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LotjaGi1g1v0628600.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0628600
Transcript ID LotjaGi1g1v0628600.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B; TAIR: AT3G26990.1 ENTH/VHS family protein; Swiss-Prot: sp|Q9NQG5|RPR1B_HUMAN Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B; TrEMBL-Plants: tr|G7L125|G7L125_MEDTR Regulation of nuclear pre-mRNA domain protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0628600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:117899379..117911524) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AAGCAACCAACCTTGTTACCGAGGTCACAACTCACAACAACTCTTGTTCTGAAACAAACCACTCTCTCTCTCTCTCTCTC TCTCTCTCTCTCTAACCCCACACACCGTTTCTCTGAAACTCCAAAATATCTCAGACCAGTGTTTGCGTCATTCTGATTTC TTCCCCTTATCTATCTTCACCGGCATTCTCAGCTATGTATGTACCGTACCATTCTCTTGCTTCAATTCTTAATTCTTACT TCCGATTTTGCCTTCTTTTCTCTCTACTCTGATATCTACATTTGATTAATTATGGTTTTTGCTACTTGTTTAATTAATCA TTGAATTCAAGGGTTTTTGTTAGTTTATCTGTTCTTTGAATTCAAGAATCATGGAGGGTTTGCCTGGAAAATTCAGATAC AGTCCAGCCGAGTTTATGACAATCCCTAGTAAAATTGGTACTTTAGGCCTCTCAATGTGGGTTCTTGGTCCATGCCCATG AAAATTACTACTTATTCAGCTAAAGGTGGGGTTAGGGCAATCCCTAGCTAAACCCTTGTTTTATAAAAATTATTCATGTG GAATCTCTTTTATTGTTTCGTGGTGTGGTTATGAACCCTTGTAACTAGCATCTTTCAATGTGAGTTCTTGGTCTATGGCC ATAACAATAACACTGCTTAATATGTAAACAATTTTTTTTTTCGTTTGACACAATTATATCATGTGCCTGTTTTATGAAGT GAGTTTTCACTAGTGTTATCAAAGATCCGCCATGGCAGGATCTCATGGCGGGTTTTTGGGTCTCTGCCATGGCCGATATC CCGTCATAATCTGCCATAACCCGCCTTCCACCATCTTTATTTGTCATATATAACGGGTTTTAGGCTCTCTGCCATAGTCT TCCATCTGCCATTAACAAAATTGATTTTAACGAGGTTATCAGGAAACTTCTTGTACTCAAGTGGAAGTTTTGATTTGCAT 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TGATGTATTTTGATCCTGTTATGTGAGTCTATATTATACATCATTTTGGCGCTTATAAAAAAAATACACCATTTTGGCTT CAGTATATTGTACGAGTGACTCAAGATATGAAATGTTATCATAATGCAATTTTTTTTCCTTTTTGTGGTTTGGACCATTT TTTCTAAATAATGCTCTCTTTATCTTTTGTTCTATTTTGTGACTTTTAAGTTTTCAATACTGTATTTTTTTAATATTAAT TTCATGCAAGACCATACTTTGTATCCAGAATAACTACTTTTAAGCAGTTATTTTGTTATGTAATGTGTTATTTTGGGCCT