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LotjaGi1g1v0432400.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0432400
Transcript ID LotjaGi1g1v0432400.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Hippocampus abundant transcript-like protein 1; TAIR: AT5G42210.1 Major facilitator superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q5SR56|MF14B_HUMAN Hippocampus abundant transcript-like protein 1; TrEMBL-Plants: tr|G7J5X3|G7J5X3_MEDTR MFS transporter; Found in the gene: LotjaGi1g1v0432400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:92729984..92739885) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTCCTGTCTCTTGAGGCCTTTATAGCTAAAAACATTTTTTATCAATGTCACTTATCAGTGTGTCCAAATTATAAAAAGGC CTTCTGAACAGACTTTACTTGAAAACTCACCATCCTGTCCTACAAGAGCAAAATCAGTTATTTCCGTCCCTTTTACTCAT TTTAATTAATTGACATGCACAATTCACGTAAAGCAATCGCAAGAGTACACTACGCTTGCTCTTTTGATTAGCTTCAGGTC CTACTCATATATATAGAGACAGAGAGAGAGAGGACATGTGGCTTTCCCTGCAAGATAGTTAGGATTACAGAGTGAGTAAG GATTCTTAGGTAGCTCTGTTTGTCAAATCAAAGGGGAAGAAACATGGCGAGTTCCAATATGGAGAAATTGTATGGTTTGA GCCATGTGTTCATGACTCTGTTTCTTCATAACTTCTCGACACACATGGTGATTCCGGCCATCACCGATGTCACGATGGCC GCGCTTTGTCCCGGACAAGATGAATGCTCACTTGCCATCTATCTCACTGGTTTTCAACAGGCGGTGAGTTTCAGCAAATT ATTTTTTTCACTCATTCTGCTTTCTGTTTGAGGCATTTCCTTCCTTGTTATAGTACAGACTACAGAGCATTTGTTTGTTC AATTGGAAATTTTGTTGTGTTAGTTCTTAGGTACCATAAAAATTTTGATCGATCTTAATTATATTTTTGTTGAATTATGT ACTACTTTTTTCATGACTGCAATTATTGAATAAGCAACACAAGTAAGAACGACCATGTCGTCTTCCACACACTTGAAACT TGAAAGGAAGTACCATGGAAGCACAAATTGAAGTGTGGGAGGAATAGAGAGTGACATGGAGAAAAACGGTGAAAGGAGGA AGACACAGCGAAATGCAGAAACAATATGGTGGAGGATTTGCGGTTGAAGGATAACCTGAACGGTGGTTGGAAGATGAAAA GGATAAGCTTTTGGGGTTTTTAGGAATGGACAGTGTTTGTTGAACCATAGAATAAGCAACACAAGTAATTAAGGAACAAA TAAGATCTGTTATTGAACAAACAAACAAAAAACCAGTTTCTTCACCATTTAACTACTAATTTAGTTAAGTGTGTATAACT TTGTTAAGTCTTTTTTCTAGCGCAGCAGGCACTATTCTAGTGCGGCAAGCACTAAATTTTAACTTTATGTCTATAACTTT GTTAATTAAGCCTTTTTTAAAAATCTTTTTTCCTCTGGTGCAGCGGGCATACATTTTGTAATGAATTTTAACTGCAATAT AATAAAGTAGAAAATATATCAAATTTTTCTTTTTACTTTATGGTGATTTTTTACCATGATATGTAAGTGCTTAAAATGGT AGCTATTGCTTTTTGGTCTGCCAATCTTTTTCAGTGATACTTTTTAATTGACACATGTATAATTTCACTAATTGAATAAA AATTCGAAACACCATTTCGGACTGAGTATTTCAATTCTATTTGCACAAGGTGCACCAAGTGCACTTAGCTTTCACGTTTC ATCCAGCTTATAGGTTGATTAAATTTTATTATTAAAGAAACTTGAATTGGAATAGAAAGACAACATTCAATTATGAGTTT