCTGTTACTGACCAAGCATCATTCCCTTCAACTACGGCCACTACTGCTACTTCATCATCATTTGACACCTCTAACT TCAGTAATCAGCCTGCTGATTCTAAACGTGATCCACGTCGGGATCCCCGTCGCCTGGATCCACGGCGTGGAGCGATATCT CCTGGAGGAGTAGCTGCCTCAACTACAGATGATACTGGGGCCACAAAATTGGAGGTTGATGATCCTGTGTCTTCTAATAC TCCTGTTTCACATCCTGTAGCAAGCACTAATGACAATACTCCGTCAGATCTAACAATGAAAATAAAAAATGATGATATGG TCTCTGAAGGCCCCCCAGTTTCAGCACCTGATGGGATAACTCCCAAAACAGAGGTTGTTGAAAGGCCTGGAGAAGTTCAC CAGAATATGGAAGAAAATGCTTTTTTGGATCCTTCAATCCCCCTCTCTGATTTAAGAGATGAGGATATCAGTACAGAAAA GCTGTCAGATGATACTGGAACAAATGGTCCAGATTCACCATCTATGTTAGAGTTTGATGAGTTTTCTCCTGATGTTCAAG TTGCATCTACATCAGAAGATACCTGTCTGGAGTTACCGCAGCTTCCACCATATGTTCAACAATCCAAAGAACAGGAAAGT AAGGTGAAACACATGGCTATTATGCATATAATTGAGTCATACAAGCATTTACACGGAACAGATTGTCAGCAGTTTTGCAT GCCACTGCTTGCTCGATTAGTAGCTCAGATTGATGATGATAATGAGATTATTGTGATGCTGCAAAAACACATCCTGGAGG ACCAATGGCAAAAGGGACATGAACTTGTACTCCATGTTCTATACCATCTGCACTCCCTCATTATATTGGATTCAGATGGG AAATCTTCATCTTCTGCTGTTTTATATGAGAACTTTCTCTTGGGGGTGGCCAAAGCTCTGTTGGAATATTTTCCAGCTTC AGACAAGTCTTTTAGTAGACTTCTTGGTGAAGCCCCATTTTTGCCTGAATCCACCTTGAAGATTTTGAATGATCTCTGCT ATTCTGATGTAATTGATCATGATGGAAGAATTAGCCGTGACATTGAACGTGTAACTCAAGGTCTTGGTGCTATCTGGGGT TTAATTTTGGGGCGTCCACAAAATCGCCAAGCCTGCTTAGAAATAGCATTGAAGTGTGCTGTCCACCCACAGGATGAGAT TCGGGCAAAAGCTATTCGGCTGGTGACAAACAAGCTCTTTCAGCTTAGTTACATATCAGAAGATGTTGAGAAATTTGCAA CAAAAATGCTTCTTTCTGCTGTAGACCGTGAAGTTTTAGATGCAGTGCAATCGAGACCTGCTGAACCAAGAGCCGAGGCA CAGGTTGAAAGTCATGAAGTAAGTAGCACTTCACAGGTTTCAGAGCCCACAATTTCTGAAAATGACTCTGCTAGAGTTGC TAAACCAATGATTCAAAGTCCATCTATATCATTTTCTGAAGCTCAACGCTTCATTTCTCTGTTTTTTGCTTTGTGTACAA AGAAACCGATTCTTCTACAGATTGTGTTTGATGTCTATGGGAAGGCCCCAAGAACTGTAAAGCAGGCTTTCCATCGCCAC ATTCCTATTCTTGTGAGGGCATTAGGGCAATCTTATTCTGAATTGCTCCCCATCATATCTGATCCACCAGAAGGAAGTGA AAATCTTCTGACACTGGTGCTGCAAATATTGACTCAAGACACAACACCATCTTCTGATCTGATATCTACTGTTAAACATT TATATGAAACTAAATTTAAAGATGTTACAATTCTTGTTCCATTATTGTCATCGCTTTCCAAAAAGGAGGTGTTACCCATA TTCCCTCGGCTTGTTGACCTCCCATTGGAGAAGTTTCAAAGGGCGCTTGCTCACATACTACAGGGTTCAGCTCATACAGG TCCAGCTTTAACTCCTGTAGAGGTGTTGGTTGCGATCCATGGAATTGTTCCCGAGAAAGATGGCCTTGCACTAAAAAAGA TAACAGATGCTTGCTCAGCTTGTTTTGAGCAACGTACAGTGTTCACACAGCAGGTTCTGGCCAAGGCACTGAACCAGATG GTTGATCAAACTCCATTGCCTCTGCTTTTCATGAGAACAGTTATTCAGTCAATCGATGCTTTTCCTGCACTGGTTGATTT TGTTATGGAGATACTCTCAAAACTTGTGACCAAACAGGTGTGGCGTATGCCAAAACTTTGGGTTGGTTTCTTAAAATGTG TATATCAGACACAGCCACGTTCTTTTCATGTATTATTGCAGTTGCCACCTCAACAACTAGAAAGCGCACTCAACAAGCAT GCCAATCTCAGAGCCCCTCTGGCTTCTTACGCCAGTCAACCAACTGTAAAATCTTCACTTACTAGATCCACCTTAGCAGT TCTTGGTCTCGCAAATGAAACTCATGTGCAGCAACATTTGTCAACTTCATTACACCCTTCTGAGGCAAGTTCTTCAGTTA GCGGGGCAACTCTGACATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0413400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAAPPPTKDQVLSLLAAANNHGDLSVKTSSLKQAKDLLLSLDPSLAADLYPYLLELQSSPESLVRKLLIQIIEEIGFKAA EDSPKLISVLLTFLRDSDVEVVKQSIVSGSNIFCSGFEELVVQFQQCGKVERWLEEIWMWMHRFKDAVFGIALEPGAVGI KLLALKFLETFILLFTSDNSNPDKPATEGVRKAVNISWLVGGHPVLDPVVLMSEANRTLGTLLNLLQSAGSLPGCLTITV VNCLAAIARKRPQHYDTILSAMLDFNPNFQTVKGCHVASIQYSLRTTFLGFLRCTYSPILESRERLIRSLRGMNAGDAAD QVIRQVDKMIKNGDRSTRDARASKDEVPSTQSPVSGELSRKRPVPQDNEQLANGHEAISKRIRSGPDPYLTLSAQINESG KDLNSVNGVSPNVPVLDSDLNAVEQMIAVIGALLAEGERGAESLEILISNIHPDLLADIVITNMKHLPKTPPPLARLGNP PVTQQVGSQVSQSQVIAASAPISSVQSLAVTDQASFPSTTATTATSSSFDTSNFSNQPADSKRDPRRDPRRLDPRRGAIS PGGVAASTTDDTGATKLEVDDPVSSNTPVSHPVASTNDNTPSDLTMKIKNDDMVSEGPPVSAPDGITPKTEVVERPGEVH QNMEENAFLDPSIPLSDLRDEDISTEKLSDDTGTNGPDSPSMLEFDEFSPDVQVASTSEDTCLELPQLPPYVQQSKEQES KVKHMAIMHIIESYKHLHGTDCQQFCMPLLARLVAQIDDDNEIIVMLQKHILEDQWQKGHELVLHVLYHLHSLIILDSDG KSSSSAVLYENFLLGVAKALLEYFPASDKSFSRLLGEAPFLPESTLKILNDLCYSDVIDHDGRISRDIERVTQGLGAIWG LILGRPQNRQACLEIALKCAVHPQDEIRAKAIRLVTNKLFQLSYISEDVEKFATKMLLSAVDREVLDAVQSRPAEPRAEA QVESHEVSSTSQVSEPTISENDSARVAKPMIQSPSISFSEAQRFISLFFALCTKKPILLQIVFDVYGKAPRTVKQAFHRH IPILVRALGQSYSELLPIISDPPEGSENLLTLVLQILTQDTTPSSDLISTVKHLYETKFKDVTILVPLLSSLSKKEVLPI FPRLVDLPLEKFQRALAHILQGSAHTGPALTPVEVLVAIHGIVPEKDGLALKKITDACSACFEQRTVFTQQVLAKALNQM VDQTPLPLLFMRTVIQSIDAFPALVDFVMEILSKLVTKQVWRMPKLWVGFLKCVYQTQPRSFHVLLQLPPQQLESALNKH ANLRAPLASYASQPTVKSSLTRSTLAVLGLANETHVQQHLSTSLHPSEASSSVSGATLT
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1339 | 1339 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 1339 | 1339 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 6 | 323 | 318 | 1.5E-75 | ||
| SUPERFAMILY | 9 | 1277 | 1269 | 8.28E-13 | ||
| Pfam | 98 | 320 | 223 | 1.9E-49 | ||
| MobiDBLite | 330 | 345 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 330 | 386 | 57 | - | – | |
| MobiDBLite | 519 | 629 | 111 | - | – | |
| MobiDBLite | 519 | 539 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 540 | 555 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 565 | 606 | 42 | - | – | |
| MobiDBLite | 665 | 685 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 952 | 979 | 28 | - | – | |
| MobiDBLite | 963 | 979 | 17 | - | – | |
| Pfam | 1101 | 1279 | 179 | 1.2E-60 | ||
| MobiDBLite | 1319 | 1339 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0413400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…