TGGCCTGCTCTTTACCAATTGTCCATGGTAAAATAAATTAGGCTTAATTGCACTTTTCGTCCCTGATCTATACCTCTTGT GCAATTTTGATCCCCTTTGTTTAAAACGAGCAATTTTGGTACACCAAATATCAGAATGTGACAATTGAGTCCTTCCGTCA AATTGCTAACAGAGTTAGTCTATGTGGAGCTCATGAGTGATGTGGATCTGACTAAATTTGCCACTAGGCTGCCACTTCAT TAAATAGATTTTTTTATCAATATTTGCTTAACTTATTTCATAATCATTTCATTTAAGGTTAATTAAATAGGATATAAACA CTTAATTAAACTAGATAAATATAACCCTAAAATTAAAAAATATCTAATCTCACGTAATCTCTGAATCTTCAGAGAAAAAA AATCTCTGAATCTTCATCTTCTCCATTTTCTTCCTCTTCTTCCCTCTCTCACCTAAATCTCCTTCTCACCTAAGCAACAA CTTGTCCCTTTCTCTAAGCTCTCTGAATCTCCCGTATTGATTAATGATTATGTTCCTGACCTTTGTCTCTTCGTTTTATT TTCCTTCCCTCACACATGTTTATGTTCCTCGCATTGTCTATGTGTCTCTCTTTGGAGCTTCATCGTCCCCGTCAAAGAAA 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TACTTTCTTCTTTATGCAGATTGGTATATGGGAAGAGAGAAAAGTCTTCGGTTCTCGTGGTCAAATCCTCAAGGAAGGGA TTGTTGGGAAAAATGTGGAAAACAATAGCCGTGATGCGAAACCAATGAACATGAAGCTGGTGATAGTTTTAGTGATGATT ATTTGATTTGGTGCACCTACGGTTGTTATATATATTCTCTTATACTTTCATTCTTACCTTTGACAGAGGCCATCTGCTGG GGATGCACTGGAGAAAATAGTTTCAGGTTATCGTGTTATTTATGGAGGGCAGACTGATGAAGATGCTGTGTTAAGCAAAT GCAGGAATGCCATTAGTTTCCTTGAGAAAGCAGATAAGGAAATAGGTCATGATAGTGATTCAGGTATTTCAAATTAAAAA TTGCTTTAATTATTTTGCCCAATTGCAATAATTGTGATTCATCTATTGTCTTGAGCACAAATAACTCAGTTGCTTTTTTC TTTTACGCTAATAACTTGTTGCTGATCTTCTTTTATTTTCTGATTCTCTTTAACATCTTTACTCCCTGAATGTCGAAAGA TCAAGTGATGTTTTTGGTTAGTCAACTAAGTTCAGATGCAGAATGCAAATTACTGTTCATTTATATAATAAAGATTACTT GGTGTCATGAATCATGTTTCATATCCTTCTGCAGTGCGACCACCACTACCTCTCTCGATTTTTTCGGGAAATAGTATAAG CAATGAGAACCATACTAATATGTTTGGATAAATTTAGAGAAAAAAGCTTTAATATGGAGCCTTTTTTCTAGAGCTTCTTC TGCAGAAGCTACTCTTTCAAATTTATGAGAAAATGTTTATTTGGGCCTCTACCTTTTGCTCATGAATATCTTATCCAAAT TACCTTAAAGTTATTAGGCATGTGTTTTTTCTTAATTTAAGAAGCACTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTAAGGCACAATGAG ATGAATCCAAAATATATTATGTAGAGTGAGAAAGAATGGACAGAAAACAGCAAAAGATTCTTATCCTCGTAATACCCTGA TACGAATCAGATTCTGCCATAATTAACTTAAATTGTCTAATTAGTAGTGTGTGAAGATAATTCCCAGAGAAGTTAAACAA AAGCCAAGCTTGATCCTACTAGGTAGGAGCTGCTACATGAATGCATTAAGCAATGCAGGTTATATCGAAAACCATTAATC TTGGATGGACAAAGCATTTATCCTGCATCATTTTGTTGTTAGTGAATAGTGATGTGATTTACTGTATTAGCTCAAGTTAA