ATTAAATCACATTCAATTTTTTTAAATTAAAAAGATAAATTGCAATTGATCTCTGAACTTACCTCACTCAACACTATAGT TCTCTAGTTCTTATCACTTAAACTATATTATTCGGAGACATATCACATTCAATTAATTTATGACTAAAAATATAAGAAAA TTGTTATTTGGAGATGGTTTGTGATGTAATCAACTTTTGATTTATTTTTCAATTAAATTAATGATAAAATTTAAGTAAAA TTTGACATGTATTTTACAAGATTAGATTTCATATAATTTTGAAAGAAATAATAGTTTTTCTAATTTTATTTTGGAAAATA 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GTATCATGTCAAACACTAAAACCACCTAAGATAAGAATCTGCCATCTATTCTATAATAGGAGCTTCTCCAATTTTTTCTC AAGTAACAATATTCCCAATCCTATTTCTTCTTGTGTACCCACTCATCCATCTTAACACTTTCATCTCTGCAACCCTTTGT TTTGACTTTTTATTGCCCAATATTCAACTCCATACAACATTGCAGGTTTTGTAAATTTTACTTTAAGATTGAGTGGTACT TTTCTAACACAAATCACATCAAAGTTTTCCTCCATGTAATCCACTCTGCTTAGTTCATGTGGTTTACATATCCCTAGTTC TCCCCGTCATTTGTATGATGGAACCAAGGTACTTAAACCATGATACTTGTGGTATTGTACAATCTCCAATTTTCACATAT AGGGTATGACTTATATCTCCAATAAGACTGATTTTTTTATTACATAAATTAGAGGTAGTAGCTATTAAGGTTAAGCATGT GAAGACACTTTTTTTGGCTTTCTGTGCAGTATTATTTAAAGGCCCAGTTTCATTTTGACAAGCATCAGTTTGCTGACTTG ATGGTTATTAATGGGATTGCAGGGACTGTGTCGCAGGTAAGTTTTGTGTGGCTATATATATTTGTTAGAAATTTGGGTAT GATAATCTAGGATAACTTCGAAGAATCGTGTTCGTACACTTTCCGAACAAAGTATTTCGACCCAATCTAATCGCGATCAA TTATGCGTTGGCCCAACAAGCGTGCACTCCGCACTACCCTAACTCGTTTCCGAGCTTAACGCATAATCGCATCGGCCTAC AATAAATCACATTACTACTAAAATCCATTGATGATACTAAAATCACCAACAATATTTTGGTTGTCAAATGTATTTGGCTT TTCTTTTGTCCCGTTACTAATCTTCAGTTTCTTTGAGTTTATTGTACATATGACTATTAAACTTTGGTGGTCACAGCTTC 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CCTCCCTCATCTTTAAAATGAGCGAATTCCCTCCCTCTTCTATTAATATGTGCGATTTAGGCCCTTCCGTTAGTTAGCCG TCCAATTACTAACGGCGGTTGCTATTTTCACCCTCCCTTTTACTAACCACACCCCCATATCAGAAATAAAAATAAAAATA AAATAAAATAATGGAGGTAAATCGCACAAAGGTGAAAGATCAGGGGGCAAAAGTGCAATTAAGCCAAAAAAATAAAAAAA TAAAAGAAATAAATTAAATACAATTAATAGAAAATAAAAAAAAACTGAAAAAAATATTTTTATAAAAATCAAAGAAAAAA TAATAAAATAAATGAAATAAGTTAAATACAAATAATAGAAAATGAAAAAACATTTTTATAAAATAAAAAAAACTGAATTT TTTTTTAAAATCAAAGAAAAAAATGTTTTTATAAAATCAAAGAAAATAAAATATTTTTTTTAATTGAAGATAGAAATTTA AAAATAAAATAAAAGAATAATTATTTTTAATTTAGTGTATGTGGTGTAAATAGAAACAAATTCTTCTTTTATTTTATTTT TAAATTTCTATCTTCAATTAAAAAAAATATGTTATTTTCTTTGATTTTATAAAAACATTTTTTTCTTTGATTTTTATAAA AAAAAAATTCAGTTTTTTCTTTGATTTTATAAAAATATTTTTTCATTTTCTATTAATTGTATTTAACTTATTTCATTTAT TTTATTATTTTTTCTTTGATTTTTATAAAAAAAAATTTTCGGTTTTTTTTAATTTATAATTTTTTTTTATTTTCTATTAA TTTTATTTAATTTATTTCGTTTATTTTTTATTTTTTTATTTTTATTTCTGATAAGGGGGTGTGGTTAGTAAAAGGGGGGG TGAAAATAGCAACCATCGTTAGCAATTGGACGGCTAACTAACGGAAGGACTTAAATCACACATATTAATAGAAGAGGGAG GGAATCCGCTCATTTTAAAGATGAGGGAGGTAAATCGCACAAAGGTGAAAGATCAGGGAGCAAAAATGCAATTAAGCCTT ATCCTTAATGATAGAGTCAAATTTAAGTGGCTTATAGTAATGATCAAAGTTACATACTGAGTATTGTGTTTAAAGAAGTT TGTCCCTATGAGGTGGTATCATATTAGTTGTGTGATGTGACTCATGTGAGGAGGTTATTATCAGTGTGATGTATTTGGTA TAATAACAATAGTAAAATTTACGGTTGTTGTTTGAATCAAGCAATGCATATGCTTTTTTTTAACATATCTTTAGAGTTGA CATGTAAATCAAATTCAAATGGTAGCTGAGAACAAACTAAGAGCCAGACATGAATACAATTTGGCAATTTGCTAAAATTT TAGTGGAGGAAAAAATAGCTTAGTTTTGCATGACAAAATGCTCTTTGAGCCTGTTTCTTATTTTTGGCAGACAGCTTCAT ATCTATTCACTTCAGTTTTAGTCTCACTCATCTTCTACTCTTCTTCTTTCAGGGAAGGGCACAGGGTTGCATCTCAGGCA TATGTTCAATTGCACATATTGTTTCTCCCTTGGCTTTCTCTCCATTAACGGGTGAGAGGAATGTCATTATGTTCTATTTG GTTCAAATTGTCTTTGAAATTTATTAATATGCACTCCTTCTCAATTTTCAGCTCTCTTCCTGTCTGAAAGGGCACCTTTC AATTTTCCTGGCTTCAGTATAATGTGTATTGGCTTTGCTTCGGTAAGAACTTAACTTTAATCGAAGTGCTCTATTCTGTT TTCTGATACTAGACTTCAGATTTCTACGGTTCTCTCTTGCCTCAATGAATTTACTCAAGTACATACCAACTCTGGGTGGA TATTTTGACTGCATATGTGGATAGTGACTACTCTGGGTCTAGTACATAGTTGAACTTTGGTAGTATATTGATAGACAGAA TACTGGAACCTAGCTTGAAAGTAACTCTATATAAAGGAAGGACGAACTCTTCAAAATATTACACACGTATCCTTGTTAGA TACTTCACGGATATTACAGATACTCTTTGCTGAATGTCATAACTCTGTTTTTTCTTATAAACTTTGATACTAATGAACAT GAGAGTATCACAATAATCAGATAATCACAGTATTTTATAGTAATGTTTAGTTTGTTTACAATGGTTCATGCTCATTCTTA AAACAATGATTCTCTTTTTTATATTTAAGATTTGTGTTTATAATAATTTAATACTAATTTTATGTCTTATAACCTATTGT GTCTTACAATTTAAAAAAACTGCTATGTTAATGTGGTATCTTATTCGTGTCTGTTTCTATGTATTTATGCTTTCTAAATT TACAGTACCATTATGGTGTTTGGTTGTTTAATCTTCCAACAATGGCCAAGACTGGACCTTAGATATCATACTTATAAGCA AATTGGGTTACAAGCTTGAAGCTTGAGTACTTTCTGGTTGTACATACAAATGATACAATACAATTGTGGATCTAACCCAT CTAACCTAAGTCCTACCGTTTAGGCTTTATTGAGACAAGCTTGGTGGCATCCATTTTAATTTGTCTCTGTAAAAAGCTTT TGTTCTATATATTCTTATAATATTTGAAACATATTTTGGCTTGATTGATTTTATTTTCACATGTTTCTAAATATATCTTC ATTATCATACATACAATATATATGACTGATTTTTGTTTGCAGATGGTATCTTTTGTCCAGAGTATAATGCTTAGAGTAAT TCCTCCCGTTTTGAGCTAGATGGACCTAATTGATTGGAGCCCTAACTTTAAAGGCCGTGCATATTTGCTTAGTGTGGAAT CATTCCTCATCTATACAAGCTTTGCATCCAGCTGTGCTTTTGATGAGGAAATAGGATGTTGAAGAAGTCTATTCCTAGGA GTAGATAATTGATAAGCTGATGTAGTTTCATTCTAGTGAACATGTTATGTTTCTCTCTGTCTGTCTGTCTTGGCTTTAGA TCAAAAGATACAAAGGTAATTTTGATATCTACGGCCATTGACGTTTCGTTATTTTTAGCAGTTATCAGATGTGCAATTTA TGGTTTGTCTGAAATTATTGTCATTTAAACTTCAGCAAATCAACACAATGTGAGCGGCATCACTGTGATATGAATTAGTT