TACCTGATCTTAACTTGCTTTTATATCATCAATTTATCTCATTTACTTTGGGCGTATGTGGTGTCATGTCAAGTAAACTT TTTATGATAGTATGTTTTAGATAACATGTATTTAATTAAGTCGGAATAATTGTTTATTGATCTTATTGGATATTTTTTGT TCAATCATCAATGAGTAGGGAAACTCCAGGGACATAATGCCACACTAAAGGACTGCATTGAGCGATTAACATCAATTGAA TCATCAAGAGCCAGCCTTGTGTCTCACCTGAGAGAGGCTCTCCAGGATCAGGTTTTTCTGATATACTGTTTATCTTTACA AAAATGCAGAGCCTATGGCATATAATTCTGACATGTTTTTGTTCCCAGGAATTCAAGCTGGGTCAGATCCGTTGCCAGAT TCAGGTTTGGAACTTATCCCAATTCATTGATTCGTCAGAGTTTCTCTCATTATCTATATTCTAATAATATATGATATGGC CTTGTCTGACTACTGATTTTAACTTTAAGCCCAAGGCAAGAAAGAATATCTGTGTGTTTGTTTTGTTGGTCCATATTTTT TCGAAAGGTTCCTTTTGGTGGATGACTCTTATGATTGATAAATATCCATATATTTCTTTAAAAATTGTATTTTTTATTTA CACTTCTATTTTGTTGAACTGTTGGACAATGGCCCAACCATCAATGGGTAATTTAGAACTTTGTTAGCATGAAACAAATA AATGTTTCAGCCTTGATAGAGTAGTAGAACTTGACTGTAATGAATTTAAAATGAATATTAGCCTTTTGCGTATATTATGC ATGCATTGAAGGCTTTAGTTAATTATGGATTGTAACATTCATAATCATTTCAAATCACTTCATAATGTAATAGATAATTG GGAAAAATTGTACTGACCTCCCCTCTATTATTTAACTAGACAATAATCACCCTTACTTTATTGGGAACATTGCACTAACC TCCCCTGAGGCTTATCATCATTGTACTGACCTCCCCTAAGATTTATCATTATAACACTCAACACTCCTATGCTGTTCTAA ATGATATATGAAGGAGGGGAGGTCAATGCATTTTGAAAACTAGAGGGGAGGCCAGTGCAATAATGACAAACCTCGGGGAG GTGAGTGCAATTACCCCTAGATAATTATTATATTGGTGTAGGTAGAGAAGTAGAAGACACTAGACAGTAGACAGTAAAAG GGGGCAGGGGCGATGTGGAGGAGTTTGTCCTGTTTGTTAATCTTCCATCCAATGATTTTCTTTTTTTGCCATTAATATCA TTTTCTCATGTTTTAAACATCTTTCCTTGATATCTCTTGGTTTTATAATATCATGAACCAAATTATCCCAAAAGCTATTG ATTTTATATTTGACATACACCCCTCATGCCAGAGTCATCTAGGCTTGAAGTATAGATAAAATGCATAGCCCCAGGGCCTT TGATTTCATGATACAACTATCCAAATAACTTAGGTTACTAGGTGAACAATCGTGAATGATTTTTATCTAACATATTTGAC CGTATTTTGTGTCATTTACATTGCAGGCTGCGCGTGTTCAGTCAGAACAGGCAGGTGGACAATTACTGAATGGCAACAAT GTGCAGCCAATAACTGAGCAGAGCTCAAAGGAAATTCAAACCTCCATGGCCCCAGCAAGTTTTGTTTCTGCTGGTGACAG GGAGCAGTCAGCTCCATTAATGTATGCTCCACAAGTGTCATTTGCTCAAAATTCTGGACCTAATGAGGAAGATCCACGCA AGTCGGCAGCCGCCGCAGTGGCAGCAAAGCTGACTGCATCGACATCCTCTGCCCAGATGCTGTCTTATGTGCTGTCCTCA TTAGCATCAGAAGGCGTCATAGGCAATCCAATTAGAGATTCCTCTGCCGATTATCAACCTGAGAAGAGGGCCAAGCTCGA GAACGACCAGTCATCTTATATGCCATCTCAGAGTTCTCAACAACCACAACTTCCTCCCTTTTCGTTCTCTGAATCTATCC TACACAATGCGGCATCTACAACCAACCAGCAATCCACTCCCAATGAACCACCACCTCCACCCTCATCATCTCCTCCCCCG TTGCCGCCACTGCCACCAATGGCACAGTACCCTGTGCCGCAGTACATGCAGACTTCTGGATCTGTTAACAATATGACATA CAGTTATAGCGTGATACAACAACCATCAATGGCAGCATTTCCAGCTGTTGGGCCTTCTCTGAATAATGCCTCTTCTTTTG CACCTCCTATGAATGCATATCAGGGTTTTCAGGGTCCAGATGGGAATTACTATAACCATCCCTCATCAATGCCTATGACT CCTATCTCTCGGCAGTAGTTGTTGCTTAGAACAGCCTTTTCGTACCTCTTTCACAGTTTCACCCATAACCTTGCTATTGG AGTCTGATTCTTACTATACAACATTACTATCAGATGTGCACTAGGACAATGTTTTTTTCTTGAGCAGGTTATTTATCTTT TGATTTGTAATTTAGCTGATATTGTTACCCTGGGGGCTTATTTAGATGTGTGGTTTTGGAGGGTTGTTAGGCTTTGTACC CGTTTGGATGCAAACCCTAAGAGCACTTATTGAAGCTTATTTGTTAGTGTTTTTTCTAGTAGATAAGCTCCAATAAGCTC TAATAACCCCGTATCCAAACAGGCTTAACTGCTGAATTAGTTAATGTTGTAGTTCTTCATAAAGTGAAAGCCAGTTTGCA TATCTTCCAAAGATCACAGCGTCTTCCCTGCAGGTGGACAGTTTTATGTACAGACCAGTCTGTGTATTTTATGGATTTTA TATGTTGTGCTGGGGCCAAAACTATGTAGGACCCAGTTAATTATAAACACTAATTTTATTTTTGTTATACATGACAAGAT TTGTTTAAGATTATTTCATTTTTGTTTTACTTTGTTAGAATATCTTATGTGCTTTTTTGGTGCATTGTGTTTTATCAACT TGAGATTTTGAGATTTAAGCTTATTGAGGACAAAGGTAGGTTCTGGGCTTTAGGCCTTGGCCCTTACCCTTTGAAGGGAA GAAATTTAAGTTTTATAGTTTAGTGTTTCTCACCTATTGGAGAAGTTCTCTCTAGGGTTTAGGGTTTTCTGGAAAGTCCC CTAGACCTAGAGAATGTTATGGATCCCTACAAAGTTAGATTGCTCAGGTTTCTGTTTTTTAAATCA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0628600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGGTAGCACGTTCAATGCACAGATTTTAGTGGACAAACTAACCAAGCTGAATGGTTCACAGGCAAGCATAGAGACTTT GTCACATTGGTGCATTTTTCATATGAACAAAGCCAAACAAGTTGTTGAAACGTGGGCTAGACAATTTCATTCATCTCCTC GTGAGAAGAGATTGGCATTTCTGTATCTTGCAAATGATATCTTACAGAACAGCAGGCGAAAGGGTTCTGAATTTGTAGGC GAATTCTGGAAGGTTCTTCCAGGTGCTCTTCGAGATGTGATTGAAAATGGAGATGAGTTTGCGAAGAATGCTGCACTTCG GCTGATTGGTATATGGGAAGAGAGAAAAGTCTTCGGTTCTCGTGGTCAAATCCTCAAGGAAGGGATTGTTGGGAAAAATG TGGAAAACAATAGCCGTGATGCGAAACCAATGAACATGAAGCTGAGGCCATCTGCTGGGGATGCACTGGAGAAAATAGTT TCAGGTTATCGTGTTATTTATGGAGGGCAGACTGATGAAGATGCTGTGTTAAGCAAATGCAGGAATGCCATTAGTTTCCT TGAGAAAGCAGATAAGGAAATAGGTCATGATAGTGATTCAGGGAAACTCCAGGGACATAATGCCACACTAAAGGACTGCA