TTCACCGGTCTGAAATATGAAATATATTAAAATTTTGATTTAATAGAAACATTTCATTAATA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0432400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCTAATTTTCCTTCAGGATACGGTCATCGATGAGAAACAACTTTATACCCCAATCATTTCTGAGGGAAAACCTGCGGC TGCTAAAATCGAACGAAAATCGAAAAGCAATGTTGAATTGCTTAAAGCATTGGGTTCTTTGAAGGACCTATCCTCCTTCC TCACAAGCAGCTTGACTATTACACAAGCAGCAAGTATTGCATTCTTCAGCAACCTTGCAGATGTTGGCCTTTATGGTTCA ATAATGTATTATTTAAAGGCCCAGTTTCATTTTGACAAGCATCAGTTTGCTGACTTGATGGTTATTAATGGGATTGCAGG GACTGTGTCGCAGCTTCTTCTTATGCCTGTTCTGGTTCCTATTTTGAGTGAGGCAAAGCTGCTTTCAATTGGACTATTCT TTCACTGTGTACATATGTTCATTTACAGCATAGCATGGACCTCCTGGGTTCCTTATGCCGCTGCAATGTTTTCAATTTTG TTTAATTTCTCACAACCGTGTATACGGAGTATTGTGTCAAAACAAGTTGGACCCCATGAGCAGGGAAGGGCACAGGGTTG CATCTCAGGCATATGTTCAATTGCACATATTGTTTCTCCCTTGGCTTTCTCTCCATTAACGGCTCTCTTCCTGTCTGAAA GGGCACCTTTCAATTTTCCTGGCTTCAGTATAATGTGTATTGGCTTTGCTTCGATGGTATCTTTTGTCCAGAGTATAATG CTTAGAGTAATTCCTCCCGTTTTGAGCTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0432400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLIFLQDTVIDEKQLYTPIISEGKPAAAKIERKSKSNVELLKALGSLKDLSSFLTSSLTITQAASIAFFSNLADVGLYGS IMYYLKAQFHFDKHQFADLMVINGIAGTVSQLLLMPVLVPILSEAKLLSIGLFFHCVHMFIYSIAWTSWVPYAAAMFSIL FNFSQPCIRSIVSKQVGPHEQGRAQGCISGICSIAHIVSPLAFSPLTALFLSERAPFNFPGFSIMCIGFASMVSFVQSIM LRVIPPVLS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 247 247 1.4E-113
PANTHER 1 247 247 1.4E-113
Phobius 1 62 62 -
Gene3D 15 239 225 1.0E-15
Pfam 43 200 158 1.4E-8
SUPERFAMILY 49 234 186 1.02E-17
CDD 59 238 180 1.87138E-30
TMHMM 63 85 23 -
Phobius 63 85 23 -
Phobius 86 96 11 -
Phobius 97 119 23 -
TMHMM 100 122 23 -
Phobius 120 138 19 -
TMHMM 127 149 23 -
Phobius 139 163 25 -
Phobius 164 183 20 -
Phobius 184 202 19 -
TMHMM 190 212 23 -
Phobius 203 221 19 -
TMHMM 219 241 23 -
Phobius 222 244 23 -
Phobius 245 249 5 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Transmembrane transporter activity Enables the transfer of a substance, usually a specific substance or a group of related substances, from one side of a membrane to the other.
Biological process Transmembrane transport The process in which a solute is transported across a lipid bilayer, from one side of a membrane to the other.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0432400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…