TTGAGCGATTAACATCAATTGAATCATCAAGAGCCAGCCTTGTGTCTCACCTGAGAGAGGCTCTCCAGGATCAGGAATTC AAGCTGGGTCAGATCCGTTGCCAGATTCAGGCTGCGCGTGTTCAGTCAGAACAGGCAGGTGGACAATTACTGAATGGCAA CAATGTGCAGCCAATAACTGAGCAGAGCTCAAAGGAAATTCAAACCTCCATGGCCCCAGCAAGTTTTGTTTCTGCTGGTG ACAGGGAGCAGTCAGCTCCATTAATGTATGCTCCACAAGTGTCATTTGCTCAAAATTCTGGACCTAATGAGGAAGATCCA CGCAAGTCGGCAGCCGCCGCAGTGGCAGCAAAGCTGACTGCATCGACATCCTCTGCCCAGATGCTGTCTTATGTGCTGTC CTCATTAGCATCAGAAGGCGTCATAGGCAATCCAATTAGAGATTCCTCTGCCGATTATCAACCTGAGAAGAGGGCCAAGC TCGAGAACGACCAGTCATCTTATATGCCATCTCAGAGTTCTCAACAACCACAACTTCCTCCCTTTTCGTTCTCTGAATCT ATCCTACACAATGCGGCATCTACAACCAACCAGCAATCCACTCCCAATGAACCACCACCTCCACCCTCATCATCTCCTCC CCCGTTGCCGCCACTGCCACCAATGGCACAGTACCCTGTGCCGCAGTACATGCAGACTTCTGGATCTGTTAACAATATGA CATACAGTTATAGCGTGATACAACAACCATCAATGGCAGCATTTCCAGCTGTTGGGCCTTCTCTGAATAATGCCTCTTCT TTTGCACCTCCTATGAATGCATATCAGGGTTTTCAGGGTCCAGATGGGAATTACTATAACCATCCCTCATCAATGCCTAT GACTCCTATCTCTCGGCAGTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0628600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGSTFNAQILVDKLTKLNGSQASIETLSHWCIFHMNKAKQVVETWARQFHSSPREKRLAFLYLANDILQNSRRKGSEFVG EFWKVLPGALRDVIENGDEFAKNAALRLIGIWEERKVFGSRGQILKEGIVGKNVENNSRDAKPMNMKLRPSAGDALEKIV SGYRVIYGGQTDEDAVLSKCRNAISFLEKADKEIGHDSDSGKLQGHNATLKDCIERLTSIESSRASLVSHLREALQDQEF KLGQIRCQIQAARVQSEQAGGQLLNGNNVQPITEQSSKEIQTSMAPASFVSAGDREQSAPLMYAPQVSFAQNSGPNEEDP RKSAAAAVAAKLTASTSSAQMLSYVLSSLASEGVIGNPIRDSSADYQPEKRAKLENDQSSYMPSQSSQQPQLPPFSFSES ILHNAASTTNQQSTPNEPPPPPSSSPPPLPPLPPMAQYPVPQYMQTSGSVNNMTYSYSVIQQPSMAAFPAVGPSLNNASS FAPPMNAYQGFQGPDGNYYNHPSSMPMTPISRQ 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 513 513 1.1E-217
PANTHER 1 513 513 1.1E-217
ProSiteProfiles 2 134 133 43.276
Gene3D 3 126 124 1.8E-33
CDD 8 129 122 4.35739E-61
SUPERFAMILY 8 117 110 5.75E-17
SMART 9 130 122 1.5E-44
Pfam 57 118 62 1.4E-18
MobiDBLite 372 442 71 -
MobiDBLite 377 413 37 -
MobiDBLite 414 438 25 -
MobiDBLite 493 513 21 -
MobiDBLite 496 513 18 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0628600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…